Fin avril 2009, des cas de grippe causés par un nouveau virus grippal A/H1N1 d’origine porcine sont confirmés au Mexique et aux Etats-Unis. Rapidement, le virus est détecté aux quatre coins du globe causant la première pandémie du XXIème siècle. Les différents travaux présentés dans cette thèse retracent les moyens mis en œuvre pour obtenir des informations permettant d’estimer le taux d’attaque réel de ce nouveau virus et des informations sur les populations à risque. Durant les premiers mois, nous avons mis en place une plateforme de sérologies comprenant un laboratoire de réception et de traitement des échantillons pour l’exécution de notre technique d’IHA. Le traitement d’environ 40.000 sérums provenant de plusieurs endroits du globe : France, Bolivie, Djibouti, Mali, île de la Réunion et Laos a permis l’analyse de données sérologiques et leur comparaison. Nos études sérologiques de la grippe A(H1N1)pdm09 montrent que 10% à 40% des populations testées ont été infectées par ce nouveau virus après la première vague de 2009. Les plus forts taux d’attaque ont été observés chez les enfants et les jeunes adultes alors que les personnes âgées ont été relativement épargnées du fait qu’elles étaient déjà protégées contre des virus antigéniquements proches qui circulaient avant 1957 (virus pandémique et/ou saisonniers). L’analyse des données sérologiques ont également permis de tenter de définir les facteurs de risque à l’infection de A(H1N1)pdm09. / In late April 2009, news swine-origin A/H1N1 influenza virus cases were confirmed in Mexico and the United States. Quickly, it was spread worldwide causing the first flu pandemic of the 21st century. Different works presented in this thesis describe the means used to obtain information to estimate the actual attack rate of this new virus, and information on risk populations. During the first months, we have established a serology platform including a reception-processing samples laboratory for implementing our hémagglutination Inhibition technique (IHA). Processing of 40,000 sera from several parts of the world: France, Bolivia, Djibouti, Mali, Reunion and Laos, has allowed the analysis of serological data and their comparison. Our serological studies of influenza A(H1N1) pdm09 show that 10% to 40% of people tested were infected with this new virus after the first wave in 2009. The highest attack rates were observed in children and young adults, while the elderly were relatively spared because they were already protected again antigenic close viruses that circulated before 1957 (pandemic and / or seasonal). The analysis of serological data were also used to try to identify the risk factors for A(H1N1)pdm09 infection. It appears that infection with influenza A(H1N1)pdm09 was ubiquitous on the French territory, whatever the socio-demographic factors, and the Flu virus transmission can probably conditioned by the environmental and hygienic conditions in household.

Les polyomavirus sont des virus très prévalents dans la population générale. Chez les sujets immunodéprimés, quatre polyomavirus sont associés à des pathologies. Parmi ces virus, le MCPyV est quant à lui responsable du carcinome à cellules de Merkel. Son implication dans un cancer humain a conduit à un regain d’intérêt pour la famille des Polyomaviridae. Au cours de ma thèse, nous nous somme intéressés à l’épidémiologie de six nouveaux polyomavirus humains (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 et MWPyV). Ces études ont montré que ces virus sont très répandus dans la population générale et que les infections surviennent dès l’enfance. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés aux réactivités croisées entre polyomavirus humains et simiens phylogénétiquement proches. Nous avons montré qu’il existe des cross réactions entre le LPyV et l’HPyV9, entre le MCPyV et deux virus de chimpanzé (PtvPyV1 et PtvPyV2). Ces polyomavirus simiens ne circulent donc pas chez l’Homme. D’autre part, afin de mieux comprendre le cycle du MCPyV, nous avons initié l’identification des partenaires cellulaires de l’ensemble de ses protéines. Ce travail a tout d’abord été réalisé sur les protéines mineures de capside VP2/VP3. Des cribles en double hybride en levure ont permis d’identifier les partenaires cellulaires des VP2/3. L’interaction effective entre les protéines virales et cellulaires a ensuite été validée en cellules de mammifères par une approche de complémentation de la luciférase Gaussia princeps. Les partenaires cellulaires des protéines VP2/VP3 identifiés sont impliqués dans les voies de prolifération cellulaire, d’apoptose, NF?B et dans le transport intracellulaire du virus. / Polyomaviruses are ubiquitous in the general population and in immunocompromised patients, and four are associated with disease. 0f these viruses, MCPyV is responsible for Merkel ceil carcinoma, and its involvement in human cancer has led to a renewed interest in the Polyomaviridae family. My thesis work has focused on the epidemiology of six new human polyomaviruses (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 and MWPyV). These studies have shown that these viruses are widespread in the genera population and that infection occurs in early childhood. We have also focused on cross-reactivity between phylogenetically closely related human and simian polyomaviruses. We have shown that there is cross-reactivity between sirnian virus LPyV and HPyV9 and between MCPyV and two chimpanzee viruses (PtvPyVl and PtvPyV2). However, these simian polyomaviruses do not circulate in humans. Moreover, in order to improve understanding of the cycle of MCPyV, we set out to identify the cellular partners of its proteins. This work was initially performed on minor capsid proteins VP2 and VP3. Screening in yeast two-hybrid identified cellular partners of VP2 and VP3. Interactions between viral and cellular proteins were then validated in mammalian celis by complementation assay using Gaussia princeps luciferase. Cellular patners of VP2 and VP3 are involved in ceil proliferation, apoptosis, NFkB and intracellular transport of the virus.