Aims: To determine the prevalence of irritable bowel syndrome and functional dyspepsia in medical students from a private university in Lima, Peru. Furthermore, to determine the associated factors with these diseases. Material and methods: Observational descriptive and retrospective cross sectional study. Medical students from a private university in Lima were surveyed using a Rome III questionnaire for functional disorders and the STEPwise auto survey for defining the variables of alcohol and tobacco. For data analysis the Stata 11.0 program was used. Results: Of the 608 students, 543 answered the questionnaire. The prevalence of Irritable Bowel Syndrome was 12.4%, 16.9% of dyspepsia, and of both diseases simultaneously, a prevalence of 7.1% was found. Alcohol consumption in the total population was 89.4% and 29.0% of tobacco. Association between both disorders was found (OR 10.47, 95% CI 5.08 to 21.55; p <0.001), dyspepsia was associated with sex (OR: 0.16, 95% CI 0.07 to 0.36 p <0.001), with alcohol consumption (OR: 5.22, 95% CI 23.99 1,13- p = 0.034) and with irritable bowel syndrome (OR: 9.88, 95% CI 4.78 to 20.46 p <0.001). Both conditions together were associated with sex (OR: 0.20, 95% CI from 0.06 to 0.60 p = 0.004) and daily consumption of tobacco (OR: 3.23, 95% CI 1.17 to 8.89 p = 0.023). Conclusion: A prevalence of 12.4% of Irritable Bowel Syndrome and 16.9% of dyspepsia was determined. An overlap of 7.1% of these diseases was reported. / Objetivos: Determinar la prevalencia de síndrome de intestino irritable y dispepsia funcional en estudiantes de medicina de una universidad privada en Lima, Perú. Asimismo, determinar los factores asociados a estas patologías. Material y métodos: Estudio de corte transversal observacional, descriptivo, retrospectivo. Se encuestó estudiantes de medicina de una universidad privada en Lima usando un cuestionario auto aplicado para trastornos funcionales Roma III y el cuestionario auto aplicado STEPwise para la definición de variables de consumo de alcohol y tabaco. Para el análisis de datos se usó el programa Stata 11.0. Resultados: De los 608 estudiantes, 543 respondieron el cuestionario. Se encontró una prevalencia de Síndrome de Intestino Irritable del 12,4%, de dispepsia del 16,9% y de ambas patologías simultáneamente, una prevalencia de 7,1%. El consumo de alcohol en la población total fue del 89,4% y de 29,0% de tabaco. Se encontró asociación entre ambas alteraciones (OR: 10,47, IC95% 5,08-21,55; p<0,001), dispepsia se asoció con sexo (OR: 0,16, IC95% 0,07-0,36 p<0,001), con consumo de alcohol (OR: 5,22, IC95% 1,13- 23,99 p=0,034) y con síndrome de intestino irritable (OR: 9,88, IC95% 4,78-20,46 p<0,001). Ambos trastornos en conjunto se asociaron con sexo (OR: 0,20, IC95% 0,06-0,60 p=0,004) y consumo diario de tabaco (OR: 3,23, IC95% 1,17-8,89 p=0,023). Conclusión: Se determinó una prevalencia de 12,4% de Síndrome de Intestino Irritable y 16,9% de dispepsia. Se reportó una superposición de estas patologías en 7,1%.