Le Virus de la Mosaïque de la Papaye (PapMV) est un virus filamenteux flexible. Sa protéine structurale, la capside (CP), est composée de 215 acides aminés. Le but du projet est de déterminer les domaines de la CP du PapMV impliqués dans l'assemblage viral. En utilisant un système d'auto-assemblage dans E. coli, nous avons confirmé que l'extrémité C-terminale de la CP est exposée à la surface des pseudo nucléocapsides virales (PNVs) et que la partie N-terminale est impliquée dans la multimérisation de la protéine. De plus, nous avons identifié les acides aminés importants dans l'interaction avec l'ARN. Les résidus cystéine de la CP sont importants à la stabilité de la protéine et à sa capacité à former des PNVs. La mutation de la Glu128 en alanine a permis d'augmenter l'efficacité de l'auto-assemblage en PNVs. Il s'agit d'un travail original et unique chez les virus filamenteux du genre potexvirus.

Cette étude a permis d'évaluer les quantités d'azote et de phosphore potentiellement minéralisables dans 34 sols organiques cultivés du Sud-Ouest du Québec. Les sols ont libéré en moyenne de 380 kg N ha-1 an-1 et moins de 2 kg P ha-1 an?1. Ils ont été classés en deux groupes de minéralisation. Un seuil critique de minéralisation de 0,8 mg N kg-1 j-1 correspondant à une teneur en carbone de 372 g kg-1 et à un rapport C/N maximal de 30 classait les sols avec un taux de succès de 85 %. Un seuil de minéralisation de 0,04 mg P kg-1 j.-1 correspondant à une teneur en carbone critique de 425 g C kg-1 classait les sols avec un taux de succès de 94 %. En serre, des plants de ray-grass prélevaient jusqu'à 3 fois plus d'azote sur certains sols très minéralisateurs que sur des sols pauvres. La richesse en phosphore des sols a conduit à une absence de réponse à la fertilisation.

L'influence de la variété de blé sur la qualité du pain de blé entier a été évaluée. L'objectif ultime était de vérifier l'effet de la composition des fibres alimentaires de quatre variétés de blé du Québec (Brio, Pollet, Barrie et Celtic) sur la qualité du pain de blé entier. Les paramètres étudiés incluaient le volume du pain et la teneur en fibres alimentaires solubles et insolubles (hémicelluloses, cellulose et lignine) des grains, des fractions de mouture (farine blanche, remoulages, son) et du pain blanc ou de blé entier. La variété de blé affectait beaucoup plus le volume du pain de blé entier que celui du pain blanc; cependant, ces différences n'étaient pas causées par la teneur en fibres alimentaires des farines de blé entier. Si le son de blé était très friable ou s'il absorbait peu d'eau, le pain de blé entier était peu volumineux. La teneur en amidon résistant et, dans une moindre mesure, en fibres insolubles de la farine augmentait à la suite de la cuisson du pain.

Il existe différents modèles de gestion de la pollution diffuse par le phosphore en agriculture. Le modèle d'indice de risque de perte du phosphore (IRP) estime les risques environnementaux associés aux pratiques culturales et aux conditions édaphiques pour un terrain donné. Des analyses de sensibilité de l'IRP ont été faites pour les conditions de Beauce-Appalaches au Québec. La zone d'étude est caractérisée par une superficie de 1 030 067 ha dont 173 941 ha sont en culture, principalement en fourrage et pâturage. La précipitation moyenne annuelle atteint 1236,5 mm et la température moyenne annuelle est de 3,85 [degré]C. La zone d'étude présente essentiellement des sols de type loam, loam-limoneux, loam-argileux et loam-limono-argileux. Les coefficients de régression linéaires multiples ont servi d'indice de sensibilité pour évaluer l'influence des différentes composantes, variables intermédiaires et variables de base sur les valeurs de l'IRP. Les analyses de sensibilité présentées dans cette recherche sont basées sur la technique de Monte Carlo qui utilise les densités de probabilité et les fréquences relatives des variables d'entrée du modèle pour estimer leur influence sur les valeurs de sortie. Pour la zone d'étude, 81% de la variabilité de l'IRP est attribuée au sous-indice de source du phosphore et 17% au sous-indice de transport du phosphore. Ce sont les composantes PORGAN (doses d'engrais organiques phosphorés moins les besoins en phosphore des cultures), DRAIN (distance séparatrice des drains souterrains) et PTOTAL (doses d'engrais organiques et minéraux phosphorés moins les besoins en phosphore des cultures) qui influencent le plus la valeur de l'IRP. Une analyse de sensibilité sur les variables de base montre que le prélèvement de phosphore par la culture, la distance entre les drains et la quantité de phosphore sous forme organique appliquée au sol influencent le plus les valeurs de l'IRP.

La β-lactoglobuline (β-Lg) bovine contient plusieurs séquences peptidiques à activité biologique qui présentent un intérêt à titre d’ingrédients nutraceutiques. Toutefois, des études ont démontré que certains de ces peptides, actifs lors de tests in vitro, sont inefficaces suite à leur ingestion orale chez l’animal, suggérant leur dégradation lors du transit gastro-intestinal. L’objectif de ce travail était d’étudier les interactions β-Lg:peptide bioactif et d’évaluer l’impact de ces interactions sur la digestibilité in vitro des complexes. Premièrement, il a été démontré que l’hydrolyse pepsique et chymotrypsique de certains peptides bioactifs varie en fonction de la longueur de la chaîne peptidique, la nature du peptide et la présence d’autres peptides dans le milieu réactionnel. Par la suite, il a été démontré à l’aide d’une méthode d’ultrafiltration que les peptides β-Lg f102-105, f142-148 et f69-83 se lient en quantité significative à la β-Lg A, avec des taux de fixation de 1.5, 1.1 et 0.7 moles de peptides par mole de protéine respectivement. Ces résultats ont été validés par spectroscopie de fluorescence frontale. Les spectres d’émission de fluorescence ont démontré que la liaison de ces peptides à la β-Lg A modifie l’environnement des résidus tryptophane dans la structure de la protéine. De plus, une analyse par calorimétrie à titration isothermique a démontré que le peptide antihypertensif β-Lg f142-148 se lie à la β-Lg A selon un modèle de liaison séquentielle à trois sites. Pour ce peptide, les isothermes de liaison ont révélé des constantes d’association de 2 X 103, 1 X 103 et 0.4 X 103 M-1 pour le 1ier, 2ième et 3ième site de liaison, avec une enthalpie de liaison exothermique dans le cas des deux premiers sites, mais endothermique pour le troisième site. Enfin, l’hydrolyse in vitro de la protéine et des complexes à l’aide de pepsine, trypsine, chymotrypsine et pancréatine a démontré que le les complexes sont hydrolysés plus lentement que la protéine native par la chymotrypsine ou un mélange pepsine/chymotrypsine. L’ensemble de ces résultats supporte donc l’hypothèse que la liaison de peptides bioactifs à la β-Lg A pourrait permettre d’améliorer leur résistance à la protéolyse et ainsi, maintenir leur intégrité structurale et leur bioactivité lors du transit gastro-intestinal. / Bovine β-lactoglobulin (β-Lg) contains numerous peptide sequences with biological activities, which have a high potential as nutraceutical ingredients. However, studies have demonstrated that some of these peptides, which are active during in vitro tests, loose their activity in animal models following oral ingestion, suggesting their enzymatic degradation during gastrointestinal transit. The aim of this work was to study β-Lg:bioactive peptide interactions and to investigate the in vitro digestibility of the resulting complexes. Firstly, it was shown that pepsic and chymotryptic digestions of some bioactive peptides varied according to the peptide chain length, the nature of the peptide and the presence of other peptides in the reaction medium. Using an ultrafiltration method, it was demonstrated that peptides β-Lg f102-105, f142-148 and f69-83 bind to β-Lg A in significant amounts corresponding to 1.5, 1.1 and 0.7 moles of peptides per mole of protein respectively. These results were validated by front-face fluorescence spectroscopy, which also provided evidences that the binding of the three peptides to β-Lg A modified the polarity of tryptophan environment in the protein structure. In addition, binding isotherms obtained by isothermal titration calorimetry showed that the binding of the antihypertensive peptide β-Lg f142-148 to β-Lg A followed a sequential three-site binding model with constants of associations of 2 X 103, 1 X 103 and 0.4 X 103 M-1 for the 1st, 2nd, and 3rd binding sites respectively. The enthalpy of binding was exothermic for the 1st and 2nd binding sites and endothermic for the 3rd binding site. Lastly, the in vitro digestibility of the protein and the complexes with pepsin, trypsin, chymotrypsin, and pancreatin showed that the complexes were hydrolyzed more slowly than the native protein by chymotrypsin or pepsin/chymotrypsin. The overall results support the hypothesis that the binding of bioactive peptides to β-Lg A could improve their resistance to proteolysis, and thus could contribute to maintain their structural integrity and bioactivity during gastrointestinal transit.

La consommation de fourrages ayant des teneurs excessives en cations comparativement aux anions provoque l’alcalinisation du sang des vaches en période de tarissement ce qui réduit la disponibilité du Ca dans le sang et augmente la susceptibilité des vaches taries à l’hypocalcémie. Pour réduire l’incidence de la fièvre vitulaire, symptôme clinique de l’hypocalcémie, on recherche une faible Différence Alimentaire Cations-Anions (DACA) dans la ration de la vache avant le vêlage afin de favoriser une mobilisation efficace du Ca. Les objectifs de ce projet étaient de vérifier les effets de l’espèce, du cultivar, du numéro de coupe et de la situation géographique sur la DACA et la composition minérale de cinq graminées fourragères cultivées au Québec. Les concentrations en cations (Na+, K+, Ca2+, Mg2+) et anions (Cl-, S2-, P3-) ainsi que la DACA elle-même ont été mesurées chez différents cultivars de brome inerme, brome des prés, dactyle pelotonné, fétuque élevée et fléole des prés. La fléole des prés s’est distinguée des autres espèces par ses faibles concentrations en K et ses faibles valeurs de DACA autant à la première qu’à la deuxième coupe. Les valeurs de DACA de la fléole ont varié de 267 à 373 mÉq kg-1 MS alors que celles du dactyle variaient de 367 à 774 mÉq kg-1 MS selon le numéro de coupe et l’année de production. La fléole peut donc être privilégiée afin de produire des fourrages adaptés aux besoins de la vache tarie tandis que le dactyle est à proscrire dans la ration pré-vêlage étant donné les risques d’hypocalcémie qui s’y rattachent. Les résultats n’ont révélé aucune différence de DACA entre les cultivars étudiés et les quelques variations de composantes minérales entre cultivars n’étaient pas suffisantes pour affecter la DACA. Les résultats ont permis de constater que l’effet de la coupe était négligeable comparativement à l’effet de l’espèce et suggèrent que le principal facteur géographique influençant la DACA des plantes fourragères est la combinaison des disponibilités du sol à la fois en K et en Cl. Ainsi, la fertilisation chlorée de la fléole des prés cultivée en sol faiblement pourvu en K pourrait être considérée afin de produire des fourrages à faible DACA au Québec. / The consumption of forages containing a high proportion of cations by comparison with anions causes the blood alkalinisation of dry dairy cows which in turn decreases the blood Ca availability and increases the susceptibility of dry cows to hypocalcaemia. To prevent milk fever, a clinical symptom of hypocalcaemia, a prepartum ration with a low Dietary Cation-Anion Difference (DCAD) is essential to improve Ca homeostasis. The objectives of this project were to verify the effects of species, cultivars, cut numbers and geographical sites on the DCAD and the mineral concentration of five cool-season grass species grown in Quebec. Concentrations of cations (Na+, K+, Ca2+, Mg2+) and anions (Cl-, S2-, P3-) and the DCAD values were measured in different cultivars of smooth bromegrass, meadow bromegrass, orchardgrass, tall fescue, and timothy. Timothy distinguishes itself from other grass species because it has low K concentrations and low DCAD values in both spring growth and summer regrowth. The DCAD of timothy varied from 267 to 373 mEq kg-1 DM while that of orchardgrass varied from 367 to 774 mEq kg-1 DM according to cut number and the year of production. Timothy is therefore the best suited cool-season grass species for the production of forages for dry cows while orchardgrass should be avoided in prepartum diets because of the high risk of hypocalcaemia. These results reveal no significant difference in DCAD between cultivars. Furthermore, the small variations in mineral concentration were not sufficient to affect the DCAD. These results show that the effect of the cut number (spring growth and summer regrowth) is insignificant by comparison with the effect of the species. These results also suggest that the combined availability of K and Cl in soil is the main factor responsible for the differences in DCAD of grass forages between geographical sites. Therefore, to produce low DCAD forages in Quebec, Cl fertilisation of timothy grown on soils with low K content should be considered.

Cette étude vise à caractériser les proportions de bois d’aubier et de duramen chez le bouleau à papier (Betula papyrifera Marsh.) en relation avec les caractéristiques du feuillage, de la cime et de l’arbre. Les résultats indiquent que la proportion d’aubier est significativement reliée au feuillage, selon la théorie du modèle tubulaire. D’autre part, la probabilité de présence de duramen à hauteur de souche est plus élevée pour des arbres à fort défilement. Les proportions d’aubier et de duramen sont également dépendantes de l’âge de l’arbre. En outre, le développement vertical du duramen à l’intérieur de la tige semble être affecté par l’effet d’empattement et par la base de la cime vivante. Le duramen présente une valeur maximale à une hauteur relative de 9% et décroît par la suite. Finalement, la quasi-totalité du volume de duramen est située sous la base de la cime vivante. / This study aims to characterize sapwood and heartwood proportions in White Birch (Betula papyrifera Marsh.) in relation with foliage, crown and stem characteristics. The results indicate that sapwood proportion is significantly related to foliage following the pipe model theory. Furthermore, the probability of heartwood presence at stump height is higher for trees with high stem taper. Sapwood and heartwood proportions are also tree age dependant. In addition, the vertical development of heartwood within the stem seems to be affected by the stump effect and by the live crown base. Heartwood shows a maximum value at 9% relative tree height and decreases afterwards. Finally, almost all the heartwood volume is located under the live crown base.

Afin de caractériser sa fonction, des lignées transgéniques de type ihpRNA ont été produites pour induire une inactivation spécifique du gène AtMLH1 chez Arabidopsis thaliana. Elles ont été générées en transformant la plante avec un vecteur comportant un même fragment du gène AtMLH1 inséré en directions sens et anti-sens. Cinq lignées montrant un éventail d'intensités de répression ont été rigoureusement analysées. Trois lignées, ihpMLH1-63, -70 et 73, présentaient une forte réduction de l'abondance du transcrit (~10 % du sauvage), une (ihpMLH1-51) montrait un abaissement intermédiaire (~30 % du sauvage) et une dernière (ihpMLH1-54) n'avait qu'une inactivation mineure (~60 %), tel que mesuré par RT-PCR semi-quantitatif. Une étude northern a permis de détecter des siRNA dont l'abondance était corrélée avec l'intensité de la répression. L'étude des conséquences phénotypiques de l'inactivation du gène AtMLH1 a été amorcée en examinant son impact sur l'instabilité des microsatellites via un gène rapporteur. Dû à un phénomène de co-suppression, cette analyse n'a pas été informative. Les conséquences de l'inactivation du gène AtMLH1 feront donc l'objet de futurs travaux.

Deux expériences ont été effectuées afin d'évaluer l'effet de l'ajout de la phytase à un aliment à faible teneur en phosphore disponible (NPP) sur les performances des poulets de chair et les rejets de phosphore dans la litière lorsque des programmes alimentaires à plusieurs phases sont appliqués. Un total de 3240 poussins femelles (expérience 1) et 3060 poussins mâles (expérience 2) Ross x Ross ont été élevés sur parquet pendant 38 et 39 jours, respectivement. Les unités expérimentales étaient arrangées selon un dispositif factoriel en blocs complètement aléatoires avec cinq répétitions pour chacun des traitements. Les traitements correspondaient à la combinaison de deux niveaux de NPP (normal vs réduit de 0.1 %), deux niveaux de phytase exogène (0 vs 500 FTU / kg d'aliment) et deux programmes alimentaires différents (3 vs 4 phases pour les femelles et 4 vs 5 phases pour les mâles). / La teneur en NPP des aliments témoins étaient de 0.45, 0.42, 0.40 et 0.38 % pour les femelles et 0.45, 0.42, 0.40, 0.38 et 0.36 % pour les mâles. Le gain de poids vif (GMQ), la consommation alimentaire (CMQ), la conversion alimentaire (CA), le poids vif à l'âge d'abattage (PV), la mortalité des oiseaux et la teneur en P de la litière ont été mesurés. Les résultats ne montrent aucun effet significatif (P > .05) des différents traitements sur le PV, le GMQ, la CA et la mortalité des femelles. / Par contre, il y a une interaction significative (P < .001) entre le niveau de NPP, la phytase et le programme alimentaire pour la CMQ. Chez les mâles, il existe une interaction significative (P < .05) entre la phytase et le niveau de NPP dans la ration pour le PV à 39 jours, le GMQ et la CMQ. L'utilisation de l'aliment à faible teneur en NPP avec phytase ajoutée permet de réduire significativement (P < .001) les rejets de P2O5 de 34 à 37 % chez les femelles, et de 45 % à 51 % chez les mâles, selon le programme alimentaire appliqué.

Cette étude avait comme objectif l’étude de l’effet de la composition en calcium et carbonate d’une solution modèle de protéine de lactosérum et de l’influence du pH du concentrat sur le colmatage des membranes en électrodialyse conventionnelle. L’intégrité des membranes a été évaluée en fonction des paramètres de fonctionnalité comme l’épaisseur et la conductivité électrique. Le colmatage formé sur les membranes échangeuses d’anions (MEA) et de cations (MEC) a été caractérisé à l’aide de la microscopie optique, de l’ATR-FTIR et de la microscopie électronique couplée à une caractérisation élémentaire de surface par rayons-X. Un colmatage protéique sur les AEM a été observé sous conditions acides du concentrat, tandis qu’un colmatage minéral s’est formé sous conditions alcalines sur les MEC et les MEA. Suite à ces résultats, une nouvelle configuration concernant la circulation des fluides et la valeur de pH des concentrats a été proposée afin d’éviter la formation des colmatages observés. / The aim of this project was to investigate the effect of the composition in calcium, and carbonate of a model whey protein solution to be treated by electrodialysis on the fouling of ion-exchange membranes. The pH of the concentrate was also controlled at different values to study its influence on membrane fouling. Membrane integrity was determined by membrane parameters and completed with fouling characterization by macroscopic and microscopic pictures, ATR-FTIR analyses and electron microscope images coupled to elementary X-ray mapping to identify the deposits. A protein layer was formed when the pH of the concentrate compartment was acidic, while a mineral deposit occurred when pH was basic. From these results, a stack arrangement is proposed to prevent the formation of mineral and protein fouling.