Les norovirus (NoV) sont considérés comme étant l'agent étiologique le plus impliqué dans les éclosions de gastro-entérite d'origine virale à l'échelle mondiale. À l'heure actuelle, et malgré les efforts fournis, les NoV sont difficilement cultivés in vitro. Vue l'absence d'une étude épidémiologique récente caractérisant les isolats de NoV à l'échelle nationale et le manque d'informations valables sur leur caractérisation moléculaire (détection, survie dans les aliments et sur les surfaces, inactivation...) la présente étude s'est fixée les objectifs suivants : (1) Caractériser, au niveau moléculaire et épidémiologique, une sélection de souches de NoV isolées entre 2004-2005 pendant des éclosions de gastro-entérite rapportées dans plusieurs provinces canadiennes; (2) Développer une approche moléculaire en temps réel de type NASBA (NASBA-TR) pour là détection des NoV dans les échantillons fécaux et comparer aux méthodes ELISA ; RT-PCR en temps réel et conventionnelle ; (3) Optimiser et combiner une digestion enzymatique à la technique NASBA-TR développée afin de distinguer les NoV infectieux des non infectieux; (4) Évaluer la persistance des NoV infectieux dans des échantillons alimentaires réfrigérés; (5) Évaluer la persistance des NoV infectieux sur les surfaces inertes sous différentes conditions de température et d'humidité relative. L'analyse phylogénétique a montré la co-circulation des deux génogroupes (I et il) de NoV, avec prédominance du génogroupe II (95.7 %) représentée principalement par le sous-groupe Lordsdale. Il s'est avéré aussi qu'une caractérisation fiable des isolats de NoV doit être basée sur les informations issues du séquençage du gène de l'ARN polymérase et celui de la capside. La caractérisation moléculaire des échantillons fécaux de NoV a démontré que NASBA-TR assure une meilleure sensibilité que la RT-PCR conventionnelle et l'ELISA, mais semblable à la TaqMan RT-PCR. De plus, une fois combinée avec la digestion enzymatique, NASBA-TR s'est révélé très efficace dans la discrimination des NoV infectieux. Nous avons aussi montré que les NoV infectieux sont stables à 7°C et peuvent survivre dans la laitue et la dinde pendant 10 jours. Cependant, la persistance des NoV infectieux sur les deux surfaces étudiées s'est révélée très importante (56 jours) à une basse température et haute humidité relative

Il n'existe aucune étude sur l'épidémiologie du blanc du fraisier, Sphaerotheca macularis f. sp. fragariae, réalisée sous nos conditions. Ainsi, les objectifs de cette étude étaient de déterminer la sensibilité variétale et la résistance ontogénique au blanc des feuilles de fraisiers à jour neutre et conventionnels; de comparer des systèmes prévisionnels développés pour le blanc du fraisier et d'autres cultures; et d'étudier l'influence des conditions météorologiques sur la concentration des spores de blanc dans l'air. Ce projet a permis d'acquérir une meilleure connaissance du blanc, de valider et d'améliorer un système prévisionnel du blanc du fraisier basé sur son épidémiologie et sur les conditions climatiques du Québec. Les nouvelles connaissances permettront de mieux définir les fenêtres d'application de fongicides, ce qui pourrait permettre de réduire l'utilisation de ceux-ci en diminuant le nombre total d'applications, et par le fait même, les impacts économiques et environnementaux associés à la lutte contre cette maladie.

Les aliments fonctionnels renfermant des souches probiotiques de bifidobactéries sont conçus et intégrés à l'alimentation humaine afin de nous faire profiter de leurs effets bénéfiques. Pour l'instant, peu d'aliments probiotiques sont réalisés avec des souches de Bifidobacterium longum, une espèce endogène au microbiote intestinal chez l'enfant et l'adulte. Dans cette étude, trois méthodes moléculaires, dont une ciblant le génome et les deux autres le transcriptome, ont été élaborées et appliquées à B. longum CRC 002. Deux aspects technologiques, soit les mécanismes de protection des protéines dans un environnement acide et les mécanismes impliqués dans la production d'exopolysaccharides (EPS) de la souche CRC 002, ont été étudiés. Il en découle, dans un premier temps, que l'augmentation de la transcription du gène dnaK serait nécessaire pour la protection de B. longum. Dans un deuxième temps, un niveau de transcription élevé de la phosphoglycosyltransférase et des gènes impliqués dans la voie de Leloir expliquerait l'augmentation de la production d'EPS chez CRC 002. D'une meilleure compréhension de ces mécanismes, nous l'espérons, résultera le développement et l'utilisation adéquate des souches de B. longum dans les produits alimentaires

Les systèmes de cultures intercalaires (SCI), qui combinent des plantes agricoles et des rangées d' arbres largement espacées les unes des autres, offrent de multiples bénéfices économiques et environnementaux, dans la mesure où les interactions arbre-culture sont bien maîtrisées. L'adoption à grande échelle de ces systèmes au Québec est cependant loin d'être acquise. Cette thèse visait à valider le potentiel des SCI pour le Québec, en accordant une attention particulière à la productivité de la culture intercalaire et des arbres, aux facteurs environnementaux qui la conditionnent et aux façons de l' optimiser. Les effets de différents clones de peupliers hybrides (PH) sur le rendement du soya ont été analysés. Un faible rendement du soya a été observé à l' interface PH-soya en situation de forte densité d' arbres et de concurrence pour la lumière. La floraison et la formation des gousses se sont avérées plus sensibles à l'ombrage des arbres que le remplissage des grains. Suite à une éclaircie des PH, le rendement du soya était toutefois plus régulier dans l' allée. Les résultats suggèrent que la concurrence pour la lumière peut être maîtrisée en optant pour des clones de PH qui minimisent l'ombrage et en favorisant de larges espacements des arbres sur les rangées et entre elles. Différents indices de qualité du sol ont aussi été évalués, dans un SCI avec soya et dans une plantation d'arbres sans culture intercalaire. À certaines dates, la disponibilité de l' azote et la biomasse microbienne étaient supérieures dans le traitement avec soya. On y a aussi observé un plus fort accroissement de la biomasse aérienne des PH, lesquels ont été plus efficaces à utiliser l' azote minéralisé. La qualité du sol à la base des PH, sous le paillis en polyéthylène, était inférieure à celle observée dans l' allée, contrairement à ce qui a été observé dans d'autres études portant sur des SCI sans paillis. Enfin, les effets de la culture intercalaire sur la croissance et le statut nutritif de différents clones de PH ont été quantifiés dans différents SCI. Globalement, la croissance des PH dans le traitement de culture intercalaire était supérieure à celle observée dans le traitement sans culture intercalaire. Les différents clones ont répondu de façon similaire aux traitements. L' azote s' est avéré limitant pour la croissance des PH. Les résultats suggèrent que les PH ont bénéficié de la régie des cultures intercalaires. En plus de démontrer le potentiel des SCI pour intensifier la production de bois en milieu agricole, cette étude indique que les premiers stades de l'association arbre-culture peuvent offrir une grande efficacité au plan de l' utilisation des ressources biophysiques.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2008-2009 / Dans cette étude, nous avons comparé le potentiel de lutte biologique et le développement de quatre espèces du genre Pseudozyma {P. antárctica, P. flocculosa, P. fusiformata et P. rugulosa), reconnues pour leur production de glycolipides aux propriétés antifongiques in vitro. Pour ce faire, nous avons d'abord généré des transformants GFP et conçu des amorces spécifiques pour chacune des espèces testées. Par la suite, nous avons pu observer ces espèces en conditions naturelles et quantifier leurs populations en temps réel, sur des feuilles saines et infectées par le blanc. Bien que Pseudozyma spp. présentent plusieurs caractéristiques similaires, seulement P. flocculosa a été en mesure de contrôler efficacement le blanc et de croître en sa présence, comme en témoigne l'augmentation constante de sa population, tel qu'observée en qRT-PCR. De tels résultats suggèrent ainsi que la production de glycolipides n'est pas le seul facteur définissant l'activité antagoniste de Pseudozyma spp. en conditions naturelles. De plus, ces résultats soulignent également la nécessité d'avoir recours à des tests in situ pour une juste évaluation du potentiel de lutte biologique d'un champignon ainsi qu'une compréhension exhaustive de son écologie, et ce toujours dans le but d'optimiser l'efficacité d'un agent de lutte biologique potentiel

La technique de récolte de tourbe la plus utilisée au Canada est celle de l'aspiration. Cette technique extensive engendre des impacts majeurs sur l'environnement. Depuis 4 ans, une nouvelle technique de récolte est à l'essai. La technique de récolte mécanique par tranchée vise l'extraction de la tourbe par bloc tout en conservant la végétation de surface pour une restauration simultanée à la récolte. Ce projet permettra d'évaluer si cette technique exercera moins de changement sur la chimie de l'eau des cours d'eau récepteurs et sur la restauration du couvert végétal après extraction de la tourbe. Afin d'y parvenir, des inventaires de végétation, des mesures de décomposition de la tourbe et de productivité de l'écosystème ainsi que des analyses d'eau provenant de la tourbière de Pointe-Lebel ont été réalisés avant et après les essais de la technique de récolte mécanique par tranchée. La récolte mécanique par tranchée présente plusieurs avantages face à l'aspiration. Elle permet l'installation d'un couvert végétal typique d'une tourbière ombrotrophe plus rapidement et entraîne moins d'impacts sur la qualité de l'eau issue de la tourbière. Somme toute, la récolte mécanique par tranchée est une technique très prometteuse.

Ce projet de recherche vise à proposer aux producteurs en serre un nouveau type de substrat organique respectueux de l'environnement et plus économique que la laine de roche. Plus spécifiquement, il consiste dans un premier temps à évaluer la phytotoxicité de plusieurs substrats organiques composés de différentes essences forestières puis de valider à l'échelle commerciale la performance agronomique de deux de ces substrats organiques à base de bran de scie (Picea glauca). L'effet de trois milieux de culture (laine de roche, bran de scie et bran de scie amendé de fibre de bois) sur la croissance, le rendement et la qualité de la tomate de serre a été évalué lors de deux saisons de culture. Les résultats n'ont démontré aucune phytotoxicité des essences forestières étudiées chez la tomate alors que pour le concombre et le poivron, seuls Picea glauca, Picea mariana et Abies balsamea ne présentent aucune phytotoxicité. L'utilisation du bran de scie comme milieu de culture organique pour la tomate de serre est avantageuse d'un point de vue économique puisque nous avons observé un taux de croissance similaire et une productivité équivalente aux plantes cultivées en laine de roche.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2007-2008. / Les acides gras trans (AGT) sont formés lors d'un processus industriel d'hydrogénation des huiles végétales insaturées, mais aussi de façon naturelle par les bactéries présentes dans le rumen des ruminants. Alors que la consommation d'AGT d'origine industrielle a été associée à une augmentation du risque de maladies cardiovasculaires (MCV), les effets de la consommation d'AGT d'origine naturelle demeurent inconnus. L'objectif de ce mémoire de maîtrise est de mieux comprendre les effets de la consommation d'AGT de source naturelle sur les facteurs de risque de MCV. L'objectif de l'étude était de comparer les effets de différentes quantités d'AGT naturels et industriels sur les lipoprotéines plasmatiques chez l'humain. Les résultats de cette étude suggèrent que la consommation d'AGT naturels pourrait avoir des effets néfastes sur le profil lipidique, mais que des apports correspondant à la limite maximale pouvant être consommée par la population semblent avoir des effets neutres sur les lipoprotéines plasmatiques

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2008-2009 / La biodiversité des clostridies dans l'écosystème laitier a été étudiée par une approche moléculaire (PCR-DGGE). combinée à des méthodes classiques (dénombrements et analyses chimiques). L'ADN des clostridies s'est avéré être très présent et diversifié sur la ferme. La diversité et la composition taxonomique des communautés ont varié selon les environnements. Tous les ribotypes détectés dans le lait ont également été retrouvés dans un autre environnement. Il apparaît que les facteurs extrinsèques et agronomiques examinés dans cette étude ont contribué à la définition taxonomique d'un réservoir de clostridies. propre à chaque ferme, et dont une partie seulement a été transférée au lait. L'accès des clostridies au lait était limité par des barrières sanitaires et il est apparu que les clostridies devaient posséder certains attributs particuliers pour atteindre le lait et y survivre. L'espèce Clostridium tyrobutyricum a été détectée dans tous les environnements examinés, mais sa distribution a varié selon la ferme. Sa présence dans le lait n'était pas toujours corrélée à sa détection dans l'ensilage.

Peu d’études ont porté sur le rhizome du bleuet nain et les effets des pratiques culturales sur ce dernier sont inconnus. Trois expériences ont été réalisées. La première visait à vérifier l’influence d’une fertilisation sur le rhizome et son développement en fonction de l’âge de la bleuetière et de l’étape du cycle de culture (végétation ou récolte) à quatre moments au cours de la saison. Les deux autres ont permis d’examiner l’impact du sectionnement des rhizomes et d’une taille effectuée à différentes hauteurs en bleuetières récemment aménagées. La fertilisation a favorisé le développement de nouveaux rhizomes et la formation d’un plus grand nombre de bourgeons, mais n’a pas influencé leurs teneurs en sucres. Le sectionnement a activé un grand nombre de bourgeons et le potentiel de régénération des segments est lié à leur diamètre et leur longueur. Une taille à moins de 1 cm du sol a stimulé davantage la formation de tiges à partir du rhizome. / There have been very few studies on the rhizome of the lowbush blueberry, and as such, the effects of cultural practices on that specific rhizome are unknown. Three experiments have been conducted. The first one dealt with the effects of fertilization on the rhizome and its development depending on the age of the blueberry field and the cultural cycle phase (vegetation or harvest) at four different times during the season. The second and the third experiments dealt with the impact of rhizome severing and stem pruning at different heights in newly planned blueberry fields and their density. Fertilization fostered the development of new rhizomes with a higher number of buds, but did not change their sugar content. The severing stimulated a lot of buds, and it was noticed that the segments’ regeneration potential was linked to their diameter and length. Pruning at less than 1 cm from the ground boosted stemming from the rhizome.