Le Cheddar est le fromage le plus consommé au Canada. Sa fabrication résulte de l'action coordonnée de facteurs technologiques et microbiologiques. Ces derniers sont souvent les plus difficiles à contrôler. Ils comprennent l'action du ferment et le développement de bactéries lactiques de la flore secondaire (NSLAB). Les NSLAB ne sont pas ajoutées volontairement au fromage et leurs rôles durant l'affinage ne sont pas bien définis. Ce projet exemplifie l'utilisation de la métagénomique, nouvelle science permettant d'analyser simultanément les génomes de tous les microorganismes d'une niche écologique donnée, pour obtenir de l'information sur la communauté microbienne du fromage et le rôle de chaque microorganisme dans le Cheddar. L'optimisation de la méthode ±substrate-induced gene expression screening¿ (SIGEX), afin d'identifier des opérons cataboliques induits par le citrate et la methionine, est décrite. Cette étude illustre la grande diversité de la flore microbienne du Cheddar et établit plusieurs protocoles nécessaires à l'avancement de la métagénomique dans le fromage.