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Inhibition of Class A and C β-Lactamases: Challenges and Promise

Drawz, Sarah Michel 06 July 2010 (has links)
No description available.
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Caracterização de beta-lactamases de espectro ampliado (ESBLs), genes de resistência aos antimicrobianos e conteúdo plasmidial em cepas de Escherichia coli e Salmonella spp. não tifóides isoladas do ambiente hospitalar e da comunidade / Characterization of extended spectrum Beta-lactamase (ESBLs), antimicrobial resistance genes, and plasmid content in Escherichia coli and Salmonella spp. isolates recovered from hospital and community

Mara Lucia Penna Queiroz 31 May 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Enterobactérias produtoras de ESBLs são descritas tanto no ambiente hospitalar quanto na comunidade em todo o mundo. No Brasil, esses microrganismos também têm emergido como uma causa importante de infecções, sendo as enzimas CTX-M as prevalentes. O objetivo deste estudo foi analisar diferentes aspectos genotípicos relacionados à expressão da resistência aos antimicrobianos em cepas Escherichia coli e de Salmonella spp, tais como: a diversidade de ESBLs, os genes de resistência aos antimicrobianos e o conteúdo plasmidial. Os aspectos epidemiológicos das cepas produtoras de ESBLs também foram investigados. Foram estudadas 88 cepas de enterobactérias, sendo 43 E. coli e 45 cepas de Salmonella spp., de origem hospitalar e da comunidade (principalmente alimentos), isoladas na cidade do Rio de Janeiro. A expressão de ESBL foi observada em sete cepas de E. coli (7/43, 16,3%) e em uma cepa de Salmonella Typhimurium (1/45, 2,3%) e as enzimas foram identificadas como variantes de CTX-M e SHV-5, respectivamente. Entre as cepas de E. coli, a enzima CTX-M-2 foi a mais frequente (n = 4), sendo detectada em cepas isoladas de swab retal de pacientes hospitalizados, enquanto as enzimas CTX-M-59 (uma variante de CTX-M) (n = 1) e CTX-M-9 (n = 2) foram identificadas em cepas isoladas a partir de espécimes clínicos. Salmonella Typhimurium produtora de SHV-5 foi isolada do ambiente hospitalar (fórmula infantil). As cepas de E. coli produtoras das enzimas CTX-M pertenceram a grupos filogenéticos (A, B1, D) e STs (ST34, ST69, ST101) diferentes, sendo os genes blaCTX-M identificados em plasmídeos com tipo de replicon IncA/C de cerca de 150 kb (blaCTX-M-2, blaCTX-M-9, blaCTX-M-59) ou 80 kb (blaCTX-M-2). A cepa de S. Typhimurium produtora de SHV-5 pertenceu a um único clone (A-ST19) e o gene blaSHV-5 foi identificado em plasmídeo com o replicon IncL/M com aproximadamente 55Kb. Foi identificado pela primeira vez no Brasil o ST313 em um clone de S. Typhimurium (D-ST313), comumente associado com doenças invasivas severas, particulamente no continente africano. Genes que codificam para a resistência aos antimicrobianos não-beta-lactâmicos e integrons classe 1 foram identificados entre as cepas de E. coli e de Salmonella spp. multirresistentes produtoras ou não de ESBLs. Em conclusão: i) nossos resultados referentes à E. coli confirmaram a disseminação de enzimas CTX-M (principalmente variantes do grupo CTX-M-2) desde, pelo menos, o ano de 2000, em hospitais no Rio de Janeiro; demonstraram a implicação dos plasmídeos IncA/C na disseminação de genes blaCTX-M; indicaram a possível evolução intra-plasmídeo de blaCTX-M-59 a partir de blaCTX-M-2; a observação da diversidade e multiplicidade de plasmídeos poderiam fornecer plataformas genéticas para a dispersão de diferentes genes e/ou elementos de resistência aos antimicrobianos; ii) em relação à Salmonella spp. este estudo descreveu, pela primeira vez, o isolamento, a partir de fórmula infantil, de uma cepa de S. Typhimurium produtora de ESBL; foi demonstrada a associação do gene blaSHV-5 com plasmídeo do tipo IncL/M, que é considerado epidêmico; foi identificado o clone D-ST313 de S. Typhimurium, que está associado a doenças invasivas severas no continente africano, que reuniu cepas isoladas exclusivamente do ambiente hospitalar. / ESBL-producing Enterobacteriaceae have been described in hospitals and in the community worldwide. In Brazil, ESBL-producing Enterobacteriaceae have also emerged as an important cause of infections, being CTX-M enzymes the most prevalent ESBLs. The objective of this study was to analyze different genotypic aspects related to expression of antimicrobial resistance in isolates of Escherichia coli and Salmonella spp., such as: diversity of ESBLs, antibiotic resistance genes and plasmid content. Epidemiological features of ESBL-producing isolates were also investigated. We studied 88 isolates of enterobacteria, 43 E. coli and 45 Salmonella serotypes of hospital and community (mainly food) origin, isolated in the city of Rio de Janeiro. ESBL expression was observed in seven E. coli isolates (7/43; 16,3%) and in one Salmonella Typhimurium (1/45; 2,3%) and the enzymes identified as CTX-M variants and SHV-5, respectively. Among the E. coli isolates, CTX-M-2 was the most frequent (n=4), being detected in isolates recovered from rectal swabs of hospitalized patients, whereas CTX-M-59 (a CTX-M-2-variant) (n=1) and CTX-M-9 (n=2) were identified in E. coli isolated from clinical specimens. SHV-5-producing S. Typhimurium was isolated from the hospital environment (infant formula). CTX-M-producing E. coli belonged to different phylogenetic groups (A, B1, D) and STs (ST34, ST69, ST101), being blaCTX-M genes were identified in IncA/C plasmids of approximately 150 kb (blaCTX-M-2, blaCTX-M-9, blaCTX-M-59) or 80 kb (blaCTX-M-2). SHV-5-producing S. Typhimurium belonged to a single clone (A-ST19) and blaSHV-5 gene was identified in IncL/M plasmids of approximately 55Kb. This study first described in Brazil the isolation of S. Typhimurium belonging to ST313 commonly associated with severe invasive diseases, particularly in Africa. Genes encoding resistance to non-beta-lactams and class 1 integrons were found among ESBL-producers and non-ESBL-producing multidrug-resistant E. coli and Salmonella spp. In conclusion: i) our results related to E. coli confirmed the dissemination of CTX-M-enzymes (especially CTX-M-2-variants) since, at least, the beginning of the last decade in Rio de Janeiro clinical settings; demonstrated the implication of IncA/C plasmids in the spread of blaCTX-M genes; indicated the possible intra-plasmid evolution of blaCTX-M-59 from blaCTX-M-2; observation of the diversity and multiplicity of plasmids would provide genetic platforms for spread of different antibiotic resistance genes and/or elements; ii) in relation to Salmonella spp. this study described for the first time, the isolation, from infant formula, ESBL- producing S. Typhimurium; has been demonstrated the association of blaSHV-5 to plasmids belonging to IncL/M group, that can be considered epidemic plasmids; was identified D-ST313 clone in S. Typhimurium, commonly associated with severe invasive diseases, particularly in Africa, among isolates recovered exclusively from hospital.
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Caracterização de beta-lactamases de espectro ampliado (ESBLs), genes de resistência aos antimicrobianos e conteúdo plasmidial em cepas de Escherichia coli e Salmonella spp. não tifóides isoladas do ambiente hospitalar e da comunidade / Characterization of extended spectrum Beta-lactamase (ESBLs), antimicrobial resistance genes, and plasmid content in Escherichia coli and Salmonella spp. isolates recovered from hospital and community

Mara Lucia Penna Queiroz 31 May 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Enterobactérias produtoras de ESBLs são descritas tanto no ambiente hospitalar quanto na comunidade em todo o mundo. No Brasil, esses microrganismos também têm emergido como uma causa importante de infecções, sendo as enzimas CTX-M as prevalentes. O objetivo deste estudo foi analisar diferentes aspectos genotípicos relacionados à expressão da resistência aos antimicrobianos em cepas Escherichia coli e de Salmonella spp, tais como: a diversidade de ESBLs, os genes de resistência aos antimicrobianos e o conteúdo plasmidial. Os aspectos epidemiológicos das cepas produtoras de ESBLs também foram investigados. Foram estudadas 88 cepas de enterobactérias, sendo 43 E. coli e 45 cepas de Salmonella spp., de origem hospitalar e da comunidade (principalmente alimentos), isoladas na cidade do Rio de Janeiro. A expressão de ESBL foi observada em sete cepas de E. coli (7/43, 16,3%) e em uma cepa de Salmonella Typhimurium (1/45, 2,3%) e as enzimas foram identificadas como variantes de CTX-M e SHV-5, respectivamente. Entre as cepas de E. coli, a enzima CTX-M-2 foi a mais frequente (n = 4), sendo detectada em cepas isoladas de swab retal de pacientes hospitalizados, enquanto as enzimas CTX-M-59 (uma variante de CTX-M) (n = 1) e CTX-M-9 (n = 2) foram identificadas em cepas isoladas a partir de espécimes clínicos. Salmonella Typhimurium produtora de SHV-5 foi isolada do ambiente hospitalar (fórmula infantil). As cepas de E. coli produtoras das enzimas CTX-M pertenceram a grupos filogenéticos (A, B1, D) e STs (ST34, ST69, ST101) diferentes, sendo os genes blaCTX-M identificados em plasmídeos com tipo de replicon IncA/C de cerca de 150 kb (blaCTX-M-2, blaCTX-M-9, blaCTX-M-59) ou 80 kb (blaCTX-M-2). A cepa de S. Typhimurium produtora de SHV-5 pertenceu a um único clone (A-ST19) e o gene blaSHV-5 foi identificado em plasmídeo com o replicon IncL/M com aproximadamente 55Kb. Foi identificado pela primeira vez no Brasil o ST313 em um clone de S. Typhimurium (D-ST313), comumente associado com doenças invasivas severas, particulamente no continente africano. Genes que codificam para a resistência aos antimicrobianos não-beta-lactâmicos e integrons classe 1 foram identificados entre as cepas de E. coli e de Salmonella spp. multirresistentes produtoras ou não de ESBLs. Em conclusão: i) nossos resultados referentes à E. coli confirmaram a disseminação de enzimas CTX-M (principalmente variantes do grupo CTX-M-2) desde, pelo menos, o ano de 2000, em hospitais no Rio de Janeiro; demonstraram a implicação dos plasmídeos IncA/C na disseminação de genes blaCTX-M; indicaram a possível evolução intra-plasmídeo de blaCTX-M-59 a partir de blaCTX-M-2; a observação da diversidade e multiplicidade de plasmídeos poderiam fornecer plataformas genéticas para a dispersão de diferentes genes e/ou elementos de resistência aos antimicrobianos; ii) em relação à Salmonella spp. este estudo descreveu, pela primeira vez, o isolamento, a partir de fórmula infantil, de uma cepa de S. Typhimurium produtora de ESBL; foi demonstrada a associação do gene blaSHV-5 com plasmídeo do tipo IncL/M, que é considerado epidêmico; foi identificado o clone D-ST313 de S. Typhimurium, que está associado a doenças invasivas severas no continente africano, que reuniu cepas isoladas exclusivamente do ambiente hospitalar. / ESBL-producing Enterobacteriaceae have been described in hospitals and in the community worldwide. In Brazil, ESBL-producing Enterobacteriaceae have also emerged as an important cause of infections, being CTX-M enzymes the most prevalent ESBLs. The objective of this study was to analyze different genotypic aspects related to expression of antimicrobial resistance in isolates of Escherichia coli and Salmonella spp., such as: diversity of ESBLs, antibiotic resistance genes and plasmid content. Epidemiological features of ESBL-producing isolates were also investigated. We studied 88 isolates of enterobacteria, 43 E. coli and 45 Salmonella serotypes of hospital and community (mainly food) origin, isolated in the city of Rio de Janeiro. ESBL expression was observed in seven E. coli isolates (7/43; 16,3%) and in one Salmonella Typhimurium (1/45; 2,3%) and the enzymes identified as CTX-M variants and SHV-5, respectively. Among the E. coli isolates, CTX-M-2 was the most frequent (n=4), being detected in isolates recovered from rectal swabs of hospitalized patients, whereas CTX-M-59 (a CTX-M-2-variant) (n=1) and CTX-M-9 (n=2) were identified in E. coli isolated from clinical specimens. SHV-5-producing S. Typhimurium was isolated from the hospital environment (infant formula). CTX-M-producing E. coli belonged to different phylogenetic groups (A, B1, D) and STs (ST34, ST69, ST101), being blaCTX-M genes were identified in IncA/C plasmids of approximately 150 kb (blaCTX-M-2, blaCTX-M-9, blaCTX-M-59) or 80 kb (blaCTX-M-2). SHV-5-producing S. Typhimurium belonged to a single clone (A-ST19) and blaSHV-5 gene was identified in IncL/M plasmids of approximately 55Kb. This study first described in Brazil the isolation of S. Typhimurium belonging to ST313 commonly associated with severe invasive diseases, particularly in Africa. Genes encoding resistance to non-beta-lactams and class 1 integrons were found among ESBL-producers and non-ESBL-producing multidrug-resistant E. coli and Salmonella spp. In conclusion: i) our results related to E. coli confirmed the dissemination of CTX-M-enzymes (especially CTX-M-2-variants) since, at least, the beginning of the last decade in Rio de Janeiro clinical settings; demonstrated the implication of IncA/C plasmids in the spread of blaCTX-M genes; indicated the possible intra-plasmid evolution of blaCTX-M-59 from blaCTX-M-2; observation of the diversity and multiplicity of plasmids would provide genetic platforms for spread of different antibiotic resistance genes and/or elements; ii) in relation to Salmonella spp. this study described for the first time, the isolation, from infant formula, ESBL- producing S. Typhimurium; has been demonstrated the association of blaSHV-5 to plasmids belonging to IncL/M group, that can be considered epidemic plasmids; was identified D-ST313 clone in S. Typhimurium, commonly associated with severe invasive diseases, particularly in Africa, among isolates recovered exclusively from hospital.
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Concepção e estudo de uma unidade compacta para tratamento preliminar de esgoto sanitário composta por separador hidrodinâmico por vórtice e grade fina de fluxo tangencial / Designing and study of a compact unit for sewage preliminary treatment made up of a hydrodynamic vortex separator and a tangential flux fine screen

Prado, Gustavo Silva do 15 September 2006 (has links)
Atualmente, existe uma tendência entre os projetistas brasileiros de valorizar a etapa de tratamento preliminar em projetos de novas estações de tratamento de esgoto (ETE). Neste ensejo foi concebido, construído e estudado um protótipo, em escala plena, de uma unidade composta de separador hidrodinâmico por vórtice (SHV) – empregado como desarenador – e grade fina cilíndrica de fluxo tangencial. Estudos acerca da hidrodinâmica da unidade, fundamentados em ensaios de estímulo-resposta com traçador (sal de cozinha) e simulações computacionais do padrão de escoamento em software de dinâmica dos fluidos computacional, demonstrou que ao se operar a unidade com taxas de aplicação superficial (TAS) de 764 'M POT.3'/'M POT.2'd; 1.146 'M POT.3'/'M POT.2'd e 1.528 'M POT.3'/'M POT.2'd o regime de macro-mistura do padrão de escoamento que se desenvolve no SHV aproximou-se do plug-flow, porém com certo grau de mistura que diminuiu com o aumento da TAS. Nesta pesquisa, foram desenvolvidos dois métodos um para determinação da concentração de areia no esgoto sanitário e outro para determinação da distribuição granulométrica dos grãos dessa areia. Ambos foram empregados na avaliação de desempenho da unidade de tratamento preliminar desenvolvida, que foi realizada na estação elevatória de ETE Jardim das Flores do município de Rio Claro, SP. Durante esta fase da pesquisa, o SHV demonstrou enorme potencialidade na remoção de areia para as TAS de 764 'M POT.3'/'M POT.2'd; 1.146 'M POT.3'/'M POT.2'd e 1.528 'M POT.3'/'M POT.2'd, porquanto, além de não remover significativamente matéria orgânica particulada (medida em termos de concentração de sólidos suspensos voláteis) presentes no esgoto sanitário, a unidade atingiu eficiências de remoção de grãos de areia de tamanho maior ou igual a 200 'mü'm entre 85% e 95%. Entretanto, a grade fina cilíndrica de fluxo tangencial (auto-limpante) revelou-se inviável. / Currently, there is a trend among the brazilian designers of valorizing the preliminary treatment in recently designed wastewater treatment plants (WWTP). In this context, a full scale prototype of a unit made up of a hydrodynamic vortex separator (HVS) – applied as a degritter – and a tangential flux fine screening was designed, built and evaluated. Research about the hydrodynamic of the prototype, based on stimulus-response essays with a salt tracer (sodium chloride) and computational simulations of the flow pattern using the computational fluid dynamic (CFD) software, showed that the macro mixture regime of the flow was similar to a plug-flow when the unit was operated with superficial loading rates (SLR) of 746 'M POT.3'/'M POT.2'd; 1.146 'M POT.3'/'M POT.2'd and 1.528 'M POT.3'/'M POT.2'd, however, the flow presented a certain mixture degree that reduced with the SLR increase. In this research, two methods were developed: one for the determination of grit concentration in sewage and another one for the assessment of grit grading. Both methods were used on the evaluation of the HVS prototype efficiency, which was carried out at Jardim das Flores WWT, in the city of Rio Claro, SP. During this phase of the research, the HVS presented a great potential for grit removal when the SLR of 746 'M POT.3'/'M POT.2'd; 1.146 'M POT.3'/'M POT.2'd and 1.528 'M POT.3'/'M POT.2'd were applied; for the reason that, besides not significantly removing the particulate organic matter present in sewage (measured as volatile suspended solids), the unit achieved grit removal efficiencies in the range of 85% to 95% for grit equal to or large than 200 'mü'm. However, the tangential flux cylindrical fine screening (self cleaning) did not reveal feasibility.
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Concepção e estudo de uma unidade compacta para tratamento preliminar de esgoto sanitário composta por separador hidrodinâmico por vórtice e grade fina de fluxo tangencial / Designing and study of a compact unit for sewage preliminary treatment made up of a hydrodynamic vortex separator and a tangential flux fine screen

Gustavo Silva do Prado 15 September 2006 (has links)
Atualmente, existe uma tendência entre os projetistas brasileiros de valorizar a etapa de tratamento preliminar em projetos de novas estações de tratamento de esgoto (ETE). Neste ensejo foi concebido, construído e estudado um protótipo, em escala plena, de uma unidade composta de separador hidrodinâmico por vórtice (SHV) – empregado como desarenador – e grade fina cilíndrica de fluxo tangencial. Estudos acerca da hidrodinâmica da unidade, fundamentados em ensaios de estímulo-resposta com traçador (sal de cozinha) e simulações computacionais do padrão de escoamento em software de dinâmica dos fluidos computacional, demonstrou que ao se operar a unidade com taxas de aplicação superficial (TAS) de 764 'M POT.3'/'M POT.2'd; 1.146 'M POT.3'/'M POT.2'd e 1.528 'M POT.3'/'M POT.2'd o regime de macro-mistura do padrão de escoamento que se desenvolve no SHV aproximou-se do plug-flow, porém com certo grau de mistura que diminuiu com o aumento da TAS. Nesta pesquisa, foram desenvolvidos dois métodos um para determinação da concentração de areia no esgoto sanitário e outro para determinação da distribuição granulométrica dos grãos dessa areia. Ambos foram empregados na avaliação de desempenho da unidade de tratamento preliminar desenvolvida, que foi realizada na estação elevatória de ETE Jardim das Flores do município de Rio Claro, SP. Durante esta fase da pesquisa, o SHV demonstrou enorme potencialidade na remoção de areia para as TAS de 764 'M POT.3'/'M POT.2'd; 1.146 'M POT.3'/'M POT.2'd e 1.528 'M POT.3'/'M POT.2'd, porquanto, além de não remover significativamente matéria orgânica particulada (medida em termos de concentração de sólidos suspensos voláteis) presentes no esgoto sanitário, a unidade atingiu eficiências de remoção de grãos de areia de tamanho maior ou igual a 200 'mü'm entre 85% e 95%. Entretanto, a grade fina cilíndrica de fluxo tangencial (auto-limpante) revelou-se inviável. / Currently, there is a trend among the brazilian designers of valorizing the preliminary treatment in recently designed wastewater treatment plants (WWTP). In this context, a full scale prototype of a unit made up of a hydrodynamic vortex separator (HVS) – applied as a degritter – and a tangential flux fine screening was designed, built and evaluated. Research about the hydrodynamic of the prototype, based on stimulus-response essays with a salt tracer (sodium chloride) and computational simulations of the flow pattern using the computational fluid dynamic (CFD) software, showed that the macro mixture regime of the flow was similar to a plug-flow when the unit was operated with superficial loading rates (SLR) of 746 'M POT.3'/'M POT.2'd; 1.146 'M POT.3'/'M POT.2'd and 1.528 'M POT.3'/'M POT.2'd, however, the flow presented a certain mixture degree that reduced with the SLR increase. In this research, two methods were developed: one for the determination of grit concentration in sewage and another one for the assessment of grit grading. Both methods were used on the evaluation of the HVS prototype efficiency, which was carried out at Jardim das Flores WWT, in the city of Rio Claro, SP. During this phase of the research, the HVS presented a great potential for grit removal when the SLR of 746 'M POT.3'/'M POT.2'd; 1.146 'M POT.3'/'M POT.2'd and 1.528 'M POT.3'/'M POT.2'd were applied; for the reason that, besides not significantly removing the particulate organic matter present in sewage (measured as volatile suspended solids), the unit achieved grit removal efficiencies in the range of 85% to 95% for grit equal to or large than 200 'mü'm. However, the tangential flux cylindrical fine screening (self cleaning) did not reveal feasibility.

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