Estudios en distintos ambientes, como el marino o el hipersalino, han demostrado que la combinación de metodologías y la integración de resultados tienen el potencial de aportar nueva información que las técnicas no pueden proveer de manera individual. En esta tesis se han utilizado tres cepas de S. ruber utilizadas para la descripción de la especie para el aislamiento de virus. Un total de 8 virus de aguas de diferentes ambientes hipersalinos se han aislado y seleccionado para realizar una descripción fenotípica, genética y ecogenómica en profundidad. La descripción se ha combinado con un estudio mediante metagenómica vírica dirigida para obtener información acerca de la dinámica poblacional de los virus de S. ruber. Para ahondar en el estudio de la virosfera de Haloquadratum hemos usado diferentes estrategias combinando metodologías dependientes e independientes cultivo. Se realizó un experimento de metagenómica dirigida mediante la incubación de los virus de una muestra de agua hipersalina con dos cepas de Hqr. walsbyi. El metaviroma obtenido se estudió mediante ensamblaje de secuencias y se utilizó para hibridación con un microarray vírico previamente construido. Los genomas halovíricos con señal positiva a la hibridación fueron también analizados y sus secuencias sirvieron como plantilla para la realización de experimentos de phageFISH, en un trabajo independiente a esta tesis, que confirmó su hospedador. Por último se combinó la técnica de single-cell genomics con la hibridación en virochips para detectar células de Haloquadratum infectadas. / Tesis financiada por los proyectos del Plan Nacional CGL2012-39627-C03-01 y CGL2015-66686-C3-3-P, del Ministerio de Economía y Competitividad.