A detecção é um fator que afeta a magnitude estimada de fauna atropelada, informação relevante nos estudos e trabalhos de biologia da conservação. Em rodovias, a estimativa da detecção é afetada por diferentes elementos, como os tipos de pavimento; os atributos das carcaças; as particularidades dos diferentes observadores e o método utilizado para aferição. Nosso trabalho avalia essas questões, especifica o esforço amostral e corrige a estimativa de fauna atropelada em relação à detecção. Encontramos diferença na estimativa de detecção entre os diferentes pavimentos; entre as carcaças similares e contrastantes ao substrato; entre os diferentes observadores e verificamos que através do monitoramento a pé não se detecta a totalidade das carcaças. Esses resultados e a estimativa de fauna atropelada corrigida comprovam a importância da aferição da detecção antes e depois da pavimentação das rodovias, através de método experimental. Sendo que o experimento deve contemplar a implantação de diferentes carcaças e ser realizado pelas equipes que participaram dos monitoramentos de fauna. / Detection is a factor that affects the estimated magnitude of the roadkill and is relevant information in biological conservation studies. In roads, the detection estimation is affected by many factors, such as type of paving, the carcasses traits, the particularities of different observers and the method used for measurement. Our study evaluates these questions, specify the sample effort and correct the roadkill magnitude in relation to detection. We found differences in the estimation of detection between the different kinds of paving, between carcasses similar to the paving and between those contrasting to the substrate. We also found differences between different observers and thus monitoring by walking does not detect all carcasses. These results and the roadkill magnitude corrected demonstrate the importance of the standardization of the detection before and after the paving of roads, via experimental methods. However, the experiment should include the implementation of different substrates and should be carried out by the teams that have already participated in the monitoring of fauna.

A detecção é um fator que afeta a magnitude estimada de fauna atropelada, informação relevante nos estudos e trabalhos de biologia da conservação. Em rodovias, a estimativa da detecção é afetada por diferentes elementos, como os tipos de pavimento; os atributos das carcaças; as particularidades dos diferentes observadores e o método utilizado para aferição. Nosso trabalho avalia essas questões, especifica o esforço amostral e corrige a estimativa de fauna atropelada em relação à detecção. Encontramos diferença na estimativa de detecção entre os diferentes pavimentos; entre as carcaças similares e contrastantes ao substrato; entre os diferentes observadores e verificamos que através do monitoramento a pé não se detecta a totalidade das carcaças. Esses resultados e a estimativa de fauna atropelada corrigida comprovam a importância da aferição da detecção antes e depois da pavimentação das rodovias, através de método experimental. Sendo que o experimento deve contemplar a implantação de diferentes carcaças e ser realizado pelas equipes que participaram dos monitoramentos de fauna. / Detection is a factor that affects the estimated magnitude of the roadkill and is relevant information in biological conservation studies. In roads, the detection estimation is affected by many factors, such as type of paving, the carcasses traits, the particularities of different observers and the method used for measurement. Our study evaluates these questions, specify the sample effort and correct the roadkill magnitude in relation to detection. We found differences in the estimation of detection between the different kinds of paving, between carcasses similar to the paving and between those contrasting to the substrate. We also found differences between different observers and thus monitoring by walking does not detect all carcasses. These results and the roadkill magnitude corrected demonstrate the importance of the standardization of the detection before and after the paving of roads, via experimental methods. However, the experiment should include the implementation of different substrates and should be carried out by the teams that have already participated in the monitoring of fauna.

A detecção é um fator que afeta a magnitude estimada de fauna atropelada, informação relevante nos estudos e trabalhos de biologia da conservação. Em rodovias, a estimativa da detecção é afetada por diferentes elementos, como os tipos de pavimento; os atributos das carcaças; as particularidades dos diferentes observadores e o método utilizado para aferição. Nosso trabalho avalia essas questões, especifica o esforço amostral e corrige a estimativa de fauna atropelada em relação à detecção. Encontramos diferença na estimativa de detecção entre os diferentes pavimentos; entre as carcaças similares e contrastantes ao substrato; entre os diferentes observadores e verificamos que através do monitoramento a pé não se detecta a totalidade das carcaças. Esses resultados e a estimativa de fauna atropelada corrigida comprovam a importância da aferição da detecção antes e depois da pavimentação das rodovias, através de método experimental. Sendo que o experimento deve contemplar a implantação de diferentes carcaças e ser realizado pelas equipes que participaram dos monitoramentos de fauna. / Detection is a factor that affects the estimated magnitude of the roadkill and is relevant information in biological conservation studies. In roads, the detection estimation is affected by many factors, such as type of paving, the carcasses traits, the particularities of different observers and the method used for measurement. Our study evaluates these questions, specify the sample effort and correct the roadkill magnitude in relation to detection. We found differences in the estimation of detection between the different kinds of paving, between carcasses similar to the paving and between those contrasting to the substrate. We also found differences between different observers and thus monitoring by walking does not detect all carcasses. These results and the roadkill magnitude corrected demonstrate the importance of the standardization of the detection before and after the paving of roads, via experimental methods. However, the experiment should include the implementation of different substrates and should be carried out by the teams that have already participated in the monitoring of fauna.

Studies investigating Escherichia coli strain diversity and demographics in human hosts are frequently inconsistent regarding sampling effort and methodology while current strain typing methods are often expensive or laborious. To rectify these inconsistencies, sampling effort was investigated by comparing the diversity of 15-isolate collections to 100-isolate collections from 3 human subjects. Temporal variation in E. coli strain diversity was also studied by collecting 15 isolates once every 6 months. Additionally, strain identification and diversity collected by different sampling methods (fecal swabs vs. anal swabs collected at different times around defecation) were compared to identify any inherent biases in sampling method. This study employed pyroprinting, a new inexpensive and simple strain typing method using pyrosequencing, to generate DNA fingerprints (or pyroprints) based on the Intergenic Transcribed Spacer sequences in the ribosomal RNA operon to differentiate E. coli strains. Differences in strain diversity were apparent when comparing sampling efforts. The sampling effort investigation suggested that certain subjects hosted very large and highly diverse E. coli strain populations such that even 100 isolates may not fully represent E. coli strain populations in human hosts. Instead, the sampling effort required to accurately represent strain demographics may depend on strain richness and evenness within each host. The temporal investigation yielded similar or greater strain abundance and diversity compared to other typing methods in the literature suggesting pyroprinting is a similarly discriminating tool. When agglomerated over time or by subject, no significant differences in diversity were observed between subjects or between sampling methods despite visible differences in strain richness and evenness.

A urbanização é uma das ações antrópicas que mais crescem no mundo atual. Por este motivo pesquisas ecológicas são realizadas nas cidades com o objetivo de reconhecer seus impactos, e as aves são utilizadas como uma das ferramentas para diagnóstico ambiental. Assim, o presente estudo avaliou o método de levantamento de aves por ponto fixo, método amplamente utilizado em estudos com aves em diversos ambientes. Foram analisados três pontos que podem influenciar a amostragem de aves através deste método: 1) o habitat onde o levantamento é realizado, observando a composição dos elementos urbanos existentes na cidade; 2) o intervalo de tempo adotado em cada ponto fixo para a coleta de dados; 3) os fatores potencialmente prejudiciais a observação de aves, tais como o ruído sonoro urbano e a presença de conversas causadas por pessoas curiosas. Com a área de estudo estratificada a partir da quantidade de cobertura arbórea existente nos bairros abrangidos, 90 unidades amostrais foram selecionadas. Nestes, foram quantificados os elementos urbanos presentes, a riqueza, o número de contato de aves, os ruídos sonoros e a presença de conversas. Os resultados demonstraram que a reunião de um número maior de espécies e contatos pode ser favorecida pelas áreas de cobertura arbórea, enquanto áreas construídas e pisos impermeáveis podem prejudicar o número de espécies, sendo o número de contato prejudicado apenas pelas áreas de pisos impermeáveis. O número de espécies observadas não foi significativamente diferente após nove minutos de coleta de dados, entretanto o número de contatos continuou crescendo, demonstrando haver recontagens de indivíduos após este intervalo. A riqueza de espécies foi significativamente diferente entre os dados coletados no período seco e no período chuvoso. Conforme houve a maior presença do ruído sonoro urbano menor foi o número de espécies e contatos obtidos nos pontos. A incidência de conversas ocasionadas por pessoas curiosas foi baixa não prejudicando as coletas de dados. Os resultados encontrados sugerem que: o levantamento de aves no meio urbano através do ponto fixo deve considerar a composição do ambiente, já que a riqueza e o número de contato podem variar de acordo com a presença dos diferentes elementos; sejam adotados intervalos de tempo por ponto não superiores a nove minutos; quando possível diferentes épocas do ano devem ser utilizadas para as coletas de dados, visto que podem ser encontradas diferenças entre as estações; sejam escolhidos locais e momentos para as coletas de dados com baixo ruído sonoro. Por fim, o método de ponto fixo foi considerado eficaz para amostragem de aves urbanas, desde que tais cuidados sejam considerados. / The urbanization is one of the anthropic activities with the highest growth rate in the world. Due to this reason, ecological research are conducted in the cities with the goal of recognizing its impacts, using birds as one of the tools to assess the environmental diagnosis. Therefore, the present study assessed the samples by point counts method, which is broadly used for bird census in many environments. Three issues that might affect the sampling of the birds by using this method were analyzed: 1) the habitat where the sampling is performed, observing the urban elements presented in the city; 2) the period of point count duration spent in each sample; 3) the potential factors which disturb the birds detectability, as urban noise and presence of curious citizens who can talk to the researcher in the point count. The research area was stratified from the amount of tree canopies in the selected suburbs, where 90 sample units were selected. In these units, the presence of urban elements, the richness, the number of birds contacts, the noise and the presence of conversations were quantified. The results showed that the number of species and contacts can be benefited from the tree canopy area, while build up areas and impermeable grounds may harm the number of species, although the contact number is harmed only by the impermeable grounds. The number of observed species did not differ significantly after nine minutes of sample period, however the number of contacts kept increasing, demonstrating a repeated counting birds after this interval. The species richness was significantly different between the samples collected in dry and wet seasons. As the urban noise increased, a lower number of species and birds contacts was acknowledged. The incidence of conversation performed by curious people was low, not being able to harm the sample collection. The results suggest that: the bird survey inside the cities by point counts should consider the composition of environment, since the richness and the number of birds contacts can vary according to the presence of different elements; the time of interval should not exceed nine minutes; when possible, different annual seasons should be used for sampling, since differences may be found among them; places and moments for the sampling should be chosen with a low noise. Finally, the point counts method was considered efficient for the sampling of urban birds, provided that such care are considered.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2018-07-03T18:02:31Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Júlio Cury Hoffmann - 2018.pdf: 1219488 bytes, checksum: 20fea8e1513a899e8a9f32df5739d99a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-04T12:29:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Júlio Cury Hoffmann - 2018.pdf: 1219488 bytes, checksum: 20fea8e1513a899e8a9f32df5739d99a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-04T12:29:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Júlio Cury Hoffmann - 2018.pdf: 1219488 bytes, checksum: 20fea8e1513a899e8a9f32df5739d99a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-04-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / There are several problems on the analysis of biological communities with sparse data, resulting from gradients with high beta diversity. I used four strategies to solve this problem (Beals smoothing, Swan, Shortest Path and Extended Dissimilarity). I randomly removed from 1% to 50% of the individuals in empirical and simulated matrices. I then performed PCoA and nMDS ordinations and used Procrustes correlation of the original two dimensional ordination with the ordination obtained using the degraded matrices. For the simulated data set, I also correlated the ordenation in two dimensions with the coordinates of the samples in the two-dimensional simulated gradients. Finally, I analyzed how robustness to degradation, quantified as Procrustean correlation, was related to the matrix properties. Different from the expected, in the comparison of the degraded and original ordinations, the uncorrected data with a traditional dissimilarity index (Bray-Curtis) produced higher fit than the four methods evaluated. In relation to the coordinates of the simulated two-dimensional gradients, the evaluated methods were slightly better than the raw data. Overall, the simulated data were more robust to the degradation than the empirical ones and the data of abundance were more robust than matrices of presence and absence. Matrices with small proportion of zeros were more robust to degradation. I conclude that the correction methods evaluated distorted the pattern on the original data. Also, data with low beta diversity (few zeros) are robust to degradation and sufficient to reconstruct the original gradient. / Existem vários problemas nas análises de comunidades em Ecologia decorrentes da grande quantidade de zeros na matriz de espécies por locais (dados esparsos), principalmente em situações em que a diversidade beta é alta. Usando quatro estratégias para resolver estes problemas (Beals, Swan, Menor Caminho e Dissimilaridade estendida) retirei aleatoriamente de 1 ate 50 % dos indivíduos de matrizes empíricas e simuladas (degradação das matizes). Realizei ordenações PCoA e nMDS e, com correlações de Procrustes, relacionei a ordenação original em duas dimensões com a ordenação obtida pelas matrizes degradadas. Com dados simulados relacionei a ordenação em duas dimensões também com as coordenadas das amostras no gradiente bidimensional simulado. Além disso, analisei como a robustez à degradação, medida como correlação Procrustes, está relacionada às características da matriz. Diferente do esperado, na comparação das ordenações de matrizes degradadas com a ordenação da matriz original, os dados utilizados sem correções e com índice de dissimilaridade tradicional (Bray-Curtis) tiveram maior ajuste que os quatro métodos avaliados. Em relação às coordenadas, os métodos aplicados tiveram desempenho um pouco melhor do que os dados sem correções quando a diversidade beta foi maior. Em geral, os dados simulados foram mais robustos à degradação que os empíricos e os dados de abundância foram mais robustos que de presença e ausência. Matrizes com menor proporção de zeros foram mais robustas à degradação. Concluo que os métodos de correção distorceram o padrão dos dados originais. Ainda, dados com baixa diversidade beta (poucos zeros na matrix) são robustos à degradação e são suficientes para reconstruir o gradiente original.

A urbanização é uma das ações antrópicas que mais crescem no mundo atual. Por este motivo pesquisas ecológicas são realizadas nas cidades com o objetivo de reconhecer seus impactos, e as aves são utilizadas como uma das ferramentas para diagnóstico ambiental. Assim, o presente estudo avaliou o método de levantamento de aves por ponto fixo, método amplamente utilizado em estudos com aves em diversos ambientes. Foram analisados três pontos que podem influenciar a amostragem de aves através deste método: 1) o habitat onde o levantamento é realizado, observando a composição dos elementos urbanos existentes na cidade; 2) o intervalo de tempo adotado em cada ponto fixo para a coleta de dados; 3) os fatores potencialmente prejudiciais a observação de aves, tais como o ruído sonoro urbano e a presença de conversas causadas por pessoas curiosas. Com a área de estudo estratificada a partir da quantidade de cobertura arbórea existente nos bairros abrangidos, 90 unidades amostrais foram selecionadas. Nestes, foram quantificados os elementos urbanos presentes, a riqueza, o número de contato de aves, os ruídos sonoros e a presença de conversas. Os resultados demonstraram que a reunião de um número maior de espécies e contatos pode ser favorecida pelas áreas de cobertura arbórea, enquanto áreas construídas e pisos impermeáveis podem prejudicar o número de espécies, sendo o número de contato prejudicado apenas pelas áreas de pisos impermeáveis. O número de espécies observadas não foi significativamente diferente após nove minutos de coleta de dados, entretanto o número de contatos continuou crescendo, demonstrando haver recontagens de indivíduos após este intervalo. A riqueza de espécies foi significativamente diferente entre os dados coletados no período seco e no período chuvoso. Conforme houve a maior presença do ruído sonoro urbano menor foi o número de espécies e contatos obtidos nos pontos. A incidência de conversas ocasionadas por pessoas curiosas foi baixa não prejudicando as coletas de dados. Os resultados encontrados sugerem que: o levantamento de aves no meio urbano através do ponto fixo deve considerar a composição do ambiente, já que a riqueza e o número de contato podem variar de acordo com a presença dos diferentes elementos; sejam adotados intervalos de tempo por ponto não superiores a nove minutos; quando possível diferentes épocas do ano devem ser utilizadas para as coletas de dados, visto que podem ser encontradas diferenças entre as estações; sejam escolhidos locais e momentos para as coletas de dados com baixo ruído sonoro. Por fim, o método de ponto fixo foi considerado eficaz para amostragem de aves urbanas, desde que tais cuidados sejam considerados. / The urbanization is one of the anthropic activities with the highest growth rate in the world. Due to this reason, ecological research are conducted in the cities with the goal of recognizing its impacts, using birds as one of the tools to assess the environmental diagnosis. Therefore, the present study assessed the samples by point counts method, which is broadly used for bird census in many environments. Three issues that might affect the sampling of the birds by using this method were analyzed: 1) the habitat where the sampling is performed, observing the urban elements presented in the city; 2) the period of point count duration spent in each sample; 3) the potential factors which disturb the birds detectability, as urban noise and presence of curious citizens who can talk to the researcher in the point count. The research area was stratified from the amount of tree canopies in the selected suburbs, where 90 sample units were selected. In these units, the presence of urban elements, the richness, the number of birds contacts, the noise and the presence of conversations were quantified. The results showed that the number of species and contacts can be benefited from the tree canopy area, while build up areas and impermeable grounds may harm the number of species, although the contact number is harmed only by the impermeable grounds. The number of observed species did not differ significantly after nine minutes of sample period, however the number of contacts kept increasing, demonstrating a repeated counting birds after this interval. The species richness was significantly different between the samples collected in dry and wet seasons. As the urban noise increased, a lower number of species and birds contacts was acknowledged. The incidence of conversation performed by curious people was low, not being able to harm the sample collection. The results suggest that: the bird survey inside the cities by point counts should consider the composition of environment, since the richness and the number of birds contacts can vary according to the presence of different elements; the time of interval should not exceed nine minutes; when possible, different annual seasons should be used for sampling, since differences may be found among them; places and moments for the sampling should be chosen with a low noise. Finally, the point counts method was considered efficient for the sampling of urban birds, provided that such care are considered.