Différents marqueurs moléculaires ont été utilisés au cours des deux dernières décennies pour des études systématiques des espèces bactériennes à différents niveaux taxinomiques. L'apparition de nouvelles méthodes d'identification et de classification des espèces bactériennes telles que la taxonomie numérique et la taxonomie phylogénétique ont amenées à la révision de plusieurs taxa bactériens. Dans l'Ordre des Bacillales et dans la Classe des y-protéobactéries par exemple, ces méthodes ont aboutit à la révision de la famille des Bacillaceae et du genre Xanthomonas, respectivement. Compte tenu de l'importance des bactéries des points de vue économique, environnemental et médical, le travail d'identification et de classification des bactéries demeure un enjeu majeur pour les bactériologistes. Nous proposons dans cette thèse d'évaluer un marqueur d'ADN basé sur une courte séquence nucléotidique située à l'extrémité 3' du gène 16S ARNr et l'extrémité 5' de la région inter-génique 16S-23S (ITS) pour l'identification et la classification des bactéries à Gram-positif et à Gram-négatif à différents niveaux taxonomiques : Classe, Ordre, famille et genre. Dans le premier chapitre, la phylogénie des bactéries de l'ordre des Bacillales a été construite à l'aide d'un marqueur d'ADN de 220 paires de bases (pb). Il s'agit d'une combinaison des 150 dernières pb de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr et des 70 premières paires de bases de l'extrémité 5' de la région inter-génique 16S-23S (ITS). Au total, 72 espèces et souches de l'Ordre des Bacillales, réparties en huit familles et 21 genres ont été analysées. Un arbre phylogénétique a été construit et sa robustesse a été statistiquement établie par une analyse bootstrap. Huit groupes ont été révélés et chaque groupe a été subdivisé en sous-groupes et branches. L'arbre phylogénétique ainsi construit à l'aide du marqueur de 220 pb est en général conforme à l'arbre phylogénétique obtenu à partir du gène 16S de l'ARNr et basé sur les données phénétiques et moléculaires. Nos résultats indiquent que le marqueur présente un pouvoir résolution supérieur à celui du gène 16S de l'ARNr. Dans le deuxième chapitre, le pouvoir de résolution du marqueur de 220 pb a été évalué à un niveau taxonomique très inférieur à l'Ordre des Bacillales : le groupe Bacillus cereus. Au cours de cette étude, 129 allèles de huit espèces bactériennes dont entre autres quatre espèces du groupe B. cereus ont été analysés. L'arbre phylogénétique construit a révélé quatre groupes majeurs et des sous-groupes. Le marqueur de 220 pb a permis une discrimination au niveau du genre mais n'a pas permis de distinguer les quatre espèces phylogénétiquement très proches du groupe B. cereus sous étude : B. anthracis, B. cereus, B. thuringiensis et B. weihenstephanensis. Nous avons atteint la limite du pouvoir de résolution du marqueur de 220 pb. Dans le troisième chapitre, un marqueur similaire à celui des bactéries Gram-positif a été développé pour l'établissement de la phylogénie chez les espèces de la Classe des y-protéobactéries. Une analyse comparative de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr a permis de déterminer la portion la plus conservée à ce niveau. De même, une analyse comparée de la région inter-génique 16S-23S (ITS) des différents allèles d'une même souche bactérienne a permis de déterminer la partie la plus conservée de cette extrémité 5'. Les deux parties les plus conservées ont été combinées pour former un marqueur d'ADN de 232 pb : 157 pb de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr et 75 premières paires de bases de l'extrémité 5' de la région ITS. Un arbre phylogénétique dont la précision a été statistiquement établie par une analyse bootstrap a été construit. Quatre groupes majeurs ont été révélés et des sous-groupes et des clusters ont été formés. Cet arbre est dans l'ensemble, conforme à celui basé sur le gène 16S de l'ARNr. Il est intéressant de noter que le marqueur de 232 pb a permis une meilleure discrimination entre les espèces très proches que le gène 16S de l'ARNr en raison d'une part de la conservation de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr entre les allèles d'une même souche et d'autre part, de la conservation des 75 pb de région inter-génique 16S-23S (ITS) entre les allèles d'une même souche. Dans le quatrième chapitre, le pouvoir de résolution d'un marqueur d'ADN de 224 pb est évalué à un niveau taxonomique de beaucoup inférieur à la Classe des y-protéobactéries : le genre Xanthomonas de la classe des y-protéobactéries. Le marqueur est constitué d'une combinaison des 157 pb à l'extrémité 3' du gène 16S ARNr et des 67 premières paires de bases de l'extrémité 5' région inter-génique 16S-23S (ITS). Un total de 23 espèces du genre Xanthomonas ont été analysées. Les espèces éloignées phylogénétiquement et certaines espèces proches du genre Xanthomonas sont discriminées par le marqueur de 224 pb. Les espèces très proches phylogénétiquement et les pathovars par contre ne sont pas discriminées par le marqueur. Ceci constitue la limite du pouvoir de résolution de ce marqueur. Le marqueur d'ADN universel évalué à différents niveaux hiérarchiques des bactéries à Gram-positif et Gram-négatif est un marqueur PCR (Polymerase Chain Reaction) facile d'utilisation du point de vue technique. Il est constitué des dernières paires de bases conservées de l'extrémité 3' du gène 16S de l'ARNr et des premières paires de bases conservées de la région inter-génique 16S-23S. Or le gène 16S de l'ARNr est très conservé entre les espèces d'un même genre tandis que la région inter-génique est hyper-variable à l'intérieur d'une même espèce. Ainsi, ce seul marqueur pourrait servir à la fois aux études systématiques intra et inter-spécifiques aboutissant à l'identification des espèces bactériennes, à leur classification, voire même à la révision de certaines classifications. ______________________________________________________________________________

Thèse de doctorat : Sciences de l'éducation : Rennes 2 : 2008.

Thèse (D.Sc.Éd.)--Université du Québec à Chicoutimi, 2002. / Bibliogr.: f. [199]-208. Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Cette thèse a pour objectif d’étudier les origines et les conséquences de l’usage par plusieurs chercheurs en sciences sociales de divers concepts et théories originellement formulés dans le champ des sciences naturelles. Il s’agira de modéliser cette pratique par l’élaboration du concept de « transfert épistémique ». La modélisation du transfert épistémique permettra de mettre en évidence les processus cognitifs qui sous-tendent cette pratique, en plus de donner des indications sur ses implications à l’endroit des sciences sociales. Il sera démontré que les transferts épistémiques ne permettent pas de tenir compte du caractère réflexif de la recherche sociale ou de l’importance de la question du libre arbitre. Afin d’illustrer notre propos, une attention particulière sera accordée à la théorie réaliste des relations internationales au regard des liens qu’elle entretient avec la biologie et la physique. Pour ce faire, il faudra analyser le programme de recherche biopolitique en tenant compte de ses origines sociobiologiques, pour ensuite s’intéresser aux similarités remarquables que l’on retrouve entre le réalisme et la physique classique.

Québec Université Laval, Bibliothèque 2015

Les oeuvres scientifiques du Suédois Cari Von Linné (1707-1778) et du Québécois Léon Provancher (1820-1892) s'inscrivent à la fois en continuité et dans des contextes de civilisation analogues. Habitant des environnements nordiques au potentiel agricole limité, ces naturalistes perçoivent et cherchent à pallier aux contraintes imposées par ce que l'on nomme au milieu du XXe siècle « la nordicité ». Leurs recherches répondent à des préoccupations utilitaires immédiates. Leurs travaux fournissent des réponses aux nécessités découlant de la nordicité, des particularités géographiques et de la trame socio-économique de leurs pays respectifs. La nordicité apparaît non seulement comme un élément essentiel de l'identité Scandinave et canadienne, mais également comme un déterminant d'une pensée scientifique distinctive dont l'objectif manifeste est de pallier aux carences imposées par un environnement adverse, et ce avec l'intention ferme d'améliorer la qualité de vie des habitants et de réduire la dépendance de leurs nations aux produits étrangers. Les approches qu'ils ont appliquées aux XVIIIe et XIXe siècles ont émergé en réponse aux nécessités auxquelles ces sociétés traditionnelles étaient assujetties. Cette étude montre qu'elles doivent être considérées comme l'épilogue de la pensée occidentale pré-darwinienne, plutôt que le prélude aux concepts nouveaux qui émergeront de l'ère industrielle et feront suite à l'énoncé de la théorie de l'origine et de l'évolution des espèces. Quoique les oeuvres de Linné et de Provancher précèdent l'émergence du concept d'évolution dynamique de la nature, cette étude montre que dans leur quête, centrée sur l'optimisation des productions locales et l'introduction d'espèces et de méthodes à haut rendement, ils se révèlent être les précurseurs d'un long cheminement qui a conduit à l'énoncé du concept contemporain de développement durable.

Dans ce mémoire, je vise à analyser, d'un côté, les fondements épistémologiques et les cadres textuels qui ont permis la circulation des références entre la littérature de voyage au Nord et les oeuvres philosophiques du XVIIe siècle, et, de l'autre côté, la façon dont ces interférences dessinent les contours imaginaires d'un territoire à la fois intégré dans la nécessaire constance des lois physiques et réservé à l'exception aliénante. Deux éléments favorisent l'ouverture du discours scientifique au témoignage du voyageur: l'historicisation de l'expérience dans le cadre de la philosophie de la nature et le statut particulier de la relation de voyage au Nord, qui rend compte d'une réalité inaccessible autrement qu'à travers le texte. Située au carrefour de deux approches méthodologiques, l'une offerte par l'histoire culturelle et sociale des sciences, l'autre par l'analyse textuelle des relations de voyage, cette étude se propose d'identifier les lieux communs qui fondent le discours sur le Nord au XVIIe siècle à travers les références aux relations de voyage identifiées dans les ouvrages d'astronomie, d'optique et d'histoire de la nature. Les résultats de l'observation du ciel acquièrent une portée polémique dans le contexte copernicien, tandis que les observations liées au froid partent du constat d'inconsistance des différentes théories, aristotélicienne, stoïcienne, cartésienne, corpuscularienne. Le froid est un phénomène essentiellement lié à la naissance de la chimie comme discipline scientifique, se distinguant des pratiques magiques et alchimiques. L'importance théorique et polémique des références au Nord permet souvent la lecture des textes choisis en tant que paraboles épistémologiques. L'attention réservée à l'étude de l'illusion optique, ainsi que l'impossibilité de reproduire le phénomène physique que le Nord est appelé à illustrer, le froid, assurent la perméabilité du discours scientifique à l'anomalie et à la merveille. Ainsi, le transfert de la référence territoriale à la référence phénoménale projette le Nord dans l'imaginaire. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Académie royale des sciences, Astronomie, Thomas Bartholin, Robert Boyle, Froid, Groenland, Islande, Thomas James, Johannes Kepler, Isaac La Peyrère, Nord, Nouvelle-Zemble, Olaus Magnus, Philosophie de la nature, Relation de voyage, Science, Société royale, Spitzberg, XVIIe siècle.

Thèse de doctorat--Histoire des sciences et histoire coloniale--Ecole des hautes études en sciences sociales, Paris, 2007. / Bibliogr. p. 639-692.

Les bactériophages (i.e., virus de bactéries) constituent l'un des groupes d'organismes les plus abondants dans la biosphère. Ils jouissent d'une très grande biodiversité. Nos connaissances partielles de ces microorganismes sont sans cesse remises en cause par de nouvelles découvertes et le recensement est loin d'être terminé. Il existe bien des classifications basées sur les critères de morphologie et d'homologie génétique, mais celles-ci ne tiennent pas compte de l'évolution caractéristique des virus qui comprend à la fois la transmission verticale (évolution classique) et horizontale (évolution réticulée) de l'information. De plus, ces classifications ne disent rien à propos des ancêtres communs des espèces. Il y a donc beaucoup de possibilités d'affiner la taxonomie virale existante. Dans cette étude, nous présentons une nouvelle approche de classification des bactériophages, basée sur des méthodes heuristiques tirées des sciences cognitives de la catégorisation. Cette approche originale vise à reconstruire l'histoire évolutive des organismes viraux, en tenant compte de l'hypothèse d'évolution classique ainsi que l'hypothèse d'évolution réticulée, i.e., les transferts horizontaux de gènes (THG). En d'autres termes, la classification proposée prend en considération d'une part, l'approche traditionnelle d'analyse phylogénétique qui inclut la reconstruction d'arbres d'espèces par les méthodes de distances et d'inférence bayésienne et la reconstruction de séquences de protéines ancestrales par la méthode Tree-HMM en tenant compte des substitutions, des insertions et des délétions de caractères génétiques [Diallo et al. 2006 ; Felsenstein 1981], et d'autre part, l'approche de détection des transferts horizontaux par la méthode de réconciliation topologique de l'arbre d'espèces et l'arbre de gène [Makarenkov et al. 2008]. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Classification, Catégorisation, Phylogénie, Taxonomie, Virus, Bactériophages, Transferts horizontaux de gènes, Reconstruction ancestrale.

Mémoire (M.A.)--Université de Québec à Chicoutimi, 1990. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU