Le virus chikungunya est un arbovirus, transmis par les moustiques du genre Aedes, qui provoque des arthralgies invalidantes et parfois des rhumatismes chroniques. Dans une première partie nous avons décrit les aspects ambulatoires cliniques, biologiques et virologiques du chikungunya (CHIK) de la phase aiguë jusqu'au 300ème jour lors de l’épidémie de la Réunion en 2006. Des scores d’aide au diagnostic ont été élaboré et une étude de la diversité virale intra-hôte a été réalisée. Pour compléter nos premiers résultats nous avons étudié une épidémie survenue en République du Congo en 2011. La description clinique était similaire à celle identifiée lors de l’épidémie de la Réunion. L’évaluation du score clinique ne permettait pas de le proposer comme outil diagnostique à l’échelle individuelle mais apparaissait comme un bon marqueur pour le suivi de la courbe épidémique. Une étude de séroprévalence et une analyse phylogénétique complètent ce travail. Le dernier travail porte sur l’utilisation de la chloroquine à la phase aiguë du CHIK lors d’une prise prophylactique chez le singe et lors d’un essai clinique chez l’homme. Le principal effet de ce type de traitement semble lié son action immuno-modulatrice ; en prise préventive il provoque une exacerbation de la symptomatologie aiguë tandis qu’en prise à la phase précoce de la maladie il augmente le risque d’évolution vers des arthralgies chroniques. En conclusion nous avons réalisé une description des formes ambulatoires du CHIK, identifié des facteurs de risques de formes chroniques, proposé des scores d’aide au diagnostic et argumenté la contre-indication de l’utilisation de la chloroquine à la phase aiguë du CHIK. / Chikungunya virus (CHIKV) is an arthropod-borne virus transmitted by Aedes mosquitoes that cause debilitating arthralgia and possible chronic rheumatism. In the first part we describe the clinical, biological and virological presentation of outpatients with chikungunya disease (CHIK) from the acute stage to the chronic stage at day 300, during the outbreak in the Reunion Island in 2006. We elaborated scores for CHIK diagnosis and we also analysed the intra-host genetic diversity.To complete our first results, we investigated a CHIKV outbreak, which occurred in the Republic of Congo in 2011. The clinical presentation was similar to the first description of the Reunion island outbreak. We assessed the clinical score which appeared to be unusable at the individual level but was still relevant to follow the epidemic curve. This work was completed by seroprevalence and phylogenetic analyses.The last study presented in this thesis focused on the use of chloroquine during the acute stage of CHIK in a non-human primate (NHP) model (prophylactic use) and during a clinical trial (therapeutic use). The main effect of chloroquine treatment at the acute stage of CHIK appeared to be related to its immuno-modulatory action; in prophylactic taking, chloroquine exacerbated acute symptoms while treatment during the early stages of the disease increased the risk of acquiring chronic arthralgia.In conclusion, we provide a detailed description of CHIK outpatients and identify risk factors for the chronic stage of the disease. We propose tentative diagnostic scores and we firmly establish that the use of chloroquine at the acute phase of CHIK is contraindicated.