The sugarcane agribusiness, one of the most traditional of the country, is living a moment of reflection and change with the advent of second-generation ethanol (2G), enzymatic hydrolysis process, with the deployment of the first commercial-scale plant, the GRANBIO. Evolutionary / neoschumpeterian literature is used as a theoretical framework and a review of literature on sectoral systems of innovation, learning processes and the accumulation of technological capabilities. The main challenges direct the research areas supported by SSI and relates to the increased productivity of the raw material through the cane-energy development, and its technical difficulties are concerning the adaptation of new varieties in different edapho-climatic conditions, the adequacy of management techniques with development of planting and harvesting and storage techniques machines; Improvements in the manufacturing process are related to the development of new technologies for increased efficiency using in the new biotechnologyc paradigm. The organizational level has a necessary changes in the learning process and technological capacity to build the firm to achieve endogenous production levels of technology. It was found that all research developed in Brazil around the 2G ethanol partnership with research centers and universities, coming from Sector System sugarcane Innovation, created to sustain and support the metalworking industry, the producers of sugar and ethanol 1G. The 2G firm seeks to harness the "windows of opportunity" of new technology and from the endogenous production of knowledge can dictate the success of technology development. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / A agroindústria sucroenergética, uma das mais tradicionais do país, está vivendo um momento de reflexões e mudanças com o advento da produção de etanol de segunda geração (2G), processo de hidrolise enzimática, e com a implantação da primeira planta em escala comercial, a GRANBIO. A literatura evolucionária/neoschumpeteriana é utilizada como referencial teórico e uma revisão da bibliografia sobre sistemas setoriais de inovação, os processos de aprendizagem e a acumulação de capacidades tecnológicas. Os principais desafios direcionam as linhas de pesquisa suportadas pelo SSI e relacionam-se ao incremento da produtividade da matéria-prima, através do desenvolvimento da cana-energia, e seus gargalos técnicos relativos à adaptação de novas variedades em diferentes condições edafoclimáticas, a adequação das técnicas de manejo com desenvolvimento de máquinas de plantio e colheita e as técnicas de armazenagem; As melhorias no processo industrial relacionadas ao desenvolvimento de novas tecnologias para o aumento da eficiência utilizando o novo paradigma biotecnológico. A nível organizacional, ocorreram modificações no processo de aprendizado e de acúmulo de capacidade tecnológica da firma para alcançar níveis de produção endógena de tecnologia. Toda pesquisa desenvolvida no Brasil em torno do etanol de 2G tem parceria com os centros de pesquisa e universidades, oriundos do Sistema Setorial de Inovação sucroalcooleiro, criado para dar sustentação e suporte a indústria metal mecânica, produtora de açúcar e etanol de 1G. A firma de 2G busca aproveitar as “janelas de oportunidades” da nova tecnologia e produz conhecimento para o desenvolvimento da tecnologia 2G.