Informationssäkerhet är idag någonting som blivit allt viktigare med den ökade mängd information som bearbetas och den ökade risken för antagonistiska händelser. Att bygga upp ett omfattande säkerhetsskydd genom att genomföra en grundläggande säkerhetsskyddsanalys är därför av vikt för de verksamheter som kan påverka Sveriges säkerhet. Denna studie har undersökt detta genom att besvara två frågeställningar: 1.Vilka utmaningar finns det vid applicering av säkerhetsskyddsanalys för civila verksamheter inom Sverige? och 2. Hur bör dessa verksamheter applicera säkerhetsskyddsanalys för att handskas med de identifierade utmaningarna? För att besvara dessa frågor har en kvalitativ fallstudie genomförts där empiri har samlats in genom en dokumentstudie, semistrukturerade intervjuer, och en observation. Empirin har sedan analyserats genom hermeneutisk analys och analys inspirerad från grundad teori. Studiens resultat har sedan tagits fram i tre steg. Först genom en kartläggning av säkerhetsskyddsanalysen där analysen delades in i sex huvudsakliga steg: verksamhetsanalys, identifiering av skyddsvärde, konsekvensanalys, säkerhetshotbedömning, sårbarhetsanalys, och identifiering och värdering av säkerhetsåtgärder. Sedan genom att ta fram 24 utmaningar som delades in i fyra huvudsakliga områden: nationella utmaningar, verksamhetsutmaningar, ledningsutmaningar, och medarbetarutmaningar. Slutligen genom att sammanföra kartläggningen av säkerhetsskyddsanalysen och de identifierade utmaningarna till ett gemensamt ramverk för applicering av säkerhetsskyddsanalys. Den utförda studiens kunskapsbidrag är ett stöd och en förståelse av säkerhetsskyddsanalysens utförande för civila verksamheter för att minska bristerna i deras säkerhetsskydd. / In the present day, Information security has become an increasingly important matter due to the growing amount of information being processed as well as the increasing risk for antagonistic events. To build an extensive security protection through executing a fundamental security protection analysis is therefore of great importance for the organisations which are involved with the security of Sweden. This study has investigated the matter through answering two research questions: 1. Which challenges arise when applying security protection analysis for civil organisations in Sweden? and 2. How should these organisations apply security protection analysis to be able to deal with the identified challenges? A qualitative case study was completed to answer these questions with empirical data collected through a document study, semi-structured interviews, and observation. The empirical data were analysed by means of hermeneutic analysis and analysis informed by grounded theory. The result of the study has therefore been produced in three steps. First, through a mapping of the securty protection analysis where the analysis was divided into six main steps: activity analysis, identification of protection value, consequence analysis, security threat assessment, vulnerability analysis, and identification and valuation of security actions. Then, through producing 24 challenges, which were divided into four main areas: national challenges, organisation challenges, governance challenges, and coworker challenges. Finally, through combining the mapping of the security protection analysis and the identified challenges to a joint framework for application of security protection analysis. The konwledge contribution of the performed study is a support and an understanding of the execution of the security protection analysis for civil organisations to reduce the deficiencies in their security protection.