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Avaliação de métodos de identificação e determinação do perfil de sensibilidade aos antimicrobianos em staphylococcus spp. isolados de pacientes com infecção do trato urinário (ITU)Ferreira, Adriano Martison [UNESP] 08 July 2011 (has links) (PDF)
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ferreira_am_me_botfm.pdf: 1340334 bytes, checksum: b26b55556f3f00a6c239a58042141404 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A infecção do trato urinário (ITU) é uma das infecções mais comuns na prática clínica, sendo S. saprophyticus o segundo agente mais frequente na comunidade. Esse estudo objetivou comparar três métodos fenotípicos de identificação e avaliar o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados de pacientes com ITU. As 101 amostras de estafilococos isoladas foram identificadas pelo disco de novobiocina, Vitek I e método simplificado de provas bioquímicas, utilizando como referência o método genotípico ITS-PCR. A prova da DNAse teve uma boa correlação com a coagulase em tubo, apresentando 100,0% sensibilidade e 97,6% de especificidade. No teste de concordância entre os métodos de identificação, o método simplificado de provas bioquímicas obteve taxas de concordância de 98,0% em relação ao ITS-PCR, enquanto que com o Vitek I foi de 81,2%, e com o disco de novobiocina de 89,1%. O maior percentual de resistência encontrado foi à oxacilina (78,0%) seguido da penicilina (73,0%), sendo todas as amostras sensíveis à vancomicina, linezolida e nitrofurantoina. Os 17 isolados de S. aureus encontrados foram identificados corretamente por todos os métodos e os que carreavam o SCCmec do tipo III foram os que apresentaram maior resistência aos antimicrobianos. Das 18 amostras de estafilococos mecA positivos encontradas neste estudo, 15 (83,3%) foram resistentes aos discos de cefoxitina e oxacilina concomitantemente, além disso foram resistentes também à oxacilina pelo E-test® e pelo Vitek I. Dos 57 S. saprophyticus, 7 (12,3%) foram resistentes ao disco de cefoxitina e nenhum apresentou o gene mecA, enquanto 56 (98,2%) demonstraram resistência ao disco de oxacilina, sendo que todos foram resistentes pelo E-teste® e pelo Vitek I e somente dois apresentaram o gene mecA e carreavam o SCCmec do tipo IV. Em relação aos métodos de detecção... / Urinary tract infection (UTI) is one of the most common infections in clinical practice, and S. saprophyticus is the second most frequent agent in the community. This study aimed at comparing three phenotypic methods to identify and evaluate the sensitivity profile to antimicrobials in Staphylococcus spp. isolated from patients with UTI. The 101 samples of staphylococcus isolated were identified by novobiocin disks, Vitek I and the simplified method of biochemical tests, using the ITS-PCR genotypic method as reference. The DNAse test showed good correlation with tube coagulase, exhibiting 100.0% sensitivity and 97.6% specificity. In the agreement test between the identification methods, the simplified method of biochemical tests showed agreement rates of 98.0% in relation to ITS-PCR, whilst with Vitek I, it was of 81.2%, and with the novobiocin disk, it was of 89.1%. The highest resistance percentage found was to oxacillin (78.0%), followed by penicillin (73.0%), and all samples were sensitive to vancomycin, linezolid and nitrofurantoin. The 17 isolates of S. aureus found were correctly identified by all methods, and those carrying type-III SCCmec showed the greatest resistance to antimicrobials. Of the 18 mecA-positive staphylococcus samples found in this study, 15 (83.3%) were concomitantly resistant to cefoxitin and oxacillin disks. Additionally, they were also resistant to oxacillin by the E-test® and by Vitek I. Of the 57 S. saprophyticus, 7 (12.3%) were resistant to the cefoxitin disk, and none showed the mecA gene, while 56 (98.2%) showed resistance to the oxacillin disk, all of them were resistant by the E-test® and by Vitek I, and only two showed the mecA gene and carried the type-IV SCCmec. As regards the detection methods for oxacillin resistance, the diffusion technique with oxacillin disks, E-test® and Vitek I showed greater sensitivity (94.4%) and lower specificity... (Complete abstract click electronic access below)
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Avaliação de métodos de identificação e determinação do perfil de sensibilidade aos antimicrobianos em staphylococcus spp. isolados de pacientes com infecção do trato urinário (ITU) /Ferreira, Adriano Martison. January 2011 (has links)
Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Alessandro Lia Mondelli / Banca: Brasilina Campos Salles Cerqueira / Resumo: A infecção do trato urinário (ITU) é uma das infecções mais comuns na prática clínica, sendo S. saprophyticus o segundo agente mais frequente na comunidade. Esse estudo objetivou comparar três métodos fenotípicos de identificação e avaliar o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados de pacientes com ITU. As 101 amostras de estafilococos isoladas foram identificadas pelo disco de novobiocina, Vitek I e método simplificado de provas bioquímicas, utilizando como referência o método genotípico ITS-PCR. A prova da DNAse teve uma boa correlação com a coagulase em tubo, apresentando 100,0% sensibilidade e 97,6% de especificidade. No teste de concordância entre os métodos de identificação, o método simplificado de provas bioquímicas obteve taxas de concordância de 98,0% em relação ao ITS-PCR, enquanto que com o Vitek I foi de 81,2%, e com o disco de novobiocina de 89,1%. O maior percentual de resistência encontrado foi à oxacilina (78,0%) seguido da penicilina (73,0%), sendo todas as amostras sensíveis à vancomicina, linezolida e nitrofurantoina. Os 17 isolados de S. aureus encontrados foram identificados corretamente por todos os métodos e os que carreavam o SCCmec do tipo III foram os que apresentaram maior resistência aos antimicrobianos. Das 18 amostras de estafilococos mecA positivos encontradas neste estudo, 15 (83,3%) foram resistentes aos discos de cefoxitina e oxacilina concomitantemente, além disso foram resistentes também à oxacilina pelo E-test® e pelo Vitek I. Dos 57 S. saprophyticus, 7 (12,3%) foram resistentes ao disco de cefoxitina e nenhum apresentou o gene mecA, enquanto 56 (98,2%) demonstraram resistência ao disco de oxacilina, sendo que todos foram resistentes pelo E-teste® e pelo Vitek I e somente dois apresentaram o gene mecA e carreavam o SCCmec do tipo IV. Em relação aos métodos de detecção... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Urinary tract infection (UTI) is one of the most common infections in clinical practice, and S. saprophyticus is the second most frequent agent in the community. This study aimed at comparing three phenotypic methods to identify and evaluate the sensitivity profile to antimicrobials in Staphylococcus spp. isolated from patients with UTI. The 101 samples of staphylococcus isolated were identified by novobiocin disks, Vitek I and the simplified method of biochemical tests, using the ITS-PCR genotypic method as reference. The DNAse test showed good correlation with tube coagulase, exhibiting 100.0% sensitivity and 97.6% specificity. In the agreement test between the identification methods, the simplified method of biochemical tests showed agreement rates of 98.0% in relation to ITS-PCR, whilst with Vitek I, it was of 81.2%, and with the novobiocin disk, it was of 89.1%. The highest resistance percentage found was to oxacillin (78.0%), followed by penicillin (73.0%), and all samples were sensitive to vancomycin, linezolid and nitrofurantoin. The 17 isolates of S. aureus found were correctly identified by all methods, and those carrying type-III SCCmec showed the greatest resistance to antimicrobials. Of the 18 mecA-positive staphylococcus samples found in this study, 15 (83.3%) were concomitantly resistant to cefoxitin and oxacillin disks. Additionally, they were also resistant to oxacillin by the E-test® and by Vitek I. Of the 57 S. saprophyticus, 7 (12.3%) were resistant to the cefoxitin disk, and none showed the mecA gene, while 56 (98.2%) showed resistance to the oxacillin disk, all of them were resistant by the E-test® and by Vitek I, and only two showed the mecA gene and carried the type-IV SCCmec. As regards the detection methods for oxacillin resistance, the diffusion technique with oxacillin disks, E-test® and Vitek I showed greater sensitivity (94.4%) and lower specificity... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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HEMOCULTURAS POSITIVAS DE PACIENTES ATENDIDOS EM UM HOSPITAL ESCOLA / POSITIVE BLOOD CULTURES OF PATIENTS TREATED AT A HOSPITAL SCHOOLRampelotto, Roberta Filipini 26 February 2015 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Nosocomial infections are a serious public health problem. In recent years, bloodstream infections (BSI) has increased significantly in hospitals, accounting for high morbidity and mortality rates. These, mostly are caused by bacteria, which are detected by performing blood cultures. Currently, due to the frequency and severity of BSI in the hospital environment, it is necessary to evaluate the epidemiological importance data, improving the control and prevention of these infections. Thus, this study aimed to analyze the microorganisms related to BSI from patients admitted to the University Hospital of Santa Maria (HUSM) in the one-year period (2012-2013). We analyzed the epidemiological profile and sensitivity of positive blood cultures of patients admitted at HUSM from April 2012 to March 2013. During the study period, 1080 samples were positive, 69.3% caused by gram-positive organisms (GP), 22.9% by Gram-negative (GN) and 7.9% by fungus. The most common organism was Staphylococcus epidermidis (24%), followed by Staphylococcus hominis (6.8%), Staphylococcus haemolyticus (6.8%) and Pseudmonas aeruginosa (6%). The isolates predominated in male patients (50.6%) and aged between 0-20 years, and the Pediatric/Neonatal Intensive Care Unit was the sector with the highest number of insulation, 24.3% (10.3%/14%). The evaluation of the sensitivity profile showed 100% sensitivity daptomycin, linezolid, tigecycline and vancomycin front of GP microorganisms, and a rate of 42.31% of Staphylococcus were characterized phenotypically as coagulase negative Staphylococcus resistant to methicillin (MRSCoN). Already, between the GN, all microorganisms in study showed 100% of resistance to ampicillin, and Pseudomonas aeruginosa 100% of resistance to cephalothin and cefoxitin, and 1.57% of these isolates showed ESBL mechanism resistance. Impact assessment studies of BSI have significant impact in reducing mortality, especially in patients with weakened immune system, since that provide an immediate start of effective empirical antimicrobial therapy, also decreasing hospital costs. Through this study it was observed that there was a predominance of GP bacteria, and approximately 50% of the isolates were caused by Staphylococcus spp. and 42.31% of strains were resistant to methicillin. This fact should be reconsidered when the empirical antibiotic therapy institution, especially in patients admitted to critical care units. ICS impact assessment studies have significant impact on mortality, especially in patients with weakened immune system, since provide immediate onset of effective empiric antibiotic therapy. These infections should be investigated along the Hospital Infection Control Commission for further steps to be taken, reducing the incidence of ICS, hospital costs and also mortality rates. / Infecções hospitalares constituem um sério problema de saúde pública. Nos últimos anos, as infecções de corrente sanguínea (ICS) vem aumentando significativamente nos hospitais, sendo responsáveis por elevadas taxas de morbi-mortalidade. Estas, majoritariamente são ocasionadas por bactérias, as quais são detectadas pela realização de hemoculturas. Atualmente, devido a frequência e a gravidade das ICS no ambiente hospitalar, torna-se necessário a avaliação de dados de importância epidemiológica, melhorando o controle e prevenção destas infecções. Dessa forma, este estudo teve como objetivo analisar os microrganismos relacionados à ICS, de pacientes admitidos no Hospital Universitário de Santa Maria (HUSM), no período de um ano (2012-2013). Foi realizada a avaliação do perfil epidemiológico e de sensibilidade das hemoculturas positivas dos pacientes admitidos no HUSM entre abril de 2012 a março de 2013. No período de estudo, 1080 amostras foram consideradas positivas, sendo 69,3% causadas por microrganismos gram-positivos (GP), 22,9% por gram-negativos (GN) e 7,9% fungos. O microrganismo mais frequente foi o Staphylococcus epidermidis (24%), seguido pelo Staphylococcus hominis (6,8%), Staphylococcus haemolyticus (6,8%) e Pseudmonas aeruginosa (6%). Os isolamentos predominaram em pacientes do sexo masculino (50,6%) e na faixa etária compreendida entre 0-20 anos, sendo a Pediatria/Unidade de terapia intensiva neonatal, o setor com maior número de isolamentos, 24,3% (10,3%/14%). A avaliação do perfil de sensibilidade evidenciou 100% de sensibilidade a daptomicina, linezolida, tigeciclina e vancomicina frente aos microrganismos GP, sendo que uma taxa de 42,31% dos isolados do gênero Staphylococcus foram caracterizados fenotipicamente como Staphylococcus coagulase negativa resistentes à meticilina (MRSCoN). Já, entre os GN, todos os microrganismos em estudo apresentaram 100% de resistência frente a ampicilina, e a Pseudomonas aeruginosa 100% de resistência a cefalotina e cefoxitina, e 1,57% destes isolados apresentaram mecanismo de resistência ESBL. Através deste estudo foi possível observar que houve o predomínio de bactérias GP, sendo que aproximadamente 50% dos isolamentos foram causados por Staphylococcus spp. e 42,31% destas cepas foram resistentes a meticilina. Esse fato deve ser reconsiderado quando da instituição da antibioticoterapia empírica, principalmente nos pacientes admitidos em unidades críticas. Estudos de avaliação da incidência de ICS apresentam impacto significativo na mortalidade, principalmente dos pacientes com sistema imune debilitado, uma vez que propiciam o início imediato da efetiva terapia antimicrobiana empírica. Estas infecções devem ser investigadas juntamente da Comissão de Controle de Infecção Hospitalar para que novas medidas sejam adotadas, reduzindo a incidência das ICS, os custos hospitalares e também as taxas de mortalidade.
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Caracterização molecular de linhagens de Campylobacter coli isoladas de origens diversas / Molecular characterization of Campylobacter coli strains isolated from different sourcesGomes, Carolina Nogueira 18 August 2015 (has links)
Campylobacter spp., principalmente as espécies C. coli e C. jejuni, são a causa mais comum de doença bacteriana veiculada por alimentos na Europa, Estados Unidos e alguns outros locais do mundo. No Brasil, há uma escassez de estudos de C. coli, o que dificulta avaliar a dimensão do envolvimento dessa bactéria como causadora de doença nos seres humanos e em animais, bem como, determinar o impacto de sua presença em alimentos e no meio ambiente. O objetivo desse trabalho foi caracterizar molecularmente linhagens de C. coli isoladas de origens diversas no Brasil pela pesquisa da presença de genes relacionados à virulência por PCR, perfil de sensibilidade a antimicrobianos e pela análise da similaridade genotípica por métodos de tipagem molecular. Adicionalmente, o Índice de Discriminação (D) de tais metodologias foi verificado. Foram estudadas 63 linhagens de C. coli, isoladas de humanos (12), animais (21), alimentos (10) e ambiente (20), entre os anos de 1995 e 2011, nos Estados do Rio de Janeiro, São Paulo e Minas Gerais. Todas as linhagens apresentaram os genes flaA, cadF e sodB. O gene cdtB foi detectado em 20 (31,7%) linhagens, o gene flhA foi detectado em 11 (17,5%) linhagens, o gene dnaJ foi encontrado em 10 (15,9%) linhagens, o gene pldA foi detectado em sete (11,1%) linhagens, o gene iamA foi detectado em três (4,8%) linhagens, os genes cdtC e docA foram encontrados em duas (3,2%) linhagens, os genes cdtA e crsA foram encontrados em uma (1,6%) linhagem e os genes ciaB, wlaN, virB11 e racR não foram detectados. Dentre as 63 linhagens estudadas, 42 foram susceptíveis a todos os antimicrobianos testados. Das 21 linhagens resistentes, 10 (15,9%) foram resistentes a tetraciclina e doxaciclina, seis (9,5%) foram resistentes a ciprofloxacina e uma (1,6 %) foi resistente a eritromicina. Somente quatro (6,3%) linhagens foram resistentes a pelo menos duas diferentes classes de antibióticos testados simultaneamente. O dendrograma de similaridade genética de Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) agrupou as 63 linhagens estudadas em dois grupos principais denominados PFGE-A e PFGE-B com similaridade genômica de 44,9% entre eles. Entretanto, algumas linhagens isoladas de humanos, animais, ambiente e alimentos apresentaram uma alta similaridade genotípica acima de 80% entre elas e, foram agrupadas em sete subgrupos denominados PFGE-A1 a PFGE-A7. O dendrograma de similaridade genômica das sequências da SVR do gene flaA agrupou as linhagens ii estudadas em dois grupos principais designados SVR-A e SVR-B, com similaridade acima de 83,1 % entre eles. Ademais, o depósito das sequências da SVR do gene flaA no banco de dados online demonstrou que os alelos 30 e o 1647 foram os mais frequentemente encontrados e permitiu a comparação das linhagens estudadas com os alelos descritos no banco de dados. Sete alelos, dentre os 22 encontrados, não haviam sido previamente descritos. A análise do locus CRISPR por HRMA dividiu as linhagens de C. coli em quatro diferentes perfis de melting. O Multilocus sequence typing (MLST) foi utilizado para tipar 20 linhagens de C. coli e foram obtidos 18 STs diferentes dos quais apenas dois já haviam sido previamente descritos. O D das metodologias de PFGE, sequenciamento da SVR do gene flaA, análise do locus CRISPR por HRMA e MLST foi de 0,986, 0,916, 0,550 e 0,989, respectivamente. Pode- se concluir que o potencial patogênico das linhagens de C. coli não foi evidenciado o que pode estar relacionado ao fato da maioria dos estudos envolvendo patogênese terem sido realizados para a espécie C. jejuni. Algumas linhagens apresentaram-se resistentes aos antimicrobianos testados, o que é preocupante uma vez que tais linhagens podem disseminar genes de resistência a outras isoladas de diversas fontes. Os resultados gerados pelos métodos de tipagem molecular por PFGE e sequenciamento da pequena região variável (SVR) do gene flaA demonstraram uma alta similaridade genotípica entre algumas linhagens de C. coli, sugerindo que uma possível contaminação tenha ocorrido entre linhagens isoladas de fontes clínicas e não clínicas ao longo de 16 anos no Brasil. Ademais, a análise dos alelos da SVR do gene flaA nos permitiu concluir que os alelos prevalentes nas linhagens estudadas diferem daqueles encontrados nos países Europeus. Os dados obtidos por MLST sugerem que as linhagens estudadas possuem uma grande diversidade genética entre si e em comparação com as linhagens isoladas em diferentes locais do mundo. Finalmente, as técnicas de MLST e PFGE foram as mais eficientes e adequadas na genotipagem das linhagens de C. coli estudadas. / Campylobacter spp., mainly the C. coli and C. jejuni species, are the most common cause of bacterial disease conveyed by food in Europe, United States, and other places worldwide. In Brazil, there is a paucity of studies on C. coli, which makes it difficult to evaluate the involvement of this bacterium as a cause of diseases in humans and animals, as well as to determine the impact of its presence in food and the environment. The aim of this study was to molecularly characterize C. coli strains isolated from diverse origins in Brazil by searching for the presence of virulence-related genes by PCR, antimicrobial sensitivity profile, and analysis of the genotypic similarity by molecular typing methods. Addicionaly, the Discriminatory Index (D) of those methodologies was acessed. Sixty-three C. coli strains isolated from humans (12), animals (21), food (10), and the environment (20) between 1995 and 2011, in the States of Rio de Janeiro, São Paulo, and Minas Gerais were studied. All strains presented the flaA, cadF and sodB genes. The cdtB gene was detected in 20 (31.7%) strains; the flhA gene was detected in 11 (17.5%) strains; the dnaJ gene was detected in 10 (15.9%) strains; the pldA gene was detected in 7 (11.1%) strains ; the iamA gene was detected in three (4.8%) strains; the cdtC and docA genes were found in two (3.2%) strains; the cdtA and crsA were found in one (1.6%) strain and the ciaB, wlaN, virB11 and racR genes were not detected. Among the 63 strains studied, 42 were susceptible to all antimicrobials tested. Of the 21 resistant strains, 10 (15.9%) were resistante to tetracycline and doxaciclyne, six (9.5%) showed resistance to ciprofloxacin, and one (1.6%) was resistant to erythromycin. Only four (6.3%) strains were simultaneously resistant to at least two different classes of the antibiotics tested. The dendrogram of genetic similarity of Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) grouped the 63 strains studied into two groups namely PFGE-A and PFGE-B with a genomic similarity of 44.9% among them. However, some strains isolated from humans, animals, the environment and food presented a high genotypic similarity above 80% and were subdivided into seven groups designated as PFGE-A1 to PFGE-A7. The dendrogram of genetic similarity of the SRV-flaA gene sequences grouped the strains studied into two groups namely SVR-A and SVR-B, with similarity above 83.1% among them. Besides, the deposit of the SVR sequences of the flaA gene in the online database showed that the alleles 30 and 1647 were the iv most frequently found and allowed the comparison between the strains studied with the alleles described in the database. Seven alleles, among the 22 found have never been described before. The CRISPR locus analysis divided the C. coli strains into four different melting profiles. The Multilocus sequence typing (MLST) was used to type 20 C. coli strains and revealed 18 different STs among which just two had been previously described. The D of PFGE, SVR- flaA sequence, HRMA of CRISPR locus analysis and MLST was 0.986, 0.916, 0.550 and 0.989, respectively. In conclusion, the pathogenic potential of the C. coli strains was not highlighted, which could be related to the fact that the majority of the pathogenicity studies were performed with C. jejuni species. Some strains showed resistance to the antibiotics tested what is a concern once those strains may spread the resistance genes to other strains isolated from different sources. The results obtained by PFGE and SVR-flaA sequence showed a high genomic similarity among some C. coli strains which may suggest that a possible contamination may have occurred among clinical and non-clinical sources during 16 years in Brazil. Furthermore, the analysis of SVR- flaA alleles allowed the conclusion that the prevalent alleles in the strains studied were different from those found in European countries. The data obtained by MLST suggests that the strains studied had a high genomic diversity among them and in comparison with strains isolated from different places worldwide. Finally, the MLST and PFGE technicques were the most efficient and adequate in genotyping the C. coli strains studied.
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Caracterização molecular de linhagens de Campylobacter coli isoladas de origens diversas / Molecular characterization of Campylobacter coli strains isolated from different sourcesCarolina Nogueira Gomes 18 August 2015 (has links)
Campylobacter spp., principalmente as espécies C. coli e C. jejuni, são a causa mais comum de doença bacteriana veiculada por alimentos na Europa, Estados Unidos e alguns outros locais do mundo. No Brasil, há uma escassez de estudos de C. coli, o que dificulta avaliar a dimensão do envolvimento dessa bactéria como causadora de doença nos seres humanos e em animais, bem como, determinar o impacto de sua presença em alimentos e no meio ambiente. O objetivo desse trabalho foi caracterizar molecularmente linhagens de C. coli isoladas de origens diversas no Brasil pela pesquisa da presença de genes relacionados à virulência por PCR, perfil de sensibilidade a antimicrobianos e pela análise da similaridade genotípica por métodos de tipagem molecular. Adicionalmente, o Índice de Discriminação (D) de tais metodologias foi verificado. Foram estudadas 63 linhagens de C. coli, isoladas de humanos (12), animais (21), alimentos (10) e ambiente (20), entre os anos de 1995 e 2011, nos Estados do Rio de Janeiro, São Paulo e Minas Gerais. Todas as linhagens apresentaram os genes flaA, cadF e sodB. O gene cdtB foi detectado em 20 (31,7%) linhagens, o gene flhA foi detectado em 11 (17,5%) linhagens, o gene dnaJ foi encontrado em 10 (15,9%) linhagens, o gene pldA foi detectado em sete (11,1%) linhagens, o gene iamA foi detectado em três (4,8%) linhagens, os genes cdtC e docA foram encontrados em duas (3,2%) linhagens, os genes cdtA e crsA foram encontrados em uma (1,6%) linhagem e os genes ciaB, wlaN, virB11 e racR não foram detectados. Dentre as 63 linhagens estudadas, 42 foram susceptíveis a todos os antimicrobianos testados. Das 21 linhagens resistentes, 10 (15,9%) foram resistentes a tetraciclina e doxaciclina, seis (9,5%) foram resistentes a ciprofloxacina e uma (1,6 %) foi resistente a eritromicina. Somente quatro (6,3%) linhagens foram resistentes a pelo menos duas diferentes classes de antibióticos testados simultaneamente. O dendrograma de similaridade genética de Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) agrupou as 63 linhagens estudadas em dois grupos principais denominados PFGE-A e PFGE-B com similaridade genômica de 44,9% entre eles. Entretanto, algumas linhagens isoladas de humanos, animais, ambiente e alimentos apresentaram uma alta similaridade genotípica acima de 80% entre elas e, foram agrupadas em sete subgrupos denominados PFGE-A1 a PFGE-A7. O dendrograma de similaridade genômica das sequências da SVR do gene flaA agrupou as linhagens ii estudadas em dois grupos principais designados SVR-A e SVR-B, com similaridade acima de 83,1 % entre eles. Ademais, o depósito das sequências da SVR do gene flaA no banco de dados online demonstrou que os alelos 30 e o 1647 foram os mais frequentemente encontrados e permitiu a comparação das linhagens estudadas com os alelos descritos no banco de dados. Sete alelos, dentre os 22 encontrados, não haviam sido previamente descritos. A análise do locus CRISPR por HRMA dividiu as linhagens de C. coli em quatro diferentes perfis de melting. O Multilocus sequence typing (MLST) foi utilizado para tipar 20 linhagens de C. coli e foram obtidos 18 STs diferentes dos quais apenas dois já haviam sido previamente descritos. O D das metodologias de PFGE, sequenciamento da SVR do gene flaA, análise do locus CRISPR por HRMA e MLST foi de 0,986, 0,916, 0,550 e 0,989, respectivamente. Pode- se concluir que o potencial patogênico das linhagens de C. coli não foi evidenciado o que pode estar relacionado ao fato da maioria dos estudos envolvendo patogênese terem sido realizados para a espécie C. jejuni. Algumas linhagens apresentaram-se resistentes aos antimicrobianos testados, o que é preocupante uma vez que tais linhagens podem disseminar genes de resistência a outras isoladas de diversas fontes. Os resultados gerados pelos métodos de tipagem molecular por PFGE e sequenciamento da pequena região variável (SVR) do gene flaA demonstraram uma alta similaridade genotípica entre algumas linhagens de C. coli, sugerindo que uma possível contaminação tenha ocorrido entre linhagens isoladas de fontes clínicas e não clínicas ao longo de 16 anos no Brasil. Ademais, a análise dos alelos da SVR do gene flaA nos permitiu concluir que os alelos prevalentes nas linhagens estudadas diferem daqueles encontrados nos países Europeus. Os dados obtidos por MLST sugerem que as linhagens estudadas possuem uma grande diversidade genética entre si e em comparação com as linhagens isoladas em diferentes locais do mundo. Finalmente, as técnicas de MLST e PFGE foram as mais eficientes e adequadas na genotipagem das linhagens de C. coli estudadas. / Campylobacter spp., mainly the C. coli and C. jejuni species, are the most common cause of bacterial disease conveyed by food in Europe, United States, and other places worldwide. In Brazil, there is a paucity of studies on C. coli, which makes it difficult to evaluate the involvement of this bacterium as a cause of diseases in humans and animals, as well as to determine the impact of its presence in food and the environment. The aim of this study was to molecularly characterize C. coli strains isolated from diverse origins in Brazil by searching for the presence of virulence-related genes by PCR, antimicrobial sensitivity profile, and analysis of the genotypic similarity by molecular typing methods. Addicionaly, the Discriminatory Index (D) of those methodologies was acessed. Sixty-three C. coli strains isolated from humans (12), animals (21), food (10), and the environment (20) between 1995 and 2011, in the States of Rio de Janeiro, São Paulo, and Minas Gerais were studied. All strains presented the flaA, cadF and sodB genes. The cdtB gene was detected in 20 (31.7%) strains; the flhA gene was detected in 11 (17.5%) strains; the dnaJ gene was detected in 10 (15.9%) strains; the pldA gene was detected in 7 (11.1%) strains ; the iamA gene was detected in three (4.8%) strains; the cdtC and docA genes were found in two (3.2%) strains; the cdtA and crsA were found in one (1.6%) strain and the ciaB, wlaN, virB11 and racR genes were not detected. Among the 63 strains studied, 42 were susceptible to all antimicrobials tested. Of the 21 resistant strains, 10 (15.9%) were resistante to tetracycline and doxaciclyne, six (9.5%) showed resistance to ciprofloxacin, and one (1.6%) was resistant to erythromycin. Only four (6.3%) strains were simultaneously resistant to at least two different classes of the antibiotics tested. The dendrogram of genetic similarity of Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) grouped the 63 strains studied into two groups namely PFGE-A and PFGE-B with a genomic similarity of 44.9% among them. However, some strains isolated from humans, animals, the environment and food presented a high genotypic similarity above 80% and were subdivided into seven groups designated as PFGE-A1 to PFGE-A7. The dendrogram of genetic similarity of the SRV-flaA gene sequences grouped the strains studied into two groups namely SVR-A and SVR-B, with similarity above 83.1% among them. Besides, the deposit of the SVR sequences of the flaA gene in the online database showed that the alleles 30 and 1647 were the iv most frequently found and allowed the comparison between the strains studied with the alleles described in the database. Seven alleles, among the 22 found have never been described before. The CRISPR locus analysis divided the C. coli strains into four different melting profiles. The Multilocus sequence typing (MLST) was used to type 20 C. coli strains and revealed 18 different STs among which just two had been previously described. The D of PFGE, SVR- flaA sequence, HRMA of CRISPR locus analysis and MLST was 0.986, 0.916, 0.550 and 0.989, respectively. In conclusion, the pathogenic potential of the C. coli strains was not highlighted, which could be related to the fact that the majority of the pathogenicity studies were performed with C. jejuni species. Some strains showed resistance to the antibiotics tested what is a concern once those strains may spread the resistance genes to other strains isolated from different sources. The results obtained by PFGE and SVR-flaA sequence showed a high genomic similarity among some C. coli strains which may suggest that a possible contamination may have occurred among clinical and non-clinical sources during 16 years in Brazil. Furthermore, the analysis of SVR- flaA alleles allowed the conclusion that the prevalent alleles in the strains studied were different from those found in European countries. The data obtained by MLST suggests that the strains studied had a high genomic diversity among them and in comparison with strains isolated from different places worldwide. Finally, the MLST and PFGE technicques were the most efficient and adequate in genotyping the C. coli strains studied.
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