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HEMOCULTURAS POSITIVAS DE PACIENTES ATENDIDOS EM UM HOSPITAL ESCOLA / POSITIVE BLOOD CULTURES OF PATIENTS TREATED AT A HOSPITAL SCHOOL

Rampelotto, Roberta Filipini 26 February 2015 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Nosocomial infections are a serious public health problem. In recent years, bloodstream infections (BSI) has increased significantly in hospitals, accounting for high morbidity and mortality rates. These, mostly are caused by bacteria, which are detected by performing blood cultures. Currently, due to the frequency and severity of BSI in the hospital environment, it is necessary to evaluate the epidemiological importance data, improving the control and prevention of these infections. Thus, this study aimed to analyze the microorganisms related to BSI from patients admitted to the University Hospital of Santa Maria (HUSM) in the one-year period (2012-2013). We analyzed the epidemiological profile and sensitivity of positive blood cultures of patients admitted at HUSM from April 2012 to March 2013. During the study period, 1080 samples were positive, 69.3% caused by gram-positive organisms (GP), 22.9% by Gram-negative (GN) and 7.9% by fungus. The most common organism was Staphylococcus epidermidis (24%), followed by Staphylococcus hominis (6.8%), Staphylococcus haemolyticus (6.8%) and Pseudmonas aeruginosa (6%). The isolates predominated in male patients (50.6%) and aged between 0-20 years, and the Pediatric/Neonatal Intensive Care Unit was the sector with the highest number of insulation, 24.3% (10.3%/14%). The evaluation of the sensitivity profile showed 100% sensitivity daptomycin, linezolid, tigecycline and vancomycin front of GP microorganisms, and a rate of 42.31% of Staphylococcus were characterized phenotypically as coagulase negative Staphylococcus resistant to methicillin (MRSCoN). Already, between the GN, all microorganisms in study showed 100% of resistance to ampicillin, and Pseudomonas aeruginosa 100% of resistance to cephalothin and cefoxitin, and 1.57% of these isolates showed ESBL mechanism resistance. Impact assessment studies of BSI have significant impact in reducing mortality, especially in patients with weakened immune system, since that provide an immediate start of effective empirical antimicrobial therapy, also decreasing hospital costs. Through this study it was observed that there was a predominance of GP bacteria, and approximately 50% of the isolates were caused by Staphylococcus spp. and 42.31% of strains were resistant to methicillin. This fact should be reconsidered when the empirical antibiotic therapy institution, especially in patients admitted to critical care units. ICS impact assessment studies have significant impact on mortality, especially in patients with weakened immune system, since provide immediate onset of effective empiric antibiotic therapy. These infections should be investigated along the Hospital Infection Control Commission for further steps to be taken, reducing the incidence of ICS, hospital costs and also mortality rates. / Infecções hospitalares constituem um sério problema de saúde pública. Nos últimos anos, as infecções de corrente sanguínea (ICS) vem aumentando significativamente nos hospitais, sendo responsáveis por elevadas taxas de morbi-mortalidade. Estas, majoritariamente são ocasionadas por bactérias, as quais são detectadas pela realização de hemoculturas. Atualmente, devido a frequência e a gravidade das ICS no ambiente hospitalar, torna-se necessário a avaliação de dados de importância epidemiológica, melhorando o controle e prevenção destas infecções. Dessa forma, este estudo teve como objetivo analisar os microrganismos relacionados à ICS, de pacientes admitidos no Hospital Universitário de Santa Maria (HUSM), no período de um ano (2012-2013). Foi realizada a avaliação do perfil epidemiológico e de sensibilidade das hemoculturas positivas dos pacientes admitidos no HUSM entre abril de 2012 a março de 2013. No período de estudo, 1080 amostras foram consideradas positivas, sendo 69,3% causadas por microrganismos gram-positivos (GP), 22,9% por gram-negativos (GN) e 7,9% fungos. O microrganismo mais frequente foi o Staphylococcus epidermidis (24%), seguido pelo Staphylococcus hominis (6,8%), Staphylococcus haemolyticus (6,8%) e Pseudmonas aeruginosa (6%). Os isolamentos predominaram em pacientes do sexo masculino (50,6%) e na faixa etária compreendida entre 0-20 anos, sendo a Pediatria/Unidade de terapia intensiva neonatal, o setor com maior número de isolamentos, 24,3% (10,3%/14%). A avaliação do perfil de sensibilidade evidenciou 100% de sensibilidade a daptomicina, linezolida, tigeciclina e vancomicina frente aos microrganismos GP, sendo que uma taxa de 42,31% dos isolados do gênero Staphylococcus foram caracterizados fenotipicamente como Staphylococcus coagulase negativa resistentes à meticilina (MRSCoN). Já, entre os GN, todos os microrganismos em estudo apresentaram 100% de resistência frente a ampicilina, e a Pseudomonas aeruginosa 100% de resistência a cefalotina e cefoxitina, e 1,57% destes isolados apresentaram mecanismo de resistência ESBL. Através deste estudo foi possível observar que houve o predomínio de bactérias GP, sendo que aproximadamente 50% dos isolamentos foram causados por Staphylococcus spp. e 42,31% destas cepas foram resistentes a meticilina. Esse fato deve ser reconsiderado quando da instituição da antibioticoterapia empírica, principalmente nos pacientes admitidos em unidades críticas. Estudos de avaliação da incidência de ICS apresentam impacto significativo na mortalidade, principalmente dos pacientes com sistema imune debilitado, uma vez que propiciam o início imediato da efetiva terapia antimicrobiana empírica. Estas infecções devem ser investigadas juntamente da Comissão de Controle de Infecção Hospitalar para que novas medidas sejam adotadas, reduzindo a incidência das ICS, os custos hospitalares e também as taxas de mortalidade.
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ESTUDO DE ISOLADOS CLÍNICOS DE Pseudomonas aeruginosa E Acinetobacter spp. MULTIRRESISTENTES DO HOSPITAL UNIVERSITÁRIO DE SANTA MARIA / CLINICAL STUDY OF ISOLATED Pseudomonas aeruginosaANDAcinetobacter spp. MULTIRESISTANT THE UNIVERSITY HOSPITAL SANTA MARIA

Santos, Silvana Oliveira dos 21 March 2014 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp. are non-fermenting Gram negative bacilli (NF-BGN), unable to use carbohydrates as an energy source through fermentation, are considered opportunistic and have great clinical importance in Related to Health Care Infections (HAIs). The high resistance to antimicrobials that these species present is attributed to a number of factors such as selective pressure of antimicrobials, inadequate empirical antimicrobial therapy, long periods of hospitalization and patient-related factors. A total of 102 isolates from the University Hospital of Santa Maria (HUSM) were studied with 63 Pseudomonas aerugionosa and 39 Acinetobacter spp.. The assessment of their sensitivity profile was performed using the standard disc diffusion method. Comparing the two genus, in this study, P. aeruginosa showed higher sensitivity than Acinetobacter spp. the antimicrobials tested. P. aeruginosa showed 85,7% sensitivity to polymyxin B and Acinetobacter spp. 41,0% to tetracycline.The mechanism of chromosome AmpC searched by the phenotypic test for beta-lactamase induction in Group 1 was only detected in P. aeruginosa (68,2%). None of the samples showed beta-lactamase extended spectrum (ESBL) evaluated the test of synergism or bringing the disks. Among P. aeruginosa, 57,1% were simultaneously sensitive to imipenem and meropenem, with these carbapenem-resistant strains were 100% sensitive to polymyxin B and tobramycin 61,5%. In the genus Acinetobacter only 15,4% were susceptible to imipenem and 17,9% to meropenem, but resistant to this class samples showed 100% sensitivity to polymyxin B and 59,4% to tetracycline. Multidrug resistance to antimicrobials detected this nosocomio mainly isolates of Acinetobacter spp. shows the importance of monitoring the sensitivity profile for the promotion of patient safety with the introduction of effective empiric treatment, and to constitute an attempt to minimize bacterial resistance. / Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter spp. são bacilos Gram negativos não fermentadores (BGN-NF), incapazes de utilizar carboidratos como fonte de energia através da fermentação, são considerados oportunistas e possuem grande importância clínica nas Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS). A elevada resistência aos antimicrobianos que estas espécies apresentam atribui-se a uma série de fatores como pressão seletiva dos antimicrobianos, terapia antimicrobiana empírica inadequada, longos períodos de hospitalização e fatores relacionados ao paciente. Um total de 102 isolados do Hospital Universitário de Santa Maria (HUSM) foram estudados sendo 63 Pseudomonas aerugionosa e 39 Acinetobacter spp.. A avaliação do seu perfil de sensibilidade foi realizada utilizando o método convencional de difusão do disco. Comparando os dois gêneros, neste estudo, P. aeruginosa apresentou maior sensibilidade que Acinetobacter spp., frente aos antimicrobianos testados. P. aeruginosa mostrou 85,7% de sensibilidade à polimixina B e Acinetobacter spp. 41,0% à tetraciclina. O mecanismo de AmpC cromossômica, pesquisado através do teste fenotípico de indução de beta-lactamase do Grupo 1, somente foi detectado em P. aeruginosa (68,2%). Nenhuma das amostras apresentou beta-lactamase de espectro estendido (ESBL) avaliado pelo teste do sinergismo ou da aproximação dos discos. Entre as P. aeruginosa, 57,1% apresentaram sensibilidade simultânea ao imipenem e meropenem, sendo que as cepas resistentes a estes carbapenêmicos foram 100% sensíveis à polimixina B e 61,5% à tobramicina. No gênero Acinetobacter somente 15,4% foram sensíveis ao imipenem e 17,9% ao meropenem, mas as amostras resistentes a esta classe apresentaram 100% de sensibilidade à polimixina B e 59,4% à tetraciclina. A multirresistência aos antimicrobianos detectada neste nosocômio, principalmente dos isolados de Acinetobacter spp. mostra a importância do monitoramento do perfil de sensibilidade para a promoção da segurança do paciente com a instituição do tratamento empírico efetivo, além de constituir-se numa tentativa de minimização da resistência bacteriana.
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Perfil de sensibilidade e genotipagem de leveduras isoladas de pacientes com candidemia em dois Hospitais de ReferÃncia TerciÃria de Fortaleza-Cearà / Sensitivety profile to antifulgal and evaluate the genotypical profile of the yeast isolated from candidemic patients tertiary care hospital from Northeast Brazil

DÃlia JÃssica Astete Medrano 24 September 2004 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / As infecÃÃes fÃngicas sistÃmicas causadas por leveduras do gÃnero Candida sÃo consideradas micoses oportunistas de alto risco em ambientes hospitalares. Essas infecÃÃes representam importante desafio terapÃutico, em razÃo do surgimento de espÃcies resistentes a antifÃngicos, associados a altos Ãndices de mortalidade. Por esta razÃo, este trabalho objetivou: Verificar a freqÃÃncia de fungemias no Hospital Geral Dr. CÃsar Cals (HGCC) e Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS); identificar os agentes etiolÃgicos implicados; determinar o perfil de sensibilidade aos antifÃngicos e avaliar o perfil genotÃpico das espÃcies isoladas de pacientes com quadros de recorrÃncia. Para isso foram recuperadas, de 4 627 hemoculturas, 55 hemoculturas positivas para leveduras do HGCC, e, de 5 316 hemoculturas, 87 positivas para leveduras do HIAS. Destas, 23 do HGCC e 43 pacientes do HIAS que possuÃam histÃrias clÃnicas com dados completos entraram neste estudo. O diagnÃstico micolÃgico foi realizado por meio das caracterÃsticas bioquÃmicas e morfolÃgicas dos agentes etiolÃgicos isolados. O teste de sensibilidade aos antifÃngicos - anfotericina B, fluconazol, itraconazol e cetoconazol - utilizou o mÃtodo de microdiluiÃÃo em caldo, descrito no documento M27-A2 do NCCLS. As tÃcnicas de genotipagem foram realizadas por eletroforese em campo pulsÃtil (PFGE) e amplificaÃÃo aleatÃria do DNA (RAPD). Entre o perÃodo do junho do 2000 a junho do 2002, no HGCC, foram analisadas 4 627 hemoculturas, sendo positivas 1051, das quais 55 (5,2%) foram positivas para leveduras do gÃnero Candida. Em contrapartida, no perÃodo de junho do 2001 a junho do 2002, no HIAS, foram analisadas 5316 hemoculturas, sendo positivas 1520 amostras, das quais 87 (5,72%) foram positivas para leveduras dos gÃneros Candida e Rhodotorula. A principal espÃcie envolvida, dentro do gÃnero Candida, foi a C. parapsilosis com 36% e 42% no HGCC e HIAS, respectivamente. Os principais fatores de risco foram: a antibioticoterapia prÃvia (n=19; 90%), cateter venoso central, nutriÃÃo parenteral, sondagem gÃstrica , ventilaÃÃo mecÃnica, cirurgia e prematuridade. Quanto à resistÃncia a drogas antifÃngicas, foi observado que anfotericina B apresentou um Ãndice de resistÃncia de 4%, fluconazol- 52%, itraconazol- 50% e cetoconazol- 86%. A tÃcnica do PFGE caracterizou um perfil cromossÃmico de 6 bandas para C. parapsilosis e 4 para C. tropicalis. Esta tÃcnica permitiu a diferenciaÃÃo de uma cepa com padrÃo de bandas alterado para o Ãltimo episÃdio do paciente 4. A tÃcnica de RAPD caracterizou um padrÃo de distribuiÃÃo de bandas predominante para C. parapsilosis e foi capaz de caracterizar 4 perfis genÃmicos, indicando re-infecÃÃo em 3 pacientes e 2 perfis genÃmicos foram encontrados para C. tropicalis . Este ensaio demonstra a emergÃncia das Candida nÃo-albicans, especialmente a C. parapsilosis, como principal responsÃvel pelos casos de candidemias em dois hospitais de indicaÃÃo terciÃria de Fortaleza, associado a uma alta resistÃncia in vitro aos antifÃngicos. A variabilidade genÃtica encontrada nas C. parapsilosis e C. tropicalis, mediante as tÃcnicas do PFGE e RAPD, revelaram quadros de re-infecÃÃo, os quais erguem a possibilidade de que estas sejam decorrentes de uma contaminaÃÃo entre pacientes ou indiretamente, por intermÃdio de trabalhadores da saÃde. / The systemic infections caused by yeasts of the genus Candida are considered opportunist mycoses of high risk in hospital environments. These infections represent important therapeutical challenge, by reason of arising of species resistent to some antifungals, associated with high rate of mortality. Therefore, this work sought: To verify the frequency of fungemias at Dr. CÃsar Cals Hospital and Albert Sabin Children Hospital; identify the etiological agents implicated; determine the sensitivety profile to antifulgal and evaluate the genotypical profile of the species isolated from patients with recurrency. For this, were recuperated from 4627 hemcultures, 55 yeast-positive hemocultures at HGCC and from 5316 hemocultures 87 yeast-positive hemocultures at HIAS. From them, 23 patients at HGCC and from 43 at HIAS that had clinical histories with complet data entered this study. The mycological diagnosis was performed through biochemical and morphological characteristics of the etiological isolated. The test of sensitivety to antifungal- amphotericin B, fluconazole, itraconazole and cetoconazole- utilized the microdilution method in broth, reported in the document M27-A2 of the NCCLS. The genotyping techniques were performed through PFGE (Pulsed Field Gel Electrophresis), RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA analysis). Within the period from june of 2000, to june of 2002 at HGCC, were analysed 4627 hemocultures, being positives 1051, of which 55 (5,2%) were positive for yeast of the genus Candida. On the other hand, in the period from june of 2001 to july of 2002 at HIAS, were analysed 5316 hemocultures, of which 87 (5,72%) were yeast-positive of the genus Candida and Rhodotorula.The main specie involved in the genus Candida, was C. parapsilosis with 36% and 42% of the cases at HGCC and HIAS respectively. The main risk factors associated with candidemia, were: the previous antibiotic therapy, central venous catheter, parenteral nutrition, gastric probe, mechanical ventilation, surgery and prematurity. About the resistance to antifungals drugs was observed that amphotericin B showed a resistance level of 4%, fluconazole-56%, itraconazole-52% and cetoconazole- 86%. The PFGE technique caracterized a cromossomic profile of 6 bands for C. parapsilosis and 4 for C. tropicalis. This technique permited the diferentiation of one cepa with changed pattern of bands for the last episode of the patient 4. The technique of RAPD chacacterized a distribution pattern of predominant bands for C. parapsilosis and was capable of characterize 4 genetical profiles, denoting reinfection in 3 patients and 2 genomic profiles were found for C. tropicalis. This assay shows the emergency of the non- albicans Candida, specially the C. parapsilosis, as main responsible for the cases of candidemia in the two hospitals of tertiary indication of Fortaleza, associated with a high resistance in vitro to antifungals. The genetical variability found in C. parapsilosis and C. tropicalis through the PFGE and RAPD techniques, revealed reinfection pictures, which rises the possibility that these be due to a contamination among patients or indirectly through the healthy workers.
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Caracterização molecular de linhagens de Campylobacter coli isoladas de origens diversas / Molecular characterization of Campylobacter coli strains isolated from different sources

Gomes, Carolina Nogueira 18 August 2015 (has links)
Campylobacter spp., principalmente as espécies C. coli e C. jejuni, são a causa mais comum de doença bacteriana veiculada por alimentos na Europa, Estados Unidos e alguns outros locais do mundo. No Brasil, há uma escassez de estudos de C. coli, o que dificulta avaliar a dimensão do envolvimento dessa bactéria como causadora de doença nos seres humanos e em animais, bem como, determinar o impacto de sua presença em alimentos e no meio ambiente. O objetivo desse trabalho foi caracterizar molecularmente linhagens de C. coli isoladas de origens diversas no Brasil pela pesquisa da presença de genes relacionados à virulência por PCR, perfil de sensibilidade a antimicrobianos e pela análise da similaridade genotípica por métodos de tipagem molecular. Adicionalmente, o Índice de Discriminação (D) de tais metodologias foi verificado. Foram estudadas 63 linhagens de C. coli, isoladas de humanos (12), animais (21), alimentos (10) e ambiente (20), entre os anos de 1995 e 2011, nos Estados do Rio de Janeiro, São Paulo e Minas Gerais. Todas as linhagens apresentaram os genes flaA, cadF e sodB. O gene cdtB foi detectado em 20 (31,7%) linhagens, o gene flhA foi detectado em 11 (17,5%) linhagens, o gene dnaJ foi encontrado em 10 (15,9%) linhagens, o gene pldA foi detectado em sete (11,1%) linhagens, o gene iamA foi detectado em três (4,8%) linhagens, os genes cdtC e docA foram encontrados em duas (3,2%) linhagens, os genes cdtA e crsA foram encontrados em uma (1,6%) linhagem e os genes ciaB, wlaN, virB11 e racR não foram detectados. Dentre as 63 linhagens estudadas, 42 foram susceptíveis a todos os antimicrobianos testados. Das 21 linhagens resistentes, 10 (15,9%) foram resistentes a tetraciclina e doxaciclina, seis (9,5%) foram resistentes a ciprofloxacina e uma (1,6 %) foi resistente a eritromicina. Somente quatro (6,3%) linhagens foram resistentes a pelo menos duas diferentes classes de antibióticos testados simultaneamente. O dendrograma de similaridade genética de Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) agrupou as 63 linhagens estudadas em dois grupos principais denominados PFGE-A e PFGE-B com similaridade genômica de 44,9% entre eles. Entretanto, algumas linhagens isoladas de humanos, animais, ambiente e alimentos apresentaram uma alta similaridade genotípica acima de 80% entre elas e, foram agrupadas em sete subgrupos denominados PFGE-A1 a PFGE-A7. O dendrograma de similaridade genômica das sequências da SVR do gene flaA agrupou as linhagens ii estudadas em dois grupos principais designados SVR-A e SVR-B, com similaridade acima de 83,1 % entre eles. Ademais, o depósito das sequências da SVR do gene flaA no banco de dados online demonstrou que os alelos 30 e o 1647 foram os mais frequentemente encontrados e permitiu a comparação das linhagens estudadas com os alelos descritos no banco de dados. Sete alelos, dentre os 22 encontrados, não haviam sido previamente descritos. A análise do locus CRISPR por HRMA dividiu as linhagens de C. coli em quatro diferentes perfis de melting. O Multilocus sequence typing (MLST) foi utilizado para tipar 20 linhagens de C. coli e foram obtidos 18 STs diferentes dos quais apenas dois já haviam sido previamente descritos. O D das metodologias de PFGE, sequenciamento da SVR do gene flaA, análise do locus CRISPR por HRMA e MLST foi de 0,986, 0,916, 0,550 e 0,989, respectivamente. Pode- se concluir que o potencial patogênico das linhagens de C. coli não foi evidenciado o que pode estar relacionado ao fato da maioria dos estudos envolvendo patogênese terem sido realizados para a espécie C. jejuni. Algumas linhagens apresentaram-se resistentes aos antimicrobianos testados, o que é preocupante uma vez que tais linhagens podem disseminar genes de resistência a outras isoladas de diversas fontes. Os resultados gerados pelos métodos de tipagem molecular por PFGE e sequenciamento da pequena região variável (SVR) do gene flaA demonstraram uma alta similaridade genotípica entre algumas linhagens de C. coli, sugerindo que uma possível contaminação tenha ocorrido entre linhagens isoladas de fontes clínicas e não clínicas ao longo de 16 anos no Brasil. Ademais, a análise dos alelos da SVR do gene flaA nos permitiu concluir que os alelos prevalentes nas linhagens estudadas diferem daqueles encontrados nos países Europeus. Os dados obtidos por MLST sugerem que as linhagens estudadas possuem uma grande diversidade genética entre si e em comparação com as linhagens isoladas em diferentes locais do mundo. Finalmente, as técnicas de MLST e PFGE foram as mais eficientes e adequadas na genotipagem das linhagens de C. coli estudadas. / Campylobacter spp., mainly the C. coli and C. jejuni species, are the most common cause of bacterial disease conveyed by food in Europe, United States, and other places worldwide. In Brazil, there is a paucity of studies on C. coli, which makes it difficult to evaluate the involvement of this bacterium as a cause of diseases in humans and animals, as well as to determine the impact of its presence in food and the environment. The aim of this study was to molecularly characterize C. coli strains isolated from diverse origins in Brazil by searching for the presence of virulence-related genes by PCR, antimicrobial sensitivity profile, and analysis of the genotypic similarity by molecular typing methods. Addicionaly, the Discriminatory Index (D) of those methodologies was acessed. Sixty-three C. coli strains isolated from humans (12), animals (21), food (10), and the environment (20) between 1995 and 2011, in the States of Rio de Janeiro, São Paulo, and Minas Gerais were studied. All strains presented the flaA, cadF and sodB genes. The cdtB gene was detected in 20 (31.7%) strains; the flhA gene was detected in 11 (17.5%) strains; the dnaJ gene was detected in 10 (15.9%) strains; the pldA gene was detected in 7 (11.1%) strains ; the iamA gene was detected in three (4.8%) strains; the cdtC and docA genes were found in two (3.2%) strains; the cdtA and crsA were found in one (1.6%) strain and the ciaB, wlaN, virB11 and racR genes were not detected. Among the 63 strains studied, 42 were susceptible to all antimicrobials tested. Of the 21 resistant strains, 10 (15.9%) were resistante to tetracycline and doxaciclyne, six (9.5%) showed resistance to ciprofloxacin, and one (1.6%) was resistant to erythromycin. Only four (6.3%) strains were simultaneously resistant to at least two different classes of the antibiotics tested. The dendrogram of genetic similarity of Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) grouped the 63 strains studied into two groups namely PFGE-A and PFGE-B with a genomic similarity of 44.9% among them. However, some strains isolated from humans, animals, the environment and food presented a high genotypic similarity above 80% and were subdivided into seven groups designated as PFGE-A1 to PFGE-A7. The dendrogram of genetic similarity of the SRV-flaA gene sequences grouped the strains studied into two groups namely SVR-A and SVR-B, with similarity above 83.1% among them. Besides, the deposit of the SVR sequences of the flaA gene in the online database showed that the alleles 30 and 1647 were the iv most frequently found and allowed the comparison between the strains studied with the alleles described in the database. Seven alleles, among the 22 found have never been described before. The CRISPR locus analysis divided the C. coli strains into four different melting profiles. The Multilocus sequence typing (MLST) was used to type 20 C. coli strains and revealed 18 different STs among which just two had been previously described. The D of PFGE, SVR- flaA sequence, HRMA of CRISPR locus analysis and MLST was 0.986, 0.916, 0.550 and 0.989, respectively. In conclusion, the pathogenic potential of the C. coli strains was not highlighted, which could be related to the fact that the majority of the pathogenicity studies were performed with C. jejuni species. Some strains showed resistance to the antibiotics tested what is a concern once those strains may spread the resistance genes to other strains isolated from different sources. The results obtained by PFGE and SVR-flaA sequence showed a high genomic similarity among some C. coli strains which may suggest that a possible contamination may have occurred among clinical and non-clinical sources during 16 years in Brazil. Furthermore, the analysis of SVR- flaA alleles allowed the conclusion that the prevalent alleles in the strains studied were different from those found in European countries. The data obtained by MLST suggests that the strains studied had a high genomic diversity among them and in comparison with strains isolated from different places worldwide. Finally, the MLST and PFGE technicques were the most efficient and adequate in genotyping the C. coli strains studied.
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Caracterização molecular de linhagens de Campylobacter coli isoladas de origens diversas / Molecular characterization of Campylobacter coli strains isolated from different sources

Carolina Nogueira Gomes 18 August 2015 (has links)
Campylobacter spp., principalmente as espécies C. coli e C. jejuni, são a causa mais comum de doença bacteriana veiculada por alimentos na Europa, Estados Unidos e alguns outros locais do mundo. No Brasil, há uma escassez de estudos de C. coli, o que dificulta avaliar a dimensão do envolvimento dessa bactéria como causadora de doença nos seres humanos e em animais, bem como, determinar o impacto de sua presença em alimentos e no meio ambiente. O objetivo desse trabalho foi caracterizar molecularmente linhagens de C. coli isoladas de origens diversas no Brasil pela pesquisa da presença de genes relacionados à virulência por PCR, perfil de sensibilidade a antimicrobianos e pela análise da similaridade genotípica por métodos de tipagem molecular. Adicionalmente, o Índice de Discriminação (D) de tais metodologias foi verificado. Foram estudadas 63 linhagens de C. coli, isoladas de humanos (12), animais (21), alimentos (10) e ambiente (20), entre os anos de 1995 e 2011, nos Estados do Rio de Janeiro, São Paulo e Minas Gerais. Todas as linhagens apresentaram os genes flaA, cadF e sodB. O gene cdtB foi detectado em 20 (31,7%) linhagens, o gene flhA foi detectado em 11 (17,5%) linhagens, o gene dnaJ foi encontrado em 10 (15,9%) linhagens, o gene pldA foi detectado em sete (11,1%) linhagens, o gene iamA foi detectado em três (4,8%) linhagens, os genes cdtC e docA foram encontrados em duas (3,2%) linhagens, os genes cdtA e crsA foram encontrados em uma (1,6%) linhagem e os genes ciaB, wlaN, virB11 e racR não foram detectados. Dentre as 63 linhagens estudadas, 42 foram susceptíveis a todos os antimicrobianos testados. Das 21 linhagens resistentes, 10 (15,9%) foram resistentes a tetraciclina e doxaciclina, seis (9,5%) foram resistentes a ciprofloxacina e uma (1,6 %) foi resistente a eritromicina. Somente quatro (6,3%) linhagens foram resistentes a pelo menos duas diferentes classes de antibióticos testados simultaneamente. O dendrograma de similaridade genética de Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) agrupou as 63 linhagens estudadas em dois grupos principais denominados PFGE-A e PFGE-B com similaridade genômica de 44,9% entre eles. Entretanto, algumas linhagens isoladas de humanos, animais, ambiente e alimentos apresentaram uma alta similaridade genotípica acima de 80% entre elas e, foram agrupadas em sete subgrupos denominados PFGE-A1 a PFGE-A7. O dendrograma de similaridade genômica das sequências da SVR do gene flaA agrupou as linhagens ii estudadas em dois grupos principais designados SVR-A e SVR-B, com similaridade acima de 83,1 % entre eles. Ademais, o depósito das sequências da SVR do gene flaA no banco de dados online demonstrou que os alelos 30 e o 1647 foram os mais frequentemente encontrados e permitiu a comparação das linhagens estudadas com os alelos descritos no banco de dados. Sete alelos, dentre os 22 encontrados, não haviam sido previamente descritos. A análise do locus CRISPR por HRMA dividiu as linhagens de C. coli em quatro diferentes perfis de melting. O Multilocus sequence typing (MLST) foi utilizado para tipar 20 linhagens de C. coli e foram obtidos 18 STs diferentes dos quais apenas dois já haviam sido previamente descritos. O D das metodologias de PFGE, sequenciamento da SVR do gene flaA, análise do locus CRISPR por HRMA e MLST foi de 0,986, 0,916, 0,550 e 0,989, respectivamente. Pode- se concluir que o potencial patogênico das linhagens de C. coli não foi evidenciado o que pode estar relacionado ao fato da maioria dos estudos envolvendo patogênese terem sido realizados para a espécie C. jejuni. Algumas linhagens apresentaram-se resistentes aos antimicrobianos testados, o que é preocupante uma vez que tais linhagens podem disseminar genes de resistência a outras isoladas de diversas fontes. Os resultados gerados pelos métodos de tipagem molecular por PFGE e sequenciamento da pequena região variável (SVR) do gene flaA demonstraram uma alta similaridade genotípica entre algumas linhagens de C. coli, sugerindo que uma possível contaminação tenha ocorrido entre linhagens isoladas de fontes clínicas e não clínicas ao longo de 16 anos no Brasil. Ademais, a análise dos alelos da SVR do gene flaA nos permitiu concluir que os alelos prevalentes nas linhagens estudadas diferem daqueles encontrados nos países Europeus. Os dados obtidos por MLST sugerem que as linhagens estudadas possuem uma grande diversidade genética entre si e em comparação com as linhagens isoladas em diferentes locais do mundo. Finalmente, as técnicas de MLST e PFGE foram as mais eficientes e adequadas na genotipagem das linhagens de C. coli estudadas. / Campylobacter spp., mainly the C. coli and C. jejuni species, are the most common cause of bacterial disease conveyed by food in Europe, United States, and other places worldwide. In Brazil, there is a paucity of studies on C. coli, which makes it difficult to evaluate the involvement of this bacterium as a cause of diseases in humans and animals, as well as to determine the impact of its presence in food and the environment. The aim of this study was to molecularly characterize C. coli strains isolated from diverse origins in Brazil by searching for the presence of virulence-related genes by PCR, antimicrobial sensitivity profile, and analysis of the genotypic similarity by molecular typing methods. Addicionaly, the Discriminatory Index (D) of those methodologies was acessed. Sixty-three C. coli strains isolated from humans (12), animals (21), food (10), and the environment (20) between 1995 and 2011, in the States of Rio de Janeiro, São Paulo, and Minas Gerais were studied. All strains presented the flaA, cadF and sodB genes. The cdtB gene was detected in 20 (31.7%) strains; the flhA gene was detected in 11 (17.5%) strains; the dnaJ gene was detected in 10 (15.9%) strains; the pldA gene was detected in 7 (11.1%) strains ; the iamA gene was detected in three (4.8%) strains; the cdtC and docA genes were found in two (3.2%) strains; the cdtA and crsA were found in one (1.6%) strain and the ciaB, wlaN, virB11 and racR genes were not detected. Among the 63 strains studied, 42 were susceptible to all antimicrobials tested. Of the 21 resistant strains, 10 (15.9%) were resistante to tetracycline and doxaciclyne, six (9.5%) showed resistance to ciprofloxacin, and one (1.6%) was resistant to erythromycin. Only four (6.3%) strains were simultaneously resistant to at least two different classes of the antibiotics tested. The dendrogram of genetic similarity of Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) grouped the 63 strains studied into two groups namely PFGE-A and PFGE-B with a genomic similarity of 44.9% among them. However, some strains isolated from humans, animals, the environment and food presented a high genotypic similarity above 80% and were subdivided into seven groups designated as PFGE-A1 to PFGE-A7. The dendrogram of genetic similarity of the SRV-flaA gene sequences grouped the strains studied into two groups namely SVR-A and SVR-B, with similarity above 83.1% among them. Besides, the deposit of the SVR sequences of the flaA gene in the online database showed that the alleles 30 and 1647 were the iv most frequently found and allowed the comparison between the strains studied with the alleles described in the database. Seven alleles, among the 22 found have never been described before. The CRISPR locus analysis divided the C. coli strains into four different melting profiles. The Multilocus sequence typing (MLST) was used to type 20 C. coli strains and revealed 18 different STs among which just two had been previously described. The D of PFGE, SVR- flaA sequence, HRMA of CRISPR locus analysis and MLST was 0.986, 0.916, 0.550 and 0.989, respectively. In conclusion, the pathogenic potential of the C. coli strains was not highlighted, which could be related to the fact that the majority of the pathogenicity studies were performed with C. jejuni species. Some strains showed resistance to the antibiotics tested what is a concern once those strains may spread the resistance genes to other strains isolated from different sources. The results obtained by PFGE and SVR-flaA sequence showed a high genomic similarity among some C. coli strains which may suggest that a possible contamination may have occurred among clinical and non-clinical sources during 16 years in Brazil. Furthermore, the analysis of SVR- flaA alleles allowed the conclusion that the prevalent alleles in the strains studied were different from those found in European countries. The data obtained by MLST suggests that the strains studied had a high genomic diversity among them and in comparison with strains isolated from different places worldwide. Finally, the MLST and PFGE technicques were the most efficient and adequate in genotyping the C. coli strains studied.

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