Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Aeglidae is the only freshwater anomuran family. Fossil evidences relate a marine origin for aeglids. However, genus Aegla invaded the freshwater environment of southern South America, becoming endemic and widespread in that Neotropical region. Besides, the group is widely diversified, consisting of approximately 70 recognized species. Despite the species richness, aeglids have experienced progressive habitat loss and reduction in their populations due to the steam environments alterations. In order to enable future works on Aegla diversity, this study proposed to develop microsatellite markers for Aegla longirostri. Because of their high polymorphism, such molecular markers have been widely used for establishing genetic structure, dynamic and relationship within and among populations. A total of 42 true microsatellite loci was isolated from the library enriched for (CA)n repeats, besides 17 chimeric sequences attained from technical artifacts. The repeats ranged from 3 to more than forty units. However, primer pairs could be developed for thirteen sequences. Successful PCR amplifications were obtained for loci AlCA135 and AlGA138 up to the moment. This microsatellite loci have been screening in 15 individuals of a population from the central region of Rio Grande do Sul State, Brazil, where that species is endemic, in order to evaluate polymorphism. The other developed primer pairs are still undergoing optimization. These markers are promising for investigating population genetic structure for this species. Besides, they revealed cross-species amplification when tested with Aegla uruguayana. Chimeric PCR products attained in this study, which correspond to 29% of the captured sequences, were object of a deep study about artifacts in microsatellite isolation. Moreover, it was proposed a mechanism to explain their formation and implications. / Aeglidae é a única família de crustáceos anomuros cujos representantes vivos são habitantes exclusivos de água doce. A origem marinha do grupo é evidenciada pelos registros fósseis. Entretanto, o gênero Aegla conquistou o ambiente dulcícola na região temperada do sul da América do Sul onde é endêmico, amplamente distribuído e diversificado, constituindo-se de aproximadamente 70 espécies descritas. Apesar da riqueza de espécies, os eglídeos têm sido vítimas de progressiva perda de habitat e declínio populacional devido à degradação dos ecossistemas límnicos sul-americanos. Visando possibilitar trabalhos futuros voltados à avaliação da diversidade do gênero, este estudo propôs o desenvolvimento de marcadores microssatélites para Aegla longirostri. Devido ao seu alto grau de polimorfismo, estes marcadores têm sido amplamente utilizados para avaliação de estrutura populacional, dinâmica e relações entre e dentro de populações dos mais variados organismos. Foram obtidos 42 locos verdadeiros de microssatélites com a construção de uma biblioteca genômica enriquecida com microssatélites (CA)n para A. longirostri, além de 17 seqüências quiméricas oriundas de artefatos da técnica. As repetições encontradas variaram de três a mais de 40 unidades. Desse total, 13 permitiram a projeção de primers. Condições ideais de amplificação foram estabelecidas para os locos AlCA135 e AlGA138 até o momento, os quais estão sendo testados em 15 indivíduos de uma população da região central do estado do Rio Grande do Sul, onde esta espécie é endêmica, para avaliação do polimorfismo. Testes de amplificação seguem sendo feitos para os demais locos desenvolvidos. Estes marcadores são promissores para investigação de estruturação genética em populações desta espécie. Além disso, estes locos apresentaram amplificação cruzada positiva quando testados para a espécie Aegla uruguayana. Para as seqüências quiméricas obtidas, as quais correspondem a 29% do total capturado, sugeriu-se um mecanismo para explicar sua causa e avaliaramse as implicações deste evento em construções de biblioteca genômica enriquecida com microssatélites.