BOMFIM, Isac Gabriel Abrahão. Relações filogenéticas de abelhas indígenas sem ferrão do táxon Melipona Illiger, 1806 (Apidae: Meliponina) baseadas em seqüências parciais da região its1 do DNA ribossômico nuclear. 2008. 97 f. Dissertação (Mestrado em zootecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2008. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-05-17T17:48:21Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-27T19:59:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T19:59:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_igabomfim.pdf: 1036482 bytes, checksum: eed11b61d455adc337c8c2475055b894 (MD5) Previous issue date: 2008 / The present work was carried out from April 2006 to March 2008, in the departments of Biology and Animal Science in the Universidade Federal do Ceará. The aim of this research was to investigate, through molecular data, the phylogenetic relationships among some Brazilian stingless bee species belonging to the taxon Melipona Illiger, 1806. It was attempted to obtain information that could facilitate a taxonomic revision of this bee group in the future and to generate information useful to the development of rational rearing adequate to the distinct species of this taxon, contributing to a better commercial exploitation and conservation of these bee species. Bee samples were collected in various states of the North, Northeast and Southeast regions of Brazil. Through the extraction, amplification and partial DNA sequencing of the ITS1 region of nuclear ribosomal DNA of those samples and the partial sequences of the ITS1 region of other bees of the same taxon searched in the GenBank, it was possible to observe the following parameters: multiple alignment, nucleotide composition, matrixes of genetic distances and phylogenetic reconstruction. Results showed that multiple alignment resulted produced a central intersection of only 141 bp long and the average of the genetic distance among all the studied sequences of the taxon Melipona was of 7,6%. The phylogenetic trees built using algorithms based on the methods of the Neighbor-Joining (NJ), Maximum Parsimony (MP) and Maximum Likelihood (ML) for the partial sequences showed essentially the same topology, which was clearly distinct in three great clados: Clado 1 - contained the sequences of M. subnitida, M. quadrifasciata and M. mandacaia (all belonging to the subgenus Melipona); Clado 2 - included the sequences of M. quinquefasciata and M. fasciculata (both belonging to the subgenus Melikerria); and Clado 3 – represented in this work by the sequences of M. mondury, M. flavolineata and M. scutellaris (all belonging to the subgenus Michmelia). The three phylogenetic trees were capable to recover the monophyly of the genus Melipona as well as of the three clados, that appeared as monophyletic groups. / O presente trabalho foi conduzido no período de abril de 2006 a março de 2008, nos departamentos de Zootecnia e de Biologia, da Universidade Federal do Ceará. O objetivo desta pesquisa foi investigar, através de dados moleculares, as relações filogenéticas de algumas abelhas indígenas sem ferrão do táxon Melipona Illiger, 1806, nativas do Brasil. Procurou-se fornecer subsídios para facilitar uma futura revisão taxonômica sobre essas abelhas, e desse modo gerar informações para o desenvolvimento de um criatório racional, adequado às diferentes espécies deste táxon, dessa forma contribuindo para o melhor aproveitamento comercial e conservação dessas abelhas. As amostras de abelhas foram coletadas em vários estados das regiões Norte, Nordeste e Sudeste do Brasil. Por meio da extração, amplificação e seqüenciamento parcial da região ITS1 do DNA ribossômico nuclear dessas amostras, somadas às seqüências parciais da região ITS1 de outras abelhas do mesmo táxon retiradas do GenBank, pôde-se verificar os seguintes aspectos: alinhamento múltiplo, composição nucleotídica, matriz de distância genética e reconstrução filogenética entre as mesmas. Os resultados mostraram que o alinhamento múltiplo produziu uma interseção central com o comprimento de apenas 141 pb e a média da distância genética entre todas as seqüências estudadas do táxon Melipona foi de 7,6%. As árvores construídas usando algoritmos baseados nos métodos de agrupamento do vizinho mais próximo (NJ), máxima parcimônia (MP) e máxima verossimilhança (MV) para as seqüências parciais da região pesquisada mostraram essencialmente a mesma topologia, sendo esta bem definida em três grandes clados: Clado 1- contendo as sequências de M. subnitida, M. quadrifasciata e M. mandacaia (todas pertencendo ao subgênero Melipona); Clado 2 – abrangendo as seqüências de M. quinquefasciata e M. fasciculata (ambas pertencendo ao subgênero Melikerria); Clado 3 – tendo como representantes no presente trabalho, as seqüências de M. mondury, M. flavolineata e M. scutellaris (todas pertencentes ao subgênero Michmelia). Todas as três árvores filogenéticas foram capazes de recuperar a monofilia tanto do gênero Melipona como também a dos três clados, que apareceram como grupos monofiléticos.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Cryptosporidium é um parasito coccídeo reconhecido por causar diarréia em humanos e animais em todo o mundo. O gênero compreende pelo menos 20 espécies confirmadas, sendo o C. hominis e C. parvum as principais espécies causadoras de criptosporidiose em humanos. Ferramentas moleculares têm sido desenvolvidas para detectar e diferenciar espécies/genótipos e subgenótipos de Cryptosporidium. O objetivo do trabalho foi avaliar a heterogeidade molecular de Cryptosporidium sp. obtidos de amostras clínicas provenientes dos municípios do Rio de Janeiro e de Salvador, através da PCR em tempo real e seqüenciamento automático. Foram analisadas 85 amostras, distribuídas em 3 grupos distintos, sendo 45 delas do município do Rio de Janeiro e 40 amostras provenientes de Salvador, Bahia. Todas as amostras foram positivas para Cryptosporidium sp. pelo método de coloração de Kinyoun a frio. O ensaio da PCR em tempo real combinou uma reação multiplex para a detecção do gênero Cryptosporidium e da espécie C. parvum e uma reação simples para a detecção de C. hominis. Na detecção do gênero Cryptosporidium foram utilizados par de primers e uma sonda TaqMan desenhados a partir do alinhamento de seqüências conservadas do gene 18S rRNA de várias espécies de Cryptosporidium disponíveis no GenBank. Para a detecção das espécies C. parvum e C. hominis foram utilizados primers e sondas específicos obtidos a partir de seqüências de cada espécie disponíveis no GenBank. A detecção do gênero Cryptosporidium através da sonda 18S rRNA, na reação duplex, foi visualizada em 63 de 85 amostras totais. Destas, a sonda TaqMan específica para C. parvum detectou 6 amostras e a sonda TaqMan específica para C. hominis detectou 42 amostras. Quinze amostras não puderam ser detectadas pelas sondas C. hominis ou C. parvum. Nos ensaios da PCR para o gene 18S, 31 amostras foram positivas e 27 delas sequenciadas. As análises filogenéticas confirmaram a presença de C. hominis, C. parvum e C. felis nas amostras estudadas. Na análise da topologia da árvore filogenética obtida por Neighbor Joining, observou-se-se que as sequências obtidas neste estudo se agruparam com espécies do gênero Cryptosporidium já descritas, com 99% ou 100% de similaridade. Conclui-se que os dois métodos utilizados são importantes ferramentas para o diagnóstico da criptosporidiose e diferenciação de C. hominis e C. parvum em investigações epidemiológicas, assim como avaliação da heterogeneidade molecular de Cryptosporidium sp / Cryptosporidium is a coccidia parasite known to cause diarrhea in humans and animals worldwide. The genus comprises at least 20 confirmed species, with C. hominis and C.parvum major species that cause cryptosporidiosis in humans. Molecular tools have been developed to detect and differentiate Cryptosporidium at the species/genotypes and subtype levels. The objective of this study was to evaluate the molecular heterogeneity of Cryptosporidium sp. clinical samples obtained from Rio de Janeiro and Salvador (Bahia), through real-time PCR and automatic sequencing. We analyzed 85 samples, distributed in three distinct groups, 45 of them in the city of Rio de Janeiro and 40 samples from Salvador. All samples were positive for Cryptosporidium sp. by modified Kinyoun acid-fast staining technique. The real-time PCR procedure combined a duplex reaction for the detection of Cryptosporidium species and C. parvum and a simple reaction for the detection of C. hominis. The detection of the genus Cryptosporidium have been used a pair of primers and TaqMan probe designed from the alignment of conserved sequences of the 18S rRNA gene of several species of Cryptosporidium available in GenBank. For the detection of species C. parvum and C. hominis were used specific primers and probes derived from sequences of each species available in the GenBank. Detection of Cryptosporidium sp. by 18S rRNA probe, in the duplex reaction, was visualized in 63 of 85 total samples. Of these, the C. parvum TaqMan probe detected 6 samples and the C. hominis TaqMan probe detected 42 samples. Fifteen samples could not be detected by C. hominis or C. parvum probes. In the 18S PCR assays, 31 samples were positive and 27 of them sequenced. Phylogenetic analysis confirmed the presence of C. hominis, C. parvum and C. felis. The analysis of the phylogenetic tree obtained by Neighbor Joining showed that the sequences obtained in this study were grouped with Cryptosporidium species described in the GenBank, with 99% or 100% similarity. Both methods are important tools for the diagnosis of cryptosporidiosis and differentiation of C. hominis and C. parvum in epidemiological investigations, as well as evaluation of Cryptosporidium sp. molecular heterogeneity

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Cryptosporidium é um parasito coccídeo reconhecido por causar diarréia em humanos e animais em todo o mundo. O gênero compreende pelo menos 20 espécies confirmadas, sendo o C. hominis e C. parvum as principais espécies causadoras de criptosporidiose em humanos. Ferramentas moleculares têm sido desenvolvidas para detectar e diferenciar espécies/genótipos e subgenótipos de Cryptosporidium. O objetivo do trabalho foi avaliar a heterogeidade molecular de Cryptosporidium sp. obtidos de amostras clínicas provenientes dos municípios do Rio de Janeiro e de Salvador, através da PCR em tempo real e seqüenciamento automático. Foram analisadas 85 amostras, distribuídas em 3 grupos distintos, sendo 45 delas do município do Rio de Janeiro e 40 amostras provenientes de Salvador, Bahia. Todas as amostras foram positivas para Cryptosporidium sp. pelo método de coloração de Kinyoun a frio. O ensaio da PCR em tempo real combinou uma reação multiplex para a detecção do gênero Cryptosporidium e da espécie C. parvum e uma reação simples para a detecção de C. hominis. Na detecção do gênero Cryptosporidium foram utilizados par de primers e uma sonda TaqMan desenhados a partir do alinhamento de seqüências conservadas do gene 18S rRNA de várias espécies de Cryptosporidium disponíveis no GenBank. Para a detecção das espécies C. parvum e C. hominis foram utilizados primers e sondas específicos obtidos a partir de seqüências de cada espécie disponíveis no GenBank. A detecção do gênero Cryptosporidium através da sonda 18S rRNA, na reação duplex, foi visualizada em 63 de 85 amostras totais. Destas, a sonda TaqMan específica para C. parvum detectou 6 amostras e a sonda TaqMan específica para C. hominis detectou 42 amostras. Quinze amostras não puderam ser detectadas pelas sondas C. hominis ou C. parvum. Nos ensaios da PCR para o gene 18S, 31 amostras foram positivas e 27 delas sequenciadas. As análises filogenéticas confirmaram a presença de C. hominis, C. parvum e C. felis nas amostras estudadas. Na análise da topologia da árvore filogenética obtida por Neighbor Joining, observou-se-se que as sequências obtidas neste estudo se agruparam com espécies do gênero Cryptosporidium já descritas, com 99% ou 100% de similaridade. Conclui-se que os dois métodos utilizados são importantes ferramentas para o diagnóstico da criptosporidiose e diferenciação de C. hominis e C. parvum em investigações epidemiológicas, assim como avaliação da heterogeneidade molecular de Cryptosporidium sp / Cryptosporidium is a coccidia parasite known to cause diarrhea in humans and animals worldwide. The genus comprises at least 20 confirmed species, with C. hominis and C.parvum major species that cause cryptosporidiosis in humans. Molecular tools have been developed to detect and differentiate Cryptosporidium at the species/genotypes and subtype levels. The objective of this study was to evaluate the molecular heterogeneity of Cryptosporidium sp. clinical samples obtained from Rio de Janeiro and Salvador (Bahia), through real-time PCR and automatic sequencing. We analyzed 85 samples, distributed in three distinct groups, 45 of them in the city of Rio de Janeiro and 40 samples from Salvador. All samples were positive for Cryptosporidium sp. by modified Kinyoun acid-fast staining technique. The real-time PCR procedure combined a duplex reaction for the detection of Cryptosporidium species and C. parvum and a simple reaction for the detection of C. hominis. The detection of the genus Cryptosporidium have been used a pair of primers and TaqMan probe designed from the alignment of conserved sequences of the 18S rRNA gene of several species of Cryptosporidium available in GenBank. For the detection of species C. parvum and C. hominis were used specific primers and probes derived from sequences of each species available in the GenBank. Detection of Cryptosporidium sp. by 18S rRNA probe, in the duplex reaction, was visualized in 63 of 85 total samples. Of these, the C. parvum TaqMan probe detected 6 samples and the C. hominis TaqMan probe detected 42 samples. Fifteen samples could not be detected by C. hominis or C. parvum probes. In the 18S PCR assays, 31 samples were positive and 27 of them sequenced. Phylogenetic analysis confirmed the presence of C. hominis, C. parvum and C. felis. The analysis of the phylogenetic tree obtained by Neighbor Joining showed that the sequences obtained in this study were grouped with Cryptosporidium species described in the GenBank, with 99% or 100% similarity. Both methods are important tools for the diagnosis of cryptosporidiosis and differentiation of C. hominis and C. parvum in epidemiological investigations, as well as evaluation of Cryptosporidium sp. molecular heterogeneity