Made available in DSpace on 2016-03-04T14:01:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 rafael_cuadrat_ioc_dout_2014.pdf: 4008307 bytes, checksum: f638f1e7b8458c6f20d884b710ddaf75 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os ambientes marinhos cobrem cerca de 70% da superfície do planeta. Esses habitats apresentam uma grande variabilidade de temperatura, pressão e salinidade, abrigando uma vasta biodiversidade microbiana, pertencentes aos 3 domínios da vida (Archaea, Bacteria e Eukarya). Estes microrganismos representam até 98% da produção primária destes ambientes representando grande potencial para exploração e descoberta de novos compostos naturais de interesse para a indústria farmacêutica e da biotecnologia. Entretanto, apenas cerca de 1% dos microrganismos podem ser cultivados com as técnicas atuais utilizando-se meios de cultura em laboratório. Com objetivo de contornar esta limitação, estudos de metagenômica vem sendo conduzidos para analisar amostras de diferentes ambientes, incluindo ambientes aquáticos como rios, lagos e regiões costeiras ou de oceano aberto. No presente estudo, foram avaliados a diversidade taxonômica e o potencial metabólico de uma amostra (fracionada em duas por filtração, nomeadas: amostra E \2013 retida na membrana de 0,8 \03BCm e amostra P \2013 retida na membrana de 0,22 \03BCm) coletada na Praia dos Anjos (Arraial do Cabo \2013 RJ), um ambiente de grande interesse por ser afetado pelo fenômeno da ressurgência, além de sofrer impacto antrópico (turismo e pesca). Foram também triados genes do metabolismo secundário (PKS e NRPS) de microrganismos através de pirosequenciamento do DNA total da comunidade Um total de 651.083 e 542.647 sequências de nucleotídeos (reads) foram obtidas das amostras P e E, respectivamente. As sequências obtidas foram analisadas através de similaridade com bancos de sequências públicas (Genbank) utilizando o pacote BLAST e o programa MEGAN para classificação taxonômica baseada no algoritmo do Último Ancestral Comum (LCA). O filo mais abundante nas duas amostras foi Proteobacteria, seguido por Bacteroidetes e Cyanobacteria (este último principalmente na amostra E). Membros do clado Roseobacter (principalmente gêneros Roseobacter e Ruegeria) foram encontrados em alta abundância nas duas amostras, porém a dominância é maior na amostra P (representando até 29% dos gêneros identificados). Através de modelos HMM (do inglês \201CHidden Markov Models\201D), foram triadas sequências de domínios conservados ceto-acil sintase - KS e domínio de condensação \2013 C, de enzimas PKS e NRPS, respectivamente. Um total de 84 sequências de KS e 46 sequências de domínio C foram encontradas nas duas amostras, mostrando o potencial deste ambiente para a descoberta de novos compostos de interesse para a indústria Adicionalmente, a abundância e diversidade de bactérias aeróbias fotossintetizantes anoxigênicas (AAP) no metagenoma de Arraial do Cabo e em metagenomas públicos do projeto GOS foi investigada através de uma metodologia in silico utilizando perfis de modelos ocultos de markov (pHMM) para triar os genes do núcleo de reação da fotossíntese anoxigênica (pufM e pufL), além do gene bchX, e através destes estimar a abundância e diversidade de AAPs em metagenomas. A amostra de maior abundância em AAPs foi a amostra P de Arraial do Cabo, com aproximadamente 23,88% do total de células presentes na amostra. Das 10 amostras do GOS mais abundantes em AAPs, 8 (80%) foram obtidas de regiões próximas a linha do equador. Foi possível classificar as sequências de pufM em filogrupos, mostrando alta abundância do filogrupo G (clado das Roseobacter) em Arraial do Cabo. Este filogrupo se mostrou o mais cosmopolita, presente em 11 das 12 (91,66%) amostras analisadas. Os resultados nos permitiram concluir que o ambiente estudado foi afetado pelo fenômeno da ressurgência, e a amostra foi coletada após o bloom do fictoplanton / The marine environments cover ~70% of the Earth's surface. These habitats present great variability of temperature, pressure and salinity, harboring a wide range of microorganisms from the three domains of life (Archaea, Bacteria and Eukarya) which are responsible for ~98% of the marine primary production. This huge biodiversity represents a great potent ial, as its exploration allows us to discover new enzymes for industrial use. However, only ~1% of the environmental microorganism can be cultivated using culture - dependent approaches. To overcome this limitation, metagenomics studies have been conducted u sing samples for different environments, including aquatic ones like costal seawater, deep seawater, open ocean waters and freshwater from rivers and lagoons. In this work, we explore the taxonomic diversity and the metabolic potential (to find new natural compounds produced by PKS and NRPS enzymes) of the Praia dos Anjos (Angel's Beach), in Arraial do Cabo, Rio de Janeiro, Brazil by pyrosequencing its metagenome. The sample was fractionated by filtration in 2 membranes to separate the eukaryotic (sample E) from prokaryotic communities (sample P). A total of 651,083 and 542,647 reads were obtained for samples P and E, respectively. The obtained sequences were analyzed by similarity using the BLAST package and the MEGAN program, applying the Last Common Ancest ral (LCA) algorithm. The MG - RAST pipeline was used to annotate the genes from the community. The most abundant bacterial phylum present in both samples was Proteobacteria, followed by Bacteroidetes and Cyanobacteria (mainly on sample E). Members of the Ros eobacter clade ( Roseobacter and Ruegeria genus) was abundant in both samples, but in larger abundance on sample P (up to 29% of identified genus) . The keto - acyl synthase (KS) domains from PKSs and condensation domain (C) from NRPS were screened using pHMMs approach. A total of 84 KS sequences and 46 C sequences were obtained from both samples, showing the potential of this environment for the discover y of new compounds. The aerobic anoxygenic phototrophs bacteria (AAP) are photoheterotrophic microorganisms that play important roles on biogeochemical cycles. In oceans, this group is wide ly distributed, however, its abundance and relevance in carbon fixation is poorly understood. In the present work, with the aim to estimate the abundance and diversity of AAPs in the metagenome from Arraial do Cabo, an in silico approach using Hiden Markov Models profiles (pHMM) was developed to screen core genes of anoxygenic photosynthesis ( pufM and pufL ), in addition to chlorophyllide reductase subunit X gene (bchX). The met agenomes from Global Ocean Sample Expedition (GOS) was also screened with comparative purposes. The most abundant sample was sample P from Arraial do Cabo, with ~23.88% of total cells in the sample . The 10 most abundant samples from GOS, in addition to the 2 samples from Arraial do Cabo, were selected to assembl y , ORF extraction and phylogenetic analysis of pufM genes. From the 10 GOS samples, 80% were collected in sites close to the Equador. It w as possible to classify the most of sequences in phylogroups, showing a high abundance of phylogroup G ( Roseobacter clade) in Arraial do Cabo samples. This phylogroup was the most ubiquitous, present on 11 from 12 ( 91.66%) assembled samples.

Hepatite C tem evolução progressiva, persiste na maioria dos pacientes (85%) e leva a uma doença crônica assintomática.A maioria dos pacientes apresenta nível de ALT elevada e aproximadamente 25% normal. Estes geralmente são mulheres e não há associação entre genótipo e severidade da lesão hepática. Histologicamente apresentam lesão mínima e leve fibrose, embora cirrose tenha sido relatado.Visando estimar a prevalência, características demográficas, genotípicas e anatomopatológicas em pacientes com ALT normal, realizamos um estudo de série de 68 casos entre janeiro de 1997 a abril de 2000. A prevalência foi de 13,82%, 45,6% do gênero masculino e 54,4% feminino, média de idade 38 +/- 13 anos. Genótipo 1 em 84,75%, 2 em 6,78% e o 3 em 8,47%. Em 52,9% dos casos biópsia hepática revelou fígado reacional, porém uma importante proporção (29%) dos nossos pacientes com transaminases normais mostrou sinais de fibrose. Estes resultados sugerem a necessidade de revisar os algoritimos da prática de biópsia hepática nessa população / Hepatitis C evolves progressively persisting in the majority of patients (85%) resulting in na asymptomatic chronic disease.Most patients have high ALT levels and approximately 25% normal ALT.The latter are usually female and there is no association between genotype and severity hepatic lesion.Histology shows small lesion and low amount of fibrosis, despite cirrhosis having been reported.Aiming at assessing prevalence, demographic, genotypical and anatomopathological characteristics in patients with normal ALT levels, we studied a series of 68 cases between January 1997 and April 2000.There was a prevalence of 13,82%, 45,6% of which were male and 54,4% female, average age of 38+/-13 years.Genotype 1 in 84,75%, 2 in 6,78% and 3 in 8,47%.In 52,9% of the cases revealed liver reaction, however, an important proportion of patients showed histologic signs of fibrosis (29%).Theses results suggest the need to revisit the algorithm for liver biopsy practice

Hepatite C tem evolução progressiva, persiste na maioria dos pacientes (85%) e leva a uma doença crônica assintomática.A maioria dos pacientes apresenta nível de ALT elevada e aproximadamente 25% normal. Estes geralmente são mulheres e não há associação entre genótipo e severidade da lesão hepática. Histologicamente apresentam lesão mínima e leve fibrose, embora cirrose tenha sido relatado.Visando estimar a prevalência, características demográficas, genotípicas e anatomopatológicas em pacientes com ALT normal, realizamos um estudo de série de 68 casos entre janeiro de 1997 a abril de 2000. A prevalência foi de 13,82%, 45,6% do gênero masculino e 54,4% feminino, média de idade 38 +/- 13 anos. Genótipo 1 em 84,75%, 2 em 6,78% e o 3 em 8,47%. Em 52,9% dos casos biópsia hepática revelou fígado reacional, porém uma importante proporção (29%) dos nossos pacientes com transaminases normais mostrou sinais de fibrose. Estes resultados sugerem a necessidade de revisar os algoritimos da prática de biópsia hepática nessa população / Hepatitis C evolves progressively persisting in the majority of patients (85%) resulting in na asymptomatic chronic disease.Most patients have high ALT levels and approximately 25% normal ALT.The latter are usually female and there is no association between genotype and severity hepatic lesion.Histology shows small lesion and low amount of fibrosis, despite cirrhosis having been reported.Aiming at assessing prevalence, demographic, genotypical and anatomopathological characteristics in patients with normal ALT levels, we studied a series of 68 cases between January 1997 and April 2000.There was a prevalence of 13,82%, 45,6% of which were male and 54,4% female, average age of 38+/-13 years.Genotype 1 in 84,75%, 2 in 6,78% and 3 in 8,47%.In 52,9% of the cases revealed liver reaction, however, an important proportion of patients showed histologic signs of fibrosis (29%).Theses results suggest the need to revisit the algorithm for liver biopsy practice

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-17T17:59:45Z No. of bitstreams: 1 ana_c_b_nascimento_ioc_bcm_0022_2010.pdf: 7179459 bytes, checksum: 2ef62247bd903a56caf55419a431306c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-17T17:59:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ana_c_b_nascimento_ioc_bcm_0022_2010.pdf: 7179459 bytes, checksum: 2ef62247bd903a56caf55419a431306c (MD5) Previous issue date: 2010 / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Ciencias Medicas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Anualmente, a malária afeta cerca de 300 milhões de pessoas no mundo (causando cerca de um milhão de mortes). No Brasil 450.000 casos são notificados anualmente. Recentemente, muitos trabalhos têm procurado identificar moléculas mediadoras da interação mosquito/plasmódio. Anopheles aquasalis é o vetor de malária mais importante nas regiões litorâneas do Brasil e Plasmodium vivax o agente etiológico causador da maior parte dos casos da doença. Este estudo visa examinar moléculas que participam da interação entre estes dois organismos. Para tal, duas estratégias foram utilizadas: subtração de cDNAs e PCR com iniciadores degenerados. As bibliotecas subtrativas foram produzidas a partir de amostras de A. aquasalis 2 e 24 horas após alimentação sanguínea ou infecção por P. vivax. Após a análise dos cDNAs obtidos foram observadas diferenças na expressão de genes entre A. aquasalis alimentados com sangue e com sangue infectado em ambos os intervalos de tempo investigados. Os resultados das subtrações de cDNA para os genes serino protease, fibrinogênio, proteína responsiva a bactéria e carboxipeptidase foram corroborados utilizando PCR em tempo real. Por exemplo, uma cecropina teve a sua expressão diminuída após a infecção com P. vivax e uma serpina apresentou um resultado oposto. Análise de um fator de transcrição GATA revelou um aumento de RNAm 36 horas após infecção com P. vivax assim como um aumento da infecção após silenciamento deste gene, demonstrando a importância deste fator de transcrição para a resposta imune do inseto contra P. vivax. Em paralelo, cDNAs de A. aquasalis específicos para genes relacionados com a via JAK-STAT [fator de transcrição STAT, proteína inibitória de STAT ativado (PIAS) e óxido nítrico sintase (NOS)] e com o sistema de detoxificação celular (catalase e duas superóxido dismutases) foram amplificados utilizando iniciadores degenerados. Resultados de expressão destes genes revelaram que STAT, PIAS e NOS são induzidos pela infecção com P. vivax e experimentos de genética reversa comprovaram que a via de sinalização JAK/STAT é importante na resposta imune do A. aquasalis contra este parasito. Com relação às enzimas de detoxificação, foi observado um aumento da expressão 36 horas após infecção e uma diminuição da atividade das enzimas SOD e catalase 24 horas após infecção. Este aumento de RNAm 36 horas após infecção pode estar relacionado à tentativa das células de diminuírem a quantidade intracelular de espécies reativas de oxigênio mantida pela diminuição da atividade destas enzimas 24 horas pós infecção. Surpreendentemente, o silenciamento da catalase exacerbou a infecção do P. vivax. Este resultado pode ser correlacionado com a produção de uma rede de ditirosina que protegeria os parasitos da resposta imune do inseto. Nossos resultados apontam mecanismos imunes adotados pelo A. aquasalis para combater o P. vivax, fornecendo informações importantes sobre moléculas envolvidas no processo de interação e imunidade deste vetor de malária no Brasil com seu parasito. / Each year, malaria affects 300 million people worldwide, causing 1 million deaths. In Brazil, 450,000 cases are reported annually. Recently, many studies have attempted to identify molecules that mediate the interaction mosquito-parasite. Anopheles aquasalis is the most important vector of malaria in the coastal regions of Brazil and the etiological agent Plasmodium vivax causes most cases of the disease. This study aims examining molecules that participate in the interaction between these two organisms. For this, two strategies were used: cDNA subtraction and PCR using degenerate primers. The subtractive libraries were produced from samples of A. aquasalis 2 and 24 hours after blood feeding or infection by P. vivax. After analyzes of cDNAs, differences were observed in gene expression between A. aquasalis fed with blood or infected blood at both times investigated. The expression of some candidates obtained through subtraction cDNA (serine protease, fibrinogen, carboxypeptidase and bacteria responsive protein genes) were confirmed using real time PCR. For example, the expression of a cecropin decreased after P. vivax infection while a serpin presented increased expression. Analysis of a transcription factor, GATA, revealed an increase in the mRNA levels 36 hours after infection. Silencing of this gene produced increased infection, demonstrating the importance of this transcription factor for the insect's immune response against P. vivax. In parallel, A. aquasalis cDNA sequences for the JAK-STAT pathway [transcription factor STAT, protein inhibitor of activated STAT (PIAS) and nitric oxide synthase (NOS)] and for genes related to cellular detoxification (catalase and two superoxide dismutases) were obtained using degenerate primers. Results of expression of these genes revealed that STAT, PIAS and NOS are induced by infection with P. vivax and reverse genetics experiments have shown that this pathway is important in the immune response of A. aquasalis against P. vivax. Regarding the detoxification enzymes, an increase in mRNA expression was observed 36 hours after infection and a decrease in activity 24 hours after infection. This increase in mRNA 36 hours after infection may be related to the attempt of cells to decrease the amount of intracellular ROS due to the diminished activity of these enzymes 24 hours after infection. Surprisingly, the silencing of catalase exacerbated the infection of P. vivax. This result may be correlated with the production of a dytirosine network that protects the parasites from the insect's immune response. Our results indicate immune mechanisms adopted by A. aquasalis to combat P. vivax, providing important information about molecules involved in the process of interaction and immunity of this vector with its Brazilian malaria parasite.