Orientador: Hildete Prisco Pinheiro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-06T00:58:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Grandin_LoriCristina_M.pdf: 676646 bytes, checksum: 180775a0f53ffb688d7c1603339ff1b8 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O avanço do sequenciamento dos genes tem incentivado o desenvolvimento de novas técnicas estatísticas para analisar dados genéticos. Nesse trabalho, os modelos logísticos regressivos, introduzidos por Bonney (1986), são apresentados primeiramente no contexto de análise de dados de família e posteriormente esses modelos são utilizados para analisar freqüências de códons em seqüências de DNA mitocondrial. Considerar independência entre os nucleotídeos no códon pode ser uma suposição muito forte, ou seja, biologicamente irreal. Por isso, várias estruturas de dependência são apresentadas para analisar as freqüências dos códons. Por exemplo, uma estrutura markoviana de primeira ordem pode ser adequada para explicar a dependência das bases no códon. A função de log-verossimilhança é avaliada e várias comparações são feitas para analisar qual o modelo mais parcimonioso. Aplicações desses modelos são feitas utilizando-se dados reais de seqüências do gene NADH4 do genoma mitocondrial humano / Abstract: The advance of gene sequencing has stimulated the development of new statistical techniques to analyze genetic data. In this work the logistic regressive models, introduced by Bonney (1986), are presented first in the context of analysis of familial data and then they are used to analyze codon frequencies in mitochondrial DNA sequences. The assumption of independence among nucleotide frequencies in a codon can be a very strong one, or biologically unreal. In view of this, several structures of dependence are presented to analyze the codon frequencies. For example, a first order Markovian structure can be appropriate to explain the dependence of the base frequencies in the codon. The log-likelihood function is evaluated and several comparisons are made to analyze which is the most parcimonious model. Applications of these models are made using real data of NADH4 gene sequences of the human mitochondrial genome / Mestrado / Bioestatistica / Mestre em Estatística

Orientador: Suzete Aparecida Lanza Destéfano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T14:37:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tonin_MarianaFerreira_D.pdf: 2371085 bytes, checksum: d7c915d664efeec24397b855164c65b9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Espécies pertencentes ao gênero Xanthomonas são responsáveis por doenças que podem causar grandes perdas econômicas em diversas culturas. Esses fitopatógenos têm sido objeto de diversos estudos taxonômicos resultando em significativas alterações na classificação em nível inter e infraespecífico. O presente estudo teve por objetivo caracterizar taxonomicamente bactérias do gênero envolvendo: (1) diferenciação e análises filogenéticas de espécies do gênero Xanthomonas; (2) esclarecimento da posição taxonômica de linhagens classificadas como Xanthomonas sp.; (3) diferenciação de patovares da espécie X. campestris; (4) desenvolvimento de primers específicos para X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae e X. melonis. O par de primers rpoB2F/rpoB3R, desenhado a partir de sequências do gene rpoB, foi empregado em experimentos de amplificas;ao utilizando-se DNAs de 26 espécies do gênero Xanthomonas e os produtos de amplificas;ao (800 pb) foram digeridos com diversas endonucleases. Os perfis de restrição obtidos com a utilização da enzima Hae III permitiram a diferenciação da maioria das espécies, incluindo os patógenos de mesmo hospedeiro como X. albilineans e X. sacchari (patogênicas à cana-de-açúcar); X. cucurbitae . e X. melonis (patogênicas ao melão); X. vesicatoria, X. gardneri e X. euvesicatoria/X. perforans (patogênicas ao tomateiro). Ainda, os produtos de amplificação do gene rpoB foram seqüenciados e a árvore filogenética construída a partir destas sequências também possibilitou a diferenciação das espécies do gênero, indicando que o gene rpoB pode ser considerado um marcador molecular eficiente para o estudo das relações filogenéticas de espécies do gênero Xanthomonas. Os DNAs de linhagens classificadas como Xanthomonas sp. também foram analisados por meio de experimentos de amplificação com primers específicos para a espécie X. axonopodis, de hibridizas;ao DNA-DNA, e analise de multilocus utilizando-se sequências dos genes rpoB, rpoA, atpA, recA e região espaçadora 16S-23S DNAr. Os resultados mostraram que as linhagens de X. sp. pv. viticola, X. sp. pv. betae e X. sp. pv. paulliniae pertencem a espécie X. axonopodis, entretanto, não foi possível definir a posição taxonômica das linhagens de X. sp. pv. arracaciae, X. sp. pv. esculenti e X. sp. pv. eucalypti, embora várias ferramentas tenham sido utilizadas. Assim, somente estudos complementares deverão ser conduzidos visando esclarecer a classificação dessas linhagens. Nesse estudo também foram analisadas as espécies X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae e X. melonis. Visando a diferenciação dos patovares da espécie X. campestris, os DNAs destas linhagens foram submetidos a experimentos de PCR-RFLP do gene rpoB e as digestões duplas utilizando-se Cfo I/Mbo I. Os resultados permitiram a diferenciação dos patovares X.c. pv. raphani, X.c. pv. barbariae, X.c. pv. incanae, X.c. pv. armoraciae e X.c. pv. campestris/ X.c. pv. aberrans. Ainda, os dados obtidos nas amilises do gene rpoB permitiram o desenvolvimento de primers específicos para as espécies X. campestris, patogênicas as crucíferas (rpoB2F/xcamR) e X. translucens, patogênicas a gramíneas e cereais (trans1F/trans2R). Alem disso, amilises de sequências da região espaçadora 16S-23S DNAr possibilitaram o desenho do par de primers mecF/mecR, especifico para X. cucurbitae e X. melonis, espécies patogênicas ao melão. A especificidade destes primers foi confirmada em experimentos de amplificação utilizando-se DNAs de algumas bactérias de diferentes gêneros isoladas de mesma espécie de plantas hospedeiras. O nível de sensibilidade da técnica de PCR utilizando-se os primers desenvolvidos foi de 0,1 pg para rpoB/xcam, de 0,01 ng para trans1F/trans2R e de 1 pg para mecF/mecR / Abstract: Xanthomonas species are responsible for diseases causing economic losses in many crops. These phytopathogens have been subject of several taxonomic studies resulting in significant changes at interespecific or infraspecific level. This study aimed the taxonomic characterization of Xanthomonas species including: (1) differentiation and phylogenetic analysis of Xanthomonas species; (2) clarification of taxonomic position of strains classified as Xanthomonas sp.; (3) differentiation of the pathovars of X. campestris; ( 4) development of specific primers for X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae and X. melonis. The rpoB2F/rpoB3R primers, designed from rpoB gene sequences, were employed in amplification experiments using DNAs from 26 species of Xanthomonas genus and the products (800 bp) were digested with different restriction enzymes. Profiles using Hae III allowed to differentiate the most species of the genus, including pathogens the affect the same plant host as X. albilineans e X. sacchari (pathogenic to sugarcane); X. cucurbitae e X. melonis (pathogenic to melon); X. vesicatoria, X. gardneri and X. euvesicatoria/X. perforans (pathogenic to tomato). Amplification products of the rpoB gene were sequenced and the phylpgenetic tree constructed from these sequences also allowed the differentiation of the Xanthomonas species, indicating that the rpoB gene can be used as an efficient molecular marker for phylogenetic relationships studies within the Xanthomonas genus. DNA of the strains classified as Xanthomonas sp. were also analysed by the amplification experiments using specific primers for X. axonopodis species, DNA-DNA hybridization and multilocus sequence analysis of the genes rpoB, rpoA, atpA, recA and intergenic spacer region 16S-23S rDNA. Results showed that the strains of X. sp. pv. viticola, X. sp. pv. betae and X. sp. pv. paulliniae belong to X. axonopodis species, however, it was not possible to define the taxonomic position of X. sp. pv. arracaciae, X. sp. pv. esculenti and X. sp. pv. eucalypti, although different approaches have been used. Thus, further studies should be conducted in order to clarify their classification. In this study X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae and X. melonis were also analyzed. In order to differentiate the pathovars of the X. campestris specie, the DNAs of these strains were submitted to PCR-RFLP analysis of the rpoB gene and the double digestions using Cfo I/Mbo I allowed the differentiation of the pathovars X. c. pv. raphani, X.c. pv. barbariae, X.c. pv. incanae, X.c. pv. armoraciae and X.c. pv. campestris/ X.c. pv. aberrans. Also, the data obtained in the rpoB gene analysis allowed the development of specific primers for the species X. campestris, pathogenic to crucifers (rpoB2F/xcamR) and X. translucens, pathogenic to grasses and cereals (trans1F/trans2R). Furthermore, intergenic spacer 16S-23S rDNA sequences analysis enabled the development of the mecF/mecR primers, specific for X cucurbitae and X melonis, both pathogenic to melon. The specificity of these primers was confirmed by amplification experiments using DNAs from bacteria belonging to different genera pathogenic to the same plant hosts. Sensitivity level of the PCR technique using the primers developed was 0,1 pg for rpoB/xcam, 0,01 ng for trans1F/trans2R and 1 pg for mecF/mecR / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Este estudo teve como objetivo detectar e caracterizar molecularmente isolados de campo do vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) detectados de aves comerciais com e sem sintomatologia da doença de diferentes regiões do Estado de São Paulo. O estudo incluiu amostras coletadas durante e após o primeiro surto epidêmico da laringotraqueíte infecciosa (LTI) no Brasil, região de Bastos, e de outras localidades durante o período de 2002-2008. A caracterização molecular foi realizada através da técnica de polimorfismo do comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) de produtos da reação em cadeia pela polimerase (PCR) dos genes da glicoproteína E, G, proteína quinase (TK) e da proteína reguladora da transcrição (ICP4), assim como pela análise de seqüências dos genes TK e ICP4. Para seqüenciamento do gene ICP4 foram desenvolvidas duas reações de PCR que amplificam dois diferentes fragmentos do gene ICP4. As técnicas de PCR-RFLP e seqüenciamento de DNA mostraram resultados idênticos, diferenciando os isolados de campo das cepas vacinais de origem de cultivo celular (TCO) e de embrião de galinha (CEO). Os resultados mostraram que o surto clínico na região de Bastos foi causado por uma cepa não vacinal e de alta virulência (cepa Bastos), embora também tenha sido possível detectar dois isolados relacionados à cepa CEO circulando durante o surto. Verificou-se que a cepa causadora do surto severo na região de Bastos continua circulando na região apesar do uso de vacinas atenuadas. Além disso, foram isoladas amostras relacionadas às cepas CEO e à cepa Bastos apartir de granjas comerciais de poedeiras localizadas fora da região de Bastos e que estão envolvidas em quadros clínicos da doença. Este estudo mostra (1): a persistência do vírus selvagem de campo na região de Bastos (cepa Bastos) apesar das medidas de controle e do uso de vacinas atenuadas, (2): a disseminação da cepa Bastos e das cepas vacinais CEO para outras regiões, e (3): a eficacia da estratégia padronizada neste estudo para a caracterização e diferenciação de isolados de campo e de cepas vacinais. / The objective of this study was the molecular detection and characterization of field isolates of infectious laryngotracheitis virus (ILTV) detected from commercial chickens with and without clinical signs of the disease from regions of the São Paulo state. The study included samples collected during and after of the first epidemic infectious laryngotracheitis (ILT) outbreak in Brazil, Bastos region, and from other regions during 2002-2008. The molecular characterization was developed by restriction fragment length polymorphic analysis (RFLP) of polymerase chain reaction (PCR) products of glycoprotein E, G, thymidine kinase (TK) and regulatory protein of transcription (ICP4) gene, and by sequence analysis of TK and ICP4 gene. For ICP4 gene sequencing, two PCR assays have been developed for amplification of two different fragments of ICP4 gene. The PCR-RFLP and DNA sequencing techniques showed identical results, they could differentiate the field isolates from vaccine strains, tissue culture origin (TCO) and chicken embryo origin (CEO). The results showed that the severe outbreak in Bastos region was caused by a non-vaccine and virulent strain (Bastos strain); however it was possible to detect two isolates closely related to the CEO vaccine strain circulating during the outbreak. This study showed that the strain, which it caused the severe outbreak in Bastos region continue circulating in these region despite of the use of attenuate vaccines. In addition, the present research showed that isolates related to CEO and Bastos strains are circulating in commercial layer flocks located outside the Bastos region, and were involving in clinical cases of the disease. This study shows (1) the persistence of the wild field strain in Bastos region (Bastos strain) despite of the control measures and the use of attenuate vaccines, (2) the dissemination of the Bastos and CEO strains to other regions, and (3) the efficacy of the strategy standardized in this study to characterization and differentiation of field isolates and vaccine strain.

Este estudo teve como objetivo detectar e caracterizar molecularmente isolados de campo do vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) detectados de aves comerciais com e sem sintomatologia da doença de diferentes regiões do Estado de São Paulo. O estudo incluiu amostras coletadas durante e após o primeiro surto epidêmico da laringotraqueíte infecciosa (LTI) no Brasil, região de Bastos, e de outras localidades durante o período de 2002-2008. A caracterização molecular foi realizada através da técnica de polimorfismo do comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) de produtos da reação em cadeia pela polimerase (PCR) dos genes da glicoproteína E, G, proteína quinase (TK) e da proteína reguladora da transcrição (ICP4), assim como pela análise de seqüências dos genes TK e ICP4. Para seqüenciamento do gene ICP4 foram desenvolvidas duas reações de PCR que amplificam dois diferentes fragmentos do gene ICP4. As técnicas de PCR-RFLP e seqüenciamento de DNA mostraram resultados idênticos, diferenciando os isolados de campo das cepas vacinais de origem de cultivo celular (TCO) e de embrião de galinha (CEO). Os resultados mostraram que o surto clínico na região de Bastos foi causado por uma cepa não vacinal e de alta virulência (cepa Bastos), embora também tenha sido possível detectar dois isolados relacionados à cepa CEO circulando durante o surto. Verificou-se que a cepa causadora do surto severo na região de Bastos continua circulando na região apesar do uso de vacinas atenuadas. Além disso, foram isoladas amostras relacionadas às cepas CEO e à cepa Bastos apartir de granjas comerciais de poedeiras localizadas fora da região de Bastos e que estão envolvidas em quadros clínicos da doença. Este estudo mostra (1): a persistência do vírus selvagem de campo na região de Bastos (cepa Bastos) apesar das medidas de controle e do uso de vacinas atenuadas, (2): a disseminação da cepa Bastos e das cepas vacinais CEO para outras regiões, e (3): a eficacia da estratégia padronizada neste estudo para a caracterização e diferenciação de isolados de campo e de cepas vacinais. / The objective of this study was the molecular detection and characterization of field isolates of infectious laryngotracheitis virus (ILTV) detected from commercial chickens with and without clinical signs of the disease from regions of the São Paulo state. The study included samples collected during and after of the first epidemic infectious laryngotracheitis (ILT) outbreak in Brazil, Bastos region, and from other regions during 2002-2008. The molecular characterization was developed by restriction fragment length polymorphic analysis (RFLP) of polymerase chain reaction (PCR) products of glycoprotein E, G, thymidine kinase (TK) and regulatory protein of transcription (ICP4) gene, and by sequence analysis of TK and ICP4 gene. For ICP4 gene sequencing, two PCR assays have been developed for amplification of two different fragments of ICP4 gene. The PCR-RFLP and DNA sequencing techniques showed identical results, they could differentiate the field isolates from vaccine strains, tissue culture origin (TCO) and chicken embryo origin (CEO). The results showed that the severe outbreak in Bastos region was caused by a non-vaccine and virulent strain (Bastos strain); however it was possible to detect two isolates closely related to the CEO vaccine strain circulating during the outbreak. This study showed that the strain, which it caused the severe outbreak in Bastos region continue circulating in these region despite of the use of attenuate vaccines. In addition, the present research showed that isolates related to CEO and Bastos strains are circulating in commercial layer flocks located outside the Bastos region, and were involving in clinical cases of the disease. This study shows (1) the persistence of the wild field strain in Bastos region (Bastos strain) despite of the control measures and the use of attenuate vaccines, (2) the dissemination of the Bastos and CEO strains to other regions, and (3) the efficacy of the strategy standardized in this study to characterization and differentiation of field isolates and vaccine strain.

La marge algérienne est un domaine complexe, bordé au sud par les zones internes des Maghrébides (AlKaPeCa) qui chevauchent les zones externes telliennes vers le sud. La partie offshore de ce système constitue un bassin d‘arrière arc où s‘est déposée une série sédimentaire mio-pliocène reposant sur un substratum de nature et d‘origine variables spatialement. L'objectif de ce travail a consisté à analyser et modéliser le fonctionnement des systèmes pétroliers et à quantifier les volumes d‘hydrocarbures accumulés. Avant de procéder aux différentes modélisations numériques, stratigraphiques et thermiques, un modèle géologique conceptuel a été élaboré sur la base des données de géologie de terrain et de sismiques. La continuité terre- mer du socle kabyle a permis une extrapolation stratigraphique entre des formations oligo-miocènes en affleurement et les unités acoustiques définies dans le bassin offshore. L‘analyse tectonique dans les deux domaines a abouti à une évolution en trois phases : (1) syn-rift où le bassin a été ouvert en transtension à partir de l‘Oligocène supérieur-Aquitanien, (2) phase post-rift durant laquelle il y a eu le développement des bassins intra-arcs, la collision AlKaPeCa- Afrique et le magmatisme, (3) phase d‘inversion où la marge devient active essentiellement à partir du Quaternaire. En définissant l‘ensemble des éléments des systèmes pétroliers avec des incertitudes variables, la simulation du fonctionnement de ces derniers par modélisation de bassin 2D/3D a montré des possibilités d‘accumulation d‘huile et de gaz majoritairement près de la marge, entre 20 et 65 km de la côte avec un maximum de portée de 70 km dans le golfe de Bejaia. / The Algerian margin is a complex domain, limited to the south by the Maghrebian internal zones (AlKaPeCa) that overthrust the external Tellian zones southward. The offshore part of this system constitutes a back-arc basin, where a mio-pliocene sedimentary series were deposited over a substratum of laterally variable origin and nature. The goal of the present work consisted in analyzing and modelling the petroleum system at work and calculating hydrocarbon volumes. Before proceeding to different numerical basin, stratigraphic and thermal modelling, a conceptual geological model is required and was performed based on field geological studies and stratigraphic and structural interpretations of the seismic profiles. The extension of the continental crust beyond the foot of the margin, allows determining a chronostratigraphic model by extrapolation of the outcroping oligo-miocene formations onshore to the acoustic pre-messinian units defined in the offshore basin. Besides, a tectonic analysis in both onshore and offshore domains gave rise to three main steps of evolution: (1) syn-rift phase where the basin was opened by transtension since Late Oligocene- Aquitanian, (2) post-rift phase in which intra-arc basins were developed, AlKaPeCa and Africa docked and magmatism activity took place, (3) inversion phase where the margin became active mainly since Quaternary times. After defining the different petroleum system elements taking into account variable uncertainties, the 2D/3D petroleum system model depicts possibilities of oil and gas accumulations mainly close to the margin, between 20 to 65 km from the coastline to the north with a maximum range of 70 km in the Bejaia Gulf.