Orientador: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T02:52:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sgardioli_IlariaCristina_M.pdf: 3234786 bytes, checksum: cb2f0f67f9d7df7814742dbf6ed4fb44 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A Síndrome Velocardiofacial (SVCF), uma das formas do espectro da Síndrome de deleção 22q11.2, possui incidência de 1/4.000 a 1/6.000 nascimentos. Embora a microdeleção em 22q11.2 seja a principal causa da síndrome, cerca de 10 a 20% dos pacientes com características clínicas da SVCF não a apresentam. Em alguns indivíduos com características clinicas da SVCF e sem microdeleção em 22q11.2, foram encontradas outras aberrações cromossômicas e mutações no gene TBX1. Existem evidências em modelos animais que aventam a associação de alterações no gene FGF8 ao fenótipo da SVCF em humanos. No entanto, até o momento, o gene FGF8 ainda não havia sido estudado em pacientes com SVCF sem microdeleção. Os objetivos deste trabalho foram: 1 - investigar as causas genéticas em pacientes com suspeita clínica da SVCF por meio de cariótipo e triagem de microdeleções, utilizando a técnica de MLPA e FISH; 2 - verificar a presença de alterações nas seqüências codificantes dos genes TBX1 e FGF8 em pacientes sem deleção 22q11.2. Foram incluídos 109 indivíduos com suspeita clínica de SVCF avaliados clinicamente por médico geneticista e os métodos utilizados foram: cariótipo com bandas G; MLPA, FISH; seqüenciamento direto das regiões codificantes dos genes TBX1 e FGF8 e SNP-array. Dos 101 casos em que o exame de cariótipo foi realizado, quatro apresentaram aberrações cromossômicas não relacionadas à SVCF, sendo que em duas foi possível a confirmação dos resultados por SNP-array. Realizou-se MLPA de 106 casos, sendo que 29 foram positivos para a deleção. Dos casos negativos, selecionou-se 31 indivíduos após reavaliação clínico-dismorfológica com a hipótese clínica mantida e foi realizado seqüenciamento das regiões codificantes dos genes TBX1 e FGF8. No gene TBX1 foram encontradas variações normais na seqüência e no gene FGF8 não foram detectadas alterações, com exceção dos exons 1 e 2, em que não foi possível análise por problemas técnicos. O exame de cariótipo contribuiu na investigação inicial e permitiu concluir a investigação por outras técnicas. O MLPA se mostrou eficiente para a investigação diagnóstica da deleção 22q11.2, identificando, também, outras alterações; FISH confirmou 82,1% dos resultados obtidos por MLPA. Não foram identificadas alterações patogênicas nas regiões codificantes dos genes TBX1 e em 90% das regiões codificantes do gene FGF8 / Abstract: Velocardiofacial Syndrome (SVCF), one of the forms of the 22q11.2 Microdeletion Syndrome spectrum, has an incidence of 1/4.000 to 1/6.000 births. Although the 22q11.2 microdeletion is the main cause of the syndrome, approximately 10 to 20% of the patients with clinical features of SVCF don't present it. In a few individuals with SVCF clinical features and without 22q11.2 microdeletion other chromosomal aberrations and changes in TBX1 gene were found. There is evidence in animal models that suggests the associated changes in FGF8 gene in humans. However, the FGF8 gene had not been studied in patients with SVCF without microdeletion yet. The purpose of this work was: 1 - To investigate the genetic causes in patients with clinical suspicion of SVCF through the karyotype and microdeletion screening using MLPA and FISH techniques; 2 - To check the presence of changes in coding sequences of the TBX1 gene and FGF8 gene in patients without 22q11.2 deletion. 109 individuals with clinical suspicion of SVCF and clinically evaluated by a clinical geneticist were included, and the following methods were used: karyotype with GTG banding, MLPA, FISH, direct sequencing of coding regions of TBX1 and FGF8 gene and SNP-array. Four out of 102 cases in which the tests of karyotype were performed presented chromosomal aberrations not related to SVCF, two of them confirmed by SNP-array. The MLPA of 106 cases was performed, 29 of them positive to deletion. 31 individuals were selected among negative cases, after clinical reevaluation based on the same clinical hypothesis maintained, and direct sequencing of coding regions of TBX1 and FGF8 gene were performed. Normal variations in sequence were found in TBX1 gene and alterations were not detected in FGF8 gene except for 1 and 2 exons because of technical problems. The karyotype test contributed in the first investigation and permitted us to conclude the investigation by means of other techniques. The MLPA proved to be effective for the diagnostic investigation of 22q11.2 deletion, identifying other alterations as well; FISH confirmed 82,1% results obtained by MLPA. Pathogenic alterations in coding regions of TBX1 gene and in 90% of the coding regions of FGF8 gene were not identified / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientadores: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes, Milena Simioni / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-27T18:40:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Molck_MiriamCoelho_D.pdf: 5956023 bytes, checksum: 07a0d65667a7a002b0e8ad7a872c0d31 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A Síndrome Velocardiofacial (SVCF) tem prevalência de ~1:4.000 nascimentos e apresenta espectro fenotípico variável, incluindo defeitos cardíacos congênitos (DCC). Microdeleções de ~3 Mb em 22q11.2 representam a principal causa, entretanto deleções atípicas nesta região têm sido relatadas, assim como fenótipos similares associados a variações no número de cópias do DNA (Copy number variations, CNVs) em outras regiões cromossômicas. Esta proposta objetiva mapear os pontos de quebra da região 22q11.2 e investigar CNVs em outras regiões do genoma em pacientes com a deleção 22q11.2 confirmada previamente (Grupo I) e investigar CNVs no genoma de pacientes sem a deleção 22q11.2 (Grupo II). Foram investigados 108 pacientes (30 do Grupo I e 78 do Grupo II) com suspeita clínica da SVCF e DCC por Hibridação Genômica em arrays (array Genomic Hybridization- aGH). Para o Grupo I, o tamanho da deleção 22q11.2 proximal variou de 1,8 Mb a 3,3 Mb em 28 casos, sendo que um apresentou a deleção entre as LCRs (Low Copy Repeats) A-B e os demais 27 entre as LCRs A-D (região tipicamente deletada). Dois casos apresentaram deleções atípicas em 22q11.2: 3,6 Mb entre as LCRs B-F, elvolvendo as regiões 22q11.2 proximal e distal; e 1,5 Mb entre as LCRs D-E, envolvendo a região 22q11.2 distal. Além disso, foram observadas dez CNVs ? 300 kb relevantes fora da região 22q11.2, incluindo uma deleção em 11q14.3 e duplicações em 2q24.1-q24.2, 3p22.1, 5p15.2, 5q11.1, 6p21.2, 7p11.2, 15q13.3, 16q23.3 e Xp21.1. Para o Grupo II, foi observado um total de 25 CNVs ? 300 Kb relevantes. Destas, nove CNVs já foram descritas na literatura, incluindo deleções em 4q35.1-q35.2, 5p15.1-p15.33, 8p23.1, 10q22.3-q23.2, 16p11.2, 17q12 e 22q13.33; e duplicações em 3p26.3 e 3q26.2. As variações gênicas dentro dos pontos de quebra da região deletada 22q11.2, bem como as CNVs observadas em outras regiões cromossômicas contribuem para a variabilidade fenotípica observada nesta síndrome e confirmam a sobreposição desta com diferentes condições clínicas / Abstract: The Velocardiofacial Syndrome (VCFS) has a prevalence of ~1:4.000 births and shows variable phenotypic spectrum, including congenital heart defects (CHD). Microdeletions of ~3 Mb in 22q11.2 represent the main cause, however atypical deletions in this region have been reported, as well as similar phenotypes associated with changes in the number of DNA copies (Copy number variations, CNVs) in other chromosomal regions. This work aims to map the breakpoints of the 22q11.2 region and investigate CNVs in other regions of the genome in patients with the 22q11.2 deletion previously confirmed (Group I) and investigate CNVs on the genome of patients without the 22q11.2 deletion (Group II). We investigated 108 patients (30 from Group I and 78 from Group II) with clinical suspicion of VCFS and CHD for array Genomic Hybridization (aGH). For Group I, the size of proximal 22q11.2 deletion ranged from 1.8 Mb to 3.3 Mb in 28 cases, of these, one case had the deletion between LCRs (Low Copy Repeats) A-B and the other 27 between LCRs A-D (typically deleted region). Two cases had atypical deletions at 22q11.2: 3.6 Mb between LCRs B-F, involving proximal and distal 22q11.2 regions; and 1.5 Mb between LCRs D-E, involving distal 22q11.2 region. Additionally, we observed ten relevant CNVs ? 300 kb outside of 22q11.2 region, including a deletion in 11q14.3 and duplications in 2q24.1-q24.2, 3p22.1, 5p15.2, 5q11.1, 6p21.2, 7p11.2, 15q13.3, 16q23.3 and Xp21.1. For Group II, a total of 25 relevant CNVs ? 300 Kb was observed. Of these, nine CNVs have been described in the literature, including deletions in 4q35.1-q35.2, 5p15.1-p15.33, 8p23.1, 10q22.3-q23.2, 16p11.2, 17q12 and 22q13.33; and duplications in 3p26.3 and 3q26.2. Gene variations within the break points of the 22q11.2 deleted region and CNVs observed in other chromosomal regions contribute to phenotypic variability observed in this syndrome and confirm the overlapp with different clinical conditions / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutora em Ciências Médicas

Orientador: Vera Lucia Gil da Silva Lopes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-20T04:54:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vieira_TarsisAntonioPaiva_D.pdf: 3309313 bytes, checksum: 6d4805118bd5c929446b40064e1263b2 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A aplicação de modernos conhecimentos sobre causa, efeito e métodos diagnósticos de doenças genéticas para cuidados de saúde é bastante complexa, especialmente no Brasil onde o sistema de saúde é predominantemente público. A síndrome de deleção 22q11.2 (S. Del 22q11.2) é a condição geneticamente determinada mais comum em indivíduos com anomalias palatais, com prevalência de 1/4.000 nascimentos. Considerando esta prevalência, as características do sistema de saúde e da atenção em genética no Brasil, o principal objetivo deste estudo foi realizar estudo multicêntrico para diagnóstico da S. Del 22q11.2 como modelo para otimização de estratégias diagnósticas em genética médica. Para isso, verificou-se a disponibilidade do diagnóstico laboratorial da S. Del 22q11.2 em 11 serviços de genética de diferentes regiões do país, e este foi centralizado nos Laboratórios de Citogenética Humana e Genética Molecular da FCM/UNICAMP por 30 meses. Foram estudados 100 pacientes (48M:52F) e as técnicas utilizadas foram FISH (Fluorescence in situ Hibridization) e MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification). Disponibilidade anterior e temporária do diagnóstico laboratorial de deleção em 22q11, vinculada a projetos de pesquisa, foi informada por sete instituições, sendo detectada desigualdade regional. Microdeleção em 22q11 foi identificada em 35% dos pacientes e aberrações cromossômicas não envolvendo a região 22q11 foram detectadas em três casos, obtendo-se conclusão diagnóstica em 38% dos casos. Encontrou-se diferença estatisticamente significativa para alguns sinais clínicos apresentados entre os pacientes com e sem deleção. As técnicas de FISH e MLPA mostraram 100% de sensibilidade e especificidade. Considerando a infraestrutura necessária e a adaptação da técnica de FISH, que permitiu reduzir a quantidade de sonda utilizada, esta foi eficaz, mais econômica e mais rápida em comparação a MLPA. A investigação centralizada mostrou-se vantajosa. Aponta-se o modelo estabelecido como uma estratégia importante e factível para o Brasil. Os resultados deste estudo propiciaram reflexões que culminaram em sugestões para o incremento desta abordagem para esta e outras condições geneticamente determinadas em nosso país / Abstract: The introduction of new technologies of molecular diagnosis for health care has been a challenge in the last years, especially in Brazil, where the majority of the population is served by the public health system. The 22q11.1 deletion syndrome is the most common syndrome that has palatal anomalies as a major feature, with a prevalence of 1/4000 births. Considering this prevalence, the Brazilian health system characteristics and the current situation of medical and clinical genetic services in the country, the main aim of this study was to conduct a multicenter study for 22q11.2 deletion diagnosis as a model for the optimization of diagnostic strategies in medical genetics. We investigated the access to laboratorial diagnosis of 22q11.2 deletion at 11 genetic services and centralized this diagnosis for 100 patients with palatal abnormalities and suspicion of 22q11.2 deletion syndrome, referred from these centers during 30 months, at the Cytogenetics and Molecular biology laboratories of the FCM/UNICAMP. To detect 22q11 deletions FISH (Fluorescence in situ Hibridization) and MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) techniques were used. Previous and temporary availability for the diagnosis of 22q11 deletion, associated with research projects, was informed by seven centers, with remarkable geographic disparities. We detected 22q11 deletion in 35% of the patients, and chromosome abnormalities not related to 22q11 region in three patients; thus we reached diagnostic conclusion in 38% of the cases. There was significant difference between some clinical signs found in patients with or without 22q11 deletion. There was 100% of sensibility and specificity for both MLPA and FISH techniques. Considering the required infrastructure and the modifications in the FISH (allowing to reduce probe quantity), this technique was efficient, more economical and faster than MLPA. Centralizing the laboratorial diagnosis was considered advantageous, pointing to this model as an important and feasible strategy for genetic diagnosis in Brazil. These results allowed to suggestions for the improvement of laboratorial diagnosis of this and other genetic conditions in our country / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Ciências Médicas