This investigation has been made to see whether there is a correlation between microorganisms present and the water content and temperature of four Denton County, Texas, sandy soils.

Five transposon Tn5 mutants of bean rhizobia (Rhizobium leguminosarum b.v. phaseoli) and the wild type strain were used in ecological studies to evaluate the efficacy of transposon Tn5 as a phenotypic marker in rhizobia for ecological studies in two Sonoran desert soils. All mutants possessed chromosomal insertions of the transposable element. Survival of each mutant strain was compared to that of the wild type strain under non stress, moisture stress and temperature stress conditions in Pima silty clay loam and Brazil to sandy loam. The genetic stability of Tn5 in terms of transposition of the element within the chromosome and the Tn5 coded antibiotic resistant phenotype was determined in cells recovered throughout the survival period. Under non stress conditions, the viable Tn5 mutant population decreased in size. Two mutants showed significantly (p < 0.01) lower populations than the wild type at the end of 30 days in the silty clay loam. In the sandy loam, four of the five mutant populations were significantly lower than the wild type. Tn5 was genetically stable in both soils. Under moisture stress conditions, the decline of the Tn5 mutant and wild type populations corresponded to a decline in soil moisture content. The finer textured soil afforded more protection to the cells than the coarse textured soil. There were no indications of Tn5 instability under moisture stress. In both soils under temperature stress, sizes of all populations declined rapidly and after 12 days, the mutant cells when screened using the Tn5 coded markers were significantly less in numbers than the wild type indicating a loss of Tn5 coded antibiotic resistance phenotype. There were no significant differences in numbers between wild type and mutant cells when screened using only the intrinsic markers. DNA:DNA hybridizations confirmed that the lack of Tn5 coded antibiotic resistance phenotype was probably not due to a deletion or transposition of the element. Under non stress conditions Tn5 is a useful ecological marker, but each Tn5 mutant has to be evaluated independently under specific environmental conditions to determine the efficacy of Tn5 as an ecological marker.

No description available.

A thesis submitted to the Faculty of Science, University of the Witwatersrand, .Johannesburg, in fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy. / An Index of Biological Integrity (IBI) has been developed for rangeland condition assessment in arid northwestern Namibia. The usefulness of termites as bio-indlcators has been tested and reliable sampling protocol for termite diversity in an arid ervlronrnent has been developed. The study was conducted mainly at a high- and low-intensity site on each of three farms. Two of the farms were communally owned; the other was commercially owned. (Abbreviation abstract) / Andrew Chakane 2019

Os modelos orgânicos de produção despontam como uma alternativa à agricultura convencional, entretanto, a falta de conhecimento para o processo ainda é uma grande lacuna. O objetivo deste trabalho foi testar o efeito da adoção gradual de insumos e práticas agronômicas mais ecológicas, até a total substituição por procedimentos permitidos pelas normas da produção orgânica (TRANS) na cultura dos citros. A comparação foi feita em área equivalente e contígua onde o manejo convencional da propriedade foi mantido (CONV). O ensaio foi conduzido por 5 anos dentro de uma quadra de produção comercial de citros. Para o presente estudo foram avaliadas as três últimas safras, sendo 2013/2014, 2014/2015 e 2015/2016. As variáveis de solo foram analisadas em duas profundidades (00-20 e 20-50 cm) e foram avaliados dados de: microbiologia do solo (qPCR e T-RFLP de bactérias e fungos, CBMS, qCO2, qMIC, micorrìza e glomalina); física de solo (dados de Curva de Retenção e agregados estáveis) e; fertilidade do solo. Das variáveis de planta foram avaliadas: teor de nutrientes foliares, produtividade e índice \"ratio\" do suco. As comparações e as interações das variáveis no conjunto de respostas do ensaio foram analisadas pelo teste t de Student, Análise de Componentes Principais e Análises de Coordenadas Principais. O conjunto das variáveis de solo e planta mostraram melhores respostas no tratamento TRANS nas safras 13/14 e 14/15, convergindo com os melhores resultados de produtividade. Na safra 15/16 a resposta na nutrição das plantas, particularmente em N, Mn e Zn, não foram capazes de manter a produtividade nos mesmos patamares do CONV. A comunidade de bactérias e fungos do solo estruturaram-se de forma distinta na safra 13/14, em resposta ao manejo do tratamento TRANS e ao menor volume de chuva, e foram muito próximas nas safras 14/15 e 15/16, períodos mais chuvosos. Os dados trazem vários indicativos para subsidiar práticas agronômicas voltadas à transição para a citricultura orgânica e sustentável. / The organic agriculture systems appear as an alternative to conventional agriculture. However, the lack of knowledge to proceed the transition is still a big gap. The aim of this work was to test the effect of gradual adoption of ecological inputs and agronomic practices, up to total substitution for techniques allowed by organic agriculture rules (TRANS), in the citrus cultivation. The TRANS plots were compared with an equivalent and adjacent area, where the farmer conventional management was maintained (CONV). The experiment was carried out for five years inside a commercial orchard. For this work, the last three crops years were assessed: 2013/2014, 2014/2015 e 2015/2016. The variables were evaluated at two depths (00-20 and 20- 50 cm) and the following analysis were performed: soil microbiology (bacteria and fungi qPCR and T-RFLP, MBC, qCO2, qMIC, mycorrhizal fungi and glomalines); soil physics (data of water retention curve and stable aggregates); and soil fertility. From the plant variable: foliar nutrient content; fruits production and juice ratio index were evaluated. The results and interactions of the all variables were compared applying Student t test, Principal Components Analysis (PCA) and Principal Coordinates Analysis (PCoA). In general, the set of soil and plant variables shows the best responses in the TRANS plots, in the 13/14 and 14/15 crop years, and it matched with the best harvest results. In the 15/16 crop year, the plant nutrition responses, particularly N, Mn and Zn, was not capable to maintain the same levels of CONV plots fruits production. The structure of soil bacteria and fungi community shaped in different way, between treatments, in the 13/14 crop year, responding to the changes from TRANS and lower amount of rainfall. These structures were close to similar in the 14/15 and 15/16 crop years, when the amount of rainfall was higher. The data bring forward several indications to assist agronomical practices toward a transition to organic and sustainable citrus cropping.

Reduções dos níveis de sulfato nos solos vêm sendo observadas em função de práticas agrícolas e exportação de biomassa. O enxofre Elementar (S0) pode ser usado como fertilizante, contudo para ser absorvido pelas plantas deve ser antes oxidado a sulfato. A oxidação microbiológica do S0 está associada com Acidithiobacillus thiooxidans, apesar de muitos trabalhos não detectarem esta espécie nos solos. Trabalhos recentes têm mostrado uma grande diversidade de microrganismos capazes de oxidar o S0 no solo além do A. thiooxidans, entretanto, pouco se sabe sobre esta diversidade em solos brasileiros. Os objetivos deste trabalho foram determinar a taxa de oxidação do S0 em três solos brasileiros, a diversidade de Bacteria e Archaea envolvidas nesse processo, isolar bactérias oxidantes de enxofre (BOE) e avaliar seu potencial como biofertilizante. Amostras de solos foram coletadas em Anhembi/SP (ANB), Brasília, DF (BRA) e Rondonópolis, MT (RDP). Os solos foram enriquecidos com 10 g de S0 kg-1 (+S0) ou não (-S0) e incubados em microcosmos a 28 oC por 0, 6, 22, 38, 54, 67, 86 e 102 dias. A taxa de oxidação do S0 variou entre 2,8 e 3,2 ug S cm-2 dia-2 nos solos arenosos (ANB e RDP) e 1,3 ug S cm-2 dia-2 no solo argiloso (BRA) após 102 dias de incubação. A oxidação do S0 elevou a quantidade de sulfato e reduziu o pH principalmente nos solos arenosos. A aplicação do S0 alterou a estrutura e a diversidade da comunidade microbiana. Foram obtidas 811 seqüências do gene rRNA 16S de bactérias, sendo agrupadas em 518 Unidade Taxonômicas Operacionais (UTOs). Os principais filos nos solos foram Acidobacteria, Actinobacteria, Firmicutes e Proteobacteria. Foram obtidas 463 seqüências de rRNA 16S de Archaea, sendo agrupadas em 39 UTOs. Mais de 84% da UTOs foram classificadas como Archaea não classificadas enquanto 15% foram classificadas como Euryarchaeota. A diversidade de Archaea não foi muito afetada pelo S0. Cinqüenta BOE foram isoladas e afiliadas a Proteobacteria (68%), Actinobacteria (18%) e Firmicutes (14%) após o seqüenciamento do rRNA 16S. Os gêneros atribuídos foram: Aurantimonas, Acinetobacter, Novosphingobium, Methylobacterium. Paracoccus, Bradyrhizobium, Sphingomonas, Mycobacterium, Micrococcus e Bacillus. Esferas de alginato +S0, contendo os isolados de BOE ANB9 (Acinetobacter), RDP5 (Mycobacterium) e A. thiooxidans foram incubados em areia estéril, resultando no aumento de 111%, 430% e 5350% no SO4 2- comparado ao controle negativo após 14 dias de incubação, respectivamente. As taxas de oxidação do S0 foram 4,7 (ANB9), 18 (RDP5) e 130 (A. thiooxidans) vezes maiores do que o controle negativo após o mesmo período. As micro-esferas carregando as bactérias e o S0 foram incubadas nos solos ANB e BRA durante 54 dias. A. thiooxidans foi o oxidante de enxofre mais eficiente, apresentando a maior taxa de oxidação, aumento do SO4 2- e redução do pH em comparação com os outros isolados de BOE. As esferas de A. thiooxidans também foram capazes de solubilizar rocha fosfática. Novas informações foram geradas sobre a diversidade de bactérias envolvidas na oxidação do S0 em solos brasileiros. / Depletion of sulfur levels in soil has been observed as a result of agricultural practices and biomass harvesting. Elemental sulfur (S0) may be an interesting fertilizer, however it must be oxidized to sulfate in order to be taken up by plants. Biological oxidation of S0 is commonly associated to Acidithiobacillus thiooxidans, although many studies failed to detect them in soils. Recent efforts have shown a great diversity of microorganisms able to oxidize S0, besides A. thiooxidans. Nevertheless, no information is available for Brazilian soils. The aims of this work were to determine the S0 oxidation rates of three Brazilian soils, the bacterial and archaeal communities diversity associated to S0 oxidation, as well as, to isolate sulfur oxidizing bacteria (SOB) and evaluate its potential as a biofertilizer. Soils sampled in Anhembi, SP (ANB), Brasília, DF (BRA) and Rondonópolis, MT (RDP) were enriched with 10 g of S0 kg-1 (+S0) or not (-S0) and incubated in microcosms for 0, 6, 22, 38, 54, 67, 86 and 102 days under 28 oC. Oxidation rates of S0 were low, ranging to 2,8 and 3,2 ug S cm-2 day-2 in the sand soils (RDP and BRA) and 1,3 ug S cm-2 day-2 in the clay one (BRA) after 102 days incubation. Soil SO4 2- content was increased and pH decreased as result of S0 oxidation mainly in the sand soils. Bacterial community structure and diversity were affected by S0 amendment and time of incubation, represented by changes in the DGGE profile and phylum distribution. Were obtained 811 bacterial 16S rRNA sequences, clustered in 518 Operational Taxonomic Units (OTUs). The predominant phyla in the soils were Acidobacteria, Actinobacteria, Firmicutes and Proteobacteria. Were obtained 463 archaeal 16S rRNA sequences clustered into 39 OTUs. More than 84% of the OTUs were assembled to unclassified Archaea whereas 15% were classified as Euryarchaeota. Archaea diversity was not mostly affected by S0. Fifty SOB were isolated and affiliated to Proteobacteria (68%), Actinobacteria (18%) and Firmicutes (14%) after 16S rRNA sequencing. The assigned genera were Aurantimonas, Acinetobacter, Novosphingobium, Methylobacterium, Paracoccus, Bradyrhizobium, Sphingomonas, Mycobacterium, Micrococcus and Bacillus. Alginate beads containing the SOB isolates ANB9 (Acinetobacter), RDP5 (Mycobacterium) and A. thiooxidans plus S0 were incubated in sterile sand resulting in 111%, 430% and 5350% increment in SO4 2- comparing to negative controls after 14 days incubation, respectively. The S0 oxidation rate was 4,7 (ANB9), 18 (RDP5) and 130 (A. thiooxidans) times greater than the negative control after the same time. The entrapped bacteria with S0 were incubated in ANB and BRA soils for 54 days in microcosms. A. thiooxidans was the best S0 oxidizer, showing the highest oxidation rate, increment in SO4 2- and pH decrease comparing with the other SOB isolates. A. thiooxidans beads were also able to solubilize phosphate rock. New information was generated about the bacterial diversity involved in the S0 oxidation in Brazilian soils.

Reduções dos níveis de sulfato nos solos vêm sendo observadas em função de práticas agrícolas e exportação de biomassa. O enxofre Elementar (S0) pode ser usado como fertilizante, contudo para ser absorvido pelas plantas deve ser antes oxidado a sulfato. A oxidação microbiológica do S0 está associada com Acidithiobacillus thiooxidans, apesar de muitos trabalhos não detectarem esta espécie nos solos. Trabalhos recentes têm mostrado uma grande diversidade de microrganismos capazes de oxidar o S0 no solo além do A. thiooxidans, entretanto, pouco se sabe sobre esta diversidade em solos brasileiros. Os objetivos deste trabalho foram determinar a taxa de oxidação do S0 em três solos brasileiros, a diversidade de Bacteria e Archaea envolvidas nesse processo, isolar bactérias oxidantes de enxofre (BOE) e avaliar seu potencial como biofertilizante. Amostras de solos foram coletadas em Anhembi/SP (ANB), Brasília, DF (BRA) e Rondonópolis, MT (RDP). Os solos foram enriquecidos com 10 g de S0 kg-1 (+S0) ou não (-S0) e incubados em microcosmos a 28 oC por 0, 6, 22, 38, 54, 67, 86 e 102 dias. A taxa de oxidação do S0 variou entre 2,8 e 3,2 ug S cm-2 dia-2 nos solos arenosos (ANB e RDP) e 1,3 ug S cm-2 dia-2 no solo argiloso (BRA) após 102 dias de incubação. A oxidação do S0 elevou a quantidade de sulfato e reduziu o pH principalmente nos solos arenosos. A aplicação do S0 alterou a estrutura e a diversidade da comunidade microbiana. Foram obtidas 811 seqüências do gene rRNA 16S de bactérias, sendo agrupadas em 518 Unidade Taxonômicas Operacionais (UTOs). Os principais filos nos solos foram Acidobacteria, Actinobacteria, Firmicutes e Proteobacteria. Foram obtidas 463 seqüências de rRNA 16S de Archaea, sendo agrupadas em 39 UTOs. Mais de 84% da UTOs foram classificadas como Archaea não classificadas enquanto 15% foram classificadas como Euryarchaeota. A diversidade de Archaea não foi muito afetada pelo S0. Cinqüenta BOE foram isoladas e afiliadas a Proteobacteria (68%), Actinobacteria (18%) e Firmicutes (14%) após o seqüenciamento do rRNA 16S. Os gêneros atribuídos foram: Aurantimonas, Acinetobacter, Novosphingobium, Methylobacterium. Paracoccus, Bradyrhizobium, Sphingomonas, Mycobacterium, Micrococcus e Bacillus. Esferas de alginato +S0, contendo os isolados de BOE ANB9 (Acinetobacter), RDP5 (Mycobacterium) e A. thiooxidans foram incubados em areia estéril, resultando no aumento de 111%, 430% e 5350% no SO4 2- comparado ao controle negativo após 14 dias de incubação, respectivamente. As taxas de oxidação do S0 foram 4,7 (ANB9), 18 (RDP5) e 130 (A. thiooxidans) vezes maiores do que o controle negativo após o mesmo período. As micro-esferas carregando as bactérias e o S0 foram incubadas nos solos ANB e BRA durante 54 dias. A. thiooxidans foi o oxidante de enxofre mais eficiente, apresentando a maior taxa de oxidação, aumento do SO4 2- e redução do pH em comparação com os outros isolados de BOE. As esferas de A. thiooxidans também foram capazes de solubilizar rocha fosfática. Novas informações foram geradas sobre a diversidade de bactérias envolvidas na oxidação do S0 em solos brasileiros. / Depletion of sulfur levels in soil has been observed as a result of agricultural practices and biomass harvesting. Elemental sulfur (S0) may be an interesting fertilizer, however it must be oxidized to sulfate in order to be taken up by plants. Biological oxidation of S0 is commonly associated to Acidithiobacillus thiooxidans, although many studies failed to detect them in soils. Recent efforts have shown a great diversity of microorganisms able to oxidize S0, besides A. thiooxidans. Nevertheless, no information is available for Brazilian soils. The aims of this work were to determine the S0 oxidation rates of three Brazilian soils, the bacterial and archaeal communities diversity associated to S0 oxidation, as well as, to isolate sulfur oxidizing bacteria (SOB) and evaluate its potential as a biofertilizer. Soils sampled in Anhembi, SP (ANB), Brasília, DF (BRA) and Rondonópolis, MT (RDP) were enriched with 10 g of S0 kg-1 (+S0) or not (-S0) and incubated in microcosms for 0, 6, 22, 38, 54, 67, 86 and 102 days under 28 oC. Oxidation rates of S0 were low, ranging to 2,8 and 3,2 ug S cm-2 day-2 in the sand soils (RDP and BRA) and 1,3 ug S cm-2 day-2 in the clay one (BRA) after 102 days incubation. Soil SO4 2- content was increased and pH decreased as result of S0 oxidation mainly in the sand soils. Bacterial community structure and diversity were affected by S0 amendment and time of incubation, represented by changes in the DGGE profile and phylum distribution. Were obtained 811 bacterial 16S rRNA sequences, clustered in 518 Operational Taxonomic Units (OTUs). The predominant phyla in the soils were Acidobacteria, Actinobacteria, Firmicutes and Proteobacteria. Were obtained 463 archaeal 16S rRNA sequences clustered into 39 OTUs. More than 84% of the OTUs were assembled to unclassified Archaea whereas 15% were classified as Euryarchaeota. Archaea diversity was not mostly affected by S0. Fifty SOB were isolated and affiliated to Proteobacteria (68%), Actinobacteria (18%) and Firmicutes (14%) after 16S rRNA sequencing. The assigned genera were Aurantimonas, Acinetobacter, Novosphingobium, Methylobacterium, Paracoccus, Bradyrhizobium, Sphingomonas, Mycobacterium, Micrococcus and Bacillus. Alginate beads containing the SOB isolates ANB9 (Acinetobacter), RDP5 (Mycobacterium) and A. thiooxidans plus S0 were incubated in sterile sand resulting in 111%, 430% and 5350% increment in SO4 2- comparing to negative controls after 14 days incubation, respectively. The S0 oxidation rate was 4,7 (ANB9), 18 (RDP5) and 130 (A. thiooxidans) times greater than the negative control after the same time. The entrapped bacteria with S0 were incubated in ANB and BRA soils for 54 days in microcosms. A. thiooxidans was the best S0 oxidizer, showing the highest oxidation rate, increment in SO4 2- and pH decrease comparing with the other SOB isolates. A. thiooxidans beads were also able to solubilize phosphate rock. New information was generated about the bacterial diversity involved in the S0 oxidation in Brazilian soils.

Studying the interactions between bacteria and soil colloidal particles in the environment is important for bioaugmentation purposes. Different factors affect the transport of the bacteria in porous media. For example, the soil type, the ionic strength of the substrate, and biological properties, such as the bacterial cell motility. Since organic materials are present in almost all subsurface media, the presence of natural organic matter (NOM) is considered an important factor influencing bacterial transport in porous media. In this work, a model system was developed to examine the interactions between natural colloidal particles and environmental bacteria using Atomic Force Microscopy (AFM). The natural colloids in the environment were modeled by a surface film of adsorbed NOM onto spherical SiO2 particles. Poly(methacrylic acid) (PMA), a simple linear polyelectrolyte, was used to mimic NOM since both are dominated by carboxylic acid functional groups. Soil Humic Acid (SHA) and Suwannee River Humic Acid (SRHA), two acidic polyelectrolytes, were used in further experiments to represent more complicated NOM. A smooth strain of Pseudomonas aeruginosa (PAO1) that coexpresses A-band and B-band polysaccharides, and its rough mutant (AK1401) that only expresses the A-band polysaccharides, were chosen to represent environmental bacteria. The model system was characterized through analysis of the measured forces between the chemically-modified colloidal probes and the bacterial cells. Interestingly, we found that PMA was not a good model for the more complex NOM substances. Differences were also observed in how each bacterium interacted with the three forms of NOM. For example, P. aeruginosa PAO1 had the highest adhesion with both complex forms of NOM, while P. aeruginosa AK1401 had the lowest adhesion with the complex forms of NOM. Since the lipopolysaccharide (LPS) structure is the only difference between the two strains, we attribute the different interactions to differences in LPS structure. The polymer density on the bacterial surface was found to be the most important factor in controlling the nature of the interaction forces.

Devido ao seu elevado teor de nutrientes e potencial de neutralização da acidez do solo, a utilização de lodos de curtume em áreas agrícolas pode ser uma alternativa para disposição e reciclagem desses resíduos. Por outro lado, o acúmulo no solo de altas concentrações de alguns elementos, como o nitrogênio, sódio e o crômio, geralmente contidos nos lodos de curtume, podem proporcionar impactos negativos ao meio ambiente. Foram conduzidos experimentos utilizando-se três solos: Nitossolo Vermelho eutroférrico típico (NVef) com textura muito argilosa, Latossolo Vermelho Amarelo distrófico típico (LVAd) com textura argilosa e Neossolo Quartzarênico órtico típico (RQo) com textura arenosa. O lodo de curtume empregado nos experimentos foi composto de uma mistura na proporção de 1:1 de lodo do caleiro, mais o lodo primário da estação de tratamento de efluentes, resultante da precipitação dos efluentes gerados no processo, com exceção dos efluentes que contém crômio, sendo as doses aplicadas (base seca) no NVef e LVAd equivalentes a 0, 6, 12, 24, 36 Mg ha-1 e 0, 3, 6, 12, 24 Mg ha-1 para o RQo. Os experimentos conduzidos em laboratório tiveram por objetivo avaliar a cinética de degradação da fração orgânica do lodo após aplicação em doses crescentes nos solos. O delineamento experimental, para cada solo, foi inteiramente casualizado, em fatorial 5 x 21 (5 doses e 21 épocas de avaliação), com três repetições. Cada dose de lodo foi aplicada em 200 g de terra que foram colocados em frasco respirométrico de 1,5 L, hermeticamente fechado. A mineralização da fração orgânica do lodo foi determinada pela captura do CO2 liberado durante um período de 105 dias. Os dados de CO2 acumulado foram ajustados ao modelo de cinética química de primeira ordem e determinação da taxa de degradação. A taxa de degradação do carbono variou de 101,28 a 57,87%. Taxas de degradação mais elevadas podem estar relacionadas com a estimulação de decomposição de material orgânico pré-existente, decorrente da aplicação de lodo de curtume, que estimula a atividade microbiana edáfica. Já as menores taxas de degradação, que ocorreram apenas nas doses mais altas, podem estar relacionadas com tal aumento do conteúdo orgânico adicionado, que tenha suplantado a capacidade de degradação dos microrganismos contidos nos solos. Os experimentos conduzidos em casa de vegetação tiveram por objetivo avaliar as alterações microbiológicas e químicas nos solos após a aplicação de doses crescentes de lodo de curtume e seu efeito sobre a cultura da soja. O delineamento experimental, para cada solo, foi inteiramente casualizado, em fatorial 5 x 4 (5 doses e 4 épocas de avaliação) com quatro repetições. Cada parcela experimental foi constituída por um vaso plástico contendo duas plantas cultivadas em 4 kg de solo. A mineralização do nitrogênio orgânico foi mais intensa até 44 dias. As doses de 17, 23 e 6 Mg ha-1, respectivamente para o NVef, LVAd e RQo, proporcionaram ganhos de produtividade de grãos de 370, 247 e 72% em relação às testemunhas (dose 0). As doses que prejudicaram o desenvolvimento das plantas foram acima desses valores, causando a morte de algumas plantas.

A cultura da cana-de-açúcar é a segunda maior cultura em valor de produção agrícola do país. Nos últimos anos ocorreu uma alteração no cenário canavieiro passando de colheita manual de cana queimada para mecanizada de cana crua. A colheita mecanizada da cana-de-açúcar acarreta muitos benefícios ambientais, porém o tráfego intenso de maquinários resulta na compactação do solo. Desse modo, buscamos avaliar como o efeito das alteração física do solo causado pelo tráfego de máquinas durante a colheita da cana interfere na composição das comunidades microbianas, especialmente as que participam das transformações do nitrogênio. As parcelas experimentais foram divididas em colheita manual (PDTR) e colheita mecanizada (PD). Todos os demais manejos e tratos culturais foram iguais, isolando a influência do impacto do maquinário durante a colheita. Para a avaliação da microbiota realizamos análise da estrutura da comunidade (DGGE ou T-RFLP) e análise de abundância (qPCR) de bactérias, fungos, arquéias, e do ciclo do nitrogênio envolvendo os genes marcadores para a nitrificação (amoA - AOA e AOB), fixação de nitrogênio (nifH) e desnitrificação (nirK, nirS, nosZ clado I e II). Observamos apenas a diferença dos parâmetros físicos na camada superficial por meio da resistência a penetração. A alteração no perfil da comunidade de bactérias e arquéias mostra que ambas são responsivas ao tratamento com tráfego do maquinário. Em relação aos microrganismos envolvidos nas transformações de nitrogênio, AOA foi altamente responsiva ao impacto do tráfego agrícola em ambos os tipos de textura, mas teve diferença na abundância apenas no solo arenoso. O gene nifH apresentou diferença na diversidade em solo argiloso e diferença de abundância em solo arenoso. E por fim, sugerimos que o gene nosZ em subsuperfície pode indicar uma possível campactação antes dos parâmetros físicos do solo. / In Brazil, sugarcane is the second most value of agricultural production. Lately, the harvest management in sugarcane fields has changed from manual harvesting methods with pre-harvest burns to mechanical harvests with green cane (unburnt harvest). The mechanized harvest brings many ambiental benefits. However, the intense traffic due to agricultural machines over the years is resulting in soil compaction. The purpose of this work was to evaluate how the physical effect of mechanized harvesting can interfere with the composition of soil microbial community, specially the microbial involved in the nitrogen cycle. Experimental plots were divided into manual harvest (PDTR) and mechanized harvest (PD). All aspects of crop management are the same, so we were able to study the impact of mechanical harvester traffic during the harvest in isolation. To evaluation of the microbiome we analyzed community structure (DGGE ou T-RFLP) along with their abundance (qPCR) for soil bacterial, fungal and archaeal, and microorganisms involved in the transformation of nitrogen that we used gene markers for nitrification (amoA - AOA and AOB), nitrogen fixation (nifH) and denitrification (nirK, nirS, nosZ clade I and II). We observed the difference between physical parameters only in topsoil by soil penetration resistance. Our results indicated structured community changes of bacterial and archaeal showed us that both are responsive to treatment of machinery traffic. Microorganisms involved in the nitrogen cycle, our results presented that AOA is highly responsive to the impact of agricultural traffic on both soil texture, but we observed the difference in abundance only in sandy soil. The nifH gene was different on community structure in clay soil and on abundance in sandy soil. Moreover, we suggest that nosZ gene could indicate a possible soil compaction before the physical parameters in a layer between 20 and 40 cm.