Le soya est une source importante de protéines, d'huile, de glucides, ainsi que d'autres nutriments bénéfiques, tels que des éléments minéraux. Une fonction majeure des protéines dans la nutrition est de fournir des quantités adéquates d'acides aminés. Bien qu’ils soient essentiels pour la santé humaine et la nutrition animale, les acides aminés soufrés que sont la cystéine (Cys) et la méthionine (Met) sont souvent en concentration limitée et le déterminisme génétique de leur teneur dans la graine de soya est mal caractérisé. Un autre facteur non moins important pour la qualité nutritionnelle du soya est sa teneur en éléments minéraux, laquelle affecte les caractéristiques d'utilisation finale des fractions d'huile et de protéines ainsi que la qualité des semences (germination, vigueur des jeunes plantules). Malheureusement, très peu d’attention a été portée sur les variétés canadiennes de soya en ce qui a trait à leur teneur en acides aminés soufrés ainsi qu’en éléments minéraux. L’amélioration génétique est l’une des voies les plus efficientes et économiques pour contribuer à une alimentation saine et nutritive, laquelle apporte au consommateur la quantité de nutriments nécessaires à une bonne santé. Pour que puisse se pratiquer une sélection en faveur d’une qualité nutritionnelle accrue, il faut idéalement identifier les déterminants génétiques de la teneur en divers nutriments et développer des marqueurs facilitant cette sélection. Présentement, les analyses d’association pangénomique (GWAS en anglais) constituent l’approche la plus puissante pour déterminer l’assise génétique d’un caractère. Dans les cas les plus favorables, non seulement ces analyses permettent-elles d’identifier des régions génomiques qui contrôlent en tout ou en partie les caractères étudiés, mais elles peuvent même permettre d’identifier des gènes candidats qui jouent un rôle direct dans ce déterminisme. Dans le cadre de cette thèse, nous avons souhaité déterminer l’assise génétique de composantes clés de la valeur nutritive du soya, soit la teneur en acides aminés soufrés (Cys/Met) et en quatre éléments minéraux majeurs (Ca, K, P et S). Dans les deux cas, des analyses d’association pangénomique ont été réalisées sur une collection de 137 lignées représentatives de la diversité génétique rencontrée au sein du soya canadien à maturité hâtive. Dans le premier volet, les teneurs en Cys et en Met ont été mesurées par spectroscopie proche infrarouge (NIR) sur des graines produites dans cinq environnements au total. Des données génotypiques pour 2,2 M de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) ont été exploitées pour réaliser une analyse d’association. Dans une première phase de découverte, nous avons réussi à identifier un total de dix régions génomiques (QTL) en nous appuyons sur les phénotypes rencontrés dans deux environnements. Afin d’assurer la fiabilité ainsi que la reproductibilité de ces QTL, nous avons validé une forte majorité de ces QTL dans trois environnements additionnels. Ces QTL, dont la plupart sont inédits, nous ont permis d’identifier deux gènes candidats fort prometteurs codant pour des protéines impliquées dans la synthèse de la cystéine. Dans le deuxième volet, les teneurs en éléments minéraux ont été mesurées chez les 137 lignées à l’aide d’un spectromètre de fluorescence à rayons X (XRF) sur des grains récoltés dans cinq environnements. Les analyses d’association ont été réalisées avec le même jeu de données génotypiques (2,2 M de SNP) que dans le volet précédant. Huit QTL significativement associés à la teneur en Ca, K, P et S ont été identifiés de manière robuste à l’aide d’au moins deux modèles statistiques différents (sur les trois employés). La reproductibilité de ces QTL dans trois environnements additionnels a fait l’objet d’une seconde analyse pour des fins de validation. Une forte reproductibilité de l’effet de ces régions génomiques sur ces phénotypes a été observée par la validation de sept QTL sur huit. Trois gènes candidats ont été identifié impliqués soit dans le transport ou l’assimilation de ces éléments minéraux. Par rapport aux études précédentes, la forte densité de marqueurs utilisés dans cette étude a contribué à la détection reproductible de plusieurs nouveaux loci associés à la teneur en acides aminés soufrés ou en éléments minéraux. De plus, cela a rendu possible l’identification de gènes candidats prometteurs. Les marqueurs et les gènes identifiés dans cette étude seront utiles pour l'amélioration génétique du soya à travers la sélection génétique assistée par marqueur. / Soybean is an important source of protein, oil, carbohydrates, and other beneficial nutrients, such as minerals. A major function of protein in nutrition is to provide adequate amounts of amino acids. Although essential for human health and animal nutrition, the sulfur amino acids cysteine (Cys) and methionine (Met) are often limiting and the genetic basis underlying their accumulation in soybeans seeds is poorly characterized. Another factor no less important for the nutritional quality of soybeans is its mineral content, which affects the end-use traits of both the oil and protein fractions as well as the quality of seed (germination rate, vigor of seedlings). Unfortunately, very little attention has been paid to Canadian soybean varieties in terms of their content in sulfur amino acids and important minerals in seeds. The enhancement of seed nutrient content via genetic improvement is considered as the most promising and cost-effective approach to contribute to a healthy and nutritious diet, which provides the consumer with the necessary quantity of nutrients for good health. To facilitate breeding for increased nutritional quality, it is necessary to identify the genetic determinants underlying various nutrients and to develop markers allowing this selection. Currently, genome-wide association analysis (GWAS) is the most powerful approach for determining the genetic basis of a trait. In the most favorable cases, not only do these analyses make it possible to identify genomic regions which control all or part of the trait of interest, but they can even make it possible to identify candidate genes which play a direct role in the trait of interest. The goals of this thesis were to determine the genetic basis of key components of the nutritional value of soybeans, namely the seed content in sulfur amino acids (Cys / Met) and four major mineral elements (Ca, K, P and S). In both cases, a GWAS was performed on a collection of 137 lines representative of the genetic diversity encountered in early-maturing Canadian soybeans. In part 1, Cys and Met content were measured using near infrared spectroscopy (NIR) on seed from five environments in total. Genotypic data for 2.2 M single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used to perform an association analysis. In an initial discovery phase based on the data from two environments, we were able to identify a total of ten genomic regions (QTL), most of which were identified for the first time. To ensure the reliability and reproducibility of these QTLs, we validated a large majority of these in three additional environments. These QTLs allowed us to identify two candidate genes, both of which code for proteins involved in cysteine synthesis. In part 2, mineral content was measured in seed of the same 137 lines using an X-ray fluorescence spectrometer (XRF) harvested from five environments in total. The association analyses were carried out with the same genotypic data set (2.2 M SNP) as in part 1. Eight QTLs significantly associated with the Ca, K, P and S content were identified by at least two of the three statistical models used. These QTLs were found to be highly reproducible as they influenced the studied traits in three additional environments. Indeed, seven of the eight QTLs were validated in this fashion. For these QTLs regions, we were able to identify thee candidate gene annotated as being involved in the transport or the assimilation of these mineral elements. Compared to previous studies, the high density of markers used in this study has contributed to the reproducible detection of several new loci associated with the content of sulfur amino acids or mineral elements. In addition, it has made it possible to identify promising candidate genes. The markers and genes identified in this study will be useful for the genetic improvement of soybeans through marker-assisted selection.

L'objectif de cette étude était de déterminer l'effet d'une supplémentation de soya extrude dans la ration de vaches de boucherie allaitantes au pâturage sur la concentration en acides linoléiques conjugués (ALC) du gras du lait des vaches et du tissu adipeux sous-cutané des veaux. Trente-deux couples vache-veau ont été séparés en deux groupes de manière à retrouver huit veaux de chaque sexe par groupe. À partir de l'entrée des animaux au pâturage en juin, les vaches ont reçu 2 kg/j de soya (fève entière); cru et moulu (SC) pour le groupe témoin, et extrudé (SE) pour l'autre. Au sevrage, en octobre, la teneur en ALC du gras du lait a atteint 15,4 et 24,2 mg/g d'acides gras chez les vaches recevant respectivement du SC et du SE (P = 0,02). Les teneurs en ALC du tissu adipeux sous-cutané ont été de 16,9 et de 25,0 mg/g d'acides gras pour les veaux dont les mères recevaient respectivement du SC ou du SE (P < 0,01).

De nos jours, force est de constater que le marché des aliments fonctionnels a connu un essor fulgurant. Cette expansion du marché des aliments fonctionnels peut s expliquer par le fait que les consommateurs deviennent de plus en plus ouverts à ces nouveaux types d'aliments qui sont réputés par leurs bienfaits physiologiques et psychologiques qui réduisent les risques de maladies chroniques. Cependant, des études ont révélé que les consommateurs sont différents dans leurs perceptions des aliments fonctionnels. L'objectif de cette présente étude est d'analyser les variables qui influencent le comportement d'achat des consomlnateurs québécois à l'égard des aliments fonctionnels tels que: les oeufs contenant de l'oméga-3, les aliments à base de soya et le jus enrichi en calcium. Plus précisément, nous allons étudier les facteurs liés à l' information et à la connaissance, aux attitudes et comportements envers la santé, les aliments fonctionnels et aux variables sociodélnographiques. Les données de cette étude furent coIlectées en automne 2003. La méthode d'échantillonnage utilisée est basée sur la technique du sondage aléatoire. Le sondage a été administré par le biais d'entrevues téléphoniques et ciblait les consomlnateurs de la province du Québec. Au total, 403 personnes ont été enquêtées. Cinq méthodes d'analyse économétrique ont été utilisées. La première méthode est le Probit simple, la deuxième est le modèle de Poisson, la troisième est le modèle de Poisson avec sélection, la quatrième reste le Probit ordonné et enfin la cinquième est le Probit ordonné avec sélection. L'analyse des résultats a permis de voir que le niveau des connaissances influence significativement l'achat et la fréquence d'achat d'oeufs contenant de l'oméga-3, aliments à base de soya et jus enrichi en calcium. Par ailleurs, les résultats ont révélé que les attitudes et comportements envers santé mesurés par la peur des maladies chroniques, la croyance aux bénéfices santé des aliments et l'utilisation de supplélnents de plantes ont une influence significative et positive sur l'achat et la fréquence d'achat des trois aliments fonctionnels retenus dans l'étude. Les attitudes envers les aliments fonctionnels comIne le goût, l'intérêt que le consommateur éprouve à chercher les AFN et la confiance influencent égalelnent l'achat et la fréquence d'achat des trois aliments fonctionnels. Les résultats ont aussi montré que certaines variables sociodémographiques, en l'occurrence la présence d'enfants de moins de 17 ans dans le ménage, le groupe d'âge, le sexe, le niveau de revenu, la région d'habitation et l'ethnie ont une influence sur l'achat et la fréquence d'achat des oeufs contenant de l'oméga-3. Cette étude permettra au gouvernement et à l'industrie agroalimentaire de mieux comprendre les facteurs qui influencent le comportement d'achat des consommateurs québécois à l'égard des aliments fonctionnels tels que les oeufs contenant de l'oméga-3, les aliments à base de soya et le jus enrichi en calcium. Elle permettra également à ces intervenants de l'agroalimentaire de mieux cibler et adapter leurs programmes de promotion des aliments fonctionnels.