The efficacy of the sodium hypochlorite and chlorhexidine over the Enterococcus faecalis present in endodontic infections was evaluated in longitudinal studies through a systematic review. Bibliographic catalogue sources, electronically identified as MEDLINE (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed), from 1966 until January 1st, and Cochrane Library on the same period, were used. On the searching strategy, the following combination of keywords were used faecalis and sodium hypochlorite or faecalis and chlorhexidine or faecalis and root canal infections or faecalis and endodontics infections or faecalis and root canal irrigants or faecalis and irrigant solution or faecalis and endodontics irrigants or faecalis and intracanal irrigant. The studies were selected by two independent reviewers that determined the inclusion and exclusion criteria. The search presented 229 related articles, with 6 of these as literature review articles, 39 articles were related with in vivo studies (humans or animals), and 189 included in vitro studies. From the 39 in vivo studies, 5 studies satisfied the inclusion criteria. The methodological structure of the included studies prohibited the combination of results. The efficacy of the sodium hypochlorite and chlorhexidine over the E. faecalis was demonstrated in vitro by direct contact test. On the studies involving contaminated dentin, either the sodium hypochlorite or the chlorhexidine were inefficient. On the 5 studies included, from the total of 159 teeth with endodontic infections primary or secundary, the E. faecalis was detected initially in 16 teeth by PCR and 42 by culture, and after the sanitization process in 11 teeth by PCR and 12 by culture. It was observed the absence of longitudinal studies in humans about the efficacy of chlorhexidine over the E. faecalis. The sanitization process with the emptying, enlargement and action of the sodium hypochlorite reduces the remaining endodontic microbiota, what certainly potentiates the action of the intracanal dressing and favors a higher level of success of the endodontic treatment. / Avaliou-se em estudos longitudinais a eficácia do hipoclorito de sódio e da clorexidina sobre o Enterococcus faecalis presente em infecções endodônticas, através de revisão sistemática. Fontes de catalogação bibliográfica identificadas eletronicamente por MEDLINE (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed), a partir de 1966 até 01 de janeiro de 2007 e Cochrane Library no mesmo período. Na estratégia de busca empregou-se a combinação dos unitermos faecalis and sodium hypochlorite ou faecalis and chlorhexidine ou faecalis and root canal infections ou faecalis and endodontics infections ou faecalis and root canal irrigants ou faecalis and irrigant solution ou faecalis and endodontics irrigants ou faecalis and intracanal irrigant. Os estudos foram selecionados por dois revisores, independentes, que, determinaram os critérios de inclusão e exclusão. A busca apresentou 229 artigos relacionados, sendo que destes 6 artigos eram de revisão de literatura, 39 artigos relacionavam-se com estudos in vivo (humanos ou animais), e 189 incluíam estudos in vitro. Dos 39 estudos in vivo 5 estudos satisfizeram os critérios de inclusão. A estruturação metodológica dos estudos incluídos inviabilizou a combinação de resultados. A eficácia do hipoclorito de sódio e da clorexidina sobre o E. faecalis foi demonstrada in vitro por teste de contato direto. Nos estudos envolvendo dentina contaminada, tanto o hipoclorito de sódio quanto a clorexidina mostram-se ineficazes. Nos 5 estudos icluídos, do total de 159 dentes com infecções endodônticas primárias ou secundárias, detectou-se o E. faecalis no início do tratamento em 16 dentes por PCR e 42 por cultura; e após o processo de sanificação em 11 por PCR e 12 por cultura. Observou-se ausência de estudos longitudinais em humanos da eficácia da clorexidina sobre o E. faecalis. O processo de sanificação coadjuvado pelo esvaziamento, alargamento e ação do hipoclorito de sódio reduz a microbiota endodôntica remanescente, o que certamente potencializa a ação da medicação intracanal e favorece um maior nível de sucesso do tratamento endodôntico. / Mestre em Odontologia