Le contrôle biologique (C. -B. - l'utilisation d'ennemis naturels pour lutter contre les ravageurs) est durable, écologique et rentable pour contrer la résistance des ravageurs en augmentant l'utilisation des pesticides. Les parasitoïdes des pucerons sont des ennemis naturels communs des pucerons, les principaux ravageurs mondiaux dans l'agriculture. L'étude de la spécificité de l'hôte parasitoïde contribue à (1) comprendre les mécanismes écologiques et évolutifs de l'écosystème et (2) évaluer l'efficacité des agents de lutte biologique et les risques écologiques pour les espèces non ciblées. Cette étude porte sur la spécificité de l'hôte fondamental des parasitoïdes sur les niveaux individuels, en matière de besoins en ressources et dans le contexte des interactions multi trophiques sous stress abiotique environnemental, c'est-à-dire la limitation de l'eau. Aphidius ervi (Hymenoptera: Braconidés: Aphidiinae) a été choisi; ce parasitoïde puceron est largement utilisé comme modèle écologique et comme agent de lutte biologique commercial (BCA). D'une part, l'indice de spécificité de l'hôte A. ervi a été mesuré sur une large gamme d'espèces de pucerons. D'autre part, les impacts indirects de la limitation de l'eau ont été étudiés sur la spécificité de l'hôte du parasitoïde. En outre, les modifications induites par le stress hydrique dans la plante et les traits de vie des pucerons ont été mesurés. A. ervi s'est avéré être une espèce intermédiaire spécialisée qui a attaqué toutes les espèces de pucerons à des taux élevés, mais n'a pas pu se développer correctement sur toutes les espèces. Les quelques espèces qui se développaient bien étaient phylogénétiquement proches et appartenaient à la tribu des Macrosiphini. En outre, une corrélation positive de préférence - performance a été trouvée. Sous stress hydrique, la préférence et la performance des parasitoïdes ont été affectées, causant la perte de la corrélation. La limitation de l'eau a modifié négativement la qualité nutritionnelle de la plante, ce qui a entraîné une faible performance des pucerons sur les plantes hôtes. Ceci à son tour a diminué la convenance des hôtes pucerons pour le parasitoïde. Les effets de la limitation de l'eau n'étaient pas similaires pour toutes les combinaisons plantes-pucerons et dépendaient de plusieurs facteurs, à savoir les mécanismes végétaux adaptés au stress et la spécialisation de l'hôte des pucerons et des parasitoïdes. / Biological control (BC - the use of natural enemies to control pests) are sustainable, environmentally friendly and cost-effective methods to counteract pest resistance by increasing pesticide use. Aphid parasitoids are common natural enemies of aphids, the major worldwide pests in agriculture. The study of parasitoid host specificity contributes to (1) understanding ecological and evolutionary mechanisms driving the ecosystem and (2) evaluating the efficiency of biocontrol agents and the ecological risks for non-target species. This study focuses on the parasitoids fundamental host specificity on individual levels, in terms of resource requirements and in the context of multi-trophic interactions under environmental abiotic stress, i.e.water limitation. Aphidius ervi (Hymenoptera: Braconidae: Aphidiinae) was chosen; this aphid parasitoid is used widely as an ecological model and commercial biological control agent (BCA). On the one hand, A. ervi host specificity index was measured on a broad range of aphid species. On the other hand, the indirect impacts of water limitation were investigated on the host specificity of the parasitoid. Furthermore, water stress-induced modifications in the plant and the aphid life-history traits were measured. A. ervi was shown to be an intermediate specialist species who attacked all aphid species at high rates but was unable to develop well on all of them. The few that developed well were phylogenetically close and belong to the Macrosiphini tribe. Interestingly, a positive correlation preference – performance was found. Under water stress, both preference and performance of parasitoids were affected causing loss of the correlation. Water limitation negatively altered the plant nutritional quality resulting in low aphid performance on host plants. This in turn decreased the suitability of aphid hosts for the parasitoid. The impacts of water limitation were not similar across all plant-aphid combinations and depended on several factors, namely stress-adapted plant mechanisms and the host specialization of both aphids and parasitoids.

La recherche en bactériologie et virologie est à la fois de nature cognitive et appliquée. Elle consiste à fédérer et mettre en place une capacité de recherche multidisciplinaire et pouvoir l'intégrer sur un champ très vaste de microorganismes et de maladies. Les nouvelles avancées conceptuelles et technologiques dans le domaine de la génomique, notamment les avancées dans les techniques à haut débit (séquençage, PCR...) permettent actuellement d’avoir rapidement des génomes bactériens et viraux entiers, ou seulement sur quelques gènes d’une grande population. Les progrès dans ce domaine permettent l’accès à ces informations en évitant une combinaison de plusieurs méthodologies, et à moindre coûts. Dans notre travail de thèse, nous avons été porté à analyser et traiter les données de deux études genomiques et métagenomiques, mettant en évidence avantages, limites et attentes liés à ces techniques. La première étude porte sur l'analyse génomique de nouveaux virus géants et chlamydia infectant Vermamoeba vermiformis. La deuxième étude concerne le pyroséquençage 16S de microbiote intestinal de nouveau-nés atteint de l'entérocolite nécrosante. Pour le premier projet du travail de thèse, nous avons analysé les génomes de trois nouvelles espèces de Chlamydiae et onze virus giants (premiers membres de deux probables nouvelles familles) qui se multiplient naturellement dans Vermamoeba vermiformis. L'objectif étant de mettre en évidence les caractéristiques génétiques spécifiques à ces micro-organismes. La deuxième partie a été consacrée à l'analyse des données de pyroséquençage 16S des selles de nouveau-nés atteints de l'entérocolite nécrosante. / Research in bacteriology and virology is both cognitive and applied. It involves federating and developing a multidisciplinary research capacity and being able to integrate it into a very broad field of microorganisms and diseases. New genomic and conceptual advances in genomics, including advances in high-throughput techniques, now permit rapid bacterial and viral genomes, or only a few genes of a large population. Progress in this area allows access to this information by avoiding a combination of several methodologies and at lower costs. In our thesis work, we were led to analyze and process the data of two genomic and metagenomic studies, highlighting advantages, limitations and expectations related to these techniques. The first study focuses on the genomic analysis of new giant viruses and chlamydia infecting Vermamoeba vermiformis. The second study concerns the 16S pyrosequencing of intestinal microbiota of neonates with necrotizing enterocolitis. The first project of the thesis work analyzed the genomes of three new species of Chlamydiae and eleven giant viruses (first members of two probable new families) which naturally multiply in Vermamoeba vermiformis. The objective is to highlight the genetic characteristics specific to these microorganisms. The second part was devoted to the analysis of 16S pyrosequencing data from neonatal enterocolitis neonatal stools. The goal was to identify an agent responsible for this disease.