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Taxonomia e filogenética de peixes de ambientes recifais com base em dados moleculares

GUSMÃO, Camila Pereira Buarque de 31 January 2013 (has links)
Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-05T12:47:52Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Camila Gusmão.pdf: 1144408 bytes, checksum: 0a358a21927c82aa196bdd2498969b62 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-05T12:47:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Camila Gusmão.pdf: 1144408 bytes, checksum: 0a358a21927c82aa196bdd2498969b62 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / CAPES; Projeto Rede de genética, ecologia, e biotecnologia em ciências do mar; CNPq; Projeto PELD / A taxonomia de peixes muitas vezes pode ser problemática devido ao fraco embasamento filogenético e à utilização de caracteres não homólogos. Por exemplo, os padrões de coloração, muito utilizados para peixes associados aos recifes, são altamente variáveis intraespecificamente em função de diversos fatores ambientais, como a dieta e ontogenia, podendo resultar em descrições precipitadas de espécies novas. A subfamília Scarinae não possui sequer chave de identificação e sua taxonomia ao nível de espécies está baseada em padrões de coloração e em combinações de caracteres merísticos sobrepostos. Com o desenvolvimento da genética molecular, muitas ferramentas foram criadas para auxiliar a taxonomia tradicional, permitindo-se agregar caracteres morfológicos a moleculares. Porém, surgiram novos problemas junto a essa prática: o uso indiscriminado dos dados moleculares, sem análise prévia da sua qualidade informativa. O objetivo desta pesquisa visa demonstrar a necessidade essencial de se determinar sinapomorfias para a validação dos clados considerados monofiléticos usando principalmente caracteres moleculares e coloração. O estudo foi dividido em duas fases, conforme segue: 1) Elaboração de uma proposta filogenética para Pomacanthidae, utilizando um método passo-a-passo de análise qualitativa de sequências de DNA . Foram utilizados as espécies estudadas por Bellwood et al. (2004), cujas sequencias encontram-se no Genbank, e a metodologia descrita por Christoffersen et al. (2004), para testar a hipótese filogenética. A partir do método de análise qualitativa foram obtidas duas novas propostas para Pomacanthidae, onde foram considerados apenas os clados monofiléticos, sustentados por sinapomorfias ou homoplasias dos aminoácidos nas regiões estudadas, e não apenas a sequência de nucleotídeos sem critérios evolutivos. Algumas espécies de Pomacanthidae, Pomacanthus semicirculathus, P. sextriatus e Chaetodontoplus duboulayi, agruparamse ao clado de Chaetodonthidae, contrariando a monofilia desta família. Resultados como este permitem concluir que as propostas filogenéticas, utilizando-se somente as médias de similaridades das bases nitrogenadas, não evidenciam as sinapomorfias necessárias para assegurar os clados. 2) A segunda fase do estudo identificou um espécime de Sparisoma que apresentava uma coloração diferente, utilizando-se técnicas moleculares. Foi realizada a extração do DNA genômico do exemplar, PCR para amplificação das regiões 12S e 16S de DNA mitocondrial e sequenciamento. Estes resultados foram comparados com outras sequencias de espécies de Sparisoma, disponíveis no Genbank. O indivíduo em estudo foi geneticamente mais próximo a Sparisoma viride, uma espécie caribenha irmã da espécie S. axillare, registrada para o Brasil, cuja sequência ainda não foi depositada. Este resultado pode indicar que o fluxo gênico entre as populações brasileira e caribenha para essas espécies ainda não foi interrompido. Pode-se considerar que, embora bem mais prático e atualmente mais divulgado, o uso de caracteres moleculares e de coloração para identificação de espécies e propostas filogenéticas merecem mais atenção na aplicação conceitual de sinapomorfia e de espécie.
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Distribuição espacial dos peixes Scarinae em recifes do litoral sul de Pernambuco

SANTOS, Marcus Vinícius Bezerra dos 31 January 2013 (has links)
Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-05T13:22:44Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO Marcus Vinícius B. Santos.pdf: 1064994 bytes, checksum: 8400f9eeb5eb679e1633dc13094890f8 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-05T13:22:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO Marcus Vinícius B. Santos.pdf: 1064994 bytes, checksum: 8400f9eeb5eb679e1633dc13094890f8 (MD5) Previous issue date: 2013 / PELD;CNPq / Os peixes da subfamília Scarinae constituem um grupo dominante de herbívoros importantes para a pesca que apresentam diferentes padrões de usos de habitats em ambientes recifais. A pesquisa teve como objetivo analisar a distribuição espacial desses peixes em função da composição algal e complexidade estrutural em três recifes costeiros do litoral sul de Pernambuco: Porto de Galinhas, Serrambi e São José da Coroa Grande. Para cada localidade foram amostrados três pontos, de janeiro de 2012 a fevereiro de 2013, totalizando 27 campanhas. Os peixes foram quantificados por censos visuais, utilizando-se 04 transectos de faixa (20 m x 1 m), com uso de equipamento autônomo, tendo cada mergulho 02 horas de duração. Para cada transecto, foram colocados e fotografados 04 quadrantes para identificar e estimar os percentuais algais (grupos morfofuncionais). Dentre as oito espécies pertencentes aos gêneros Scarus e Sparisoma, registradas para o litoral brasileiro, cinco foram identificadas: Scarus zelindae (n = 22), Sc. trispinosus (08), Sparisoma axillare (657), Sp. frondosum (09) e Sp. amplum (08). A espécie Sp.axillare foi a mais representativa (94% do total), diferindo entre os pontos amostrais (F=7.95; p<0,001). As abundâncias de peixes em São José foram mais elevadas variando entre Porto (p= 0,039) e Serrambi (p<0,001). A composição do substrato algal dos recifes foi bem representada pelas algas calcárias articuladas. Em São José, as algas foliáceas foram mais comuns, diferindo entre as praias (K=18,34; p<0,001), enquanto em Porto as algas cilíndricas variaram (F=25,79; p<0,001) em relação às demais. As três variáveis com maior influência sobre a abundância de Sp. axillare foram: profundidade e cobertura de algas foliáceas, tendo relação positiva; percentual de substrato nu com relação negativa. Quanto ao efeito causado pela interação destas variáveis, a profundidade e abertura da piscina apresentaram o maior percentual de explicação (13,6%). A influência dos fatores estudados na comunidade íctia é complexa. Embora a soma dos efeitos individuais dos fatores seja pequena (≈ 30%), o somatório das interações sobre as espécies desta subfamília atinge cerca de 70%.
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Biologia reprodutiva dos budiões-batata, Sparisoma axillare e Sparisoma frondosum (Actinopterygii : Scaridae), capturados na costa Central do Estado de Pernambuco

VÉRAS, Dráusio Pinheiro 08 February 2008 (has links)
Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-09T15:50:20Z No. of bitstreams: 1 Draussio Pinheiro Veras.pdf: 2415488 bytes, checksum: c1bef0097caba696278592343621305f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T15:50:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Draussio Pinheiro Veras.pdf: 2415488 bytes, checksum: c1bef0097caba696278592343621305f (MD5) Previous issue date: 2008-02-08 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The parrotfishes, Sparisoma axillare and S. frondosum (Family: Scaridae), are reef fish species frequently caught as bycatch on the trap fishery for lobster and goatfishes in the State of Pernambuco. Between 2002 and 2005, the total of parrotfish caught by the marine fisheries in Pernambuco State, varied from 136.5 to 280.5 t. These numbers show a growing fishing pressure on this important zoological group, with a significant impact on coral reef ecosystems, highlighting the importance of biological and ecological studies on these species. In this context, the present study intends to generate information regarding the main reproductive parameters of S. axillare e S. frondosum, with the purpose of supporting the management of their fisheries in the region. For the study of the reproductive biology, the stages of gonad maturation were defined through microscopic analysis of 283 specimes of S. axillare and 185 specimes of S. frondosum. The standard length (SL) varied between 13.8 and 33.4 cm, for S. axillare, and from 12.6 to 29.5 cm, for S. frondosum. The sex ratio between male and female was 1:6.4, for S. axillare, and 1:1.2, for S. frondosum. The average values of Gonad Index (G.I.) for S. axillare were higher during the second semester of the year, with the largest values for females occurring in July, August, September and November and for males, in September. For S. frondosum, females presented the highest average GI in February and males in April. The size of first sexual maturity (L50) for females of S. axillare was estimated at 20.2 cm of SL. It was not possible to determine the L50 for males. The L50 for females of S. frondosum was estimated at 17.0 cm of SL and for males at 17.7 cm. The average fecundity was 50.075 oocytes for S. axillare and 80.276 oocytes for S. frondosum. These results indicate that both species present multiple or batch spawning, with reproduction occurring all year. / Os budiões batata, Sparisoma axillare e S. frondosum (Família: Scaridae), são espécies de peixes recifais que vêm sendo bastante capturadas como fauna acompanhante na pescaria de covo voltada para lagosta e saramunete no Estado de Pernambuco. Entre os anos de 2002 e 2005, a pesca extrativa marinha obteve capturas de escarídeos que variaram entre 136,5 e 280,5 t. Esses dados evidenciam uma elevada e crescente pressão pesqueira sobre esse importante grupo zoológico, com um significativo impacto sobre os ecossistemas recifais em que habitam. Desta forma, é de fundamental importância o desenvolvimento de estudos que possam aportar informações biológicas sobre as espécies capturadas, muitas das quais são ainda pouco conhecidas, como é o caso das espécies aqui estudadas. Nesse contexto, o presente estudo pretendeu gerar informações acerca dos principais parâmetros reprodutivos de S. axillare e S. frondosum, com o objetivo de subsidiar o ordenamento da sua pesca na região. Para o estudo da biologia reprodutiva foram determinados os estágios de maturação gonadal através de análises microscópicas de cortes histológicos do aparelho reprodutor de 283 indivíduos de S. axillare e 185 indivíduos de S. frondosum. O comprimento padrão (CP) dos exemplares variou entre 13,8 e 33,4 cm, para S. axillare, e entre 12,6 a 29,5 cm, para S. frondosum. A proporção sexual, entre macho e fêmea, foi de 1:6,4, para S. axillare, e de 1:1,2, para S. frondosum. Os valores médios do índice gonadal para as fêmeas e machos de S. axillare foram mais altos nos meses do segundo semestre do ano. Para S. frondosum, as fêmeas apresentaram maior valor médio mensal em fevereiro e os machos em abril. O tamanho de primeira maturação sexual (L50) para as fêmeas de S. axillare foi estimado em 20,2 cm de CP, não tendo sido possível determinar a curva de maturação para os machos. O L50 das fêmeas de S. frondosum foi estimado em 17,0 cm de CP e o dos machos em 17,7 cm. A fecundidade média estimada foi de 50.075 ovócitos/gônada para S. axillare e de 80.276 ovócitos/gônada para S. frondosum. Os resultados indicam que ambas as espécies apresentam desova múltipla ou parcelada, reproduzindo-se durante o ano todo.
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Ictiofauna em cristas recifais no litoral de Pernambuco: Relação entre a cobertura algal e complexidade estrutural dos habitats

OLIVEIRA, Walter Dennis Menezes de 31 May 2016 (has links)
Submitted by Rafael Santana (rafael.silvasantana@ufpe.br) on 2017-07-14T18:46:22Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertação_Walter DM Oliveira_ Oceanografia_UFPE.pdf: 1745886 bytes, checksum: 62870c6bfbb9848afc84e4fb94eff45e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-14T18:46:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertação_Walter DM Oliveira_ Oceanografia_UFPE.pdf: 1745886 bytes, checksum: 62870c6bfbb9848afc84e4fb94eff45e (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / Os recifes costeiros são comumente afetados por ações antrópicas que vão desde o turismo contemplativo a poluição por efluentes domésticos. Essas formações recifais abrigam muitas espécies de peixe que em busca de abrigo para diferentes fazes do ciclo de vida e alimento. Nesses sentido as cristas recifais formam um importante papel para o desenvolvimento desses organismos, sem comumente um local de berçário natural. A cobertura de substrato é um outro fator importante para essas espécies pois pode gerar proteção, alimentação direta a indireta com invertebrados epifíticos. As cristas recifais do litoral sul de Pernambuco são dominadas por cobertura algal. Os recifes locais são importantes como fonte de renda para as comunidades locais e para conservação dos ambientes marinhos costeiros. Foram analisadas as relações entre a ictiofauna e a categorias de algas nas cristas recifais de Porto de Galinhas, Serrambi e São José da Coroa Grande, tendo sido amostrados três piscinas em cada praia. Para isso foram feitas amostragens com transecto de faixa de 20x2 m² em cada piscina, com registros fotográficos da cobertura de substrato, essas fotos foram posteriormente analisadas para estimar o percentual de cada categoria representada na cobertura do substrato da crista recifal. Os dados mostraram que Stegastes fuscus, Abudefduf saxatilis, Sparisoma axillare, Halichoeres poeyi e Ophioblennius trinitatis foram as espécies mais representativas nas cristas recifais analisadas. As algas calcárias articuladas e turf foram as algas mais abundantes nessas formações. As algas folhosas foram pouco abundantes, sendo mais representadas em São José da Coroa Grande. A maioria da abundância de peixes representou a categoria trófica de herbívoros errante e a mais rica foi comedores de invertebrados móveis. St. fuscus e O. trinitatis foram registrados em todas as classes de tamanho, enquanto A. saxatilis, Sp. axillare,e H. poeyi foram observados em fases juvenis. A relação verificada entre a comunidade de peixes, a cobertura de substrato e as características estruturais foi baixa visto que a distribuição de peixes foi homogênea e houve pouca variação nas categorias de algas. / The reef crests form an important habitat for fish of different habits and life stages. Coastal reefs are commonly affected by human activities ranging from the contemplative tourism to the pollution from domestic sewage. The substrate coverage can indicate the distribution of fish species that use this place to establish throughout the life cycle or in transitional phases. The reef crests of the southern coast of Pernambuco are dominated by algal cover. Local reefs are important as source of income for local communities and for conservation of coastal marine environments. The relationship between fish community and categories of algae on the reef crests of Porto de Galinhas, Serrambi and São José da Coroa Grande were analyzed. Three points were sampled at each beach. For the sampling of fish were made four transects of 20x2 m in each pool. At the same time were made photos of substrate coverage, these photos were then analyzed to estimate the percentage of each category. The data showed that Stegastes fuscus, Abudefduf saxatilis, Sparisoma axillare, Halichoeres poeyi and Ophioblennius trinitatis were the most significant species in the reef crests analyzed. The jointed calcareous macroalgae and turf were the most abundant in these formations. The sheet-like algaes were less abundant and more represented in São José da Coroa Grande. Most of the abundance of fish represented the trophic category herbivores and the richest was eaters of mobile invertebrates. St. fuscus and O. trinitatis were recorded in all size classes, while A. saxatilis, Sp. Axillare, and H. poeyi were observed in juvenile stages. The relationship between the fish community and substrate coverage and structural characteristics was low as the fish distribution is homogeneous and there was little variation in types of substrate coverage.
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Distributional Ecology of Coral Reef Fish Larvae (Labridae, Scaridae) in the Southern Straits of Florida

Jones, David Lee 08 January 2008 (has links)
This study targets the poorly described egg and larval stages of wrasses and parrotfishes that as adults inhabit coral reefs and seagrasses in the western central Atlantic. Descriptions are provided to allow laboratory identification of the egg and larval stages of these fishes. Accounts are given for 16 of the 20 species of labrid and six of the 14 species of scarids that occur here. The biological, hydrographic, and meteorological data from four oceanographic surveys of the southern Straits of Florida were analyzed to provide a synthesis of the effects of the environment on the distribution of larval fishes occupying a region that is influenced by geostrophic currents and mesoscale recirculation features. Results indicate these oceanographic phenomena play an important role in influencing the distribution of these fishes in their pelagic nursery habitat. The most striking evidence for this comes from the close association of high abundances of fish larvae with the Tortugas Gyre, a semi-permanent mesoscale eddy frequently present off the western Florida Keys. Most species were found in greatest abundance near the center of the eddy, while others were limited to offshore waters along its periphery in deeper depth strata. Older larvae occurred more frequently than younger stages. Those taxa most abundant near the center of the eddy were also more often taken as older larvae. Two hypotheses are proposed to account for larval accumulation in the center of the eddy, which are not mutually exclusive. The first is based on advection of passive larvae that are cyclonically entrained into the center of the eddy along the horizontal plane, while the second provides for a cascade of ecological effects that originate from eddy-induced upwelling in the vertical plane. Diel and ontogenetic effects were shown to be important components of the vertical distribution patterns displayed by these fishes. The vertical distribution of most species within the top 115 m of the water column was non-uniform. Mean depths of most larvae were deeper during the day than at night, with older stage larvae occurring deeper than younger stages.

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