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Biological invasions are one of the most important threats to global biodiversity and they were also found to negatively affect some bird species. Despite relatively large number of scientific studies dealing with the impacts of invasive plants on bird communities, their results are inconsistent, especially it is not clear how birds respond to increasing levels of expansion of invasive species in native species stands. Moreover, bird responses to plant invasions seem to depend on the ecological characteristics of individual bird species. This study contributes to elucidation of this problem; I investigated the impacts of black locust (Robinia pseudoacacia) invasion on bird communities in three types of forest stands with different levels of invasion: in stands containing solely the native oak (Quercus spp.), in partially invaded stands with different proportions of black locust and oak (mixed stands) and in pure black locust stands. Previous studies that examined birds in pure oak and pure black locust stands have found that they differ markedly in vegetation structure, but not in the total number of bird species. However, habitat specialists were associated with the oak stands, while generalists with the black locust stands. Therefore, I predicted that (1) the total species richness will be...

Nessa dissertação, avaliei a eficiência e congruência de métodos para amostragem de mamíferos de maior porte e investiguei a influência de fatores múltiplos correlacionados, comuns em paisagens fragmentadas, sobre a distribuição destes animais em remanescentes de Mata Atlântica. Através de amostragens padronizadas em 24 remanescentes florestais de uma paisagem rural com 49% de remanescentes florestais no Planalto Paulista e de um delineamento pareado, no capítulo 2 comparei o desempenho e a congruência de dois métodos (pegadas em parcelas de areia e armadilhas fotográficas) e de dois tipos de isca (banana e iscas de cheiro) para a estimativa da riqueza e taxa de ocorrência de mamíferos de maior porte. Ambos os métodos se mostraram adequados para o estudo destes animais em florestas tropicais e dos fatores que afetam sua distribuição em paisagens alteradas, pois (1) registram as espécies de menor porte e noturnas, (2) podem ser padronizados entre áreas heterogêneas, (3) apresentam desempenho semelhante no registro da maioria das espécies e da riqueza de espécies, e (4) refletem de maneira similar o padrão de ocorrência das espécies entre diferentes áreas. Frente às iscas de cheiro utilizadas, a banana foi a isca mais eficiente na amostragem tanto das espécies herbívoras/frugívoras quanto das espécies onívoras, destacando a necessidade da padronização das iscas utilizadas e do uso de iscas complementares ou de iscas que atraiam uma ampla gama de animais. Usando os dados obtidos com armadilhas fotográficas, avaliei quais fatores condicionam a presença e a freqüência de ocorrência de cães domésticos (capítulo 3) e de mamíferos de maior porte (capítulo 4) nos remanescentes. Esta avaliação foi realizada através da seleção de modelos de regressão construídos com base na relação causal entre os fatores estudados - que pode ser estabelecida a partir de como usualmente se dá a expansão das atividades humanas em florestas neotropicais - e comparados através do critério de informação AIC (The Akaike Information Criterion). Para o cão doméstico, foram considerados quatro fatores: extensão de estradas, quantidade de mata e número de cães domésticos no entorno, e qualidade da vegetação. Foi observada uma forte relação positiva entre o total de residentes e o total de cães domésticos no entorno dos remanescentes. Dentro dos remanescentes, o cão doméstico foi mais registrado do que sete das 11 espécies nativas, sua ocorrência foi mais bem explicada pela quantidade de cães no entorno, e sua freqüência de ocorrência pela diminuição da quantidade de mata no entorno, o que mostra a necessidade de controle populacional desta espécie no entorno de áreas naturais e da manutenção de áreas florestadas mais extensas, menos suscetíveis a entrada deste invasor. Para os mamíferos de maior porte, os fatores considerados foram: quantidade de mata e número de residentes no entorno dos remanescentes, distância à estrada de asfalto, freqüência de ocorrência de cães domésticos nos remanescentes, e qualidade da vegetação dos remanescentes. Os resultados demonstraram que, apesar da ampla variação na resposta das espécies a estes fatores, a distância a estradas de asfalto e a freqüência de ocorrência de cães domésticos, fatores que são correlacionados a disponibilidade de habitat e não são freqüentemente considerados, determinaram a distribuição de um número maior de espécies. A comunidade de mamíferos de maior porte encontrada é simplificada, dominada por espécies generalistas e com poucos dispersores e predadores de sementes e plântulas, o que pode levar a conseqüências negativas para outras espécies e para o funcionamento e regeneração das florestas remanescentes. Estes resultados sugerem que para a conservação de uma comunidade íntegra de mamíferos de maior porte na Mata Atlântica é necessário, não apenas a manutenção de grandes contínuos de mata nativa ou de paisagens com percentual alto de matas remanescentes, mas a redução drástica das perturbações associadas à ocupação e atividades humanas. O manejo e restauração de paisagens devem considerar a proximidade entre os remanescentes florestais e estradas, principalmente as asfaltadas e de alto tráfego, e a importância de campanhas de controle populacional e vacinação de cães domésticos. / In this master thesis, I evaluated the efficiency and congruence of methods for sampling large mammals, and investigated the influence of multiple and correlated factors, common in fragmented landscapes, on the distribution of these animals in Atlantic Forest remnants. Through standardized surveys at 24 forest remnants in a rural landscape with 49% of remaining forest in the Planalto Paulista and using a paired design, in chapter 2 I compared the performance and the congruence of two methods (tracks in sand plots and camera-trapping) and of two types of baits (banana and scent lures) for estimating richness and rate of occurrence of large mammals. Both methods are suitable for studying these animals in tropical forests as well as the factors that affect their distribution in disturbed landscapes, because (1) they record medium-sized and nocturnal species, (2) can be standardized among heterogeneous sites, (3) present similar performance for recording most species and richness, (4) reflect in similar ways the pattern of species occurrence among different sites. Compared with scent lures, banana was the most efficient bait for sampling herbivores/frugivores as well as omnivores, highlighting the need to standardize baits and use complementary baits or baits that attract a wide range of animals. Using camera-trapping data, I evaluated which factors determine the presence and the frequency of occurrence of domestic dogs (chapter 3) and of large mammals (chapter 4) in remnants. This evaluation was done through the selection of regression models buit based on the causal relationship among studied factors which can be established from the way expansion of human activities usually happens in neotropical forests and compared through the AIC, The Akaike Information Criterion. For the domestic dog, four factors were considerate: extension of roads, amount of forest and number of domestic dogs in the surroundings, and vegetation quality. It was observed a strong positive relationship between the total number of residents and the total number of domestic dogs in the surroundings. Inside remnants, the domestic dog was more frequently recorded than seven of the 11 native species, its occurrence was better explained by the number of dogs in the surroundings, and its frequency of occurrence by the reduction of the amount of forest in the surroundings, which indicates the need of population control of this invasive species in the surroundings of natural areas and of the maintenance of extensive forests areas that are less susceptible to the entrance of this invasive species. For native large mammals, the considered factors were: amount of forest and number of residents in the surroundings, distance from paved roads, frequency of occurrence of domestic dogs and vegetation quality. Results suggested that, despite the large variation in the responses of species to the studied factors, distance from paved roads and frequency of occurrence of domestic dog, factors that are correlated with habitat availability and are not frequently considered, determined the distribution of a larger number of species. The large mammal community found is simplified, dominated by generalist species and with few seed and seedling dispersers and predators, which can lead to negative consequences to other species and to forest functioning and regeneration. These results suggest that for conserving a complete large mammal community at the Atlantic Forest, not only the maintenance of large tracts of continuous forest or landscapes with high percentage of remaining forest is needed, but also a drastic reduction of disturbances associated with human activities and occupation. Landscape management and restoration should consider the proximity between forest remnants and roads, especially those that are paved and present high traffic, and the importance of campaigns of domestic dog population control and vaccination.

Nessa dissertação, avaliei a eficiência e congruência de métodos para amostragem de mamíferos de maior porte e investiguei a influência de fatores múltiplos correlacionados, comuns em paisagens fragmentadas, sobre a distribuição destes animais em remanescentes de Mata Atlântica. Através de amostragens padronizadas em 24 remanescentes florestais de uma paisagem rural com 49% de remanescentes florestais no Planalto Paulista e de um delineamento pareado, no capítulo 2 comparei o desempenho e a congruência de dois métodos (pegadas em parcelas de areia e armadilhas fotográficas) e de dois tipos de isca (banana e iscas de cheiro) para a estimativa da riqueza e taxa de ocorrência de mamíferos de maior porte. Ambos os métodos se mostraram adequados para o estudo destes animais em florestas tropicais e dos fatores que afetam sua distribuição em paisagens alteradas, pois (1) registram as espécies de menor porte e noturnas, (2) podem ser padronizados entre áreas heterogêneas, (3) apresentam desempenho semelhante no registro da maioria das espécies e da riqueza de espécies, e (4) refletem de maneira similar o padrão de ocorrência das espécies entre diferentes áreas. Frente às iscas de cheiro utilizadas, a banana foi a isca mais eficiente na amostragem tanto das espécies herbívoras/frugívoras quanto das espécies onívoras, destacando a necessidade da padronização das iscas utilizadas e do uso de iscas complementares ou de iscas que atraiam uma ampla gama de animais. Usando os dados obtidos com armadilhas fotográficas, avaliei quais fatores condicionam a presença e a freqüência de ocorrência de cães domésticos (capítulo 3) e de mamíferos de maior porte (capítulo 4) nos remanescentes. Esta avaliação foi realizada através da seleção de modelos de regressão construídos com base na relação causal entre os fatores estudados - que pode ser estabelecida a partir de como usualmente se dá a expansão das atividades humanas em florestas neotropicais - e comparados através do critério de informação AIC (The Akaike Information Criterion). Para o cão doméstico, foram considerados quatro fatores: extensão de estradas, quantidade de mata e número de cães domésticos no entorno, e qualidade da vegetação. Foi observada uma forte relação positiva entre o total de residentes e o total de cães domésticos no entorno dos remanescentes. Dentro dos remanescentes, o cão doméstico foi mais registrado do que sete das 11 espécies nativas, sua ocorrência foi mais bem explicada pela quantidade de cães no entorno, e sua freqüência de ocorrência pela diminuição da quantidade de mata no entorno, o que mostra a necessidade de controle populacional desta espécie no entorno de áreas naturais e da manutenção de áreas florestadas mais extensas, menos suscetíveis a entrada deste invasor. Para os mamíferos de maior porte, os fatores considerados foram: quantidade de mata e número de residentes no entorno dos remanescentes, distância à estrada de asfalto, freqüência de ocorrência de cães domésticos nos remanescentes, e qualidade da vegetação dos remanescentes. Os resultados demonstraram que, apesar da ampla variação na resposta das espécies a estes fatores, a distância a estradas de asfalto e a freqüência de ocorrência de cães domésticos, fatores que são correlacionados a disponibilidade de habitat e não são freqüentemente considerados, determinaram a distribuição de um número maior de espécies. A comunidade de mamíferos de maior porte encontrada é simplificada, dominada por espécies generalistas e com poucos dispersores e predadores de sementes e plântulas, o que pode levar a conseqüências negativas para outras espécies e para o funcionamento e regeneração das florestas remanescentes. Estes resultados sugerem que para a conservação de uma comunidade íntegra de mamíferos de maior porte na Mata Atlântica é necessário, não apenas a manutenção de grandes contínuos de mata nativa ou de paisagens com percentual alto de matas remanescentes, mas a redução drástica das perturbações associadas à ocupação e atividades humanas. O manejo e restauração de paisagens devem considerar a proximidade entre os remanescentes florestais e estradas, principalmente as asfaltadas e de alto tráfego, e a importância de campanhas de controle populacional e vacinação de cães domésticos. / In this master thesis, I evaluated the efficiency and congruence of methods for sampling large mammals, and investigated the influence of multiple and correlated factors, common in fragmented landscapes, on the distribution of these animals in Atlantic Forest remnants. Through standardized surveys at 24 forest remnants in a rural landscape with 49% of remaining forest in the Planalto Paulista and using a paired design, in chapter 2 I compared the performance and the congruence of two methods (tracks in sand plots and camera-trapping) and of two types of baits (banana and scent lures) for estimating richness and rate of occurrence of large mammals. Both methods are suitable for studying these animals in tropical forests as well as the factors that affect their distribution in disturbed landscapes, because (1) they record medium-sized and nocturnal species, (2) can be standardized among heterogeneous sites, (3) present similar performance for recording most species and richness, (4) reflect in similar ways the pattern of species occurrence among different sites. Compared with scent lures, banana was the most efficient bait for sampling herbivores/frugivores as well as omnivores, highlighting the need to standardize baits and use complementary baits or baits that attract a wide range of animals. Using camera-trapping data, I evaluated which factors determine the presence and the frequency of occurrence of domestic dogs (chapter 3) and of large mammals (chapter 4) in remnants. This evaluation was done through the selection of regression models buit based on the causal relationship among studied factors which can be established from the way expansion of human activities usually happens in neotropical forests and compared through the AIC, The Akaike Information Criterion. For the domestic dog, four factors were considerate: extension of roads, amount of forest and number of domestic dogs in the surroundings, and vegetation quality. It was observed a strong positive relationship between the total number of residents and the total number of domestic dogs in the surroundings. Inside remnants, the domestic dog was more frequently recorded than seven of the 11 native species, its occurrence was better explained by the number of dogs in the surroundings, and its frequency of occurrence by the reduction of the amount of forest in the surroundings, which indicates the need of population control of this invasive species in the surroundings of natural areas and of the maintenance of extensive forests areas that are less susceptible to the entrance of this invasive species. For native large mammals, the considered factors were: amount of forest and number of residents in the surroundings, distance from paved roads, frequency of occurrence of domestic dogs and vegetation quality. Results suggested that, despite the large variation in the responses of species to the studied factors, distance from paved roads and frequency of occurrence of domestic dog, factors that are correlated with habitat availability and are not frequently considered, determined the distribution of a larger number of species. The large mammal community found is simplified, dominated by generalist species and with few seed and seedling dispersers and predators, which can lead to negative consequences to other species and to forest functioning and regeneration. These results suggest that for conserving a complete large mammal community at the Atlantic Forest, not only the maintenance of large tracts of continuous forest or landscapes with high percentage of remaining forest is needed, but also a drastic reduction of disturbances associated with human activities and occupation. Landscape management and restoration should consider the proximity between forest remnants and roads, especially those that are paved and present high traffic, and the importance of campaigns of domestic dog population control and vaccination.

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Vegetation changes in Czech lowland forests over the past decades Martin Kopecký ABSTRACT To explore decadal changes in plant species diversity and composition of typical lowland forests in the Czech Republic, I compared vegetation on plots sampled decades ago with vegetation on the same plots sampled recently. First I evaluated the robustness of the approach used in my thesis. In Chapter 1, we provided the first direct test of the effect of uncertainty in original plot location on results from vegetation resurvey. We found that temporal trends in vegetation diversity and composition were comparable between exactly relocated permanent and only approximately relocated semi-permanent plots. Therefore, we conclude that the resurvey of semi-permanent plots is robust to the uncertainty in original plot location. Then, we showed that vegetation in lowland oak forest shifted from species-rich communities of thermophilous forest toward species poorer communities of mesic forest (Chapter 2). The species typical for thermophilous oak forests and nationally endangered species suffered the most significant decline. We identified as the main driver behind these changes shift from traditional coppicing toward high forest management after WWII. Further, we explored the processes behind temporal shifts in species diversity...