Oenococcus oeni est la principale de bactérie lactique du vin. L’espèce comprend de nombreuses souches plus ou moins bien adaptées au vin et qui forment différents groupes génétiques. Récemment, deux groupes de souches ont été identifiés dans les vins rouges (VR) et vins blancs (VB) de Bourgogne. Il est probable que les bactéries se sont adaptées à l’un ou l’autre de ces vins en raison de leurs différences physico-chimiques et de composition. Néanmoins, d’autres souches peuvent s’y développer. Ce sont par exemple des levains commerciaux, qui ont une bonne tolérance aux stress du vin. L’objectif de cette étude était d’analyser l’adaptation des souches d’O. oeni au vin et en particulier aux polyphénols. Dans un premier chapitre, des souches des groupes VR et VB ont été étudiées. Leurs phénotypes ont été comparés dans des moûts et des vins à différents pH et en présence de polyphénols. Les résultats ont permis de mieux comprendre leur adaptation au vin blanc ou rouge. Dans les deuxième et troisième chapitres, la tolérance à l’acidité et aux polyphénols de souches commerciales a été étudiée. Leur résistance au vin et leurs capacités fermentaires ont été analysées, les cellules ont été observées en microscopie électronique et les mécanismes de résistance à l’acidité et aux polyphénols ont été recherché par protéomique quantitative. Un protocole de purification des protéines spécifique pour les essais en présence de polyphénols a été mis au point. Les résultats montrent des voies métaboliques et enzymes qui contribuent à l’adaptation des souches au vin. Ils permettent aussi l’exploration de nouvelles pistes pour la sélection des souches industrielles. / Oenococcus oeni is the main lactic acid bacteria species in wine. The species comprises many strains, which are more or less well adapted to wine and form different genetic groups. Recently, two groups of strains have been identified from Burgundy’s red (VR) and white (VB) wines. It is likely that the bacteria have adapted to one or the other of these wines because of their different physico-chemical properties and compositions. Nevertheless, other strains can also develop in these wines. They are for example commercial starters, which are well resistant to wine stressors. The objective of this study was to analyze the adaptation of O . oeni strains to wine and particularly to phenolic compounds. In the first chapter, strains of groups VR and VB were studied. Their phenotypes were compared in grape musts and in wines at different pHs and in the presence of phenolic compounds. The results provide insights on their adaptation to red or white wine. In the second and third chapters, the tolerance to acidity and phenolic compounds of commercial strains has been studied. Their survival in wine and their fermentative capacities were analyzed, the cells were observed by electron microscopy and the mechanisms of resistance to acidity and phenolic compounds were investigated by quantitative proteomics. A specific protein purification protocol has been developed for trials performed in the presence of polyphenols. The results show metabolic pathways and enzymes that contribute to the adaptation of strains to wine. They also open new tracks for the selection of industrial strains.

Bacillus cereus est une bactérie à coloration de Gram positive capable de s'adapter à un grand nombre de stress tels que les bas pH ou les bas potentiels d'oxydo-réduction (Eh). Si certains des mécanismes d'adaptation de B. cereus à chacun de ces stress sont connus, les intéractions entre ces deux facteurs sur la physiologie bactérienne n'ont jamais été étudiés. Nous nous sommes donc intéressés à l'effet des variations de Eh sur la résistance au stress acide de B. cereus, aux adaptations métaboliques de B. cereus à pH acide et à l'intéraction de cette bactérie avec son environnement redox. Les résultats obtenus ont démontré, dans un premier temps, que la survie de B. cereus au choc acide était légèrement augmentée sous atmosphères à Eh réducteurs par rapport aux atmosphères à Eh oxydants. Nous avons également observé une réorientation majeure du métabolisme de B. cereus exposé à pH acide depuis la fermentation des acides mixtes vers la fermentation butanediolique. Cette réorientation joue vraisemblablement un rôle important dans la résistance au stress acide de B. cereus. Dans un second temps, nous avons étudié les intéractions de B. cereus avec son environnement redox et nous avons montré l'importance des groupements thiols exofaciaux dans l'activité réductrice de cette bactérie. L'ensemble de ces résultats permettent de mieux comprendre la physiologie de B. cereus confronté à un stress acide et aux variations de Eh et ouvre la voie à de nombreuses pistes de recherches novatrices. / Bacillus cereus is a Gram positive bacterium able to adapt and survive to numerous stress, including acid stress or oxydo-reduction potential (Eh) variations. Some adaptations are documeted for each of these two stress. However, the interaction between Eh and pH on B. cereus physiology was never studied. Here, we focus on the impact of Eh variation on the acid resistance of B. cereus, on the metabolic adaptation of these bacteria under low pH and on the interaction of bacterial cells with their redox environement. Results obtained demonstrate that the acid survival of B. cereus was slighlty higher under reductive Eh than under oxdative Eh. Concerning acid adaptations, we observed a major metabolic adjustement for cells cultivated at low pH with an important shift from mixed acid fermentation to butanediolic fermentation. Finally, we demonstrate the importance of exofacials thiols groups in the reductive abilities of B. cereus. All these conclusions will help to better understand the response of B. cereus exposed to acid stress and Eh.