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Análise de fatores na avaliação do efeito de características quantitativas em suínos / Factor analysis in the evaluation of the effect in pig quantitative traitsHenriques, Renata Felisberto 27 July 2018 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-11-07T13:58:29Z
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Previous issue date: 2018-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Esse trabalho buscou por meio da análise de fatores, a redução da dimensionalidade de um banco de dados de características quantitativas de suínos e avaliar por meio das variáveis latentes obtidas, as progênies de suínos provenientes de três diferentes grupos genéticos submetidos a três planos nutricionais, por meio da análise de variância. Foram utilizadas 29 variáveis quantitativas de suínos machos castrados e fêmeas provenientes de experimento realizado na Unidade de Ensino, Pesquisa e Extensão em Melhoramento de Suínos, do Departamento de Zootecnia da Universidade Federal de Viçosa (UFV), Viçosa - MG. Os dados foram coletados a partir de 102 animais, sendo 50 fêmeas e 52 machos castrados, de três grupos genéticos formados por suínos cruzados Piau, Duroc e Pietrain, submetidos a três planos nutricionais (baixo, médio e alto nível de lisina). A análise de fatores foi capaz de extrair 5 fatores com sentido biológico relacionados ao Desempenho (6 variáveis), Qualidade de carcaça (7 variáveis), Rendimento de carcaça (2 variáveis), Qualidade da carne (3 variáveis) e pH inicial (2 variáveis). Esses fatores foram considerados como novas variáveis quantitativas e utilizados na avaliação dos efeitos de grupos genéticos, plano nutricional e sexo, por meio da análise de variância, a qual considerou os referidos efeitos e suas interações. Foi verificada interação (p=0,036) entre grupo genético e sexo para Desempenho, em que os machos cruzados Duroc apresentaram os melhores escores se comparados aos Piau e os suínos cruzados Duroc se destacaram entre as fêmeas avaliadas. O grupo genético Pietrain apresentou melhores médias em Qualidade de carcaça (p<0,001), por outro lado, suínos cruzados Piau obtiveram melhores médias para Qualidade da carne (p=0,005) se comparados as Pietrain. Os suínos cruzados Pietrain foram superiores em relação aos Duroc para Rendimento de carcaça (p=0,001). O plano nutricional com baixo nível de lisina obteve pior Desempenho (p=0,020). Rendimento de carcaça foi afetado pelos planos nutricionais (p=0,010), em que o médio nível de lisina obteve melhor resultado se comparado ao baixo nível de fornecimento deste aminoácido. Para Qualidade da carne, o plano nutricional com alto nível de lisina foi melhor se comparado ao baixo (p=0,001). O pH inicial (p=0,002) expressou melhores médias ao se utilizar os planos nutricionais com baixo e médio níveis de lisina na composição da dieta. O sexo dos suínos apresentou efeito significativo para Qualidade de carcaça (p=0,001), sendo que as fêmeas apresentaram média maior que os machos. A redução da dimensionalidade dos dados permitiu a avaliação conjunta de grupo genético, plano nutricional e sexo por meio de novas variáveis latentes que representaram o conjunto de dados originais. / The aim of the present work was to reduce the dimensionality of a quantitative traits dataset from pigs using multivariate factor analysis, as well as take the latent traits obtained to evaluate the pig progenies from three different genetic groups, submitted to three different nutritional plans, using the analysis of variance. Twenty nine quantitative traits from borrows and gilts were used, in which pigs were from an experiment performed in the Teaching, Research and Extension Unit in Pig Breeding, from the Departamento de Zootecnia da Universidade Federal de Viçosa (acronym UFV), Viçosa – MG, Brazil. Data were taken from 102 animals (52 borrows and 50 gilts) of three genetic groups, Piau, Duroc and Pietrain crossbreeds, submitted to three different nutritional plans (low, medium and high lysine levels). The multivariate factor analysis extracted 5 factors with biological significance related to Performance (6 traits), Carcass quality (7 traits), Carcass yield (2 traits), Meat quality (3 traits) and Initial pH (2 traits). The factors were taken as new quantitative traits and used to evaluate the effects of the genetic group, nutritional plan and sex through the analysis of variance, considering these effects and its interactions. Regarding the Performance, interaction between genetic group and sex was statistically significant (p=0.036), in which borrows of Duroc crossbreed showed higher scores than those of Piau crossbreed and gilts exhibited better results with Duroc crossbreed. The Pietrain genetic group showed the best means for Carcass quality (p<0.001); however, Piau crossbreeds had better means for Meat quality (p=0.005) when compared to Pietrain crossbreed. Pietrain crossbreed was better than Duroc crossbreed in Carcass yield (p=0.001). The nutritional plan with low lysine level (p=0.020) represented the lowest Performace. Carcass yield was affected by nutricional plans (p=0.010), in wich the medium lysine level obtained a better result when compared to the low lysine level. The high lysine level showed a better result in Meat quality (p=0.001) than low lysine level. Inicial pH expressed better means for nutricional plans with low and medium lysine levels (p=0.002) The sex had significant effect for Carcass quality (p=0.001), where females showed higher means than those of males. The reduction in the data dimensionality, allowed an integrative evaluation of genetic group, nutritional plan and sex based on new latent traits that represented the original dataset.
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Aspectos seminais de suínos da raça Piau: sazonalidade e criopreservação / Seminal aspects of Piau swine breed: seasonality and criopreservationShiomi, Hugo Hideki 21 March 2018 (has links)
Submitted by MARCOS LEANDRO TEIXEIRA DE OLIVEIRA (marcosteixeira@ufv.br) on 2018-11-12T11:31:36Z
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Previous issue date: 2018-03-21 / Foram realizados dois diferentes experimentos com o sêmen de suínos da raça Piau: o primeiro referiu-se à criopreservação seminal e o segundo, ao efeito da sazonalidade no perfil proteômico do plasma seminal e nas características físicas e morfológicas do sêmen. No primeiro experimento, foram utilizadas vinte coletas de cinco machos. O extensor de congelamento foi baseado em extensor de gema de lactose e ovo, adicionado a 2 % de glicerol, 3 % de dimetilacetamida. A adição de conjugados de colesterol carregados com ciclodextrina foi realizada após centrifugação, quando o sêmen foi diluído com o extensor de resfriamento. Quatro grupos foram submetidos ao seguinte tratamento: sem adição (grupo 1); 1,5 mg de colesterol carregado com ciclodextrina / 120x10 6 espermatozoides (grupo 2); 1,5 mg de colestanol carregado com ciclodextrina / 120x10 6 espermatozoides (grupo 3); 1,5 mg de esperma desmosterol carregado com ciclodextrina / 120x10 6 espermatozoides (grupo 4). Para analisar a qualidade pós-descongelamento, foram verificadas a motilidade e a morfologia espermática. Além disso, para verificar a viabilidade dos espermatozoides, foram utilizados o teste hiposmótico, a coloração supravital e o teste fluorescente. Os valores médios registrados para a motilidade espermática total imediatamente após a descongelação foram de 54,5 ± 5,8, 55,5 ± 5,3, 53,7 ± 6,7 e 52,5 ± 6,6 %, respectivamente, para os grupos de um a quatro, sem diferença entre eles (p> 0,05). Em relação ao teste fluorescente, os resultados foram 28,3 ± 13,2, 26,9 ± 12,2, 22,2 ± 11,4 e 32,0 ± 15,3 %, respectivamente, para os grupos de um a quatro, também sem diferença entre os grupos (p> 0,05). Da mesma forma, testes complementares para avaliação da integridade e funcionalidade da membrana plasmática não mostraram diferença entre os tratamentos (p> 0,05). Em conclusão, o uso de conjugados de colesterol carregados com ciclodextrina adicionados à membrana plasmática do esperma não demonstrou qualquer efeito aditivo no aumento e / ou manutenção da motilidade do espermatozoide. No experimento 2, foram utilizados dez varrões da raça Piau, aprovados previamente como férteis por exame andrológico e as coletas de sêmen foram realizadas mensalmente para análise, durante o período de um ano, avaliando motilidade, vigor, morfologia, concentração/ mL e concentração total. O perfil protéico do plasma seminal foi obtido por eletroforese bidimensional, as análises de imagem dos géis foram realizadas pelo programa ImageMaster 2D Platinum 6,0 (GE Healtcare®) e a identificação das proteínas foi por espectrometria de massas usando MALDI-TOF/TOF, com o software Mascot Daemon para a busca em banco de dados. A validação das proteínas identificadas entre os tratamentos foi realizada pelo programa SCAFOLD (95 %). No presente estudo, observou-se que as estações climáticas do ano influenciaram a qualidade do sêmen, e que no inverno houve maior alteração na morfologia espermática em relação ao verão, com mais defeitos espermáticos maiores e totais (p<0,05), porém esses valores ainda se mostram dentro dos padrões de qualidade seminal preconizados para a espécie. Em relação à motilidade espermática progressiva, vigor e concentração espermática, não sofreram influência das estações climáticas do ano (p>0,05). Importantes proteínas do plasma seminal de varrões da raça Piau foram identificadas e validadas, destacando-se as espermadesinas. Foram reportadas correlações significativas entre as características seminais e alguns spots. Ao longo das estações do ano, dez spots foram observados como diferencialmente abundantes. / Two different experiments were carried out on the semen of Piau pigs: the first one referred to seminal cryopreservation and the second one, to the effect of seasonality on the proteomic profile of seminal plasma and on the physical and morphological characteristics of semen. In the first experiment, twenty samples of five males were used. The freezer extender was based on lactose and egg yolk extender, added to 2 % glycerol, 3 % dimethylacetamide. The addition of cyclodextrin loaded cholesterol conjugates was performed after centrifugation, when the semen was diluted with the cooling extender. Four groups were submitted to the following treatment: no addition (group 1); 1.5 mg of cyclodextrin-loaded cholesterol / 120x10 6 spermatozoa (group 2); 1.5 mg of cyclodextrin-loaded cholestanol / 120x10 6 spermatozoa (group 3); 1.5 mg of cyclodextrin-loaded desmosterol sperm / 120x10 6 spermatozoa (group 4). In order to analyze the post-thawing quality, the sperm motility and morphology were verified. In addition, to verify the viability of the spermatozoa, hyposmotic test, supravital staining and fluorescent test were used. The mean values recorded for the sperm motility immediately after thawing were 54.5 ± 5.8, 55.5 ± 5.3, 53.7 ± 6.7 and 52.5 ± 6.6 % , respectively, for groups one to four, with no difference between them (p> 0.05). Regarding the fluorescent test, the results were 28.3 ± 13.2, 26.9 ± 12.2, 22.2 ± 11.4 and 32.0 ± 15.3 %, respectively, for the groups one to four, also with no difference among groups (p>0.05). Likewise, complementary tests to assess the integrity and functionality of the plasma membrane showed no difference among treatments (p> 0.05). In conclusion, the use of cyclodextrin-loaded cholesterol conjugates added to the plasma sperm membrane did not demonstrate any additive effect on the increase and / or maintenance of sperm motility. In the experiment 2, ten boars of the Piau breed, previously approved as fertile by andrological examination, were used and the semen collections were carried out monthly for analysis during one year, evaluating motility, vigor, morphology, concentration / mL and total concentration. The protein profile of the seminal plasma was obtained by bidimensional electrophoresis, the image analyzes of the gels were performed by ImageMaster 2D Platinum 6.0 program (GE Healtcare®) and the identification of the proteins was obtained by mass spectrometry using MALDI-TOF/TOF, with Mascot Daemon software for database search. The validation of the proteins identified among the treatments was performed by the SCAFOLD program (95 %). In the present study, it was observed that the seasons of the year influenced semen quality, and that in winter there was a greater change in sperm morphology than in summer, with more major and total sperm defects (p <0.05), however these values are still within the seminal quality standards recommended for the species. Regarding progressive sperm motility, vigor and sperm concentration, they were not influenced by climatic seasons of the year (p>0.05). Important proteins of the seminal plasma of Piau boars were identified and validated, especially the spermadines. Significant correlations were reported between seminal characteristics and some spots. Throughout the seasons, ten spots were observed as differentially abundant.
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