Change in hydrossedimentological system of the lower course of the São Francisco river, by controlling the flow, has changed the characteristics of the aquatic ecosystem as well as the suspended sediment load. The objective of this study was to evaluate the suspended sediment load in the São Francisco river Chanel, and settlement of aquatic macrophytes species in a section of the right bank under different soil bioengineering techniques. The study area comprises a margin stretch of the São Francisco River in its lower course, located in the Amparo de São Francisco Municipality, Sergipe. The botanical material collection followed conventional methods, being held from April 2014 to September 2015, in a total of four sampling time, two in the rainy season and two in the dry season. Suspended sediments load were evaluated through 03 years (2013, 2014 and 2015) in 20, 40 and 60% of the channel depth in five different transects oriented by the presence or absence of erosion control techniques, as identified: 1- Vegetated Slope; 2- Vegetated Riprap; 3- Eroded Slope; 4- Cribwall; and 5- Vetiver grass Line, considering three of them (2, 4 and 5) with soil bioengineering techniques. In the collected material 66 species was identified in 23 families, showing the its richness and diversity in a small stretch of the São Francisco River. In assessing the macrophytes population, the wet period showed greater species richness, and among soil bioengineering techniques, the Cribwall presented the highest number of individuals. The sediment load was statistically different for the three evaluated years, and the highest values were presented in 2013, when the river had the highest discharge. Among the treatments, the Eroded Slope presented at a depth of 20% the lowest contribution of suspended sediment and the Vegetated Riprap the lower sediment load rate compared to other techniques. The strong presence of aquatic macrophytes in the river contributed to the protection of the slopes toe by dissipating the energy of the ebb and flow of the waves. A progressive decrease in total sediment suspended load was found throughout evaluated period, due not only to reduced river discharge, but also the protection provided by adopted erosion control techniques. / O regime hidrossedimentológico do baixo curso do rio São Francisco, por meio do controle da vazão, tem alterado as características do ecossistema aquático, bem como a produção e transporte de sedimentos em suspenção. O objetivo desse estudo foi avaliar a produção de sedimentos em suspensão no canal do Rio São Francisco, e povoamento de macrófitas aquáticas em um trecho da margem direita submetida a diferentes técnicas de Engenharia Natural. A área de estudo compreendeu um trecho de talude da margem direita do Rio São Francisco no seu baixo curso, localizada no Município de Amparo do São Francisco, Sergipe. A coleta do material botânico seguiu os métodos convencionais, tendo sido realizada no período de abril de 2014 a setembro de 2015, totalizando quatro amostragens, duas no período chuvoso e duas no período seco. Sedimentos em suspensão foram avaliados no período de 03 anos (2013, 2014 e 2015) a 20, 40 e 60% de profundidade do canal, em cinco diferentes transectos, orientados pela presença ou ausência de técnicas de controle de erosão, assim identificados: 1- Talude Vegetado; 2- Enrocamento Vegetado; 3- Talude Erodido; 4- Parede Krainer; e 5- Cordão de Vetiver, sendo que em três trechos da margem (2, 4 e 5) foram implantadas técnicas de Engenharia Natural. Do material coletado foram identificadas 66 espécies, distribuídas em 23 famílias, mostrando sua riqueza e diversidade em um pequeno trecho do Rio São Francisco. Na avaliação do povoamento de macrófitas, o período do inverno apresentou maior riqueza dessas espécies e a Parede Krainer foi o tratamento que apresentou maior número de indivíduos. O aporte de Sedimentos em Suspensão diferiu estatisticamente para os três anos de coleta, com destaque para o ano de 2013, quando o rio apresentou a maior vazão. Entre os tratamentos, o Talude Erodido apresentou na profundidade de 20% o menor aporte de sedimentos em suspensão e, o Enrocamento Vegetado os menores valores quando comparada às outras técnicas. A forte presença de macrófitas aquáticas, na margem do rio, contribuiu para a proteção da base dos taludes por dissipar a energia do fluxo e refluxo das ondas. Constatou-se um decréscimo progressivo nos sedimentos em suspensão na comparação do período avaliado, devido não somente à redução da vazão do rio, como também à proteção conferida pelas técnicas adotadas de controle de erosão.