Les Systèmes d'Information Hospitaliers (SIH) sont par nature des systèmes complexes. Aujourd'hui, les SIH doivent être conçus en adéquation avec les objectifs stratégiques définis en fonction de l'évolution des pratiques de soin et de l'optimisation de leurs coûts. En particulier, la conception doit permettre que les fonctionnalités offertes par les SIH collent au maximum aux besoins réels des processus métiers qui régissent les activités du Système Hospitalier (SH). Pour contribuer à répondre à ces exigences, et devant les limites des approches actuelles de développement de SI, notre objectif dans cette thèse est de développer une approche méthodologique complète et outillée permettant la conception de SIH intégré, urbanisé et aligné sur les objectifs stratégiques de l'hôpital. Cette approche doit satisfaire trois objectifs opérationnels principaux : (1) permettre l'analyse de l'alignement stratégique du SIH mettant en évidence les objectifs stratégiques du SH, les objectifs du SIH et les liens entre ces objectifs ; (2) permettre l'analyse du SH et la modélisation de ses aspects métiers (les processus, l'organisation, etc.). (3) permettre la conception du SIH intégré et urbanisé en se basant sur les aspects métiers du SH. Les résultats obtenus suite à l'application de l'approche méthodologique à un cas de SH réel confortent les orientations choisies pour le développement de cette approche. / The Hospital Information Systems (HIS) are naturally complex systems. Today, HIS should be designed in line with the strategic objectives defined in terms of care practices changing and their costs optimization. In particular, the design must allow the functionality offered by HIS stick up to the real needs of business processes that govern the activities of the hospital system (HS). To help meet these requirements, and given the limitations of current approaches of Information System (IS) development, our goal in this thesis is to develop a complete and instrumented methodological approach for design of HIS that are integrated, urbanized and aligned and aligned with the strategic objectives of the hospital. This approach must meet three main operational objectives: (1) allow analysis of the strategic alignment of HIS highlighting the strategic objectives of the HS, the objectives of the HIS and the links between these objectives; (2) allow HS analysis and modeling of its business aspects (the business processes the organization, etc.); and (3) allow the design of integrated and urbanized HIS based on the HS business aspects. The results obtained following the application of the methodological approach to a real case of HS confirm the orientations chosen for the development of this approach.