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Avaliação da técnica de spoligotyping aplicada diretamente em amostras clínicas de pacientes com suspeita de tuberculose e caracterização epidemiológica

Cafrune, Patricia Izquierdo January 2009 (has links)
A tuberculose (TB) permanece como uma doença importante do ponto de vista da saúde pública. Devido ao aumento do número de casos, surgimento de cepas resistentes aos fármacos e a co-infecção pelo HIV, novas estratégias para combater a doença são urgentemente necessárias. Por isso a Organização Mundial da Saúde recomenda investimentos em novas tecnologias e estratégias que possam contribuir para o diagnóstico mais rápido, assim como a aplicação de ferramentas que permitam um melhor entendimento da epidemiologia da TB em diferentes populações. O spoligotyping é uma técnica desenvolvida para detecção e diferenciação simultânea de cepas do complexo Mycobacterium tuberculosis. A oportunidade de combinar informações diagnósticas rápidas e dados de epidemiologia molecular representa um avanço importante no controle da TB. Dados epidemiológicos, caracterização molecular a partir de amostras clínicas e geolocalização dos casos de TB, podem contribuir para o entendimento da distribuição da doença e auxiliar no desenvolvimento de estratégias mais específicas para conter sua disseminação. Para isso foi realizado um estudo prospectivo incluindo pacientes atendidos no ambulatório do Hospital Sanatório Partenon, de agosto de 2005 a abril de 2007. Foram incluídos 202 pacientes, 142 com TB e 60 sem a doença. Entre os pacientes com TB a média de idade foi mais baixa (36,96±12,17 vs 44,54±6,05), com maior frequência eram não-brancos, desempregados, sem renda, utilizavam drogas, tinham histórico de encarceramneto, eram desnutridos e tinham tido contato com paciente com TB, principalmete intradomiciliar e em prisões. Os pacientes não-brancos apresentaram maiores taxas de infecção por HIV e HCV. Alcoolismo estava associado ao abandono do tratamento. A técnica de spoligotyping apresentou um bom rendimento quando aplicada diretamente em amostras clínicas, uma vez que 89% das amostras apresentaram resultados concordantes. Entre os 135 isolados de pacientes genotipados, foram identificados 44 spoligotipos diferentes, sendo 112 isolados (83%) com padrões compartilhados e 23 (17%) com padrões únicos. A família LAM foi a mais frequente englobando 37% dos isolados. Através da geolocalização foi possível observar que há uma grande diversidade genética das cepas circulantes na região estudada, mas também alguns agrupamentos que devem ser melhor caracterizados. A estratégia proposta neste estudo, utilizar o spoligotyping diretamente em amostras clínicas, mostrou-se útil para encurtar o tempo de obtenção de informações sobre as identidades das cepas de M. tuberculosis. Pode ser utilizada em combinação com dados clínicos dos pacientes para gerar informações epidemiológicas muito mais rapidamente e auxiliar no combate à TB. / Tuberculosis (TB) remains as an important public helath issue. Because of the increase in the number of cases, emergence of drug resistant strains and HIV coinfection, new strategies to fight the disease are urgently needed. Thus, the World Health Organization recommends investiments on new approaches and technologies that can be used to fasten the diagnosis of TB, as well as the application of tools that allow a better understanding of the epidemiology of the disease in different populations. Spoligotyping is a technique which was developed for simultaneous detection and differentiation of Mycobacterium tuberculosis complex strains. The opportunity to combine rapid diagnostic information and molecular epidemiology represents an important advance in the epidemiologic control of TB. Epidemiologic data, molecular characterization from clinical samples and spatial localization of TB cases may be used for the understanding of disease distribution and can be useful for the development of more specific strategies to arrest its dissemination. Aiming at this, a prospective study was designed including patients assisted at the outpatient section of Hospital Sanatório Partenon from August 2005 to April 2007. It was included 202 patients from wich 142 had a positive diagnosis for TB and 60 had a negative diagnosis for the disease. Mean age was lower among patients diagnosed with TB (36.96±12.17 vs 44.54±6.05), they were more likely to be non-white, to be unemployed and not to have any income, to use drugs, to have incarceration history, to have malnutrition and have had contact with a patiente with TB, mainly in the household and in prisons. Non-white patients had higher rates of HIV and HCV co-infection. Alcohol abuse was associated to treatment nonadherence. Spoligotyping technique presented good results when applied directly to clinical samples, once 89% of samples presented agreeing results. Among 135 patients isolates genotyped, it was found 44 differnt spoligotypes, 112 (83%) were shared types and 23(17%) were unique. LAM family was the most frequent comprising 37% of all isolates. Spatial localization of cases demonstrated a high genetic diversity of strains circulating in the study area, but also pointed some clusters that should be better characterized. The strategy proposed in this study, applying spoligotyping directly to clinical samples, showed to be useful to shorten time in obtaining information on M. tuberculosis strains identities. It can be used in combination with clinical data of patients to yield epidemiologic inofrmation more rapidly and help to fight TB.
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Epidemiologia da tuberculose em uma penitenciária do Rio Grande do Sul

Kühleis, Daniele Chaves January 2013 (has links)
A ocorrência de tuberculose (TB) nas penitenciárias de muitos países tem sido descrita como um problema de saúde pública, especialmente naqueles em fase de desenvolvimento sócio-econômico. No Brasil, a dimensão do problema é pouco conhecida, entretanto a introdução, em 2007, da informação sobre a origem prisional do caso de TB na ficha de notificação do SINAN aumentou a visibilidade do problema e permitiu a primeira avaliação nacional. Em 2011, a população privada de liberdade representou 0,2% da população geral, porém contribuiu com 6,8% dos casos de tuberculose notificados. Somada à alta endemicidade, também é particularmente elevada a frequência de formas resistentes e multirresistentes, relacionadas ao tratamento irregular e à detecção tardia de casos de resistência. Este trabalho teve como objetivo realizar um inquérito entre a população privada de liberdade com sintomas respiratórios de tuberculose, a fim de estimar a incidência da doença, analisar o perfil de sensibilidade aos fármacos e o genótipo dos isolados de Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), em uma penitenciária, na cidade de Charqueadas, Rio Grande do Sul. Foi aplicado um questionário de triagem entre os 1900 privados de liberdade da penitenciária, a fim de identificar os sintomáticos respiratórios (SR) que apresentavam tosse por mais de três semanas. Os SR identificados e que concordaram em participar do estudo, responderam a questionário epidemiológico, assinaram o termo de consentimento livre e esclarecido e forneceram duas amostras de escarro em dias consecutivos para a realização dos exames de baciloscopia, cultura e teste de sensibilidade. Essas amostras também foram utilizadas para a extração do DNA e aplicação da técnica de spoligotyping. Com TB, foram identificados 72 pacientes (3,8%). Dezessete (23,6%) tiveram pelo menos um episódio de TB anterior, e neste caso, foram considerados como casos de retratamento. Assim sendo, a incidência de novos casos foi de 2,9% (55/1900 habitantes), o que corresponde a 3789 casos de tuberculose por 100.000 habitantes. Os testes de sensibilidade identificaram, entre os isolados testados, resistência de 15% a pelo menos uma droga, dos quais 89% eram resistentes apenas à isoniazida (INH) ou em combinação com outra droga. A classificação dos genótipos após a análise por spoligotyping mostrou que 40% dos isolados pertencem à família LAM; 22% à família T; 17,5% à família Haarlem, 12,5% à família U; 3% à família X. Os SITs mais frequentemente encontrados foram 729 (27%), 50 (9,5%), 42 (8%), 53 (8%) e 863 (8%). Já relatados em outros estudos, os SITs 729 e 863 podem ter relação com a situação de encarceramento. Além disso, pelo número elevado de genótipos agrupados, podemos concluir que a TB nesta população específica tenha sido causado principalmente, por linhagens que foram transmitidas nos últimos anos (transmissão recente). Além do mais, foi possível identificar grupamentos específicos não relatados na população em geral no mesmo período e na mesma região. / The occurrence of tuberculosis (TB) in prisons in many countries has been described as a public health problem, especially in those in the process of socio-economic development. In Brazil, the dimension of the problem is poorly understood, however by introducing, in 2007, the information about the origin of the prison TB case in the notification form from SINAN, increased the visibility to the issue and allowed the first national evaluation. In 2011, the prison population represented 0.2% of the general population, but contributed with 6.8% of reported cases of tuberculosis. Added to the high endemicity it is also especially high the frequency of multidrug resistant forms and related to the irregular treatment and late detection of cases of resistance. The objective of this work was to conduct a survey among prisoners with TB respiratory symptoms in order to estimate the incidence of the disease, to analyze the drug susceptibility profile and genotype the Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) isolates from a prison of Charqueada City, southern of Brazil. A screening questionnaire was applied to 1900 persons deprived of freedom, in order to identify patients with respiratory symptoms (RS) who had a cough for more than three weeks. The identified patients with RS who agreed to participate in the study answered an epidemiological questionnaire, signed a consent form and provided two sputum samples in consecutive days for the examinations of bacilloscopy, culture and sensitivity test. The samples were also used for DNA extraction spoligotyping analysis. Seventy-two patients (3.8%) were identified as TB positive. Seventeen (23.6%) had at least one episode of TB, and in this case, were considered for retreatment. Thus, the incidence of new cases was 2.9% (55/1900 inhabitants), which corresponds to 3789 cases of tuberculosis per 100,000 inhabitants. The sensitivity tests identified, among the isolates tested, 15% resistant to at least one drug, of which 89% were resistant only to isoniazid (INH) or in combination with another drug. The classification of genotypes after analysis by spoligotyping showed that 40% of the isolates belong to the family LAM, 22% from family T; 17.5% from family Haarlem, 12.5% from family U and 3% from family X. The SITs more frequently found were 729 (27%) 50 (9.5%), 42 (8%), 53 (8%) and 863 (8%). Has already reported in other studies, the SITs 729 and 863 may be related to the situation of incarceration. In addition, with the large number of genotypes grouped, we can conclude that this specific TB population was caused especially by strains that were transmitted in recent years (recent transmission). Furthermore, it was possible to identify specific clusters often not reported in the general population from the same period and the same region.
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Avaliação da técnica de spoligotyping aplicada diretamente em amostras clínicas de pacientes com suspeita de tuberculose e caracterização epidemiológica

Cafrune, Patricia Izquierdo January 2009 (has links)
A tuberculose (TB) permanece como uma doença importante do ponto de vista da saúde pública. Devido ao aumento do número de casos, surgimento de cepas resistentes aos fármacos e a co-infecção pelo HIV, novas estratégias para combater a doença são urgentemente necessárias. Por isso a Organização Mundial da Saúde recomenda investimentos em novas tecnologias e estratégias que possam contribuir para o diagnóstico mais rápido, assim como a aplicação de ferramentas que permitam um melhor entendimento da epidemiologia da TB em diferentes populações. O spoligotyping é uma técnica desenvolvida para detecção e diferenciação simultânea de cepas do complexo Mycobacterium tuberculosis. A oportunidade de combinar informações diagnósticas rápidas e dados de epidemiologia molecular representa um avanço importante no controle da TB. Dados epidemiológicos, caracterização molecular a partir de amostras clínicas e geolocalização dos casos de TB, podem contribuir para o entendimento da distribuição da doença e auxiliar no desenvolvimento de estratégias mais específicas para conter sua disseminação. Para isso foi realizado um estudo prospectivo incluindo pacientes atendidos no ambulatório do Hospital Sanatório Partenon, de agosto de 2005 a abril de 2007. Foram incluídos 202 pacientes, 142 com TB e 60 sem a doença. Entre os pacientes com TB a média de idade foi mais baixa (36,96±12,17 vs 44,54±6,05), com maior frequência eram não-brancos, desempregados, sem renda, utilizavam drogas, tinham histórico de encarceramneto, eram desnutridos e tinham tido contato com paciente com TB, principalmete intradomiciliar e em prisões. Os pacientes não-brancos apresentaram maiores taxas de infecção por HIV e HCV. Alcoolismo estava associado ao abandono do tratamento. A técnica de spoligotyping apresentou um bom rendimento quando aplicada diretamente em amostras clínicas, uma vez que 89% das amostras apresentaram resultados concordantes. Entre os 135 isolados de pacientes genotipados, foram identificados 44 spoligotipos diferentes, sendo 112 isolados (83%) com padrões compartilhados e 23 (17%) com padrões únicos. A família LAM foi a mais frequente englobando 37% dos isolados. Através da geolocalização foi possível observar que há uma grande diversidade genética das cepas circulantes na região estudada, mas também alguns agrupamentos que devem ser melhor caracterizados. A estratégia proposta neste estudo, utilizar o spoligotyping diretamente em amostras clínicas, mostrou-se útil para encurtar o tempo de obtenção de informações sobre as identidades das cepas de M. tuberculosis. Pode ser utilizada em combinação com dados clínicos dos pacientes para gerar informações epidemiológicas muito mais rapidamente e auxiliar no combate à TB. / Tuberculosis (TB) remains as an important public helath issue. Because of the increase in the number of cases, emergence of drug resistant strains and HIV coinfection, new strategies to fight the disease are urgently needed. Thus, the World Health Organization recommends investiments on new approaches and technologies that can be used to fasten the diagnosis of TB, as well as the application of tools that allow a better understanding of the epidemiology of the disease in different populations. Spoligotyping is a technique which was developed for simultaneous detection and differentiation of Mycobacterium tuberculosis complex strains. The opportunity to combine rapid diagnostic information and molecular epidemiology represents an important advance in the epidemiologic control of TB. Epidemiologic data, molecular characterization from clinical samples and spatial localization of TB cases may be used for the understanding of disease distribution and can be useful for the development of more specific strategies to arrest its dissemination. Aiming at this, a prospective study was designed including patients assisted at the outpatient section of Hospital Sanatório Partenon from August 2005 to April 2007. It was included 202 patients from wich 142 had a positive diagnosis for TB and 60 had a negative diagnosis for the disease. Mean age was lower among patients diagnosed with TB (36.96±12.17 vs 44.54±6.05), they were more likely to be non-white, to be unemployed and not to have any income, to use drugs, to have incarceration history, to have malnutrition and have had contact with a patiente with TB, mainly in the household and in prisons. Non-white patients had higher rates of HIV and HCV co-infection. Alcohol abuse was associated to treatment nonadherence. Spoligotyping technique presented good results when applied directly to clinical samples, once 89% of samples presented agreeing results. Among 135 patients isolates genotyped, it was found 44 differnt spoligotypes, 112 (83%) were shared types and 23(17%) were unique. LAM family was the most frequent comprising 37% of all isolates. Spatial localization of cases demonstrated a high genetic diversity of strains circulating in the study area, but also pointed some clusters that should be better characterized. The strategy proposed in this study, applying spoligotyping directly to clinical samples, showed to be useful to shorten time in obtaining information on M. tuberculosis strains identities. It can be used in combination with clinical data of patients to yield epidemiologic inofrmation more rapidly and help to fight TB.
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Epidemiologia da tuberculose em uma penitenciária do Rio Grande do Sul

Kühleis, Daniele Chaves January 2013 (has links)
A ocorrência de tuberculose (TB) nas penitenciárias de muitos países tem sido descrita como um problema de saúde pública, especialmente naqueles em fase de desenvolvimento sócio-econômico. No Brasil, a dimensão do problema é pouco conhecida, entretanto a introdução, em 2007, da informação sobre a origem prisional do caso de TB na ficha de notificação do SINAN aumentou a visibilidade do problema e permitiu a primeira avaliação nacional. Em 2011, a população privada de liberdade representou 0,2% da população geral, porém contribuiu com 6,8% dos casos de tuberculose notificados. Somada à alta endemicidade, também é particularmente elevada a frequência de formas resistentes e multirresistentes, relacionadas ao tratamento irregular e à detecção tardia de casos de resistência. Este trabalho teve como objetivo realizar um inquérito entre a população privada de liberdade com sintomas respiratórios de tuberculose, a fim de estimar a incidência da doença, analisar o perfil de sensibilidade aos fármacos e o genótipo dos isolados de Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), em uma penitenciária, na cidade de Charqueadas, Rio Grande do Sul. Foi aplicado um questionário de triagem entre os 1900 privados de liberdade da penitenciária, a fim de identificar os sintomáticos respiratórios (SR) que apresentavam tosse por mais de três semanas. Os SR identificados e que concordaram em participar do estudo, responderam a questionário epidemiológico, assinaram o termo de consentimento livre e esclarecido e forneceram duas amostras de escarro em dias consecutivos para a realização dos exames de baciloscopia, cultura e teste de sensibilidade. Essas amostras também foram utilizadas para a extração do DNA e aplicação da técnica de spoligotyping. Com TB, foram identificados 72 pacientes (3,8%). Dezessete (23,6%) tiveram pelo menos um episódio de TB anterior, e neste caso, foram considerados como casos de retratamento. Assim sendo, a incidência de novos casos foi de 2,9% (55/1900 habitantes), o que corresponde a 3789 casos de tuberculose por 100.000 habitantes. Os testes de sensibilidade identificaram, entre os isolados testados, resistência de 15% a pelo menos uma droga, dos quais 89% eram resistentes apenas à isoniazida (INH) ou em combinação com outra droga. A classificação dos genótipos após a análise por spoligotyping mostrou que 40% dos isolados pertencem à família LAM; 22% à família T; 17,5% à família Haarlem, 12,5% à família U; 3% à família X. Os SITs mais frequentemente encontrados foram 729 (27%), 50 (9,5%), 42 (8%), 53 (8%) e 863 (8%). Já relatados em outros estudos, os SITs 729 e 863 podem ter relação com a situação de encarceramento. Além disso, pelo número elevado de genótipos agrupados, podemos concluir que a TB nesta população específica tenha sido causado principalmente, por linhagens que foram transmitidas nos últimos anos (transmissão recente). Além do mais, foi possível identificar grupamentos específicos não relatados na população em geral no mesmo período e na mesma região. / The occurrence of tuberculosis (TB) in prisons in many countries has been described as a public health problem, especially in those in the process of socio-economic development. In Brazil, the dimension of the problem is poorly understood, however by introducing, in 2007, the information about the origin of the prison TB case in the notification form from SINAN, increased the visibility to the issue and allowed the first national evaluation. In 2011, the prison population represented 0.2% of the general population, but contributed with 6.8% of reported cases of tuberculosis. Added to the high endemicity it is also especially high the frequency of multidrug resistant forms and related to the irregular treatment and late detection of cases of resistance. The objective of this work was to conduct a survey among prisoners with TB respiratory symptoms in order to estimate the incidence of the disease, to analyze the drug susceptibility profile and genotype the Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) isolates from a prison of Charqueada City, southern of Brazil. A screening questionnaire was applied to 1900 persons deprived of freedom, in order to identify patients with respiratory symptoms (RS) who had a cough for more than three weeks. The identified patients with RS who agreed to participate in the study answered an epidemiological questionnaire, signed a consent form and provided two sputum samples in consecutive days for the examinations of bacilloscopy, culture and sensitivity test. The samples were also used for DNA extraction spoligotyping analysis. Seventy-two patients (3.8%) were identified as TB positive. Seventeen (23.6%) had at least one episode of TB, and in this case, were considered for retreatment. Thus, the incidence of new cases was 2.9% (55/1900 inhabitants), which corresponds to 3789 cases of tuberculosis per 100,000 inhabitants. The sensitivity tests identified, among the isolates tested, 15% resistant to at least one drug, of which 89% were resistant only to isoniazid (INH) or in combination with another drug. The classification of genotypes after analysis by spoligotyping showed that 40% of the isolates belong to the family LAM, 22% from family T; 17.5% from family Haarlem, 12.5% from family U and 3% from family X. The SITs more frequently found were 729 (27%) 50 (9.5%), 42 (8%), 53 (8%) and 863 (8%). Has already reported in other studies, the SITs 729 and 863 may be related to the situation of incarceration. In addition, with the large number of genotypes grouped, we can conclude that this specific TB population was caused especially by strains that were transmitted in recent years (recent transmission). Furthermore, it was possible to identify specific clusters often not reported in the general population from the same period and the same region.
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Avaliação da técnica de spoligotyping aplicada diretamente em amostras clínicas de pacientes com suspeita de tuberculose e caracterização epidemiológica

Cafrune, Patricia Izquierdo January 2009 (has links)
A tuberculose (TB) permanece como uma doença importante do ponto de vista da saúde pública. Devido ao aumento do número de casos, surgimento de cepas resistentes aos fármacos e a co-infecção pelo HIV, novas estratégias para combater a doença são urgentemente necessárias. Por isso a Organização Mundial da Saúde recomenda investimentos em novas tecnologias e estratégias que possam contribuir para o diagnóstico mais rápido, assim como a aplicação de ferramentas que permitam um melhor entendimento da epidemiologia da TB em diferentes populações. O spoligotyping é uma técnica desenvolvida para detecção e diferenciação simultânea de cepas do complexo Mycobacterium tuberculosis. A oportunidade de combinar informações diagnósticas rápidas e dados de epidemiologia molecular representa um avanço importante no controle da TB. Dados epidemiológicos, caracterização molecular a partir de amostras clínicas e geolocalização dos casos de TB, podem contribuir para o entendimento da distribuição da doença e auxiliar no desenvolvimento de estratégias mais específicas para conter sua disseminação. Para isso foi realizado um estudo prospectivo incluindo pacientes atendidos no ambulatório do Hospital Sanatório Partenon, de agosto de 2005 a abril de 2007. Foram incluídos 202 pacientes, 142 com TB e 60 sem a doença. Entre os pacientes com TB a média de idade foi mais baixa (36,96±12,17 vs 44,54±6,05), com maior frequência eram não-brancos, desempregados, sem renda, utilizavam drogas, tinham histórico de encarceramneto, eram desnutridos e tinham tido contato com paciente com TB, principalmete intradomiciliar e em prisões. Os pacientes não-brancos apresentaram maiores taxas de infecção por HIV e HCV. Alcoolismo estava associado ao abandono do tratamento. A técnica de spoligotyping apresentou um bom rendimento quando aplicada diretamente em amostras clínicas, uma vez que 89% das amostras apresentaram resultados concordantes. Entre os 135 isolados de pacientes genotipados, foram identificados 44 spoligotipos diferentes, sendo 112 isolados (83%) com padrões compartilhados e 23 (17%) com padrões únicos. A família LAM foi a mais frequente englobando 37% dos isolados. Através da geolocalização foi possível observar que há uma grande diversidade genética das cepas circulantes na região estudada, mas também alguns agrupamentos que devem ser melhor caracterizados. A estratégia proposta neste estudo, utilizar o spoligotyping diretamente em amostras clínicas, mostrou-se útil para encurtar o tempo de obtenção de informações sobre as identidades das cepas de M. tuberculosis. Pode ser utilizada em combinação com dados clínicos dos pacientes para gerar informações epidemiológicas muito mais rapidamente e auxiliar no combate à TB. / Tuberculosis (TB) remains as an important public helath issue. Because of the increase in the number of cases, emergence of drug resistant strains and HIV coinfection, new strategies to fight the disease are urgently needed. Thus, the World Health Organization recommends investiments on new approaches and technologies that can be used to fasten the diagnosis of TB, as well as the application of tools that allow a better understanding of the epidemiology of the disease in different populations. Spoligotyping is a technique which was developed for simultaneous detection and differentiation of Mycobacterium tuberculosis complex strains. The opportunity to combine rapid diagnostic information and molecular epidemiology represents an important advance in the epidemiologic control of TB. Epidemiologic data, molecular characterization from clinical samples and spatial localization of TB cases may be used for the understanding of disease distribution and can be useful for the development of more specific strategies to arrest its dissemination. Aiming at this, a prospective study was designed including patients assisted at the outpatient section of Hospital Sanatório Partenon from August 2005 to April 2007. It was included 202 patients from wich 142 had a positive diagnosis for TB and 60 had a negative diagnosis for the disease. Mean age was lower among patients diagnosed with TB (36.96±12.17 vs 44.54±6.05), they were more likely to be non-white, to be unemployed and not to have any income, to use drugs, to have incarceration history, to have malnutrition and have had contact with a patiente with TB, mainly in the household and in prisons. Non-white patients had higher rates of HIV and HCV co-infection. Alcohol abuse was associated to treatment nonadherence. Spoligotyping technique presented good results when applied directly to clinical samples, once 89% of samples presented agreeing results. Among 135 patients isolates genotyped, it was found 44 differnt spoligotypes, 112 (83%) were shared types and 23(17%) were unique. LAM family was the most frequent comprising 37% of all isolates. Spatial localization of cases demonstrated a high genetic diversity of strains circulating in the study area, but also pointed some clusters that should be better characterized. The strategy proposed in this study, applying spoligotyping directly to clinical samples, showed to be useful to shorten time in obtaining information on M. tuberculosis strains identities. It can be used in combination with clinical data of patients to yield epidemiologic inofrmation more rapidly and help to fight TB.
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Epidemiologia da tuberculose em uma penitenciária do Rio Grande do Sul

Kühleis, Daniele Chaves January 2013 (has links)
A ocorrência de tuberculose (TB) nas penitenciárias de muitos países tem sido descrita como um problema de saúde pública, especialmente naqueles em fase de desenvolvimento sócio-econômico. No Brasil, a dimensão do problema é pouco conhecida, entretanto a introdução, em 2007, da informação sobre a origem prisional do caso de TB na ficha de notificação do SINAN aumentou a visibilidade do problema e permitiu a primeira avaliação nacional. Em 2011, a população privada de liberdade representou 0,2% da população geral, porém contribuiu com 6,8% dos casos de tuberculose notificados. Somada à alta endemicidade, também é particularmente elevada a frequência de formas resistentes e multirresistentes, relacionadas ao tratamento irregular e à detecção tardia de casos de resistência. Este trabalho teve como objetivo realizar um inquérito entre a população privada de liberdade com sintomas respiratórios de tuberculose, a fim de estimar a incidência da doença, analisar o perfil de sensibilidade aos fármacos e o genótipo dos isolados de Mycobacterium tuberculosis (M.tuberculosis), em uma penitenciária, na cidade de Charqueadas, Rio Grande do Sul. Foi aplicado um questionário de triagem entre os 1900 privados de liberdade da penitenciária, a fim de identificar os sintomáticos respiratórios (SR) que apresentavam tosse por mais de três semanas. Os SR identificados e que concordaram em participar do estudo, responderam a questionário epidemiológico, assinaram o termo de consentimento livre e esclarecido e forneceram duas amostras de escarro em dias consecutivos para a realização dos exames de baciloscopia, cultura e teste de sensibilidade. Essas amostras também foram utilizadas para a extração do DNA e aplicação da técnica de spoligotyping. Com TB, foram identificados 72 pacientes (3,8%). Dezessete (23,6%) tiveram pelo menos um episódio de TB anterior, e neste caso, foram considerados como casos de retratamento. Assim sendo, a incidência de novos casos foi de 2,9% (55/1900 habitantes), o que corresponde a 3789 casos de tuberculose por 100.000 habitantes. Os testes de sensibilidade identificaram, entre os isolados testados, resistência de 15% a pelo menos uma droga, dos quais 89% eram resistentes apenas à isoniazida (INH) ou em combinação com outra droga. A classificação dos genótipos após a análise por spoligotyping mostrou que 40% dos isolados pertencem à família LAM; 22% à família T; 17,5% à família Haarlem, 12,5% à família U; 3% à família X. Os SITs mais frequentemente encontrados foram 729 (27%), 50 (9,5%), 42 (8%), 53 (8%) e 863 (8%). Já relatados em outros estudos, os SITs 729 e 863 podem ter relação com a situação de encarceramento. Além disso, pelo número elevado de genótipos agrupados, podemos concluir que a TB nesta população específica tenha sido causado principalmente, por linhagens que foram transmitidas nos últimos anos (transmissão recente). Além do mais, foi possível identificar grupamentos específicos não relatados na população em geral no mesmo período e na mesma região. / The occurrence of tuberculosis (TB) in prisons in many countries has been described as a public health problem, especially in those in the process of socio-economic development. In Brazil, the dimension of the problem is poorly understood, however by introducing, in 2007, the information about the origin of the prison TB case in the notification form from SINAN, increased the visibility to the issue and allowed the first national evaluation. In 2011, the prison population represented 0.2% of the general population, but contributed with 6.8% of reported cases of tuberculosis. Added to the high endemicity it is also especially high the frequency of multidrug resistant forms and related to the irregular treatment and late detection of cases of resistance. The objective of this work was to conduct a survey among prisoners with TB respiratory symptoms in order to estimate the incidence of the disease, to analyze the drug susceptibility profile and genotype the Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) isolates from a prison of Charqueada City, southern of Brazil. A screening questionnaire was applied to 1900 persons deprived of freedom, in order to identify patients with respiratory symptoms (RS) who had a cough for more than three weeks. The identified patients with RS who agreed to participate in the study answered an epidemiological questionnaire, signed a consent form and provided two sputum samples in consecutive days for the examinations of bacilloscopy, culture and sensitivity test. The samples were also used for DNA extraction spoligotyping analysis. Seventy-two patients (3.8%) were identified as TB positive. Seventeen (23.6%) had at least one episode of TB, and in this case, were considered for retreatment. Thus, the incidence of new cases was 2.9% (55/1900 inhabitants), which corresponds to 3789 cases of tuberculosis per 100,000 inhabitants. The sensitivity tests identified, among the isolates tested, 15% resistant to at least one drug, of which 89% were resistant only to isoniazid (INH) or in combination with another drug. The classification of genotypes after analysis by spoligotyping showed that 40% of the isolates belong to the family LAM, 22% from family T; 17.5% from family Haarlem, 12.5% from family U and 3% from family X. The SITs more frequently found were 729 (27%) 50 (9.5%), 42 (8%), 53 (8%) and 863 (8%). Has already reported in other studies, the SITs 729 and 863 may be related to the situation of incarceration. In addition, with the large number of genotypes grouped, we can conclude that this specific TB population was caused especially by strains that were transmitted in recent years (recent transmission). Furthermore, it was possible to identify specific clusters often not reported in the general population from the same period and the same region.

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