Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karolinska institutet, 2006. / Härtill 4 uppsatser.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2007. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 88-100).

Thesis (Ph. D.)--University of Virginia, 2008. / Title from title page. Includes bibliographical references. Also available online through Digital Dissertations.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2000. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 89-114).

Thesis (Ph.D.)--Memorial University of Newfoundland, Faculty of Medicine, 1997. / Typescript. Bibliography: leaves 149-180.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2000. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 64-80).

L’autophagie est un mécanisme de l’immunité innée contre le VIH-1 déclenché très rapidement dans les cellules T CD4 par les protéines d’enveloppe du virus (Env). Dans les cellules T CD4 appelées « bystander », c’est-à-dire où l’infection est abortive, l’autophagie entraine l’apoptose. Dans les cellules T CD4 infectées de façon productive, l’autophagie est inhibée, empêchant ainsi à la fois la dégradation du virus et/ou des protéines virales et l’apoptose médiée par Env. Le but de cette étude de doctorat est de comprendre comment l’autophagie est bloquée dans les cellules T CD4 infectées par le VIH-1. Durant la première année de ma thèse, j’ai contribué au travail montrant que Vif nouvellement synthétisé bloque l’autophagie dans les lymphocytes T CD4 infectés. Les données ont été publiées en Janvier 2015 dans AIDS sous le titre «HIV-1 viral infectivity factor interacts with microtubule-associated protein light chain 3 and inhibits autophagy». Ensuite, j’ai montré que Vpr contribue aussi à l’inhibition de l’autophagie. En effet, Vpr ectopique diminue grandement le nombre des autophagosomes présents dans les cellules T CD4 quand l’autophagie est induite par un inhibiteur de mTOR. De même, Vpr incorporé dans les virions diminue le nombre des autophagosomes présents dans les cellules T CD4 très rapidement après leur infection productive (4h et 8h). Dans le but de définir le mécanisme par lequel la protéine Vpr entraine ce blocage, j’ai fait des expériences de GST pull-down et j’ai identifié que Vpr interagit avec BNIP3, une protéine pro-autophagique. De plus, le niveau d’expression de BNIP3 est augmenté dans les cellules T CD4 après le contact avec Env, suggérant que BNIP3 pourrait être impliqué dans l’induction de l’autophagie médiée par l’Env. Vpr co-localise avec BNIP3 et Vpr incorporé dans les virions induit une diminution drastique du niveau d’expression de BNIP3 après 8 heures d’infection. En conclusion, j’ai montré qu’au moins deux protéines du VIH-1 sont séquentiellement impliquées dans l’inhibition de l’autophagie dans les cellules T CD4 infectées par le VIH-1, Vpr qui contrôle l’autophagie durant la phase précoce de l’infection, et Vif néo-synthétisé qui inhibe l’autophagie après la transcription du génome viral. La compréhension complète des mécanismes par lesquels le VIH-1 inhibe l’autophagie devrait à terme permettre l’élaboration de nouvelles stratégies thérapeutiques pour lutter contre ce virus. / Autophagy is a potent anti-HIV-1 mechanism. It is triggered in CD4 T cells by the viral envelope (Env) upon HIV-1 entry. In bystander CD4 T cells, autophagy leads to apoptosis. In productively infected CD4 T cells, autophagy is inhibited, preventing thus HIV-1 virophagy and Env-mediated apoptosis. The aim of my PhD study was to understand how autophagy is blocked in the HIV-1-infected CD4 T cells. During the first year of my thesis, I contributed to the work demonstrating that Vif neosynthesized blocks autophagy in the infected CD4 T lymphocytes. The data were published in January 2015 in AIDS under the title “HIV-1 viral infectivity factor interacts with microtubule-associated protein light chain 3 and inhibits autophagy”. Then, I demonstrated that Vpr contributes also to the inhibition of autophagy. Indeed, both ectopic expression of Vpr and Vpr incorporated into the virions decrease the number of autophagosomes in CD4 T cells when autophagy is induced by an inhibitor of mTOR and Env, respectively. To define the mechanism by which HIV-1 Vpr inhibits autophagy, I performed GST pull-down experiments and identified that Vpr interacts with BNIP3, a pro-autophagic protein. Importantly, BNIP3 expression level is increased in CD4 T cells upon Env contact, suggesting that BNIP3 could be responsible for the Env-mediated induction of autophagy. Furthermore, Vpr co-localizes with BNIP3 and viral incorporated Vpr decreases BNIP3 levels after 8 hours of infection. In conclusion, I demonstrated that at least two HIV-1 proteins are sequentially involved in the inhibition of autophagy in HIV-1-infected CD4 T cells, Vpr that controls autophagy during the early phase of infection, and then neo-synthesized Vif that inhibits autophagy after HIV-1 genome transcription. The complete understanding of the mechanisms by which HIV-1 inhibits autophagy should lead to the rising of new molecular strategies to fight against this virus.

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Chez les vertébrés gnathostomes, le système immunitaire repose en grande partie sur les lymphocytes T qui se développent dans un organe conservé évolutivement : le thymus. Chez les mammifères, cet organe constitue une cible privilégiée pour les œstrogènes. La question soulevée ici est donc de savoir si c’est également le cas chez les poissons téléostéens. Dans ce but, la distribution des différents sous-types de récepteurs aux œstrogènes a d’abord été étudiée dans le contexte d’une description de l’anatomie fonctionnelle du microenvironnement thymique. Par la suite, l’expression de gènes relatifs à la fonction thymique et aux différents sous-types de lymphocyte T a été analysée dans le thymus, le rein-antérieur et la rate de bars exposés au 17ß-œstradiol. De plus, la capacité de flambée oxydative a été évaluée sur des leucocytes du rein-antérieur et de rate à la suite d’expositions in vivo et in vitro. Finalement, la variation du nombre de thymocytes a été examinée sur des bars capturés durant trois ans. La thèse fournit de nouvelles connaissances concernant l’évolution des fonctions immunomodulatrices des œstrogènes sur la différenciation des cellules T. En effet, en plus d’une organisation morpho-fonctionnelle fortement conservée, la distribution des sous-types de récepteurs aux œstrogènes ainsi que les effets œstrogéniques apparaissent conservés au cours de l’évolution. Nos résultats suggèrent que, chez le bar comme chez les mammifères, les œstrogènes (1) stimulent une voie alternative de maturation des lymphocytes T ayant des propriétés similaires aux cellules immunitaires innées, (2) augmentent la tolérance immunitaire et (3) régulent la plasticité du thymus. / Jawed vertebrates have developed an efficient adaptive immune system partly based on T lymphocytes. They develop in an evolutionarily conserved organ, the thymus. In mammals, endogenous oestrogens are well known to regulate thymus function and plasticity. The question is, therefore, whether this is also the case in lower vertebrates, such as teleosts. To achieve these aims, firstly the distribution of oestrogen receptor subtypes was investigated on the background of a detailed description of the functional anatomy of the thymic microenvironment. Secondly, thymic function- and T cell-related gene expression was analysed in the thymus, the head-kidney and the spleen of sea bass exposed to 17ß-oestradiol. Moreover, the oxidative burst capacity in the two latter organs was evaluated in vivo and in vitro in leucocytes of the head-kidney and spleen following exposure to oestrogen. Eventually, age- and size-dependent variations in thymocyte number were examined in sea bass caught at various time points over three years. The thesis provides new insights into the evolution of the immunomodulatory function of oestrogen with respect to the thymic and peripheral T cell differentiation in vertebrates. As a matter of fact, in addition to a highly conserved morpho-functional organisation, the distribution of oestrogen receptor subtypes as well as the oestrogenic effects appear to be evolutionarily conserved. Our results suggest that in sea bass, similar to mammals, oestrogen (1) stimulates a thymic alternative pathway of T cell maturation with innate-like properties, (2) enhances immune tolerance by promoting Treg differentiation, and (3) actively regulate thymic plasticity.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2001. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 131-153).