La thèse s'inscrit dans le domaine de la représentation des connaissances et la modélisation de l'incertitude dans un contexte de fusion d'informations. L'idée majeure est d'utiliser les outils sémantiques que sont les ontologies, non seulement pour représenter les connaissances générales du domaine et les observations, mais aussi pour représenter les incertitudes que les sources introduisent dans leurs observations. Nous proposons de représenter ces incertitudes au travers d'une méta-ontologie (DS-ontology) fondée sur la théorie des fonctions de croyance. La contribution de ce travail porte sur la définition d'opérateurs d'inclusion et d'intersection sémantique et sur lesquels s'appuie la mise en œuvre de la théorie des fonctions de croyance, et sur le développement d'un outil appelé FusionLab permettant la fusion d'informations sémantiques à partir du développement théorique précédent. Une application de ces travaux a été réalisée dans le cadre d'un projet de surveillance maritime. / This thesis is part of the knowledge representation domain and modeling of uncertainty in a context of information fusion. The main idea is to use semantic tools and more specifically ontologies, not only to represent the general domain knowledge and observations, but also to represent the uncertainty that sources may introduce in their own observations. We propose to represent these uncertainties and semantic imprecision trough a metaontology (called DS-Ontology) based on the theory of belief functions. The contribution of this work focuses first on the definition of semantic inclusion and intersection operators for ontologies and on which relies the implementation of the theory of belief functions, and secondly on the development of a tool called FusionLab for merging semantic information within ontologies from the previous theorical development. These works have been applied within a European maritime surveillance project.