Les pêcheries de thonidés représentent 7.9% de la production mondiale de produits de la mer. La plupart des stocks de thons sont pleinement exploités, et certains surexploités, et tous font face à une pression de pêche croissante. En raison de l'extension des zones de pêche, les évaluations des stocks dépendent en grande partie des captures commerciales. Toutefois, les données commerciales peuvent varier au cours du temps étant donné que les pêcheurs peuvent investir dans des engins de pêche et de l'équipement, s'établir au large des côtes, ou commencer à pêcher dans de nouvelles zones. Peu d'attention a été portée à la réponse des pêcheurs aux mesures de gestion ou aux conséquences de l'investissement technologique. L'objectif de la présente thèse est d'étudier les effets de stratégies de pêche et les réponses adaptatives des flottes de senneurs sur les thons tropicaux et la faune associée dans l'Océan Atlantic Est et dans l'Océan Pacifique Est. Dans un premier temps, nous montrons comment l'introduction de nouvelles technologies a eu un effet direct en augmentant la puissance de pêche, et un effet indirect en entraînant une modification des zones pêche. Nous étudions les effets de deux fermetures spatio-temporelles sur la dynamique de la flotte de senneurs européens. La première mesure de gestion a diminué les jours où des captures sont réalisées, les carrés avec capture à l'intérieur de la zone partiellement fermée, tandis que la pêche sur DCP a été redistribuée à l'extérieur de la zone et aucun changement n'a pas été enregistré pour la pêche sur banc libre. La seconde fermeture de pêche a entraîné une augmentation de toutes les activités de pêche en dehors de la zone. Dans l'Océan Pacifique Est, la flotte de senneurs mexicains a réagit à la fermeture d'une saison de pêche en diminuant le nombre de jours passés à quai. Par conséquent, le nombre de calées sur bancs associés aux dauphins a augmenté, et les niveaux de capture observés avant la mesure de gestion ont été maintenues. Nous analysons les effets des stratégies de senneurs de l'Union Européenne sur les prises accessoires. Nous mettons en évidence que la composition des espèces de requins capturés sous DCP et les raies capturées sur bancs libres ont changé au cours du temps. Nous estimons également que plusieurs types d'espèces peuvent être capturés par mode de pêche. / Tuna and tuna-like fisheries represent 7.9% of the global production of marine capture fisheries. Most tuna stocks are fully exploited and some overexploited, facing growing fishing pressures. Due to the extent of fishing grounds, stock assessments depend largely in commercial data, which vary over time because fishermen may invest in fishing technology, expand offshore, or start fishing in different areas. However, little attention has received the responses of fishermen facing management regulations or the effects resulting from technological investment. For these reasons the aim of this study was to investigate the effects of fishing strategies developed by purse seine fleets on tropical tunas and on associated fauna in the eastern Atlantic and eastern Pacific oceans. The continuous introduction of new fishing technology in the French fleet in the 1980s and the 1990s evidenced a direct increase in fishing power when large yellowfin in free-swimming school is targeted and likely an indirect effect by modifying the fishing grounds characterizing FAD-fishing on small size categories. The consequences of the two time-area closures on the spatio-temporal dynamics of the European Union fleet were investigated. The regulation on FADs resulted in a decrease in the days with catch and successful squares inside the restricted area, reallocating FAD-fishing outside the area while no change in free-swimming school fishing was observed. The no-take time-area increased all fishing activities outside the restricted area with apparently no gain in terms of protection of juveniles. In the eastern Pacific as a response to a closed season the Mexican fleet reduced days in port and consequently the number of sets on dolphin-associated schools increased, maintaining the catch levels observed before the regulation. The study of the effects of the EU fleet fishing strategies on bycatch over two time periods showed that the species composition of sharks caught on FADs and may be for rays caught on free-swimming schools changed over time. We also estimated the total number of species that can be potentially be caught by fishing mode.

Depuis le milieu des années 1990, l’utilisation de Dispositifs de Concentration de Poissons (DCP), des objets artificiels spécifiquement mis à l’eau pour agréger des bancs de poissons, est devenue de plus en plus importante pour la pêche au thon tropical à la senne. Cette utilisation massive des DCP, qui s’accompagne d’une utilisation massive de dispositifs de suivi comme les balises GPS et les balises échosondeurs, est aujourd’hui source d’inquiétude pour les stocks de thons, les prises accessoires mais aussi pour le fonctionnement des écosystèmes pélagiques. Cependant, les modalités d’utilisation des DCP et des balises GPS qui servent à les suivre restent mal connues, ce qui complique considérablement l’évaluation et la gestion des impacts de ces pratiques de pêche. Afin d’améliorer les connaissances actuelles de la pêcherie, les positions des balises GPS utilisées par les 3 armements français dans les océans Atlantique et Indien, constituant une part significative des DCP utilisés dans ces deux océans, ont été analysées. Ces données ont été combinées avec des multiples sources d’information : les livres de bord, les trajectoires VMS des senneurs français ainsi que des entretiens avec les patrons français. Elles nous permettent de mieux comprendre les stratégies de mise à l’eau des DCP et des balises, d’estimer le nombre d’objets flottants utilisés par les flottes de senneurs dans les océans Atlantique et Indien, de mesurer la contribution des DCP et des navires auxiliaires à l’efficacité de pêche des senneurs, d’identifier des destructions potentielles d’habitats par les DCP échoués and pour finir de proposer des solutions de gestion pour la pêcherie. Les résultats montrent une grande saisonnalité dans les mises à l’eau des deux océans, une croissance rapide du nombre de balises GPS au cours des 7 dernières années puisqu’elle est multipliée par 4.2 dans l’Océan Indien et 7 dans l’Océan Atlantique, des dommages possibles causés à des écosystèmes côtiers fragiles avec une probabilité d’échouage de l’ordre de 10% et finalement une augmentation de l’efficacité de pêche entre 2003 et 2014 de l’ordre de 3.8-18.8% dans l’Océan Atlantique et 10.7%-26.3% dans l’Océan Indien. Les entretiens avec les capitaines des senneurs soulignent la nécessité d’une gestion plus efficace de la pêcherie, avec entre autres l’instauration de quotas, une régulation de la capacité de la flotte de senneurs et un meilleur suivi des navires auxiliaires. Les résultats obtenus constituent les premières étapes nécessaires à une meilleure gestion de la pêche sous objet flottant / Since the mid 1990s, the use of drifting Fish Aggregating Devices (dFADs) by purse seiners, artificial objects specifically designed to aggregate fish, has become an important mean of catching tropical tunas. In recent years, the massive deployments of dFADs, as well as the massive use of tracking devices on dFADs and natural floating objects, such as GPS buoys, have raised serious concerns for tropical tuna stocks, bycatch species and pelagic ecosystem functioning. Despite these concerns, relatively little is known about the modalities of GPS buoy tracked objects use, making it difficult to assess and manage of the impacts of this fishing practice. To fill these knowledge gaps, we have analyzed GPS buoy tracks provided by the three French fishing companies operating in the Atlantic and the Indian Oceans, representing a large proportion of the floating objects monitored by the French fleet. These data were combined with multiple sources of information: logbook data, Vessel Monitoring System (VMS) tracks of French purse seiners, information on support vessels and Local Ecological Knowledge (LEK) of purse seine skippers to describe GPS buoy deployment strategies, estimate the total number of GPS buoy equipped dFADs used in the Atlantic and Indian Oceans, measure the contribution of strategies with FOBs and support vessels to the fishing efficiency of tropical tuna purse seiners, identify potential damages caused by lost dFADs and finally to propose management options for tropical tuna purse seine FOB fisheries. Results indicate clear seasonal patterns of GPS buoy deployment in the two oceans, a rapid expansion in the use of dFADs over the last 7 years with an increase of 4.2 times in the Indian Ocean and 7.0 times in the Atlantic Ocean, possible damages to fragile coastal ecosystems with 10% of GPS buoy tracks ending with a beaching event and an increased efficiency of tropical tuna purse seine fleets from 3.9% to 18.8% in the Atlantic Ocean over 2003-2014 and from 10.7% to 26.3% in the Indian Ocean. Interviews with purse seine skippers underlined the need for a more efficient management of the fishery, including the implementation of catch quotas, a limitation of the capacity of purse seine fleets and a regulation of the use of support vessels. These results represent a first step towards better assessment and management of purse seine FOB fisheries.