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Molekulárně genetická charakterizace vankomycin-rezistentních enterokoků / Molecular genetic characterization of vancomycin-resistant enterococci

Bubeníček, Karel January 2016 (has links)
Summary Objectives and hypothesis: This thesis concerns the study of plasmids of vancomycin- resistant enterococci isolated from feces of American crows in the years 2012 - 2013 period. The hypothesis is that, in various environments, there is one or more types of epidemiologically significant vanA gene-carrying plasmids that are capable of horizontally spread. Methods: Based on PFGE method the number and size of plasmids were detected in selected isolates of vancomycin-resistant E. faecium. Using PCR method the isolates were subjected to detection of genes of replicases, relaxases and toxin-antitoxin system of plasmid-bound resistance genes. Using 19 primers were characterized types of Tn1546. Results: Of the 12 tested vancomycin-resistant isolates of E. faecium the following number and size of plasmids was proven using PFGE method: 2 isolates contained two plasmids (17%), 3 isolates contained three plasmids (25 %), 5 isolates contained four plasmids (42 %) and 2 isolates contained five plasmids (17 %). All isolates (n = 12) were then subjected to the detection of genes of replicases, relaxases and toxin-antitoxin system for typing of plasmids from each plasmid families. RepA_N family of plasmids: genes characterizing plasmids related to pRUM: rep17 in 11 isolates (92 %), gene Axe-Txe was detected in 5 isolates (42 %) genes characterizing plasmids related to pLG1: rep20 in 7 isolates (58 %) genes characterizing plasmids related to pAD1: relpAD1 gene was detected in one isolate (8 %) Inc18 family of plasmids: genes characterizing plasmids related to pIL501: rep1 gene detected in one case (8 %) genes characterizing plasmids related to pRES25: rep2 gene in 2 isolates (17 %) genes characterizing plasmids related to pEF1: relpEF1 detected in 11 isolates (92 %) pHTB family of plasmids: genes characterizing plasmids related to pHTB: rep22 gene was detected in 4 isolates (33%) and in 2 isolates gene relpHTB was detected (17%) RCR family of plasmids: genes characterizing plasmids related to pRI: positive detection of Rep14 gene in 8 isolates (67%) and in 4 isolates relpRI gene was detected Small theta-replicating plasmids: genes characterizing plasmids related to pEF418 plasmids: rep18a gene in 2 isolates (17%) genes characterizing plasmids related to pB82: rep18b gene was detected in one isolate (8%) genes characterizing plasmids related to pCIZ2: relpCIZ2 gene was detected in 9 isolates tested (75%) Types of transposon Tn1546 Using the PCR method types of Tn1546 were characterized. In 4 isolates (n = 12; 33 %) Tn1546 was characterized as a F3 type. In one isolate (8 %) Tn1546 was characterized as a type F5, in one isolate (8 %) as a type PP-16. In 6 isolates Tn1546 was untypeable. Most likely these are new, yet unknown types. Conclusion: This is the first study of plasmids of vancomycin-resistant isolates E. faecium isolated from feces of American crows. These results emphasize not only a high proportion of plasmids in individual isolates, but also a high proportion of genes with horizontal transfer.
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Epidemiologia molecular e genética da resistência à vancomicina em enterococos isolados de pacientes de dois hospitais de Ribeirão Preto / Molecular epidemiology and genetics of vancomycin resistance in enterococci isolated from patients in two hospitals in Ribeirão Preto, Sao Paulo, Brazil

Silva, Leila Priscilla Pinheiro da 12 March 2012 (has links)
A emergência de resistência à vancomicina no mundo iniciou-se no final dos anos 80, sendo primeiro documentada na parte ocidental da Europa e posteriormente nos EUA. Depois disso, o isolamento de enterococos resistentes à vancomicina (VRE - do inglês, vancomycin-resistant enterococci) tem sido continuamente reportado em diversas localizações geográficas, inclusive no Brasil. As infecções nosocomiais causadas por enterococos são grandes desafios para os médicos devido à ocorrência de isolados resistentes a múltiplos antibióticos. Diversos métodos de tipagem molecular têm sido utilizados para estudar a epidemiologia de VRE. Neste trabalho, foi realizada a caracterização genética da resistência à vancomicina e epidemiologia molecular de VREs isolados de pacientes de dois hospitais de Ribeirão Preto, o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP) e a Santa Casa de Misericórdia de Ribeirão Preto (SCMRP), no período de setembro de 2008 a setembro de 2010. Foram estudados também os primeiros VREs isolados no HCFMRP-USP, em meados de 2005/2006. Foram determinadas as espécies e os genótipos de 53 VREs, pela reação da polimerase em cadeia (PCR), e todos eram E. faecium e apresentavam o gene vanA. Todos E. faecium isolados dos 2 hospitais em estudo apresentaram CIM para vancomicina >256?g/mL pelo Etest®, já daptomicina mostrou valores de CIM dentro do limite de sensibilidade para todos os enterococos analisados. Com relação aos fatores de virulência, foi evidente a predominância dos genes acm e esp nos E. faecium estudados. Os primeiros VREfm (do inglês, vancomycin-resistant E. faecium) isolados em meados de 2005/2006 de pacientes do HCFMRP-USP apresentaram o transposon Tn1546 intacto, já todos os E. faecium isolados do HCFMRP-USP e da SCMRP, no período de setembro de 2008 a setembro de 2010, apresentaram produto de amplificação maior do que os 4,4kb esperados para grupamento gênico vanRSHAX. Resultados de overlapping PCR e sequenciamento da região do transposon que amplificou fragmento de DNA com tamanho maior que o esperado utilizando primers P11-P12, mostraram que 81% (43 VREfm) isolados nos dois hospitais em estudo, no período de setembro de 2008 a setembro de 2010, apresentaram deleção da extremidade esquerda do Tn1546 e insersão (IS1251), entre genes vanS e vanH. A análise da PFGE dos VREfm em estudo mostrou que havia ocorrido disseminações clonais com determinados perfis de PFGE em períodos específicos. O fato dos primeiros VREfm terem apresentado perfil de PFGE diferente da maioria dos isolados, não permitiu que se determinasse o ancestral comum por PFGE, mas resultados de MLST mostraram que VREfm isolados, no período de 2008-2010, podem ser descendentes diretos destes cinco primeiros VREfm ou podem ter evoluído de um mesmo ancestral comum. A análise da tipagem por MLST de 31 linhagens de VREfm selecionadas a partir dos resultados de PFGE, mostrou que havia 9 STs diferentes, dentre estes, sendo 5 STs novos (656, 657, 658, 659 e 660). Os STs predominantes foram STs 412 e 478. Todos STs identificados pertenciam ao complexo clonal 17 (CC17), com exceção do ST658 que era um singleton. O ST78 que vem se disseminando mundialmente, foi identificado pela primeira vez no Brasil em linhagens do presente estudo. E, por fim, a tipagem por MLST comprovou o que já havia sido determinado pelos resultados de PFGE, que existe relação clonal entre linhagens isoladas nos dois hospitais estudados de Ribeirão Preto. / World reports on vancomycin resistance emerged in the late 1980s and first documented in Western Europe and later in the United States. Since then, isolation of vancomycin-resistant enterococci (VRE) has been continuously reported in several geographic locations, including Brazil. The widespread occurrence of strains resistant to multiple antibiotics present a challenge to clinicians when treating enterococci caused nosocomial infections. Several molecular typing methods have been used to study the epidemiology of VRE. In this study, genetic characterization of vancomycin resistance and molecular epidemiology were performed in VREs isolated from patients in two hospitals in Ribeirão Preto, Sao Paulo/Brazil, the University Hospital of the Faculty of Medicine of Ribeirao Preto, University of Sao Paulo (HCFMRP-USP) and the Santa Casa de Misericórdia de Ribeirão Preto (SCMRP), from September 2008 to September 2010. The first five VREs isolated in the HCFMRP-USP, in mid 2005/2006 were also included in this study. Species and genotypes of 53 VREs determined by the polymerase chain reaction (PCR) were all E. faecium and had the vanA gene. MICs for vancomycin determined by Etest® were >256?g/mL for all E. faecium isolated in the two hospitals, whereas daptomycin showed MIC values within the limit of susceptibility for all the enterococci analyzed. acm and esp genes predominated as virulence factors. The first five vancomycin resistant E. faecium (VREfm) isolated in mid 2005/2006 showed an intact Tn1546 transposon, whereas all E. faecium isolated later, September 2008 to September 2010, gave a larger amplified DNA fragment than the expected 4,4kb gene cluster vanRSHAX. Results of overlapping PCR and sequencing (primers P11-P12) of the transposon region that amplified the larger than expected DNA fragment showed that 81% (n=43) of the these VREfm had a deletion of the left end of Tn1546 and also a IS1251, between the vanS and vanH genes. The analysis of VREfm PFGEs indicated the occurrence of clonal disseminations with some PFGE profiles at specific times. The different PFGE profiles of the first VREfm (2005-2006) in relation to the latter isolates showed that the common ancestor could not be determined by PFGE. However, MLST results indicated that VREfm isolated, in the period from 2008 to 2010, could be direct descendants of the first five VREfm or could have evolved from a common ancestor. MLST analysis of 31 VREfm isolates selected according to the PFGE results, showed that there were nine different STs, among these five new STs (656, 657, 658, 659, 660). The predominant STs were ST412 and 478. All STs identified belonged to clonal complex 17 (CC17), except for ST658, a singleton. The ST78 that has spread worldwide is being identified in Brazil for first time in this study. MLST confirmed PFGE results showing that there is a clonal link between strains isolated in the two hospitals of Ribeirao Preto, Sao Paulo, Brazil.
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Epidemiologia molecular e genética da resistência à vancomicina em enterococos isolados de pacientes de dois hospitais de Ribeirão Preto / Molecular epidemiology and genetics of vancomycin resistance in enterococci isolated from patients in two hospitals in Ribeirão Preto, Sao Paulo, Brazil

Leila Priscilla Pinheiro da Silva 12 March 2012 (has links)
A emergência de resistência à vancomicina no mundo iniciou-se no final dos anos 80, sendo primeiro documentada na parte ocidental da Europa e posteriormente nos EUA. Depois disso, o isolamento de enterococos resistentes à vancomicina (VRE - do inglês, vancomycin-resistant enterococci) tem sido continuamente reportado em diversas localizações geográficas, inclusive no Brasil. As infecções nosocomiais causadas por enterococos são grandes desafios para os médicos devido à ocorrência de isolados resistentes a múltiplos antibióticos. Diversos métodos de tipagem molecular têm sido utilizados para estudar a epidemiologia de VRE. Neste trabalho, foi realizada a caracterização genética da resistência à vancomicina e epidemiologia molecular de VREs isolados de pacientes de dois hospitais de Ribeirão Preto, o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP) e a Santa Casa de Misericórdia de Ribeirão Preto (SCMRP), no período de setembro de 2008 a setembro de 2010. Foram estudados também os primeiros VREs isolados no HCFMRP-USP, em meados de 2005/2006. Foram determinadas as espécies e os genótipos de 53 VREs, pela reação da polimerase em cadeia (PCR), e todos eram E. faecium e apresentavam o gene vanA. Todos E. faecium isolados dos 2 hospitais em estudo apresentaram CIM para vancomicina >256?g/mL pelo Etest®, já daptomicina mostrou valores de CIM dentro do limite de sensibilidade para todos os enterococos analisados. Com relação aos fatores de virulência, foi evidente a predominância dos genes acm e esp nos E. faecium estudados. Os primeiros VREfm (do inglês, vancomycin-resistant E. faecium) isolados em meados de 2005/2006 de pacientes do HCFMRP-USP apresentaram o transposon Tn1546 intacto, já todos os E. faecium isolados do HCFMRP-USP e da SCMRP, no período de setembro de 2008 a setembro de 2010, apresentaram produto de amplificação maior do que os 4,4kb esperados para grupamento gênico vanRSHAX. Resultados de overlapping PCR e sequenciamento da região do transposon que amplificou fragmento de DNA com tamanho maior que o esperado utilizando primers P11-P12, mostraram que 81% (43 VREfm) isolados nos dois hospitais em estudo, no período de setembro de 2008 a setembro de 2010, apresentaram deleção da extremidade esquerda do Tn1546 e insersão (IS1251), entre genes vanS e vanH. A análise da PFGE dos VREfm em estudo mostrou que havia ocorrido disseminações clonais com determinados perfis de PFGE em períodos específicos. O fato dos primeiros VREfm terem apresentado perfil de PFGE diferente da maioria dos isolados, não permitiu que se determinasse o ancestral comum por PFGE, mas resultados de MLST mostraram que VREfm isolados, no período de 2008-2010, podem ser descendentes diretos destes cinco primeiros VREfm ou podem ter evoluído de um mesmo ancestral comum. A análise da tipagem por MLST de 31 linhagens de VREfm selecionadas a partir dos resultados de PFGE, mostrou que havia 9 STs diferentes, dentre estes, sendo 5 STs novos (656, 657, 658, 659 e 660). Os STs predominantes foram STs 412 e 478. Todos STs identificados pertenciam ao complexo clonal 17 (CC17), com exceção do ST658 que era um singleton. O ST78 que vem se disseminando mundialmente, foi identificado pela primeira vez no Brasil em linhagens do presente estudo. E, por fim, a tipagem por MLST comprovou o que já havia sido determinado pelos resultados de PFGE, que existe relação clonal entre linhagens isoladas nos dois hospitais estudados de Ribeirão Preto. / World reports on vancomycin resistance emerged in the late 1980s and first documented in Western Europe and later in the United States. Since then, isolation of vancomycin-resistant enterococci (VRE) has been continuously reported in several geographic locations, including Brazil. The widespread occurrence of strains resistant to multiple antibiotics present a challenge to clinicians when treating enterococci caused nosocomial infections. Several molecular typing methods have been used to study the epidemiology of VRE. In this study, genetic characterization of vancomycin resistance and molecular epidemiology were performed in VREs isolated from patients in two hospitals in Ribeirão Preto, Sao Paulo/Brazil, the University Hospital of the Faculty of Medicine of Ribeirao Preto, University of Sao Paulo (HCFMRP-USP) and the Santa Casa de Misericórdia de Ribeirão Preto (SCMRP), from September 2008 to September 2010. The first five VREs isolated in the HCFMRP-USP, in mid 2005/2006 were also included in this study. Species and genotypes of 53 VREs determined by the polymerase chain reaction (PCR) were all E. faecium and had the vanA gene. MICs for vancomycin determined by Etest® were >256?g/mL for all E. faecium isolated in the two hospitals, whereas daptomycin showed MIC values within the limit of susceptibility for all the enterococci analyzed. acm and esp genes predominated as virulence factors. The first five vancomycin resistant E. faecium (VREfm) isolated in mid 2005/2006 showed an intact Tn1546 transposon, whereas all E. faecium isolated later, September 2008 to September 2010, gave a larger amplified DNA fragment than the expected 4,4kb gene cluster vanRSHAX. Results of overlapping PCR and sequencing (primers P11-P12) of the transposon region that amplified the larger than expected DNA fragment showed that 81% (n=43) of the these VREfm had a deletion of the left end of Tn1546 and also a IS1251, between the vanS and vanH genes. The analysis of VREfm PFGEs indicated the occurrence of clonal disseminations with some PFGE profiles at specific times. The different PFGE profiles of the first VREfm (2005-2006) in relation to the latter isolates showed that the common ancestor could not be determined by PFGE. However, MLST results indicated that VREfm isolated, in the period from 2008 to 2010, could be direct descendants of the first five VREfm or could have evolved from a common ancestor. MLST analysis of 31 VREfm isolates selected according to the PFGE results, showed that there were nine different STs, among these five new STs (656, 657, 658, 659, 660). The predominant STs were ST412 and 478. All STs identified belonged to clonal complex 17 (CC17), except for ST658, a singleton. The ST78 that has spread worldwide is being identified in Brazil for first time in this study. MLST confirmed PFGE results showing that there is a clonal link between strains isolated in the two hospitals of Ribeirao Preto, Sao Paulo, Brazil.
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Caracterização e diversidade molecular do transposon Tn1546, carreador do gene vanA, responsável pela expressão de resistência à vancomicina, em amostras clínicas de diferentes espécies de Enterococcus / Characterization and molecular diversity of transposon Tn1546, carrier of the vanA gene responsible for the expression of vancomycin resistance in clinical isolates of different Enterococcus species

Sabrina Ferreira Santos 06 May 2014 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) são reconhecidos como importantes patógenos causadores de infecções nosocomiais, configurando um grave problema de saúde pública, principalmente pela escassez de opção terapêutica eficaz. O fenótipo de resistência VanA é o mais frequente, sendo definido pela resistência a altos níveis de vancomicina e teicoplanina. VanA é caracterizado por um conjunto gênico (vanRSHAXYZ) localizado no elemento genético móvel denominado transposon Tn1546. A diversidade de Tn1546 resulta de alterações estruturais promovidas por deleções ou integração de sequências de inserção (IS) que, exercem papel chave na evolução do elemento VanA, modificando os aspectos relacionados à sua transferência e expressão do fenótipo. O objetivo deste estudo foi caracterizar e avaliar o polimorfismo de elementos Tn1546 presentes em amostras de diferentes espécies de Enterococcus isoladas em instituições hospitalares do Estado do Rio de Janeiro no período de 2000 a 2012. Foram incluídas neste estudo 70 amostras VRE que foram caracterizadas quanto ao gênero, espécies e genótipo de resistência aos glicopeptídeos por métodos convencionais e PCR multiplex. A susceptibilidade a 17 antimicrobianos foi avaliada pelo método de difusão em ágar, e concentração inibitória mínima (CIM) para vancomicina e teicoplanina foi determinada por microdiluição em caldo. O tranposon foi obtido após lise das células bacterianas e amplificação por PCR longo, utilizando-se oligonucleotídeos específicos para a região repetida e invertida que flanqueia este elemento genético. A diversidade dos elementos Tn1546 foi avaliada por um conjunto de métodos moleculares que incluiu a análise do polimorfismo do tamanho de fragmentos de restrição (restriction fragment lenght polymorphism, RFLP), utilizando-se a endonuclease ClaI, amplificação de segmentos internos por PCR de sobreposição de oligonucleotídeos (overlapping PCR) e detecção de sequências de inserção (ISs). A caracterização em espécies considerada para as demais análises foi obtida pela metodologia de PCR de acordo com a seguinte distribuição: E. avium (N=6), E. faecalis (N=12), E. faecium (N=46), E. gallinarum (N=4) e E. raffinosus (N=2). Todas as amostras apresentaram o genótipo vanA. Nos testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foi observado que todas as amostras foram multirresistentes, sendo resistente de 6 a 13 dentre os 17 antimicrobianos testados. A presença de elementos semelhantes ao arquétipo de Tn1546 foi observada em 61,5% das amostras; entretanto, 27 amostras apresentaram perfis variantes de Tn1546. Foram identificados nove perfis de RFLP, dentre 66 avaliadas, sendo o perfil I, prevalente e semelhante ao arquétipo de Tn1546. Não foi possível analisar quatro amostras por RFLP. Os produtos de amplificação de Tn1546 alterados, obtidos pela overlapping PCR e pelo rastreamento de IS, levaram à classificação de 15 tipos polimórficos, nomeados de A a O. A maioria dos Tn1546 polimórficos teve suas regiões de ORF1 e/ou ORF2 deletadas; e IS1542 juntamente com IS1216V foram as inserções mais frequentes, que em muitas situações compartilhavam a mesma região de inserção. IS19 foi detectada apenas na região vanS-vanH. Os dados apresentados neste estudo indicam que o polimorfismo de Tn1546 pode ser explorado no rastreamento de rotas de transmissão, acompanhamento da dispersão de elementos VanA e investigação da evolução de amostras VRE. / Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) is a leading cause of nosocomial infections, remaining as a public health concern in the last two decades. VanA phenotype is the most frequently encountered and it is responsible for high-level vancomycin and teicoplanin resistance. VanA is characterized by a gene cluster (vanRSHAXYZ) located on the mobile genetic element called Tn1546. The diversity of Tn1546 results from structural changes promoted by deletions or additions of insertion sequences (IS) that play a key role in the evolution of VanA element, changing its transferability and expression of phenotype. The aim of this study was to characterize and evaluate the polymorphism of Tn1546 genetic elements belong to VRE isolates obtained from patients attending in hospitals located in the Rio de Janeiro state, during the period from 2000 to 2012. Seventy VRE strains were included in this study. The strains were identified by conventional physiological testes and multiplex PCR, including the vancomycin resistance phenotype and genotype. Antimicrobial susceptibilities testing were carried out by disk diffusion method for 17 antimicrobials; and the minimal inhibitory concentrations (MIC) values to vancomycin and teicoplanin were evaluated by microdilution technique. Tn1546 were amplified by long-PCR using primers to inverted-repeat sequences flanking the transposon. Tn1546 diversity was evaluated by a set of molecular methods including restriction fragment length polymorphism (RFLP), using the endonuclease ClaI, overlapping PCR and detection of insertion sequence elements (IS). Among the 70 strains, 6 E. avium, 12 E. faecalis, 46 E. faecium, 4 E. gallinarum, and 2 E. raffinosus were characterized by multiplex PCR, as well as the vanA glycopeptide resistance determinant. All the strains were multirresistant, being resistant from 6-13 among the 17 antimicrobials tested. The presence of similar elements to the archetype of Tn1546 was observed in 61.5% of samples; however, 27 samples had variant profiles of Tn1546. Nine RFLP profiles were identified among 66 strains, and the profile I was the most frequent and showed to be similar to the archetype of Tn1546. It was not possible to analyze four strains by RFLP. The amplification products of Tn1546, obtained by overlapping PCR, and screening the IS elements led to the characterization of 15 different types, named A through O. Most Tn1546 had its polymorphisms based on deletion of the ORF1 and / or ORF2 regions; and IS1542 as the most frequent insertion element, which in many cases shared the same region of insertion with IS1216V. IS19 was detected only in vanS-vanH region. The data presented in this study indicate that the polymorphism of Tn1546 can be exploited in tracking transmission routes, monitoring the dispersion of VanA elements and investigation of the evolution of VRE strains.
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Caracterização e diversidade molecular do transposon Tn1546, carreador do gene vanA, responsável pela expressão de resistência à vancomicina, em amostras clínicas de diferentes espécies de Enterococcus / Characterization and molecular diversity of transposon Tn1546, carrier of the vanA gene responsible for the expression of vancomycin resistance in clinical isolates of different Enterococcus species

Sabrina Ferreira Santos 06 May 2014 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) são reconhecidos como importantes patógenos causadores de infecções nosocomiais, configurando um grave problema de saúde pública, principalmente pela escassez de opção terapêutica eficaz. O fenótipo de resistência VanA é o mais frequente, sendo definido pela resistência a altos níveis de vancomicina e teicoplanina. VanA é caracterizado por um conjunto gênico (vanRSHAXYZ) localizado no elemento genético móvel denominado transposon Tn1546. A diversidade de Tn1546 resulta de alterações estruturais promovidas por deleções ou integração de sequências de inserção (IS) que, exercem papel chave na evolução do elemento VanA, modificando os aspectos relacionados à sua transferência e expressão do fenótipo. O objetivo deste estudo foi caracterizar e avaliar o polimorfismo de elementos Tn1546 presentes em amostras de diferentes espécies de Enterococcus isoladas em instituições hospitalares do Estado do Rio de Janeiro no período de 2000 a 2012. Foram incluídas neste estudo 70 amostras VRE que foram caracterizadas quanto ao gênero, espécies e genótipo de resistência aos glicopeptídeos por métodos convencionais e PCR multiplex. A susceptibilidade a 17 antimicrobianos foi avaliada pelo método de difusão em ágar, e concentração inibitória mínima (CIM) para vancomicina e teicoplanina foi determinada por microdiluição em caldo. O tranposon foi obtido após lise das células bacterianas e amplificação por PCR longo, utilizando-se oligonucleotídeos específicos para a região repetida e invertida que flanqueia este elemento genético. A diversidade dos elementos Tn1546 foi avaliada por um conjunto de métodos moleculares que incluiu a análise do polimorfismo do tamanho de fragmentos de restrição (restriction fragment lenght polymorphism, RFLP), utilizando-se a endonuclease ClaI, amplificação de segmentos internos por PCR de sobreposição de oligonucleotídeos (overlapping PCR) e detecção de sequências de inserção (ISs). A caracterização em espécies considerada para as demais análises foi obtida pela metodologia de PCR de acordo com a seguinte distribuição: E. avium (N=6), E. faecalis (N=12), E. faecium (N=46), E. gallinarum (N=4) e E. raffinosus (N=2). Todas as amostras apresentaram o genótipo vanA. Nos testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foi observado que todas as amostras foram multirresistentes, sendo resistente de 6 a 13 dentre os 17 antimicrobianos testados. A presença de elementos semelhantes ao arquétipo de Tn1546 foi observada em 61,5% das amostras; entretanto, 27 amostras apresentaram perfis variantes de Tn1546. Foram identificados nove perfis de RFLP, dentre 66 avaliadas, sendo o perfil I, prevalente e semelhante ao arquétipo de Tn1546. Não foi possível analisar quatro amostras por RFLP. Os produtos de amplificação de Tn1546 alterados, obtidos pela overlapping PCR e pelo rastreamento de IS, levaram à classificação de 15 tipos polimórficos, nomeados de A a O. A maioria dos Tn1546 polimórficos teve suas regiões de ORF1 e/ou ORF2 deletadas; e IS1542 juntamente com IS1216V foram as inserções mais frequentes, que em muitas situações compartilhavam a mesma região de inserção. IS19 foi detectada apenas na região vanS-vanH. Os dados apresentados neste estudo indicam que o polimorfismo de Tn1546 pode ser explorado no rastreamento de rotas de transmissão, acompanhamento da dispersão de elementos VanA e investigação da evolução de amostras VRE. / Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) is a leading cause of nosocomial infections, remaining as a public health concern in the last two decades. VanA phenotype is the most frequently encountered and it is responsible for high-level vancomycin and teicoplanin resistance. VanA is characterized by a gene cluster (vanRSHAXYZ) located on the mobile genetic element called Tn1546. The diversity of Tn1546 results from structural changes promoted by deletions or additions of insertion sequences (IS) that play a key role in the evolution of VanA element, changing its transferability and expression of phenotype. The aim of this study was to characterize and evaluate the polymorphism of Tn1546 genetic elements belong to VRE isolates obtained from patients attending in hospitals located in the Rio de Janeiro state, during the period from 2000 to 2012. Seventy VRE strains were included in this study. The strains were identified by conventional physiological testes and multiplex PCR, including the vancomycin resistance phenotype and genotype. Antimicrobial susceptibilities testing were carried out by disk diffusion method for 17 antimicrobials; and the minimal inhibitory concentrations (MIC) values to vancomycin and teicoplanin were evaluated by microdilution technique. Tn1546 were amplified by long-PCR using primers to inverted-repeat sequences flanking the transposon. Tn1546 diversity was evaluated by a set of molecular methods including restriction fragment length polymorphism (RFLP), using the endonuclease ClaI, overlapping PCR and detection of insertion sequence elements (IS). Among the 70 strains, 6 E. avium, 12 E. faecalis, 46 E. faecium, 4 E. gallinarum, and 2 E. raffinosus were characterized by multiplex PCR, as well as the vanA glycopeptide resistance determinant. All the strains were multirresistant, being resistant from 6-13 among the 17 antimicrobials tested. The presence of similar elements to the archetype of Tn1546 was observed in 61.5% of samples; however, 27 samples had variant profiles of Tn1546. Nine RFLP profiles were identified among 66 strains, and the profile I was the most frequent and showed to be similar to the archetype of Tn1546. It was not possible to analyze four strains by RFLP. The amplification products of Tn1546, obtained by overlapping PCR, and screening the IS elements led to the characterization of 15 different types, named A through O. Most Tn1546 had its polymorphisms based on deletion of the ORF1 and / or ORF2 regions; and IS1542 as the most frequent insertion element, which in many cases shared the same region of insertion with IS1216V. IS19 was detected only in vanS-vanH region. The data presented in this study indicate that the polymorphism of Tn1546 can be exploited in tracking transmission routes, monitoring the dispersion of VanA elements and investigation of the evolution of VRE strains.

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