Introduction La traite transatlantique, du 15ième au 19ième siècle, a changé radicalement la démographie des Amériques. Des milliers d'esclaves africains ont réussi à échapper aux plantations des colonisateurs européens, et ont formé des colonies indépendantes de peuples libres (ou 'Marron'). Dans notre travail, nous étudions quatre communautés Noir Marron de la Guyane française et du Surinam, ainsi que d'autres populations ayant un héritage africain : Brésil et Colombie, ainsi que des populations d'Afrique de l'Ouest : Bénin, Côte-d'Ivoire et Mali. Afin de définir les différentes histoires démographiques, ces populations ont été caractérisées à l'aide de plusieurs marqueurs génétiques des lignées uniparentales: chromosome Y (17 Y-STR et 96 Y-SNP), ADN mitochondrial (génomes complet), et de données pan-génomiques (4,5 millions de SNP). Résultats Les ADN paternels et maternels ont mis en évidence différents modèles de biais sexuels dans les populations afro-brésiliennes et afro-colombiennes, ce qui suggère des comportements de mariages préférentiels. À l'opposé, les communautés Noir Marron présentent l'origine africaine la plus élevée pour tous les systèmes génétiques analysés (supérieure à 98%). Dans ces communautés, on note l'absence de flux génique avec les groupes non-africains, et également des coefficients de consanguinité très élevés. En accord avec les études linguistiques, les communautés Noir Marron montrent une origine géographique africaine associée aux royaumes historiques de l'Afrique de l'Ouest qui existaient au Bénin durant la traite des esclaves. En accord avec les études historiques, l'origine des afro-colombiens montre des liens génétiques avec la région de la Côte de l'Or, et celle des afro-brésiliens avec la région de l'Afrique centrale. Conclusions Cette étude fournit une importante information génétique sur les afro-américains et nous permet de reconstruire les liens brisés avec leur passé africain. Les communautés Noir Marron montrent une identité africaine très élevée, reliée au Golfe du Bénin. Les populations afro-brésiliennes et afro-colombiennes font apparaitre différentes histoires démographiques en raison de leur passé colonial différent. Confronté avec les études historiques, la génétique permet de mieux appréhender l'identité ethnique africaine sur les deux rives de l'Atlantique. / Background The transatlantic slave trade, from the 15th to the 19th centuries, changed dramatically the demography of the Americas. Thousands of enslaved Africans managed to escape from the plantations of European colonizers, and formed independent African settlements of free people (or 'Marron'). Here, we study four Noir Marron communities from French Guiana and Surinam, as well as other populations with noteworthy African heritage in Brazil and Colombia, and West African populations in Benin, Ivory Coast, and Mali. To uncover different population histories, these populations were specifically characterized using different genetic markers based on 17 Y-STRs, 96 Y-SNPs, whole mtDNA genome, and genome-wide SNP data (4.5 million autosomal SNP). Results Paternally and maternally inherited DNA highlighted different patterns of sex-biased gene flow in both Afro-Brazilian and Afro-Colombian populations that suggest different preferential marriage behaviours. In sharp contrast, the Noir Marron communities presented the highest African ancestry in all genetic systems analysed (above 98%). These communities have apparently a null gene flow with non-African groups, and also present elevated inbreeding coefficients. In good agreement with linguistic studies, the Noir Marron communities showed a biogeographical ancestry associated with historical West African Kingdoms that existed in modern Benin during the slave trade. Afro-Colombians indicated genetic ancestry linked with the Gold Coast region. While Afro-Brazilian genetic ancestry was linked with the West Central African region, also supported by historical research. Conclusions This study provides specific genetic information in African Americans and thereby helps us to reconstruct broken links with their African past. The Noir Marron communities revealed a remarkably high African identity, which is still linked to Bight of Benin region. The Afro-Brazilian and Afro-Colombian populations present different demographic histories because of their different colonial pasts. Within an appropriate historical framework, genetic ancestry can add further understanding of ethnicity in African populations throughout the Atlantic world.