La distribution actuelle des espèces d’arbres des forêts tropicales humides amazoniennes est le résultat de processus dynamiques sur lesquels les perturbations passées, d’origine climatique ou anthropique, peuvent avoir jouées un rôle majeur. Des outils génétiques actuels associés à des méthodes d’analyses puissantes permettent d’inférer et de dater l’empreinte génomique des évènements démographiques subits par les populations naturelles. Le but de cette thèse est de contribuer à une vision d’ensemble de l’évolution démographique de la forêt tropicale humide du plateau des Guyanes pendant le Quaternaire. J’ai d’abord étudié les propriétés des microsatellites (répétitions simple de séquences, SSR) et les limites de leurs applications en tant que marqueurs moléculaires en phylogéographie. Plusieurs allèles SSR contenu dans diverses populations de trois genres d’arbres différents ont été séquencés et le polymorphisme, porté par chaque partie des fragments ADN contenant des SSR, a été étudié. J’ai observé que la quantité de variation génétique était aussi importante dans les régions encadrant le microsatellite que dans le SSR lui-même. Ces régions ont contribué significativement à l’information phylogénétique et ont parfois été la principale source de différenciation entre les individus et les populations. Cette expérience m’a permis de choisir la meilleure stratégie à adopter pour traiter les données de variation génétique des SSR dans des modèles démographiques. J’ai ensuite utilisé ces marqueurs SSR et des méthodes ABC pour étudier l’impact local des occupations humaines précolombiennes sur les forêts en Guyane française. Les changements démographiques subis par des populations de quatre espèces d’arbres ont été comparés entre cinq sites occupés et quatre sites non perturbés. Les perturbations naturelles et induites par l’homme ont contribué à la mise en place de la diversité observée actuellement, comme le suggère des signatures d’effet fondateur détectées sur les sites perturbés ou non. Néanmoins, la taille des populations fondatrices semble être proportionnelle à l’impact humain estimé, indiquant que les perturbations anthropique ont induit un remplacement des populations plus important que les processus écologiques naturels. Pour terminer, j’ai mené une étude de démographie comparative d’espèces d’arbres tropicaux à l’échelle régionale de la Guyane française. Cinq scénarios démographiques ont été testés pour neuf populations de huit espèces en utilisant des microsatellites nucléaires et des séquences chloroplastiques. Les changements démographiques les plus récents détectés convergent vers une signature générale d’expansion de la forêt humide depuis probablement la dernière glaciation. Cela peut suggérer, soit que la composition des forêts du plateau des Guyanes était différente, ou que le couvert forestier était moins étendu. Ce résultat constitue le premier indice de changement passé, probablement d’origine climatique, subi par les communautés forestières du plateau des Guyanes ; qui n’avait jusque-là pas pu être testé avec des méthodes standards en raison d’un manque de fossiles. En conclusion, j’ai recueilli des preuves génétiques que les perturbations, à différents échelles de temps, ont marqué la structure et la composition génétique des forêts du plateau des Guyanes. L’application de ces méthodes à d’autres régions Néotropicales pourrait contribuer, à l’avenir, à reconstruire l’histoire écologique de la forêt amazonienne de façon détaillée. / The current tree species distribution in Amazonian tropical rainforests is the outcome of dynamic processes in which past perturbations, climatic or anthropogenic, may have played a major role. Currently available genetic tools associated with powerful analytical methods allow inferring and dating the genomic imprint of demographic events undergone by natural populations. The aim of my thesis is to contribute to an overview of the demographic evolution of the tropical rainforest in the Guiana shield during the Quaternary. I have first studied the properties of microsatellites or Simple sequence repeat (SSR) and the limits in their applications as molecular markers in phylogeography. Several SSR alleles in multiple populations of three divergent tree genera have been sequenced and the sources of polymorphisms, carried by each portion of SSR-containing DNA amplicons, have been broken apart. I have observed that the amount of variation was as large in flanking regions as in the SSR itself. The former contributed significantly to the phylogenetic information and sometimes was the main source of differentiation among individuals and populations. This experiment allowed me to choose the best strategy to treat SSR variation in demographic modeling. I have subsequently used SSR markers and ABC methods to study the impact of pre-Columbian human settlements at the local level on rainforests in French Guiana. Demographic changes undergone by populations of four tree species were compared between five settled and four undisturbed sites. Both natural turnover and human-induced disturbances appeared as shaping currently observed genetic diversity, with signatures of founder effect both at disturbed and undisturbed sites. Nevertheless, the size of founding populations appeared to be proportional to the estimated human impact, suggesting that human-made disturbance caused deeper population turnover than background ecological processes. Finally, I have conducted a comparative demography study of tropical tree species at the regional level across French Guiana. Five demographic scenarios have been tested for nine populations from eight species using both nuclear microsatellites and chloroplastic sequences. The most recent demographic signals detected converge on a global signature of expansion of the rainforest since probably the last glaciation. This finding can suggest either that the composition of the Guiana shield rainforests was different, or that its global extent was smaller, during earlier epochs of the Pleistocene than today. This result is the first firm indication of changes undergone by the forest communities of the Guiana shield in the distant climatic past – something which could not be tested with standard methods due to almost complete lack of fossil evidence. In conclusion, I have gathered genetic evidence that disturbances, both in historical and geological times, have marked the structure and composition of forests in the Guiana shield.The extensive application of these methods to other regions of the Neotropics maycontribute, in the future, to the detailed reconstruction of the ecological history ofAmazonian forests.

Cette étude démographique historique présente une exploration de la dynamique de la fécondité dans le contexte mexicain à trois moments qui représentent trois étapes importantes : l’étape pré-transitionnelle (1930), l’étape d’expansion démographique (1970) et l’étape de la transition en cours (2015), s’alignant sur des phases distinctes de la transition démographique. Notre recherche se concentre sur la fécondité nette, en examinant le nombre d’enfants de moins de 5 ans dans les ménages par femme mariée ou en couple âgées de 15 à 49 ans. Cette mesure de la fécondité est fréquemment employée dans les recherches historiques utilisant les microdonnées des recensements, en l’absence de données directes sur la fécondité totale ou d’autres variables nécessaires à une estimation de la fécondité totale (Dribe, Hacker, et al., 2014 ; Hacker et Roberts, 2018). En utilisant un cadre méthodologique détaillé englobant des approches écologiques à plusieurs niveaux, des perspectives évolutionnaires et des techniques avancées d’analyse spatiale, notre objectif est de dévoiler l’interaction complexe des déterminants socio-économiques et culturels dans la formation des schémas de fécondité. Notre analyse met en évidence quatre parcours distincts associés aux contextes municipaux, qui sont délimités par le statut rural/urbain et l’appartenance ethnique. Ces parcours ne mettent pas seulement en lumière les relations nuancées entre les attributs socioculturels et les résultats de la fécondité nette, mais soulignent également comment le statut socio-économique de la famille interagit avec le contexte municipal plus large, de manière complexe, influençant ainsi la dynamique de la fécondité. En outre, nous nous penchons sur la relation nuancée entre la parenté (grands-mères et grands-pères) et la fécondité nette, révélant des variations à travers les phases démographiques et leur association étroite avec les conditions socio-économiques de la famille et le statut d’autochtone. Enfin, cette étude remet en question les récits dominants sur les communautés autochtones en effectuant une analyse exhaustive de la dynamique de la fécondité qui prend en compte des informations agrégées sur la mortalité, les normes culturelles et le contexte historique des communautés autochtones. Grâce à un outil de visualisation spatiale, nous identifions des corrélations significatives entre les proportions de la sous-population autochtone et les inégalités socio-économiques, ce qui fournit des informations précieuses pour la formulation de politiques de population fondées sur des données probantes et adaptées aux besoins spécifiques des municipalités autochtones. En fournissant une analyse détaillée de l’interaction complexe entre les facteurs socio-économiques et culturels qui ont façonné les comportements historiques en matière de fécondité au Mexique, cette étude contribue non seulement au discours scientifique, mais établit également une base solide pour les recherches futures dans le domaine des études démographiques historiques au Mexique. Ses conclusions pourraient avoir des implications significatives pour les décideurs politiques, les chercheurs et les praticiens qui cherchent à comprendre et à relever les défis complexes associés à la dynamique de la fécondité dans des contextes culturels et socio-économiques divers. / This comprehensive historical demographic research presents an exploration of the dynamics of fertility within the Mexican context at three points in time which represent three important stages: the pre-transitional stage (1930), the stage of demographic expansion (1970), and the period representing the ongoing transition (2015), aligning with distinct phases of the demographic transition. Our investigation focuses on net fertility, scrutinizing the count of children under 5 years old in households per married or partnered women aged 15–49 years. This fertility measure is commonly employed in historical studies using census microdata, especially when direct information on total fertility or other necessary variables for an estimation of total fertility (Dribe, Hacker et al., 2014; Hacker and Roberts, 2018). Employing a detailed methodological framework encompassing multilevel ecological approaches, evolutionary perspectives, and advanced spatial analysis techniques, our aim is to unveil the complex interplay of socioeconomic and cultural determinants in shaping fertility patterns. Our analysis uncovers four distinct pathways associated with municipal contexts, which are delineated by rural/urban status and ethnicity. These pathways not only shed light on the nuanced relationships between sociocultural attributes and net fertility outcomes but also underscore how family socioeconomic status interacts with the broader municipal context, in complex ways, influencing fertility dynamics. Moreover, we delve into the nuanced relationship between kinship (grandmothers and grandfathers) and net fertility, revealing variations across demographic phases and their close association with family socioeconomic conditions and indigenous status. Finally, our study challenges prevailing narratives about indigenous communities by conducting a comprehensive analysis of fertility dynamics which takes into account aggregated information for mortality, cultural norms and the historic context of indigenous communities. Through a spatial visualization tool, we identify significant correlations between indigenous subpopulation proportions and socioeconomic inequality, providing valuable insights for evidence-based policy formulation tailored to the specific needs of indigenous municipalities. By providing a comprehensive analysis of the intricate interplay between socioeconomic and cultural factors shaping historical fertility behaviours in Mexico, this study not only contributes to the scientific discourse but also establishes a solid foundation for future research in the field of historical demographic studies in Mexico. Its findings could have significant implications for population policymakers, researchers, and practitioners aiming to understand and address the complex challenges associated with fertility dynamics across diverse cultural and socioeconomic contexts. / Esta investigación demográfica histórica presenta una exploración de la dinámica de la fecundidad en el contexto mexicano en tres momentos que representan tres etapas importantes: la etapa pretransicional (1930), la etapa de expansión demográfica (1970) y la etapa que representa la transición en curso (2015), alineadas con distintas fases de la transición demográfica. Nuestra investigación se centra en la fecundidad neta, analizando el número de niños menores de 5 años en los hogares por cada mujer casada o con pareja de entre 15 y 49 años. Esta medida de la fecundidad se utiliza con frecuencia en investigaciones históricas que utilizan microdatos censales, a falta de datos directos sobre la fecundidad total u otras variables necesarias para estimar la fecundidad total (Dribe, Hacker, et al., 2014; Hacker et Roberts, 2018). Empleando un marco metodológico detallado que abarca el enfoque ecológico multinivel, perspectivas evolutivas y técnicas avanzadas de análisis espacial, nuestro objetivo es desvelar la compleja interacción de los determinantes socioeconómicos y culturales en la configuración de los patrones de fecundidad. Nuestro análisis descubre cuatro trayectorias distintas asociadas a los contextos municipales, que están delimitadas por el estatus rural/urbano y el origen étnico. Estas trayectorias no sólo arrojan luz sobre las matizadas relaciones entre los atributos socioculturales y los resultados de la fecundidad neta, sino que también subrayan cómo el estatus socioeconómico familiar interactúa con el contexto municipal más amplio, de formas complejas, influyendo en la dinámica de la fecundidad. Además, profundizamos en la relación matizada entre el parentesco (abuelas y abuelos) y la fecundidad neta, revelando variaciones a lo largo de las fases demográficas y su estrecha asociación con las condiciones socioeconómicas familiares y el estatus indígena. Por último, nuestro estudio desafía las narrativas predominantes sobre las comunidades indígenas al realizar un análisis exhaustivo de la dinámica de la fecundidad que tiene en cuenta la información agregada de la mortalidad, las normas culturales y el contexto histórico de las comunidades indígenas. A través de una herramienta de visualización espacial, identificamos correlaciones significativas entre las proporciones de la subpoblación indígena y la desigualdad socioeconómica, proporcionando información valiosa para la formulación de políticas de población basadas en pruebas y adaptadas a las necesidades específicas de los municipios indígenas. Al proporcionar un análisis exhaustivo de la compleja interacción entre los factores socioeconómicos y culturales que dan forma a los comportamientos históricos de la fecundidad en México, este estudio no sólo contribuye al discurso científico, sino que también establece una base sólida para futuras investigaciones en el campo de los estudios demográficos históricos en México. Sus hallazgos podrían tener implicaciones significativas para los responsables políticos, investigadores y profesionales que buscan entender y abordar los complejos desafíos asociados con la dinámica de la fecundidad en distintos contextos culturales y socioeconómicos.