La classification d'images s'articule généralement autour des deux étapes que sont l'étape d'extraction de signatures suivie de l'étape d'analyse des données extraites, ces dernières étant généralement quantitatives. De nombreux modèles de classification ont été proposés dans la littérature, le choix du modèle le plus adapté est souvent guidé par les performances en classification ainsi que la lisibilité du modèle. L'arbre de classification et le treillis de Galois sont deux modèles symboliques connus pour leur lisibilité. Dans sa thèse [Guillas 2007], Guillas a utilisé efficacement les treillis de Galois pour la classification d'images, et des liens structurels forts avec les arbres de classification ont été mis en évidence. Les travaux présentés dans ce manuscrit font suite à ces résultats, et ont pour but de définir un modèle hybride entre ces deux modèles, qui réunissent leurs avantages (leur lisibilité respective, la robustesse du treillis et le faible espace mémoire de l'arbre). A ces fins, l'étude des liens existants entre les deux modèles a permis de mettre en avant leurs différences. Tout d'abord, le type de discrétisation, les arbres utilisent généralement une discrétisation locale tandis que les treillis, initialement définis pour des données binaires, utilisent une discrétisation globale. A partir d'une étude des propriétés des treillis dichotomiques (treillis définis après une discrétisation), nous proposons une discrétisation locale pour les treillis permettant d'améliorer ses performances en classification et de diminuer sa complexité structurelle. Puis, le processus de post-élagage mis en œuvre dans la plupart des arbres a pour objectif de diminuer la complexité de ces derniers, mais aussi d'augmenter leurs performances en généralisation. Les simplifications de la structure de treillis (exponentielle en la taille de données dans les pires cas), quant à elles, sont motivées uniquement par une diminution de la complexité structurelle. En combinant ces deux simplifications, nous proposons une simplification de la structure du treillis obtenue après notre discrétisation locale et aboutissant à un modèle de classification hybride qui profite de la lisibilité des deux modèles tout en étant moins complexe que le treillis mais aussi performant que celui-ci. / Image classification is generally based on two steps namely the extraction of the image signature, followed by the extracted data analysis. Image signature is generally numerical. Many classification models have been proposed in the literature, among which most suitable choice is often guided by the classification performance and the model readability. Decision trees and Galois lattices are two symbolic models known for their readability. In her thesis {Guillas 2007}, Guillas efficiently used Galois lattices for image classification. Strong structural links between decision trees and Galois lattices have been highlighted. Accordingly, we are interested in comparing models in order to design a hybrid model between those two. The hybrid model will combine the advantages (robustness of the lattice, low memory space of the tree and readability of both). For this purpose, we study the links between the two models to highlight their differences. Firstly, the discretization type where decision trees generally use a local discretization while Galois lattices, originally defined for binary data, use a global discretization. From the study of the properties of dichotomic lattice (specific lattice defined after discretization), we propose a local discretization for lattice that allows us to improve its classification performances and reduces its structural complexity. Then, the process of post-pruning implemented in most of the decision trees aims to reduce the complexity of the latter, but also to improve their classification performances. Lattice filtering is solely motivated by a decrease in the structural complexity of the structures (exponential in the size of data in the worst case). By combining these two processes, we propose a simplification of the lattice structure constructed after our local discretization. This simplification leads to a hybrid classification model that takes advantage of both decision trees and Galois lattice. It is as readable as the last two, while being less complex than the lattice but also efficient.

Traditionnellement, les applications orientées objets légataires intègrent différents aspects fonctionnels. Ces aspects peuvent être dispersés partout dans le code. Il existe différents types d’aspects : • des aspects qui représentent des fonctionnalités métiers ; • des aspects qui répondent à des exigences non fonctionnelles ou à d’autres considérations de conception comme la robustesse, la distribution, la sécurité, etc. Généralement, le code qui représente ces aspects chevauche plusieurs hiérarchies de classes. Plusieurs chercheurs se sont intéressés à la problématique de la modularisation de ces aspects dans le code : programmation orientée sujets, programmation orientée aspects et programmation orientée vues. Toutes ces méthodes proposent des techniques et des outils pour concevoir des applications orientées objets sous forme de composition de fragments de code qui répondent à différents aspects. La séparation des aspects dans le code a des avantages au niveau de la réutilisation et de la maintenance. Ainsi, il est important d’identifier et de localiser ces aspects dans du code légataire orienté objets. Nous nous intéressons particulièrement aux aspects fonctionnels. En supposant que le code qui répond à un aspect fonctionnel ou fonctionnalité exhibe une certaine cohésion fonctionnelle (dépendances entre les éléments), nous proposons d’identifier de telles fonctionnalités à partir du code. L’idée est d’identifier, en l’absence des paradigmes de la programmation par aspects, les techniques qui permettent l’implémentation des différents aspects fonctionnels dans un code objet. Notre approche consiste à : • identifier les techniques utilisées par les développeurs pour intégrer une fonctionnalité en l’absence des techniques orientées aspects • caractériser l’empreinte de ces techniques sur le code • et développer des outils pour identifier ces empreintes. Ainsi, nous présentons deux approches pour l’identification des fonctionnalités existantes dans du code orienté objets. La première identifie différents patrons de conception qui permettent l’intégration de ces fonctionnalités dans le code. La deuxième utilise l’analyse formelle de concepts pour identifier les fonctionnalités récurrentes dans le code. Nous expérimentons nos deux approches sur des systèmes libres orientés objets pour identifier les différentes fonctionnalités dans le code. Les résultats obtenus montrent l’efficacité de nos approches pour identifier les différentes fonctionnalités dans du code légataire orienté objets et permettent de suggérer des cas de refactorisation. / Object oriented applications integrate various functional aspects. These aspects can be scattered everywhere in the code. There are various types of aspects : • aspects which represent business functionalities ; • aspects related to non functional requirements or to design concerns such as robustness, distribution, and security. The code representing such aspects can be located in different class hierarchies. Researchers have been interested in the problem of the modularisation of these aspects and many approaches were proposed : oriented programming subjects, oriented programming Aspects and oriented programming view. These approaches offer techniques and tools for designing object oriented applications based on the composition of slices of various aspects. The main benefit of the separation of aspects is supporting reuse and maintenance. Consequently, it is well worth identifying and extracting aspects of legacy object oriented applications. Our work mainly focuses on functional aspects. Assuming that the code of a functional aspect or a feature has a functional cohesion (dependencies between elements), we suggest methods for identifying such features from the code. The idea is to identify, in the absence of any aspect oriented paradigm, the techniques used for implementing a feature in the code. Our approach consists of : • identifying techniques used by developers to integrate a feature in the absence of aspect oriented techniques • characterizing the patterns of these techniques • and developing tools to identify these patterns. We present two approaches for the identification of the existing features in the object oriented code. The first one identifies various design patterns which integrates these features in the code. The second approach uses the formal concept analysis to identify the recurring features in the code. We experiment our approaches to identify functional features in different open source object oriented applications. The results show the efficiency of our approaches in identifying various functional features in the legacy object oriented, and can some times suggest refactoring.

Des agents produisant, manipulant et échangeant des connaissances constituent un système complexe socio-sémantique, dont l'étude représente un défi à la fois théorique, dans la perspective d'étendre la naturalisation des sciences sociales, et pratique, avec des applications permettant aux agents de connaître la dynamique du système dans lequel ils évoluent.<br /><br />Cette thèse se situe dans le cadre de ce programme de recherche. Parallèlement et plus largement, nous nous intéressons à la question de la reconstruction en sciences sociales. La reconstruction est un problème inverse comprenant deux volets complémentaires: (i) la déduction d'observations de haut-niveau à partir de phénomènes de bas-niveau; et (ii) la reproduction de l'évolution des observations de haut-niveau à partir de la dynamique des objets de bas-niveau.<br /><br />Nous affirmons que plusieurs aspects significatifs de la structure d'une communauté de savoirs sont principalement produits par la dynamique d'un réseau épistémique où co-évoluent agents et concepts. En particulier, nous résolvons le premier volet du problème de la reconstruction en utilisant des treillis de Galois afin de recréer des taxonomies de communautés de savoirs à partir de simples relations entre agents et concepts; nous obtenons de fait une description historique se rapportant à la progression des champs, leur déclin, leur spécialisation ou leurs interactions (fusion ou scission). Nous micro-fondons ensuite la structure de ces communautés de savoirs en exhibant et en estimant empiriquement des processus d'interaction au niveau des agents, en co-évolution avec les concepts au sein du réseau épistémique, qui rendent compte de la morphogenèse et de l'émergence de plusieurs faits stylisés structurels de haut-niveau - il s'agit là du deuxième volet.<br /><br />Nous défendons finalement un point de vue épistémologique concernant la méthodologique générale de reconstruction d'un système complexe qui appuie notre choix d'un cadre co-évolutionnaire.

Traditionnellement, les applications orientées objets légataires intègrent différents aspects fonctionnels. Ces aspects peuvent être dispersés partout dans le code. Il existe différents types d’aspects : • des aspects qui représentent des fonctionnalités métiers ; • des aspects qui répondent à des exigences non fonctionnelles ou à d’autres considérations de conception comme la robustesse, la distribution, la sécurité, etc. Généralement, le code qui représente ces aspects chevauche plusieurs hiérarchies de classes. Plusieurs chercheurs se sont intéressés à la problématique de la modularisation de ces aspects dans le code : programmation orientée sujets, programmation orientée aspects et programmation orientée vues. Toutes ces méthodes proposent des techniques et des outils pour concevoir des applications orientées objets sous forme de composition de fragments de code qui répondent à différents aspects. La séparation des aspects dans le code a des avantages au niveau de la réutilisation et de la maintenance. Ainsi, il est important d’identifier et de localiser ces aspects dans du code légataire orienté objets. Nous nous intéressons particulièrement aux aspects fonctionnels. En supposant que le code qui répond à un aspect fonctionnel ou fonctionnalité exhibe une certaine cohésion fonctionnelle (dépendances entre les éléments), nous proposons d’identifier de telles fonctionnalités à partir du code. L’idée est d’identifier, en l’absence des paradigmes de la programmation par aspects, les techniques qui permettent l’implémentation des différents aspects fonctionnels dans un code objet. Notre approche consiste à : • identifier les techniques utilisées par les développeurs pour intégrer une fonctionnalité en l’absence des techniques orientées aspects • caractériser l’empreinte de ces techniques sur le code • et développer des outils pour identifier ces empreintes. Ainsi, nous présentons deux approches pour l’identification des fonctionnalités existantes dans du code orienté objets. La première identifie différents patrons de conception qui permettent l’intégration de ces fonctionnalités dans le code. La deuxième utilise l’analyse formelle de concepts pour identifier les fonctionnalités récurrentes dans le code. Nous expérimentons nos deux approches sur des systèmes libres orientés objets pour identifier les différentes fonctionnalités dans le code. Les résultats obtenus montrent l’efficacité de nos approches pour identifier les différentes fonctionnalités dans du code légataire orienté objets et permettent de suggérer des cas de refactorisation. / Object oriented applications integrate various functional aspects. These aspects can be scattered everywhere in the code. There are various types of aspects : • aspects which represent business functionalities ; • aspects related to non functional requirements or to design concerns such as robustness, distribution, and security. The code representing such aspects can be located in different class hierarchies. Researchers have been interested in the problem of the modularisation of these aspects and many approaches were proposed : oriented programming subjects, oriented programming Aspects and oriented programming view. These approaches offer techniques and tools for designing object oriented applications based on the composition of slices of various aspects. The main benefit of the separation of aspects is supporting reuse and maintenance. Consequently, it is well worth identifying and extracting aspects of legacy object oriented applications. Our work mainly focuses on functional aspects. Assuming that the code of a functional aspect or a feature has a functional cohesion (dependencies between elements), we suggest methods for identifying such features from the code. The idea is to identify, in the absence of any aspect oriented paradigm, the techniques used for implementing a feature in the code. Our approach consists of : • identifying techniques used by developers to integrate a feature in the absence of aspect oriented techniques • characterizing the patterns of these techniques • and developing tools to identify these patterns. We present two approaches for the identification of the existing features in the object oriented code. The first one identifies various design patterns which integrates these features in the code. The second approach uses the formal concept analysis to identify the recurring features in the code. We experiment our approaches to identify functional features in different open source object oriented applications. The results show the efficiency of our approaches in identifying various functional features in the legacy object oriented, and can some times suggest refactoring.

Nous avons utilisé la décomposition par séparateurs minimaux complets. Pour décomposer un graphe G, il est nécessaire de trouver les séparateurs minimaux dans le graphe triangulé H correspondant. Dans ce contexte, nos premiers efforts se sont tournés vers la détection de séparateurs minimaux dans un graphe triangulé. Nous avons défini une structure, que nous avons nommée 'atom tree'. Cette dernière est inspirée du 'clique tree' et permet d'obtenir et de représenter les atomes qui sont les produits de la décomposition. Lors de la manipulation de données à l'aide de treillis de Galois, nous avons remarqué que la décomposition par séparateurs minimaux permettait une approche de type 'Diviser pour régner' pour les treillis de Galois. La détection des gènes fusionnés, qui est une étape importante pour la compréhension de l'évolution des espèces, nous a permis d'appliquer nos algorithmes de détection de séparateurs minimaux complets, qui nous a permis de détecter et regrouper de manière efficace les gènes fusionnés. Une autre application biologique fut la détection de familles de gènes d'intérêts à partir de données de niveaux d'expression de gènes. La structure de 'l'atom tree' nous a permis d'avoir un bon outils de visualisation et de gérer des volumes de données importantes.

Certaines applications du traitement automatique des langues sont amenées à traiter des flux de données textuelles caractérisés par l'emploi d'un vocabulaire en perpétuelle évolution, que ce soit au niveau de la création des mots que des sens de ceux existant déjà. En partant de ce constat, nous avons mis au point un algorithme incrémental pour construire automatiquement et faire évoluer une base lexicale qui répertorie des unités lexicales non étiquetées sémantiquement observées dans des flux. Cette base lexicale est représentée par un treillis de Galois qui organise des concepts formels (assimilés à des unités de sens) sur des niveaux de granularité allant du très spécifique au très général. Cette représentation est complétée par une modélisation vectorielle visualisable qui tient compte des aspects continus du sens et de la proximité sémantique entre concepts. Ce modèle est alors exploité pour propager l'étiquetage manuel d'un petit nombre d'entités nommées (EN : unités lexicales qui se référent habituellement à des personnes, des lieux, des organisations...) à d'autres EN non étiquetées observées dans un flux pendant la construction incrémentale du treillis. Les concepts de ce treillis sont enrichis avec les étiquettes d'EN observées dans un corpus d'apprentissage. Ces concepts et leurs étiquettes attachées sont respectivement employés pour l'annotation non supervisée et la classification supervisée des EN d'un corpus de test.

Nous avons utilisé la décomposition par séparateurs minimaux complets. Pour décomposer un graphe G, il est nécessaire de trouver les séparateurs minimaux dans le graphe triangulé H correspondant. Dans ce contexte, nos premiers efforts se sont tournés vers la détection de séparateurs minimaux dans un graphe triangulé. Nous avons défini une structure, que nous avons nommée 'atom tree'. Cette dernière est inspirée du 'clique tree' et permet d'obtenir et de représenter les atomes qui sont les produits de la décomposition. Lors de la manipulation de données à l'aide de treillis de Galois, nous avons remarqué que la décomposition par séparateurs minimaux permettait une approche de type `Diviser pour régner' pour les treillis de Galois. La détection des gènes fusionnés, qui est une étape importante pour la compréhension de l'évolution des espèces, nous a permis d'appliquer nos algorithmes de détection de séparateurs minimaux complets, qui nous a permis de détecter et regrouper de manière efficace les gènes fusionnés. Une autre application biologique fut la détection de familles de gènes d'intérêts à partir de données de niveaux d'expression de gènes. La structure de `l'atom tree' nous a permis d'avoir un bon outils de visualisation et de gérer des volumes de données importantes. / We worked on clique minimal separator decomposition. In order to compute this decomposition on a graph G we need to compute the minimal separators of its triangulation H. In this context, the first efforts were on finding a clique minimal separators in a chordal graph. We defined a structure called atom tree inspired from the clique tree to compute and represent the final products of the decomposition, called atoms. The purpose of this thesis was to apply this technique on biological data. While we were manipulating this data using Galois lattices, we noticed that the clique minimal separator decomposition allows a divide and conquer approach on Galois lattices. One biological application of this thesis was the detection of fused genes which are important evolutionary events. Using algorithms we produced in the course of along our work we implemented a program called MosaicFinder that allows an efficient detection of this fusion event and their pooling. Another biological application was the extraction of genes of interest using expression level data. The atom tree structure allowed us to have a good visualization of the data and to be able to compute large datasets.