Identifica biotipos de Yersinia ruckeri aisladas en truchas arco iris (Oncorhynchus mykiss) procedentes de dos piscigranjas de la región Junín. Se utilizaron 30 truchas arcoíris (Oncorhynchus mykiss) en etapa juvenil por cada piscigranja. Una de las piscigranjas estuvo ubicada en la provincia de Concepción y la otra en el distrito de Molinos, en la provincia de Jauja. Los peces colectados presentaron signos generales de enfermedad. Se realizó la necropsia y se colectaron muestras de riñón y bazo para el estudio bacteriológico, mediante hisopados mantenidos en medio de transporte Stuart. Posteriormente los hisopos fueron cultivados en medio TSA (agar tripticasa soja) e incubados a 22°C por 24-48 horas. Se seleccionaron las colonias que eran similares a las descritas para Yersinia ruckeri, y se realizó la identificación mediante pruebas bioquímicas utilizando un perfil de 15 reacciones. Para la identificación del biotipo de Yersinia ruckeri se basó en la motilidad y la hidrólisis del Tween 20 y del Tween 80. El biotipo 1 es motil e hidroliza el Tween 20 y el Tween 80 y el biotipo 2 es no motil y no hidroliza el Tween 20 ni el Tween 80. Se obtuvieron cepas de Y. ruckeri biotipo 1 en las dos piscigranjas en estudio y la presencia de Yersinia ruckeri biotipo 2 solo en la piscigranja del distrito de Molinos. / Tesis

El objetivo del presente trabajo fue el determinar la presencia del agente Yersinia ruckeri en la piscigranja “El Edén” y el de identificar y clasificar las lesiones anátomo histopatológicas en tejidos de trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss) de la piscigranja “El Edén”, ubicada en la provincia Concepción a 3400 m.s.n.m. en la Región Junín. A partir de los órganos cultivados se logro aislar 11 cepas Gram negativas, 9 cepas perteneciente a las enterobacterias, de las cuales 3 fueron aracterizadas mediante pruebas bioquímicas como Yersinia ruckeri y fueron similares a las reportadas por primera vez en Idaho. Como lesiones macroscópicas se pudo observar exoftalmia unilateral 8/30 (26.66%), melanosis 4/30 (13.33%), hígado pálido 18/30 (60.00%), hígado congestionado 3/30 (10.00%), hígado con petequias 15/30 (30.00%), branquias pálidas 4/30 (13.33%), branquias hiperemicas 9/30 (30%) y del estudio hiatopatologico se evidenció congestion en bazo 14/30 (46.66%), hiperplasia del ápice de las branquias 12/30 (40.00%), hiperplasia de vellosidades del ciego 5/30 (16.66%), esporas de ictiofonus en corazón 6/30 (20.00%), necrosis en mucosa estómago 4/30 (13.33%), congestión hepática 4/30 (13.33%), hiperplasia en mucosa del intestino delgado 9/30 (38.88%) y regeneración tubular renal 9/30 (30%). Se aislaron cepas de Y. ruckeri y las lesiones en tejidos son compatibles con su infección sin embargo la frecuencia de su aislamiento es baja y existen otras bacterias diferentes a las enterobacterias que han sido aisladas incluyendo bacteria Gram positivas y que no sabemos que rol cumplen en la enfermedad de la trucha arcoíris. Palabras clave: Yersinia ruckeri, anátomo histopatológico, trucha arcoíris, enfermedad de la “boca roja entérica”. / The aim of this study was to determine the presence of the agent Yersinia ruckeri in fish farm "Eden" and to identify and classify anatomical histopathological lesions in tissues of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) of fish farm "El Eden" located Conception in the province at 3400 m. in Junín region. From the cultured organs was isolated 11 strains gram negative, 9 strains belonging to the Enterobacteriaceae, of which 3 were characterized by biochemical tests as Yersinia ruckeri and were similar to those reported for the first time in Idaho. As was observed macroscopic lesions unilateral exophthalmos 8/30 (26.66%), melanosis 4/30 (13.33%), liver pale 18/30 (60.00%), liver congested 3/30 (10.00%), liver petechiae 15 / 30 (30.00%), pale gills 4/30 (13.33%), gills hyperemic 9/30 (30%) and the study evidenced hiatopatologico spleen congestion in 14/30 (46.66%), hyperplasia of the apex of the gills 12 / 30 (40.00%), cecal villus hyperplasia 5/30 (16.66%), heart spores ictiofonus in 6/30 (20.00%), stomach mucosa necrosis in 4/30 (13.33%), hepatic congestion 4/30 ( 13.33%), hyperplasia in the small intestinal mucosa 9/30 (38.88%) and renal tubular regeneration 9/30 (30%). Strains were isolated from Y. ruckeri and tissue injuries are consistent with infection however the frequency of isolation is low and there are different from other bacteria that have been isolated Enterobacteriaceae bacteria including Gram positive and do not know what role they play in disease of rainbow trout. Keywords: Yersinia ruckeri, anatomical and histopathological, rainbow trout, disease of “enteric red mouth” / Tesis

Busca la detección del EHNv en truchas de piscigranjas de las regiones de Áncash, Junín y Huancavelica. Se muestrearon 111 peces enfermos con sintomatologías del proceso viral, tomando la estimación del tamaño muestral en función de la prevalencia a detectar y el tamaño del lote de la OIE estimando una prevalencia del 5%. Se tomaron muestras de hígado, bazo y riñón anterior, los cuales fueron conservados a -196°C. Las muestras de cada tejido fueron procesadas para la extracción del ADN viral, el cual sirvió de molde para realizar el PCR utilizando los cebadores MCP-1 en la metodología propuesta por la OIE y con el kit comercial “Vet PCR TM EHNV Detection Kit”. No se detectó el ADN viral en las muestras trabajadas, indicando que la prevalencia del virus es menor al 5% o no está presente en las piscigranjas muestreadas. Si bien no se encontró la presencia del agente en las piscigranjas estudiadas, esta investigación ha significado el inicio de investigaciones que buscan establecer las epidemiologías de los agentes virales reportables a nivel internacional y que afectan el comercio internacional de los peces y sus productos. / Tesis

La acuicultura es una de las áreas de mayor prioridad para el desarrollo de nuestro país, sin embargo, existen muchos aspectos en los cuales no se ha investigado y otros en los que se está iniciando, como es el caso del uso de inmunoestimulantes para lograr mejores resultados en la producción de algunas especies de importancia económica. Uno de los inmunoestimulantes investigados en peces dulceacuícolas es la quitina, que administrada como suplemento dietético potencia la respuesta inmune previniéndoles del ataque de agentes patógenos como Flavobacterium psychrophilum. El objetivo de la investigación fue evaluar la actividad inmunoestimulante de la quitina, administrada por vía oral a juveniles de trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss) en condiciones de inmunocompetencia e inmunosupresión y posteriormente desafiados con la cepa estándar F. psychrophilum 1947T causante de la “enfermedad del agua fría”. Para demostrar los efectos de la quitina se evaluaron parámetros de la inmunidad innata celular (actividad fagocitaria y producción de óxido nítrico) y humoral (complemento por vía alternativa y lisozima sérica). Además, se determinó el tiempo necesario de tratamiento con quitina para lograr una adecuada inmunoestimulación. Las truchas fueron alimentadas con pienso suplementado con quitina y sin ella (n=20 en cada caso) durante 2 y 4 semanas. La quitina se incorporó a la dosis de 100g/Kg de alimento, el mismo que fue suministrado a la proporción del 1% de la biomasa. Luego del tratamiento los dos grupos fueron inmunosuprimidos con ciclofosfamida y desafiados por vía intramuscular. Se concluye que existe una mejora significativa en la producción de óxido nítrico y la actividad de lisozima sérica de los peces inmunosuprimidos y tratados con quitina en comparación con los peces inmunocompetentes y los no tratados. El complemento por vía alternativa y la actividad fagocitaria in vitro no mostraron variaciones significativas para ambos grupos desde las dos semanas de tratamiento. / The aquaculture is a field major priority than other for the development in our country; however, there exist many aspects in which it has not been investigated and others in which is beginning, as is the case of the use of immunoestimulants for to achieve better results in the production of the many species from economic importance. One of the stimulants investigated in other species of fish is the chitin that administered as dietary supplement enhances the immune response, providing them of the assault of pathogenic agents as Flavobacterium psychrophilum. The aim of the investigation was to evaluate immunostimulant activity of chitin administered by oral route to rainbow trout’s youths (Oncorhynchus mykiss) in immunocompetent and immunosupressed conditions e infected with a test strain, Flavobacterium psychrophilum 1947T, causing of the “cold water disease”. To demonstrate the immunostimulating with chitin there were evaluated parameters of the cellular (phagocytary activity and production of nitric oxide) and humoral (complement’s activity by alternative route and lysozyme serum’s) innate immunity. In addition it decided the necessary time of treatment with the immunostimulant to achieve the suitable one immunostimulation. Trouts were fed by pienso with and without chitin (n=20 in each case) for 2 and 4 weeks. The chitin was added to the dose of 100g/Kg of food and was supplied a proportion of 1% of biomass. Immediately of treatment both groups were immunosupressed with ciclophosphamide and infected by intramuscular route. I concluded that there exists a significant improvement of the production of nitric oxide and lysozyme serum’s activity in the immunosupressed fishes and treated with chitin in comparison with the immunocompetents fishes and not treated. The complement by alternative route and in vitro phagocytary activity did not show significant variations for both groups from two weeks of treatment.

La acuicultura es una de las áreas de mayor prioridad para el desarrollo de nuestro país, sin embargo, existen muchos aspectos en los cuales no se ha investigado y otros en los que se está iniciando, como es el caso del uso de inmunoestimulantes para lograr mejores resultados en la producción de algunas especies de importancia económica. Uno de los inmunoestimulantes investigados en peces dulceacuícolas es la quitina, que administrada como suplemento dietético potencia la respuesta inmune previniéndoles del ataque de agentes patógenos como Flavobacterium psychrophilum. El objetivo de la investigación fue evaluar la actividad inmunoestimulante de la quitina, administrada por vía oral a juveniles de trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss) en condiciones de inmunocompetencia e inmunosupresión y posteriormente desafiados con la cepa estándar F. psychrophilum 1947T causante de la “enfermedad del agua fría”. Para demostrar los efectos de la quitina se evaluaron parámetros de la inmunidad innata celular (actividad fagocitaria y producción de óxido nítrico) y humoral (complemento por vía alternativa y lisozima sérica). Además, se determinó el tiempo necesario de tratamiento con quitina para lograr una adecuada inmunoestimulación. Las truchas fueron alimentadas con pienso suplementado con quitina y sin ella (n=20 en cada caso) durante 2 y 4 semanas. La quitina se incorporó a la dosis de 100g/Kg de alimento, el mismo que fue suministrado a la proporción del 1% de la biomasa. Luego del tratamiento los dos grupos fueron inmunosuprimidos con ciclofosfamida y desafiados por vía intramuscular. Se concluye que existe una mejora significativa en la producción de óxido nítrico y la actividad de lisozima sérica de los peces inmunosuprimidos y tratados con quitina en comparación con los peces inmunocompetentes y los no tratados. El complemento por vía alternativa y la actividad fagocitaria in vitro no mostraron variaciones significativas para ambos grupos desde las dos semanas de tratamiento. / The aquaculture is a field major priority than other for the development in our country; however, there exist many aspects in which it has not been investigated and others in which is beginning, as is the case of the use of immunoestimulants for to achieve better results in the production of the many species from economic importance. One of the stimulants investigated in other species of fish is the chitin that administered as dietary supplement enhances the immune response, providing them of the assault of pathogenic agents as Flavobacterium psychrophilum. The aim of the investigation was to evaluate immunostimulant activity of chitin administered by oral route to rainbow trout’s youths (Oncorhynchus mykiss) in immunocompetent and immunosupressed conditions e infected with a test strain, Flavobacterium psychrophilum 1947T, causing of the “cold water disease”. To demonstrate the immunostimulating with chitin there were evaluated parameters of the cellular (phagocytary activity and production of nitric oxide) and humoral (complement’s activity by alternative route and lysozyme serum’s) innate immunity. In addition it decided the necessary time of treatment with the immunostimulant to achieve the suitable one immunostimulation. Trouts were fed by pienso with and without chitin (n=20 in each case) for 2 and 4 weeks. The chitin was added to the dose of 100g/Kg of food and was supplied a proportion of 1% of biomass. Immediately of treatment both groups were immunosupressed with ciclophosphamide and infected by intramuscular route. I concluded that there exists a significant improvement of the production of nitric oxide and lysozyme serum’s activity in the immunosupressed fishes and treated with chitin in comparison with the immunocompetents fishes and not treated. The complement by alternative route and in vitro phagocytary activity did not show significant variations for both groups from two weeks of treatment.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario. Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias / La necrosis pancreática infecciosa es una enfermedad que afecta principalmente a los peces salmónidos, generando un impacto a nivel mundial por las mortalidades y las pérdidas económicas. El agente responsable de esta enfermedad es un virus RNA doble hebra que posee dos segmentos; el segmento A que codifica para una poliproteína que posteriormente a origen a las proteínas de la cápside viral VP2 y VP3. El segmento B codifica para la proteína VP1, que es un RNA polimerasa RNA dependiente. El alto peso molecular de VP1 sugiere que esta podría ser una proteína altamente inmunogénica y por lo tanto un buen candidato para el diseño de vacunas recombinantes. Con el objetivo de evaluar sus propiedades inmunogénicas, VP1 fue expresada en Escherichia coli, utilizando el vector de expresión pET21a/VP1, y purificada bajo condiciones desnaturantes. Se inmunizaron truchas arcoíris con VP1 y se analizó la respuesta linfocitaria, a través de ensayos de proliferación y análisis de transcritos mediante qRT-PCR. VP1r indujo un aumento en la expresión transcripcional de IFNγ, IL-12, T-bet e IL-4/13 A de los órganos linfoides de la trucha, además indujo proliferación en ensayos de re-estimulación in vitro. Estos resultados sugieren que VP1r es una proteína que induce una respuesta linfocitaria tipo Th1 y Th2 / Infectious pancreatic necrosis is a disease that mainly affects salmonid fish, generating a global impact due to mortalities and economic losses. The agent responsible for this disease is a double-stranded RNA virus that has two segments; segment A that codes for a polyprotein that subsequently originates the viral capsid proteins VP2 and VP3. Segment B encodes VP1 protein, which is an RNA-dependent RNA polymerase. The high molecular weight of VP1 suggests that this could be a highly immunogenic protein and therefore a good candidate for the design of recombinant vaccines. In order to evaluate its immunogenic properties, VP1r was expressed in Escherichia coli, using the expression vector pET21a / VP1, and purified under denaturing conditions. Rainbow trout were immunized with VP1r and the lymphocyte response was analyzed, through proliferation assays and transcript analysis by qRT-PCR. VP1r induced an increase in the transcriptional expression of IFNγ, IL-12, T-bet and IL-4/13 A of the lymphoid organs of the trout, and induced proliferation in vitro re-stimulation assays. These results suggest that VP1r is a protein that induces a Th1 and Th2 type lymphocyte response / Financiamiento: Proyecto Fondecyt 1161045 RCUK - Conicyt MR-N2625X1

Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias. / La necrosis pancreática infecciosa (IPN) es una enfermedad viral con un impacto negativo considerable en la acuicultura de la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss).. El objetivo del presente trabajo ha sido detectar las regiones genómicas que explican la resistencia al virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPNV) en truchas arcoíris. Un total de 2.278 peces provenientes de 58 familias de medios hermanos y hermanos completos fueron desafiados con virus lPN para inducir la enfermedad. De estos fueron genotipados 768 peces: 488 resistentes y 280 susceptibles. Para el genotipado se utilizó un microarreglo Axiom®, Affymetrix® de 57 mil marcadores de tipo polimorfismo de nucleótido único (SNP). Se realizó un análisis de asociación de genoma completo utilizando los datos fenotípicos y genotípicos de los peces desafiados. Se utilizaron modelos de regresión lineal y regresión logística. La heredabilidad para la resistencia al virus IPN calculada con información de pedigrí para el rasgo tiempo de muerte fue 0,39 y para el rasgo de supervivencia binaria fue 0,32, y usando información genómica fue de 0,46 y 0,45, respectivamente. El análisis de asociación indicó que la resistencia al virus IPN es un rasgo Oligogénico. Se detectó un SNP asociado de forma significativa al rasgo tiempo de muerte en el cromosoma 5. La proporción de la varianza fenotípica y heredabilidad explicada por este marcador fue de 0,035 y 0,076, respectivamente. El Sentrin-specific protease 5 (SENP5) podría ser un gen candidato implicado en la resistencia frente a este patógeno por encontrarse en las cercanías del SNP significativo. Debido a la reducida proporción de la varianza fenotípica explicada por el marcador detectado, concluimos que la incorporación de toda la información genómica, a través de la selección genómica, podría ser el enfoque más adecuado para acelerar el progreso genético en el mejoramiento de la resistencia frente al virus IPN en trucha arcoíris. / Infectious pancreatic necrosis (IPN) is a viral disease with a considerable negative impact on rainbow trout aquaculture. The objective of the present work was to detect the genomic regions that explain the resistance to infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). A total of 2,278 fishes from 58 families of complete siblings were challenged with lPN virus to induce the disease. A total of 768 fishes, 488 resistant and 280 susceptible, were genotyped with an Axiom® microarray, Affymetrix® of 57,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. A complete genome association analysis was performed using the phenotypic and genotypic data of the challenged fishes. Linear regression and logistic regression models were used. The heritability for IPN virus resistance calculated with pedigree information for time of death trait was 0.39 and for the binary survival trait was 0.32, and using genomic information was 0.46 and 0.45, respectively. Association analysis indicated that resistance to IPN virus is an oligogenic trait. A SNP was significantly associated with the day-of-death trait on chromosome 5. The proportion of the phenotypic variance and heritability explained by this marker was 0.035 and 0.076, respectively. Sentrin-specific protease 5 (SENP5) could be a candidate gene involved in resistance to this pathogen because it is found near to the significant SNP. Due to the reduced proportion of the phenotypic variance explained by the detected marker, we conclude that the incorporation of all genomic information, through genomic selection, could be the most appropriate approach to accelerate genetic progress in the improvement of resistance to IPN virus in rainbow trout. / Financiamiento: Proyecto CORFO-INNOVA (12PIE - 17669).

Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias / Los piojos de mar (Caligus rogercresseyi) son los ectoparásitos que causan las mayores pérdidas productivas en la industria de la acuicultura, especialmente en Chile. El salmón del Atlántico (Salmo salar) y la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) son las especies de salmónidos más susceptibles a su infestación, una situación que ha promovido la búsqueda de estrategias para resolver el problema. Este estudio tiene como objetivo determinar genes candidatos en el salmón del Atlántico y la trucha arcoíris que pueden participar en el mecanismo de resistencia contra el piojo de mar, y determinar la ortología entre los genes obtenidos en ambas especies. Para esto, 2.626 individuos de salmón del Atlántico y 2.643 de trucha arcoíris de poblaciones comerciales fueron desafiados con piojos de mar y se les realizó un genotipado con un panel de SNP 50k. Se obtuvieron heredabilidades moderadas a bajas con valores de 0,19 para S. salar y 0,08 para O. mykiss para el logaritmo de la densidad del caligus (como medida de resistencia del huésped). Mediante un estudio de asociación genómica identificamos una serie de genes presentes las regiones genómicas asociadas al carácter en ambas especies, tales como Serine/ threonine kinase y Tripartite motif-containing protein 16-like. El análisis de ortología nos permitió identificar dust8 y dust10 como genes que participan en la respuesta inmune activando los leucocitos, favoreciendo la migración, como también al receptor de ácido lisofosfatidico junto a un receptor acoplado a proteína G los cuales pertenecen a regiones sinténicas asociadas al carácter en ambas especies. Este es un primer enfoque para comprender los genes involucrados en la resistencia contra el piojo de mar utilizando genómica comparativa en salmónidos. Sin embargo, se necesitan investigaciones adicionales en ambas especies para validar los genes identificados como candidatos / Sea lice (Caligus rogercresseyi) are the ectoparasites that cause the greatest productive losses in the aquaculture industry, especially in Chile. Atlantic salmon (Salmo salar) and rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) are the salmonid species most susceptible to their infestation, a situation that has promoted the search for strategies to solve the problem. This study aims to determine candidate genes in Atlantic salmon and rainbow trout that can participate in the mechanism of resistance against sea lice, and determine the orthology between the genes obtained in both species. For this, 2,626 individuals of Atlantic salmon and 2,643 of rainbow trout from commercial populations were challenged with sea lice and genotyped with a SNP 50k panel. Moderate to low heritabilities were obtained with values of 0.19 for S. salar and 0.08 for O. mykiss for the logarithm of sea lice density (as a measure of host resistance). By means of a study of genomic association we identified a series of genes present the genomic regions associated with the character in both species, such as Serine / threonine kinase and Tripartite motif-containing protein 16-like. The orthology analysis allowed us to identify dust8 and dust10 as genes that participate in the immune response activating the leukocytes, favoring migration, as well as the lysophosphatidic acid receptor together with a G protein-coupled receptor which belong to syntenic regions associated with the character in both species. This is a first approach to understand the genes involved in resistance against sea lice using comparative genomics in salmonids. However, additional research is needed in both species to validate the genes identified as candidates / Research Council UK- CONICYT, Research Partnership Call. (MR/N026144/1)