Dans ce travail, nous analysons le concept de manipulation à travers une théorie élargie qui inclut le réalisme des entités et la théorie causale de la manipulation. Dans une seconde étape, nous appliquons cette théorie à plusieurs expériences scientifiques. Cette thèse est articulée autour de quatre parties : Dans la Partie I nous exposons le concept de manipulation. Nous examinons le réalisme structurel en mettant l’accent sur ses difficultés concernant particulièrement les incertitudes ontologiques de la physique. Cet examen du réalisme structurel nous permettra de développer un réalisme des entités qui est susceptible de constituer une alternative au réalisme structurel.La partie II est consacrée aux aspects clés du réalisme des entités, c’est-à-dire ses fondements, ses arguments ainsi qu’une définition aussi précise que possible du concept de manipulation.Dans la partie III, nous élaborons une théorie générale de la manipulation/intervention qui est basée sur le réalisme des entités et la théorie de Woodward sur l’intervention, l’invariance et la profondeur de l’explication des évènements causaux. Nous allons développer trois éléments : 1-un système des conditions de l’intervention, 2- une typologie de l’intervention, 3-l’intervention probabiliste. Ce dernier type de l’intervention est applicable à l’expérience EPR. Dans la partie IV- Nous appliquons cette théorie à cinq expériences scientifiques : l’expérience EPR, l’expérience de l’électrodynamique quantique en cavité, l’expérience sur l’effet Zeeman, l’expérience du Tevatron (collisions de protons) et la dernière est non des moindres, est une expérience d’astrophysique (ondes gravitationnelles). Dans chacune de ces expériences, notre théorie a trouvé une application réussie. Toutes les conditions de l’intervention sont applicables sur les cinq expériences et une typologie bien définie de l’intervention a été élaborée et qui met en évidence les résultats de l’intervention dans les différentes séquences de ces expériences.Par conséquent, notre théorie de la manipulation reflète une utilité authentique et réelle dans différent domaines de la physique et de l’astrophysique. Un pareil résultat est important tenant compte du rôle de la manipulation expérimentale pour la science moderne. / In this work, we analyze the concept of manipulation through a comprehensive theory which includes the entity realism and the causal theory of manipulation. At the second stage, we implement this theory to several scientific experiments. It is divided into four parts:In Part I, we will have a long journey until we will reach the true concept of manipulation. We analyze the structural realism and we explore its difficulties regarding ontological problems of physics. Our survey of structural realism enables to open a new way to developing entity realism instead of structural realism.Part II will be dedicated to the core aspect of entity realism such as its foundations, its arguments and our aim to reach a global definition of manipulation concept.In Part III I will achieve my aim which is elaborating a global theory of manipulation/intervention based on entity realism and the Woodward theory of intervention, invariance and depth explanation of causal events. We will develop three items : 1- a system of intervention conditions 2-a typology of intervention, 3-probabilistic intervention. Such type of intervention is applicable to EPR experiment. In Part IV, we implement our theory to five scientific experiments: EPR experiment, electrodynamics cavity experiment, Zeeman effect experiment, Tevatron experiment (collision of protons) and last but not least an astrophysical experiment (gravitational waves).In each case, our theory is successful. All intervention conditions are applicable to our five experiments and a well defined typology of intervention is developed based on intervention results through different stages of those experiments. Therefore, the theory of manipulation shows a real and genuine application in different domains of physics and astrophysics. Such result is important regarding the role of manipulation in modern science.