Cette thèse en sciences de gestion a pour objet de prendre la mesure du rôle du système d’information dans le déclenchement et la propagation des difficultés que rencontrent les petites et moyennes entreprises du secteur agro-alimentaire en France. Nous étudions le lien entre le désalignement des usages du système d’information et les difficultés que peuvent rencontrer les PME.Le terrain est constitué, d’un côté, par des enquêtes d’entreprises qui permettent de construire un indicateur synthétique de performances et, de l’autre côté, par l’enquête COI-TIC de 2006 dont nous obtenons quatre jeux d’indicateurs liés à l’usage du système d’information.À l’aide d’une démarche compréhensive, nous caractérisons ainsi le rôle du système d’information et son désalignement dans les dynamiques de performances. Nous montrons, au cas des PME des IAA, notamment l’importance de la coordination électronique (inter entreprise et entre les parties prenantes) et la place majeure des changements impliquant des projets informatiques. Enfin, les entreprises, quelles que soient leurs performances, rencontrent d’importantes difficultés d’appropriation des usages du système d’information. / The purpose of this thesis in management science is to assess the role of Information Systems in triggering and propagating the kind of problems faced by small and medium-sized enterprises in the food industry in France. The thesis will explore the relationship between misalignments in the uses of Information Systems and the difficulties with which SMEs are often confronted.The field of research is composed, on the one hand, of company surveys, used to elaborate a composite performance indicator, and on the other, the 2006 COI-TIC survey, from which four sets of indicators concerning the uses of Information Systems were extrapolated.Applying a comprehensive approach, the thesis defines the impact of the misalignment of Information Systems on performance dynamics. It also highlights, notably, the importance for SMEs in the food industry of IT coordination between companies and between those companies and their stakeholders, and examines the central role of changes involving IT projects. Lastly, regardless of their performances, companies face major difficulties in appropriating uses of Information Systems.