Memoria para optar al Título Profesional de: Ingeniero Agrónomo Mención: Producción Animal / El mejillón chileno o “chorito” Mytilus chilensis (Hupe, 1854) es una especie de importancia comercial que se distribuye desde Arauco (37° 14` 44.8`` S; 73° 18` 59.99`` W) a Punta Arenas (53 º09` 16.12`` S; 70º 54` 59.31`` W). A pesar de que es uno de los recursos más prometedores en acuicultura, la información sobre su diversidad genética y estructura de los stocks disponibles es limitada. La diversidad genética en este estudio fue estimada usando cinco loci microsatélites en cuatro localidades de la región de Los Lagos y una localidad en la región de Magallanes y la Antártica Chilena, junto con una muestra comercial de referencia de Mytilus galloprovincialis obtenida en Galicia, España. Previamente fue identificado género y especie de las muestras analizadas, mediante los marcadores MusRFLP y Me 15-16 RFLP respectivamente. Se obtuvo en la identificación de especie, junto a individuos Mytilus chilensis, posibles individuos híbridos de Mytilus chilensis x Mytilus trossulus y Mytilus chilensis x Mytilus galloprovincialis, lo que podría demostrar la presencia de más de un taxón en las costas del país. En relación con la estructura poblacional el Análisis factorial de correspondencia (AFC) muestra la localidad Galicia (GA) separada del resto de las localidades, corroborando que estas muestras pertenecen a una población que tiene un acervo genético distinto a las localidades Chilenas. El valor de FST global fue de 0,075 (7,5% de variación inter poblacional) indicando la baja diferenciación genética que hay en la zona bajo estudio en el Sur de Chile, pero significativamente distinta de cero sugiriendo que existe una estructura genética detectable. / The Chilean blue mussel or “chorito” Mytilus chilensis (Hupe, 1854) is a comercial importance specie that is distributed from Arauco (37° 14` 44.8`` S; 73° 18` 59.99`` W) to Punta Arenas (53 º09` 16.12`` S; 70º 54` 59.31`` W). Although it is one of the most promising resources for aquaculture the information about their genetic diversity and population structure of stocks is limited. Genetic diversity in this study was estimated using five microsatellite loci in four locations in the region of Los Lagos and one locality in the region of Magallanes y Antártica chilena along with a commercial reference sample of Mytilus galloprovinciallis obtained from Galicia, Spain. It was previously identified genus and species of the samples analyzed by the MusRFLP and ME 15 – ME 16 RFLP markers, respectively. In the identification of species along with individuals Mytilus chilensis, we detected possible hybrid individuals of Mytilus chilensis x Mytilus trossulus and Mytilus chilensis x Mytilus galloprovincialis, which is a strong evidence of the presence of more than one taxon on the Chilean coast. For population structure the Correspondency Factorial Analysis (CFA) shows the location Galicia (GA) separately from other Chilean locations, confirming that these samples belong to a population with a very different gene pool from Chilean locations. The overall FST value was 0.075 (7.5% of inter population variation) indicating low genetic differentiation is in the area under study in southern Chile, but significantly different from zero suggesting a detectable genetic structure.