O melhoramento genético vegetal visa a obtenção de novos genótipos que representem algum tipo de ganho comparado aos genótipos em uso pelos agricultores. Para verificar se este objetivo está sendo alcançado, é necessário avaliar o desempenho do programa de melhoramento. Visando quantificar o progresso genético do programa da Embrapa para melhoramento de algodoeiro (Gossypium hirsutum L.) para as condições do estado de Mato Grosso, foram avaliados os dados de 12 anos de pesquisa para os caracteres produtividade de caroço (Kg/ha) e rendimento de fibra (%). Foram utilizadas três metodologias, sendo uma baseada em contrastes entre genótipos comuns em anos consecutivos (metodologia de Vencovsky et al., 1986) (VE), e duas baseadas em regressão linear de médias ajustadas (metodologias de Breseguello, 1998 e de Fonseca Júnior, 1997, respectivamente BR e FJ). Apenas as metodologias de regressão apresentaram estimativas significativas para o progresso genético. Para produtividade (Kg/ha), o progresso genético médio anual obtido pelas metodologias BR e FJ foram respectivamente 3,93% e 3,63%. Já para o caráter rendimento de fibra (%), o progresso genético médio anual para as mesmas metodologias foi respectivamente 0,96% e 1,03%. Os genótipos que apresentaram maior contribuição ao progresso genético para produtividade e rendimento de fibra foram respectivamente a linhagem FMTB 99-03 e a cultivar BRS Cedro. A taxa de substituição de genótipos calculada foi de 55,92%. Com base nos dados obtidos nesta pesquisa, pode-se concluir que após 12 anos de pesquisa no estado de Mato Grosso, o melhoramento genético da Embrapa algodão produziu resultados positivos e significativos, refletido nas estimativas de ganho genético médio. / The main objective of a breeding program is the development of new cultivars, with presents some genetic gain when compared with obsoletes cultivars, allowing farmers to increase their net income. In order to evaluate the performance of genotypes developed by EMBRAPA Cotton Breeding Program carried out in Mato Grosso State, the genetic gain was estimated for yield and lint percent based on 12 years of data set. Three methods were considered for estimation of genetic gain, one based on contrasts among common genotypes (Vencovsky et al., 1986) (VE); and two based on regression of adjusted mean {Breseguello et al., 1998 (BR) and Fonseca Júnior, 1997 (FJ)}. Estimates of genetic gain were positive and significant for the two methods based on regression. The average genetic gain estimated to yield by BR and FJ methods were respectively 3.93% and 3.63%. For lint percent, the average genetic gain estimated by the same methods were 0.96% and 1.03%, respectively. The Genotypes FMTB 99-03 and BRS CEDRO provided the maximum contribution to yield and lint percent, respectively. From the results above and after 12 years of research, it was concluded that Embrapa cotton breeding program in Mato Grosso State achieved positive and significant results which were reflected in a high average of genetic gain estimates.