Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El virus influenza A (IAV) de origen porcino posee gran importancia en salud pública y salud animal. IAV posee gran variabilidad genética y antigénica, lo cual es muy importante dentro de su patogenia. Este estudio consistió en determinar la variabilidad genética del gen de la neuraminidasa (NA) en virus aislados de planteles porcinos de producción intensiva entre los años 2013 y 2014. Para esto, se analizaron 1167 muestras desde 25 granjas mediante aislamiento viral, RT-PCR en tiempo real y secuenciación por Next Generation Sequencing, obteniéndose 41 secuencias genómicas de NA pertenecientes al 50% de las empresas muestreadas. Se determinó la presencia de los subtipos H1N1, H1N2 y H3N2 circulando en los planteles chilenos, específicamente en la Región de Valparaíso, Región Metropolitana, Región del Libertador General Bernardo O’Higgins, Región del Maule y Región del Biobío, confirmando la gran diseminación de IAV en porcinos de Chile. Del total de secuencias de NA, 17 correspondieron a N1, las que fueron agrupadas dentro del clúster N1 pandémico, evidenciando múltiples introducciones del virus a la especie porcina. Por otro lado, 24 secuencias correspondieron a N2. La mayoría de éstas se agruparon en un clúster monofilético, que fue designado como “N2 chileno”, el cual resultó ser distinto a aquellos encontrados en otros países y evidenciaban una introducción única a la población de cerdos chilenos. Se observó también la presencia de distintas variantes virales dentro de una misma empresa y la presencia de una misma variante en empresas distintas. Estos resultados permitieron conocer la realidad de IAV y específicamente la diversidad de NA. / Swine origin influenza A virus (IAV) is an important concern in both public and animal health. IAVs have shown high genetic and antigenic diversity, which is very important for the viral pathogenesis. The aim of this study was to determine the neuraminidase gene (NA) genetic variability in IAVs obtained from intensive swine farms, during 2013 to 2014. One thousand one hundred sixty-seven samples from 25 swine farms were tested by viral isolation, real time RT-PCR and sequenced by Next Generation Sequencing. A total of 41 NA sequences were obtained, representing 50% of the swine farms in study. H1N1, H1N2 and H3N2 subtypes were detected in Valparaíso, Metropolitan, Libertador General Bernardo O´Higgins, Maule and Biobío Regions, confirming the wide spreading of IAV in intensive swine farms in Chile. Seventeen viral sequences belonged to N1 subtype. All of them were grouped into the pandemic N1 cluster, and the tree topology suggests multiple introductions of the virus into swine population. The rest of the sequences belonged to N2 subtype. Most of them were grouped into a monophyletic cluster, named “Chilean N2”. This cluster was not close related with viruses previously described, suggesting a unique introduction into the swine population. At farm level, was observed the presence of more than one IAV variant and the presence of a determined variant circulating in several farms. These results could help to understand the influenza A virus dynamic in swine in Chile. / Financiamiento: Proyecto Fondef ID14I10201.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El virus influenza A (FLUAV) ha sido ampliamente estudiado debido a su gran importancia en salud pública y animal. Una de las razones de esto es su gran variabilidad genética otorgada en gran medida por el proceso de reassorment o reordenamiento genético. Este estudio consistió en la determinación de la diversidad genética de los genes que componen el complejo polimerasa del virus, es decir, los genes que codifican para la polimerasa básica 2 (PB2), la polimerasa básica 1 (PB1) y la polimerasa ácida (PA) de virus aislados de planteles porcinos de producción intensiva en Chile y evidenciar procesos de reordenamientos genéticos independientes de dichos genes. Para esto, se analizaron 2824 muestras desde 33 planteles porcinos mediante diagnóstico viral por RT-PCR en tiempo real, aislamiento viral, amplificación de segmentos virales por RT-PCR multisegmento y secuenciación por Illumina. Se obtuvieron un total de 89 secuencias genómicas de PB2 y 92 tanto de PB1 como de PA. Luego se realizó un análisis filogenético con estas secuencias nucleotídicas, más secuencias de referencia mediante el método Maximum likelihood. Todas las secuencias para los tres genes estudiados pertenecen al linaje pandémico del 2009. Se constató además la presencia de reordenamientos de estos genes en aproximadamente un 35% de los casos. Estos resultados permitieron conocer sobre la diversidad genética de los genes que componen el complejo polimerasa de FLUAV en Chile y pesquisar fenómenos de reordenamientos de estos. Además, permitieron evidenciar posibles quiebres de bioseguridad en parte de las producciones porcinas intensivas en Chile, debido a las relaciones filogenéticas encontradas entre virus de diferentes planteles. Futuros estudios son necesarios para confirmar y entender estos hallazgos / The influenza A virus (FLUAV) has been extensively studied for the importance in public and animal health. The virus presented high genetic diversity, due to in part, by the reassortment events. The aim of this study it was to determinate the genetic diversity of the segments 1 (PB2), 2 (PB1) and 3 (PA) of FLUAV isolated from swine in intensive production farms in Chile and too evidence reassortment events in these genes. For this, 2824 samples were collected from 33 pig farms. Real time RT-PCR, viral isolation, and full genome sequencing were performed. A total of 89 genomic sequences of PB2 and 92 genomic sequences for PB1 and PA were obtained. Using phylogeny, we determinate that all segment belonged into the pandemic 09 cluster. The results suggest reassortment events of these genes in approximately 35% of the cases. This is the first study about the genetic diversity of the PB2, PB1 and PA, internal genes and to evidence reassortment events of them in swine population. In addition, the phylogeny suggests direct or indirect transmission between farms. Further studies are needed to better understand the viral dynamic of polymerase genes / FONDECYT 11170877 y ANILLO ACT 1408