Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El virus influenza A (IAV) de origen porcino posee gran importancia en salud pública y salud animal. IAV posee gran variabilidad genética y antigénica, lo cual es muy importante dentro de su patogenia. Este estudio consistió en determinar la variabilidad genética del gen de la neuraminidasa (NA) en virus aislados de planteles porcinos de producción intensiva entre los años 2013 y 2014. Para esto, se analizaron 1167 muestras desde 25 granjas mediante aislamiento viral, RT-PCR en tiempo real y secuenciación por Next Generation Sequencing, obteniéndose 41 secuencias genómicas de NA pertenecientes al 50% de las empresas muestreadas. Se determinó la presencia de los subtipos H1N1, H1N2 y H3N2 circulando en los planteles chilenos, específicamente en la Región de Valparaíso, Región Metropolitana, Región del Libertador General Bernardo O’Higgins, Región del Maule y Región del Biobío, confirmando la gran diseminación de IAV en porcinos de Chile. Del total de secuencias de NA, 17 correspondieron a N1, las que fueron agrupadas dentro del clúster N1 pandémico, evidenciando múltiples introducciones del virus a la especie porcina. Por otro lado, 24 secuencias correspondieron a N2. La mayoría de éstas se agruparon en un clúster monofilético, que fue designado como “N2 chileno”, el cual resultó ser distinto a aquellos encontrados en otros países y evidenciaban una introducción única a la población de cerdos chilenos. Se observó también la presencia de distintas variantes virales dentro de una misma empresa y la presencia de una misma variante en empresas distintas. Estos resultados permitieron conocer la realidad de IAV y específicamente la diversidad de NA. / Swine origin influenza A virus (IAV) is an important concern in both public and animal health. IAVs have shown high genetic and antigenic diversity, which is very important for the viral pathogenesis. The aim of this study was to determine the neuraminidase gene (NA) genetic variability in IAVs obtained from intensive swine farms, during 2013 to 2014. One thousand one hundred sixty-seven samples from 25 swine farms were tested by viral isolation, real time RT-PCR and sequenced by Next Generation Sequencing. A total of 41 NA sequences were obtained, representing 50% of the swine farms in study. H1N1, H1N2 and H3N2 subtypes were detected in Valparaíso, Metropolitan, Libertador General Bernardo O´Higgins, Maule and Biobío Regions, confirming the wide spreading of IAV in intensive swine farms in Chile. Seventeen viral sequences belonged to N1 subtype. All of them were grouped into the pandemic N1 cluster, and the tree topology suggests multiple introductions of the virus into swine population. The rest of the sequences belonged to N2 subtype. Most of them were grouped into a monophyletic cluster, named “Chilean N2”. This cluster was not close related with viruses previously described, suggesting a unique introduction into the swine population. At farm level, was observed the presence of more than one IAV variant and the presence of a determined variant circulating in several farms. These results could help to understand the influenza A virus dynamic in swine in Chile. / Financiamiento: Proyecto Fondef ID14I10201.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El virus influenza A (FLUAV) ha sido ampliamente estudiado debido a su gran importancia en salud pública y animal. Una de las razones de esto es su gran variabilidad genética otorgada en gran medida por el proceso de reassorment o reordenamiento genético. Este estudio consistió en la determinación de la diversidad genética de los genes que componen el complejo polimerasa del virus, es decir, los genes que codifican para la polimerasa básica 2 (PB2), la polimerasa básica 1 (PB1) y la polimerasa ácida (PA) de virus aislados de planteles porcinos de producción intensiva en Chile y evidenciar procesos de reordenamientos genéticos independientes de dichos genes. Para esto, se analizaron 2824 muestras desde 33 planteles porcinos mediante diagnóstico viral por RT-PCR en tiempo real, aislamiento viral, amplificación de segmentos virales por RT-PCR multisegmento y secuenciación por Illumina. Se obtuvieron un total de 89 secuencias genómicas de PB2 y 92 tanto de PB1 como de PA. Luego se realizó un análisis filogenético con estas secuencias nucleotídicas, más secuencias de referencia mediante el método Maximum likelihood. Todas las secuencias para los tres genes estudiados pertenecen al linaje pandémico del 2009. Se constató además la presencia de reordenamientos de estos genes en aproximadamente un 35% de los casos. Estos resultados permitieron conocer sobre la diversidad genética de los genes que componen el complejo polimerasa de FLUAV en Chile y pesquisar fenómenos de reordenamientos de estos. Además, permitieron evidenciar posibles quiebres de bioseguridad en parte de las producciones porcinas intensivas en Chile, debido a las relaciones filogenéticas encontradas entre virus de diferentes planteles. Futuros estudios son necesarios para confirmar y entender estos hallazgos / The influenza A virus (FLUAV) has been extensively studied for the importance in public and animal health. The virus presented high genetic diversity, due to in part, by the reassortment events. The aim of this study it was to determinate the genetic diversity of the segments 1 (PB2), 2 (PB1) and 3 (PA) of FLUAV isolated from swine in intensive production farms in Chile and too evidence reassortment events in these genes. For this, 2824 samples were collected from 33 pig farms. Real time RT-PCR, viral isolation, and full genome sequencing were performed. A total of 89 genomic sequences of PB2 and 92 genomic sequences for PB1 and PA were obtained. Using phylogeny, we determinate that all segment belonged into the pandemic 09 cluster. The results suggest reassortment events of these genes in approximately 35% of the cases. This is the first study about the genetic diversity of the PB2, PB1 and PA, internal genes and to evidence reassortment events of them in swine population. In addition, the phylogeny suggests direct or indirect transmission between farms. Further studies are needed to better understand the viral dynamic of polymerase genes / FONDECYT 11170877 y ANILLO ACT 1408

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El virus de la influenza porcina o SIV (Swine Influenza Virus), es un patógeno que afecta el sistema respiratorio y produce una de las enfermedades más prevalentes a nivel de industria porcina. Está distribuido en todo el mundo y genera importantes pérdidas económicas. Además, SIV se considera un patógeno zoonótico con potencial pandémico. A partir del brote de influenza humana A H1N1 ocurrida el año 2009, ha surgido la necesidad de conocer y entender las dinámicas de evolución y transmisión de este virus, para beneficio de la salud humana y animal. Realizar un estudio en Chile adquiere especial relevancia, ya que se necesita conocer la realidad actual de SIV en los planteles de producción intensiva de cerdos. El presente estudio tiene como objetivo detectar y aislar virus de Influenza A en la población de cerdos de la zona central de Chile, territorio en donde se concentra la gran mayoría de los planteles de producción intensiva. Para esto se obtuvieron muestras de hisopos nasales y fluidos orales desde 6 granjas ubicadas en esta zona (regiones V, RM, VI y VII) entre el año 2014-2015 en distintas épocas del año. Se utilizó RT-PCR en tiempo real para detectar el virus y se aisló mediante cultivo celular usando células MDCK. Los resultados obtenidos demostraron la presencia del virus en todos los planteles muestreados. Hubo al menos dos muestras positivas a RT-PCR en tiempo real por granja. De las muestras sometidas a RT-PCR en tiempo real un 22,26% de ellas fueron positivas. Además se lograron aislar con éxito un total de 20 virus desde hisopos nasales y 2 desde fluidos orales, que corresponden a un 8,30% de las muestras obtenidas. Estos resultados indican que SIV es un patógeno frecuentemente encontrado en planteles de producción intensiva en Chile y altamente distribuido a nivel geográfico (desde la V a la VII región), por tanto podría considerarse endémico. / Swine Influenza virus (SIV) is an important respiratory pathogen in intensive pig population, generating significant economic losses for the industry. Also, SIV is a zoonotic pathogen with pandemic potential. Since the 2009 human pandemic caused by a swine origin Influenza virus H1N1, the concern about this pathogen in pigs has been increased. Then, is urgent to understand the dynamics of evolution and transmission of this virus, for animal and public health. The information about SIV in Chile is scarce; therefore any effort to understand or evidence SIV in the country is highly valuable. The aim of this study was the detection and isolation of SIV in intensive swine farms in central Chile, place where most of the pig are raising. Nasal swabs and oral fluids were collected from six farms (V, RM, VI and VII Regions) during 2014-2015 at different seasons through the year. Samples were tested by real time RT-PCR and virus isolation was attempted in canine kidney cells (MDCK). The results showed the presence of SIV in all farms tested. At least 2 samples per farm tested positive by real time RT-PCR. Overall results by real time RT-PCR have shown a 22.3% positive samples. Also, virus isolation was succeeding in 20 nasal swabs and 2 oral fluids, corresponding to 8.30% of the samples collected. Results indicate that SIV is widespread in pig population in the region can be considered endemic. / Financiamiento: Proyecto Aislamiento, diagnóstico y caracterización de virus influenza A en producción intensiva porcina nacional, 2014 Zoetis-Favet Etapa 1.