Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El virus influenza A (IAV) de origen porcino posee gran importancia en salud pública y salud animal. IAV posee gran variabilidad genética y antigénica, lo cual es muy importante dentro de su patogenia. Este estudio consistió en determinar la variabilidad genética del gen de la neuraminidasa (NA) en virus aislados de planteles porcinos de producción intensiva entre los años 2013 y 2014. Para esto, se analizaron 1167 muestras desde 25 granjas mediante aislamiento viral, RT-PCR en tiempo real y secuenciación por Next Generation Sequencing, obteniéndose 41 secuencias genómicas de NA pertenecientes al 50% de las empresas muestreadas. Se determinó la presencia de los subtipos H1N1, H1N2 y H3N2 circulando en los planteles chilenos, específicamente en la Región de Valparaíso, Región Metropolitana, Región del Libertador General Bernardo O’Higgins, Región del Maule y Región del Biobío, confirmando la gran diseminación de IAV en porcinos de Chile. Del total de secuencias de NA, 17 correspondieron a N1, las que fueron agrupadas dentro del clúster N1 pandémico, evidenciando múltiples introducciones del virus a la especie porcina. Por otro lado, 24 secuencias correspondieron a N2. La mayoría de éstas se agruparon en un clúster monofilético, que fue designado como “N2 chileno”, el cual resultó ser distinto a aquellos encontrados en otros países y evidenciaban una introducción única a la población de cerdos chilenos. Se observó también la presencia de distintas variantes virales dentro de una misma empresa y la presencia de una misma variante en empresas distintas. Estos resultados permitieron conocer la realidad de IAV y específicamente la diversidad de NA. / Swine origin influenza A virus (IAV) is an important concern in both public and animal health. IAVs have shown high genetic and antigenic diversity, which is very important for the viral pathogenesis. The aim of this study was to determine the neuraminidase gene (NA) genetic variability in IAVs obtained from intensive swine farms, during 2013 to 2014. One thousand one hundred sixty-seven samples from 25 swine farms were tested by viral isolation, real time RT-PCR and sequenced by Next Generation Sequencing. A total of 41 NA sequences were obtained, representing 50% of the swine farms in study. H1N1, H1N2 and H3N2 subtypes were detected in Valparaíso, Metropolitan, Libertador General Bernardo O´Higgins, Maule and Biobío Regions, confirming the wide spreading of IAV in intensive swine farms in Chile. Seventeen viral sequences belonged to N1 subtype. All of them were grouped into the pandemic N1 cluster, and the tree topology suggests multiple introductions of the virus into swine population. The rest of the sequences belonged to N2 subtype. Most of them were grouped into a monophyletic cluster, named “Chilean N2”. This cluster was not close related with viruses previously described, suggesting a unique introduction into the swine population. At farm level, was observed the presence of more than one IAV variant and the presence of a determined variant circulating in several farms. These results could help to understand the influenza A virus dynamic in swine in Chile. / Financiamiento: Proyecto Fondef ID14I10201.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El virus influenza A (FLUAV) ha sido ampliamente estudiado debido a su gran importancia en salud pública y animal. Una de las razones de esto es su gran variabilidad genética otorgada en gran medida por el proceso de reassorment o reordenamiento genético. Este estudio consistió en la determinación de la diversidad genética de los genes que componen el complejo polimerasa del virus, es decir, los genes que codifican para la polimerasa básica 2 (PB2), la polimerasa básica 1 (PB1) y la polimerasa ácida (PA) de virus aislados de planteles porcinos de producción intensiva en Chile y evidenciar procesos de reordenamientos genéticos independientes de dichos genes. Para esto, se analizaron 2824 muestras desde 33 planteles porcinos mediante diagnóstico viral por RT-PCR en tiempo real, aislamiento viral, amplificación de segmentos virales por RT-PCR multisegmento y secuenciación por Illumina. Se obtuvieron un total de 89 secuencias genómicas de PB2 y 92 tanto de PB1 como de PA. Luego se realizó un análisis filogenético con estas secuencias nucleotídicas, más secuencias de referencia mediante el método Maximum likelihood. Todas las secuencias para los tres genes estudiados pertenecen al linaje pandémico del 2009. Se constató además la presencia de reordenamientos de estos genes en aproximadamente un 35% de los casos. Estos resultados permitieron conocer sobre la diversidad genética de los genes que componen el complejo polimerasa de FLUAV en Chile y pesquisar fenómenos de reordenamientos de estos. Además, permitieron evidenciar posibles quiebres de bioseguridad en parte de las producciones porcinas intensivas en Chile, debido a las relaciones filogenéticas encontradas entre virus de diferentes planteles. Futuros estudios son necesarios para confirmar y entender estos hallazgos / The influenza A virus (FLUAV) has been extensively studied for the importance in public and animal health. The virus presented high genetic diversity, due to in part, by the reassortment events. The aim of this study it was to determinate the genetic diversity of the segments 1 (PB2), 2 (PB1) and 3 (PA) of FLUAV isolated from swine in intensive production farms in Chile and too evidence reassortment events in these genes. For this, 2824 samples were collected from 33 pig farms. Real time RT-PCR, viral isolation, and full genome sequencing were performed. A total of 89 genomic sequences of PB2 and 92 genomic sequences for PB1 and PA were obtained. Using phylogeny, we determinate that all segment belonged into the pandemic 09 cluster. The results suggest reassortment events of these genes in approximately 35% of the cases. This is the first study about the genetic diversity of the PB2, PB1 and PA, internal genes and to evidence reassortment events of them in swine population. In addition, the phylogeny suggests direct or indirect transmission between farms. Further studies are needed to better understand the viral dynamic of polymerase genes / FONDECYT 11170877 y ANILLO ACT 1408

Objetivos: Determinar las variables respiratorias asociadas a mortalidad en pacientes que ingresaron a la Unidad de Cuidados Intensivos de adultos del Hospital Alberto Sabogal Sologuren, Callao – Perú, ingresados desde el 1 de julio al 31 de setiembre del 2009 con síndrome de distrés respiratorio agudo debido a infección confirmada por virus de la Influenza A (H1N1). Materiales y métodos: Se realizó un estudio de serie de casos, registrándose mediciones diarias de cada una de las variables respiratorias durante los primeros 10 días que recibieron ventilación mecánica invasiva, se estableció el promedio y desviación estándar de los grupos de pacientes sobrevivientes y no sobrevivientes, luego se buscó si esta diferencia es estadísticamente significativa. Resultados: De los 10 pacientes del estudio, sobrevivieron 4; en el transcurso de los días el agravamiento de las variables que mostraron diferencia estadísticamente significativa fueron: la Presión Pico (en los días 4, 5, 6, 7, 8, 9 y 10), la Presión Plateau (en los días 4, 5, 6, 8, 9 y 10) y la Gradiente Alveolo Arterial (en los días 4, 5, 8, 9 y 10), no habiendo diferencia estadística y secuencial en las demás variables: Compliance, Pa/FiO2, pH arterial, PaO2, PaCO2, volumen tidal, volumen minuto ni con el PEEP. Conclusión: Hay diferencia significativa a partir del cuarto día y de forma secuencial en las variables Presión Pico, Presión Plateau y el Gradiente Alveolo Arterial. Recomendaciones: Al estar inmersos en una pandemia, se debe valorar la evolución de la Presión Plateau, Presión Pico y la Gradiente Alveolo Arterial para trabajar en base al pronóstico del paciente.

Thesis (Ph. D.)--University of Hong Kong, 2009. / Includes bibliographical references (leaves 174-194). Also available online.

Thesis (Ph. D.)--University of Hong Kong, 2009. / Includes bibliographical references (leaves 174-194). Also available in print.

Objetivos. Determinar las características clínicas y demográficas de la neumonía por el virus de influenza AH1N1/2009 pandémico en un hospital de referencia de Perú. Materiales y métodos. Se realizó un estudio serie de casos en niños hospitalizados por neumonía por influenza AH1N1/2009 pandémico en un hospital de referencia. Revisamos las historias clínicas entre los meses de junio a septiembre 2009. Todos los casos tuvieron confirmación virológica. Resultados. Se encontró 74 casos de neumonía por el virus de Influenza AH1N1/2009 pandémico (NVIp), de los cuales 50 tuvieron el diagnóstico de neumonía adquirida en la comunidad viral (NACv) y 24 con neumonía nosocomial viral (NNv) de los cuales 16 requirieron ventilación mecánica. Fallecieron 12, todos ellos con antecedentes de comorbilidad. Los casos NNv presentaron asociación estadística con mortalidad. En los casos NACv, los menores de 6 años representaron 72 % (36/50). La mediana de tiempo de enfermedad fue de 5 días. Los síntomas más frecuentes fueron fiebre, tos, rinorrea. Recibieron oseltamivir el 82 %. En la radiografía de tórax el 48 % de los casos presentó infiltrado en parches y el 44 % infiltrado intersticial en la radiografía de tórax. La proteína C reactiva (PCR) mayor a 10mg/L tuvo una asociación significativa con insuficiencia respiratoria (p <0,05). Conclusiones. Encontramos casos NNv quienes tuvieron mayor mortalidad, también los que presentaron el PCR elevado y los que presentaron condición preexistente. / ObjectiveTo determine the clinical and demographic characteristics of pneumonia with influenza virus AH1N1/2009 pandemic at the National Institute of Child. Methods. Retrospective case series in children hospitalized for influenza pneumonia pandemic AH1N1/2009 in a pediatric hospital. Reviewed the medical records between the months of June to September 2009. All cases had virological confirmation, we describe the clinical characteristics and conditions of severity. Results. A total of 74 children of pneumonia with influenza virus AH1N1/2009 pandemic (NVIp), of those 50 were community acquire pneumonia viral (NACv) and 24 pneumonia nosocomial viral (NNv), 16 required mechanical ventilation. 12 died, all had preexisting factors. NN cases showed statistical association with mortality. The most frequent factors were malnutrition, respiratory infections, congenital heart disease and neurological deficits In NACv cases the children under 6 years accounted for 72% (36/50). The median disease duration was 5 days. The most frequent symptoms were fever, cough, runny nose. Received oseltamivir 82%. The chest radiograph 48% of cases showed patchy infiltrates and 44% interstitial infiltrate on chest radiograph. Protein c reactive (CRP) more than 10mg / L was significantly associated with respiratory failure (p <0.05). Conclusions. Cases of NN found who had more mortality, even those who had the highest PCR and those with preexisting condition.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El virus de la influenza porcina o SIV (Swine Influenza Virus), es un patógeno que afecta el sistema respiratorio y produce una de las enfermedades más prevalentes a nivel de industria porcina. Está distribuido en todo el mundo y genera importantes pérdidas económicas. Además, SIV se considera un patógeno zoonótico con potencial pandémico. A partir del brote de influenza humana A H1N1 ocurrida el año 2009, ha surgido la necesidad de conocer y entender las dinámicas de evolución y transmisión de este virus, para beneficio de la salud humana y animal. Realizar un estudio en Chile adquiere especial relevancia, ya que se necesita conocer la realidad actual de SIV en los planteles de producción intensiva de cerdos. El presente estudio tiene como objetivo detectar y aislar virus de Influenza A en la población de cerdos de la zona central de Chile, territorio en donde se concentra la gran mayoría de los planteles de producción intensiva. Para esto se obtuvieron muestras de hisopos nasales y fluidos orales desde 6 granjas ubicadas en esta zona (regiones V, RM, VI y VII) entre el año 2014-2015 en distintas épocas del año. Se utilizó RT-PCR en tiempo real para detectar el virus y se aisló mediante cultivo celular usando células MDCK. Los resultados obtenidos demostraron la presencia del virus en todos los planteles muestreados. Hubo al menos dos muestras positivas a RT-PCR en tiempo real por granja. De las muestras sometidas a RT-PCR en tiempo real un 22,26% de ellas fueron positivas. Además se lograron aislar con éxito un total de 20 virus desde hisopos nasales y 2 desde fluidos orales, que corresponden a un 8,30% de las muestras obtenidas. Estos resultados indican que SIV es un patógeno frecuentemente encontrado en planteles de producción intensiva en Chile y altamente distribuido a nivel geográfico (desde la V a la VII región), por tanto podría considerarse endémico. / Swine Influenza virus (SIV) is an important respiratory pathogen in intensive pig population, generating significant economic losses for the industry. Also, SIV is a zoonotic pathogen with pandemic potential. Since the 2009 human pandemic caused by a swine origin Influenza virus H1N1, the concern about this pathogen in pigs has been increased. Then, is urgent to understand the dynamics of evolution and transmission of this virus, for animal and public health. The information about SIV in Chile is scarce; therefore any effort to understand or evidence SIV in the country is highly valuable. The aim of this study was the detection and isolation of SIV in intensive swine farms in central Chile, place where most of the pig are raising. Nasal swabs and oral fluids were collected from six farms (V, RM, VI and VII Regions) during 2014-2015 at different seasons through the year. Samples were tested by real time RT-PCR and virus isolation was attempted in canine kidney cells (MDCK). The results showed the presence of SIV in all farms tested. At least 2 samples per farm tested positive by real time RT-PCR. Overall results by real time RT-PCR have shown a 22.3% positive samples. Also, virus isolation was succeeding in 20 nasal swabs and 2 oral fluids, corresponding to 8.30% of the samples collected. Results indicate that SIV is widespread in pig population in the region can be considered endemic. / Financiamiento: Proyecto Aislamiento, diagnóstico y caracterización de virus influenza A en producción intensiva porcina nacional, 2014 Zoetis-Favet Etapa 1.

Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias. / Los virus de Influenza tipo A representa una amenaza latente para la salud pública y para la salud animal. Debido a esto, y a raíz de la creciente preocupación por los focos de influenza aviar de alta patogenicidad que se registran en diferentes regiones del mundo, actualmente se lleva a cabo una vigilancia epidemiológica constante de estos virus por parte de diversas organizaciones de salud, monitoreando desde planteles comerciales hasta poblaciones de aves silvestres, especialmente de aquellas catalogadas como migratorias. Sin embargo, la información existente sobre estos virus en poblaciones silvestres en América del Sur aún es muy limitada. Las aves silvestres, especialmente aquellas relacionadas con ambientes acuáticos, son consideradas como reservorios de la gran mayoría de los subtipos de virus de influenza A conocidos y tienen el potencial de diseminarlos entre países e incluso continentes por medio de las rutas migratorias, debido a esto, resulta fundamental generar esta información epidemiológica. Este estudio, realizó un muestreo en los sectores Humedal Laguna Cartagena (HLC) y la Reserva Nacional Lago Peñuelas (RNLP), entre Septiembre de 2015 y Agosto de 2016. El objetivo de este estudio, fue la detección de virus de influenza A en muestras de heces de aves silvestres mediante rRT-PCR, determinando una relación entre la prevalencia del virus detectada y la estacionalidad de las comunidades de aves silvestres presentes durante el muestreo. Se recolectaron un total de 2.579 muestras ambientales (1.148 de HLC y 1.431 de la RNLP) y paralelamente, mediante la realización de censos se identificaron un total de 5.091 aves (3.815 en HLC y 1.276 en RNLP) pertenecientes a 46 especies, de las cuales 39 fueron clasificadas como residentes, 5 como visitantes de primavera-verano y 2 como visitantes de otoño-invierno. El análisis de las muestras indicó una prevalencia a VIA de un 0,4% (5/1.148) para el HLC y de un 1,04% (15/1.431) para la RNLP. Casi la totalidad de las muestras positivas fueron detectadas durante los meses de verano, siendo Diciembre y Enero los meses que presentaron los valores de prevalencia más altos, lo cual coincidió con una mayor presencia y abundancia de aves migratorias de origen boreal. Los factores de riesgo que presentaron asociación estadísticamente significativa fueron una abundancia de individuos baja (<200) (OR = 9,71; p = 0,0424) en el HLC y la estación del año, correspondiente a primavera-verano (OR 5,47 y p = 0,0288) en la RNLP. Los resultados de este estudio demuestran la presencia de virus de influenza A en los ecosistemas de ambos sitios y la asociación con la estacionalidad de las poblaciones de aves silvestres presentes en ellos / Influenza type A viruses represent a constant threat to both public and animal health. Therefore, and because of growing concern on high pathogenic avian influenza outbreaks around the world, health organizations maintain a strong epidemiological surveillance of this virus, monitoring from avian production systems till wild birds populations, especially the ones are catalogued as migratory birds. However, there is short information at moment about these types of viruses in wilds populations on South America. Wild birds, especially the ones are related with aquatic environment, are considered as reservoir of the most known influenza A virus and his subtypes, also they has the potential to disseminate the virus across countries or continents by migratory routes. Due to this, is extremely important generate this epidemiologic information. This Study, performed a sampling in Cartagena Lagoon Wetland y Peñuelas Lake National Reserve, between September 2015 and August 2016. The aim of this study was detect influenza A virus on samples feces of wild birds using rRT-PCR, determining a relationship between the prevalence of the virus and the seasonality of wild birds population. Were collected a number of 2.579 environmental samples (1.148 from HLC and 1.431 from RNLP), also it was possible by a census, identified 5.091 birds (3.815 in HLC and 1.276 in RNLP) belonging to 46 species, which one 39 were classified as residents birds, 5 as spring/summer visitors and 2 as an autumn/winter visitors. The analysis of the samples showed a prevalence to avian influenza virus of 0,4% (5/1.148) for HLC and a 1,04% (15/1.431) for RNLP. Almost all positive samples were detected in summer months, December and January showed the highest prevalence values, which coincided with a greater presence and abundance of boreal migratory birds. The risk factors that showed significant statistics association were low individuals abundance (<200) (OR = 9,71; p = 0,0424) in HLC and autumn/winter season (OR 5,47 y p = 0,0288) in RNLP / Financiamiento: Proyecto NIAID HHSN272201400006C.

Diss. (sammanfattning) Linköping : Linköpings universitet, 2006. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2006. / Härtill 4 uppsatser.