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Diversidade das algas calcárias crostosas do Brasil baseada em marcadores moleculares e morfologia / Diversity of crustose coralline algae from Brazil based on molecular markers and morphologyVieira-Pinto, Talita 09 August 2016 (has links)
As algas calcárias crostosas ou CCA (do inglês Crustose Coralline Algae) têm como principal característica a impregnação de carbonato de cálcio em suas paredes celulares. Este grupo é formado atualmente por três ordens, Corallinales, Hapalidiales e Sporolithales, cuja taxonomia é historicamente problemática por se basear na fase tetrasporofítica, fundamental para qualquer identificação até mesmo em nível de ordem. Em virtude disso, diversos estudos, principalmente nos últimos 10 anos, têm incluído ferramentas moleculares como auxílio à taxonomia morfoanatômica deste grupo. O objetivo deste estudo foi investigar a diversidade e a distribuição das CCA ao longo da costa Brasileira, através de dados moleculares e morfoanatômicos. Para isso, foram utilizados quatro marcadores moleculares, UPA, rbcL-3P, COI-5P e psbA, aliados à imagens de microscopia óptica e microscopia eletrônica de varredura, que resultaram na identificação de pelo menos 37 espécies entre Corallinales, Hapalidiales e Sporolithales. Os resultados obtidos a partir das análises de agrupamento dos quatro marcadores demonstraram que as ordens Corallinales e Sporolithales são monofiléticas, e Hapalidiales constitui um grupo não-monofilético (com exceção do marcador psbA, que resolveu a ordem como grupo monofilético). Os resultados também revelaram existência de uma grande diversidade de espécies e gêneros destas ordens no Brasil, além de espécies novas e ao menos um potencial gênero novo para ciência. O estudo também revelou relações filogeográficas entre espécies do Brasil e do Golfo do México e do Indo-Pacífico. Considerando as três ordens de CCA (Corallinales, Hapalidiales e Sporolithales), este estudo representa a primeira tentativa de desvendar de forma mais ampla a diversidade de espécies CCA encontradas ao longo da costa brasileira, utilizando dados moleculares / The Crustose Coralline Algae (CCA) has as a main distinguishing characteristic the calcium carbonate impregnation in their cell walls. This group currently encompasses three orders, the Corallinales, Hapalidiales and Sporolithales, whose taxonomy is historically problematic because it is based on the tetrasporophytic phase, fundamental to any classification, even at the ordinal level. Therefore, many studies, especially in the last 10 years, have included molecular tools to assist the morphological taxonomy of this group. This study aims to investigate the diversity and distribution of the CCA along the Brazilian coast, through molecular and morphoanatomical data. In order to achieve this aim, four markers were used, UPA, rbcL-3P, COI-5P and psbA, allied to light and scanning electron microscopy, that resulted in the identification of at least 37 species between Corallinales, Hapalidiales and Sporolithales. The results of the cluster analyses of the four markers showed that Corallinales and Sporolithales are monophyletic, and Hapalidiales comprises a non-monophyletic group (with the exception of psbA, which resolved the order as a monophyly). Our results also revealed a great diversity of species and genera of these three orders in Brazil, as well as putative new species and at least a new genus. This study also revealed phylogeographic relationships between Brazilian species and species from Gulf of Mexico and from Indo-Pacific oceans. Considering all the three orders of CCA, this study represents the first broad attempt and effort to unveil the diversity of CCA species found on the Brazilian coast using molecular data
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Estudo químico de Lithothamnion sp. e Halimeda sp. no Nordeste Brasileiro / Chemical study of Lithothamnion sp. and Halimeda sp. in Northeast BrazilRocha, Carlos Marcio Soares January 2013 (has links)
ROCHA, C. M. S. Estudo químico de Lithothamnion sp. e Halimeda sp. no Nordeste Brasileiro. 2013. 203 f. Tese (Doutorado em Geologia) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2013. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2015-01-15T17:24:52Z
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Previous issue date: 2013 / This study analyzed the geochemical characteristics of calcareous algae in northeastern Brazil, located at various depths, collected on the continental shelf and oceanic banks in several programs of marine geology. The analyzes performed in this study were X-ray diffraction (XRD), X-ray fluorescence (XRF), infrared spectroscpy(IR), Scanning Electron Microscopy (SEM), chemicals, calcium carbonate content and isotopic signatures of carbon and Oxygen. We selected 66 samples between Lithothamnion sp. and Halimeda sp., but on only 11 samples were performed at X-ray diffraction (XRD), X-ray fluorescence (XRF), infrared (IR), Scanning Electron Microscopy (SEM), chemical elements and on 23 samples was determined composition isotopic of crust and core totaling 46 determinations. Techniques XRD, XRF, SEM identified the minerals aragonite and calcite; IV also indicated these formations but also the presence of these polysaccharides in calcareous algae. As to the levels of calcium carbonates these algae showed high levels and metals present values of trace elements essential for plant and animal nutrition among other purposes. The macronutrient values are compatible with the same use. Variations of 13CPDB keep high correlation with changes in atmospheric CO2 supply into the cells that form the CID (dissolved inorganic carbon) that interact with the internal pH of the membranes forming calcium carbonate through mechanisms not yet elucidated, and also where oxygen variations 18OVPDB negative values indicate periods where there was an increase of kinetic molecular hydration of carbon dioxide. Positive values of 18OPDB are associated with the precipitation of Ca+2 ions in the form of aragonite and calcite as identified by the characterization of other analyzes. The calculations of temperature predicted by the signatures of 18OPDB indicate values of these temperatures quite heterogeneous from in carbonate crust and core that does not follow an identified pattern. Elevated temperature was identified in banks of volcanic origin, but with isotopic composition of oxygen only an indication of climate change in the oceans is not possible. / Neste trabalho foram analisadas as características geoquímicas das algas calcárias do nordeste brasileiro, situadas em diversas profundidades, coletadas na plataforma continental e em bancos oceânicos em diversos programas de geologia marinha. As determinações realizadas nesta pesquisa foram a difratometria de raios X (DRX), fluorescência de raios X (FRX), Infravermelho (IV), Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV), a determinação de elementos químicos, do teor de carbonato de cálcio e assinaturas isotópicas de carbono e oxigênio. Foram selecionadas 66 amostras entre Lithothamnion sp. e Halimeda sp., mas apenas em 11 amostras foram realizadas a difratometria de raios X (DRX), fluorescência de raios X (FRX), Infravermelho (IV), Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV), e análises de elementos químicos e em 23 amostras foi determinada a composição isotópica da crosta e do núcleo perfazendo 46 determinações. As determinações das técnicas DRX, FRX, MEV identificaram os minerais aragonita e calcita; assim como o IV constatou estas formações e há presença de polissacarídeos nestas algas calcárias. Quanto aos teores de carbonatos de cálcio estas algas apresentaram altos teores e no que diz os elementos químicos, os metais traços apresentam valores de elementos traços primordiais para nutrição animal e vegetal entre outros fins. Já para os macronutrientes os valores estão compatíveis com a mesma utilização. As variações do 13CPDB guardam grande correlação com as variações de suprimento CO2 atmosférico para dentro das células que formam o CID (carbono inorgânico dissolvido) que interagem com o pH interno das membranas formando o carbonato de cálcio através de mecanismos ainda não bem elucidados, assim também o oxigênio onde as variações de 18OVPDB de valores negativos indicam períodos onde houve um incremento cinético da hidratação do gás carbônico molecular. Já os valores positivos de 18OVPDB indicam a precipitação de íons Ca2+ na forma de aragonita e calcita como foi identificado pela caracterização das outras análises. Os cálculos de temperatura pelas assinaturas de 18OVPDB indicam valores bastante heterogêneos dessas temperaturas de precipitação dos carbonatos nas crostas e núcleos dos carbonatos que não segue um padrão não identificado. Foram identificadas temperaturas elevadas nos bancos oceânicos que é de origem vulcânica; mas somente a determinação da composição isotópica de oxigênio não indica mudanças climáticas nos oceanos.
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Caracterização de microhabitats formados por algas calcáreas e sua utilização pelos anfípodes em costões rochosos do litoral norte de São Paulo / Coralline microhabitats characterization and use by amphipods at northern intertidal areas from São Paulo StateBueno, Marília, 1982- 05 July 2015 (has links)
Orientador: Fosca Pedini Pereira Leite / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T11:20:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2015 / Resumo: Algas calcáreas articuladas estão presentes em costões rochosos ao redor do mundo e formam densos tapetes, os quais abrigam uma fauna muito rica de invertebrados. Dentre eles, os anfípodes são dominantes e sua associação com estas algas foi investigada. Inicialmente foi feita a caracterização do habitat. A biomassa das algas e a abundância total dos anfípodes não diferiram entre as estações do ano, já a composição de espécies de anfípodes apresentou variação, a qual foi atribuída principalmente ao padrão de ocorrência de duas espécies de hialídeos, Apohyale media e Hyale niger, que são dominantes nas algas calcáreas. A biomassa das algas também não variou conforme exposição à ação de ondas. Diferenças na abundância total dos animais foram observadas, sendo encontrados mais animais nos costões mais expostos às ondas. Neste tópico, os tanaidáceos foram incluídos e apenas duas espécies foram encontradas, cada uma associada à um grau de exposição à ação de ondas. Leptochelia aff. dubia foi encontrada apenas nos costões abrigados, enquanto Zeuxo coralensis apenas em costões expostos. Os tapetes de algas coralinas são verticalmente extensos a ponto de terem características físicas (quantidade de sedimento e tamanho de grãos) e biológicas (abundância e composição de espécies de anfípodes) distintas entre as zonas superior e inferior do mesmo tapete. Após a caracterização do habitat, sua utilização pelos anfípodes foi examinada com relação à estrutura (arquitetura) das algas, a altura de ocorrência das algas no costão rochoso e o papel do sedimento na seleção deste habitat. O volume intersticial foi extremamente variável dentre as cinco algas estudadas entretanto, para todas as algas, quanto maior o volume intersticial, maior a abundância dos anfípodes. O habitat formado pelas coralinas, independente da altura no costão, parece ser o fator mais importante na seleção pelos anfípodes. Com relação ao sedimento, sua retenção nos tapetes de algas não se mostrou sazonal e não foi observada relação com a abundância dos anfípodes. Os experimentos de laboratório corroboraram o padrão observado em campo e não indicaram um importante efeito da adição do sedimento na seleção de habitat pelos hialídeos. A malha intrincada formada pelas frondes das algas calcáreas permite a retenção, além do sedimento e da matéria orgânica associada à ele, de diferentes tipos de alimento como microalgas e componentes da meiofauna. Essa gama de itens alimentares pode ser importante na seleção deste local pelos anfípodes, já que a alimentação da alga em si não ocorre, e explicaria a grande variedade de hábitos alimentares apresentados pelos anfípodes associados. A seleção do habitat de coralinas pode também estar relacionada à proteção contra a dessecação, já que retenção de água entre as frondes mantém o ambiente úmido nos períodos de emersão / Abstract: Articulated calcareous algae are distributed on rocky shores worldwide forming dense mats and harboring rich invertebrate assemblages. Amphipods are dominants and their association with coralline algae was investigated. First, the habitat characterization was done. Algae biomass and amphipods abundance did not differ among seasons, but species composition showed a variable pattern mainly in response to occurrence patterns of the dominant hyalids Apohyale media and Hyale niger. Algae biomass did not vary between degrees of wave exposure, however, more amphipods were found at exposed shores. Tanaids were included and an interesting spatial segregation was observed. Only two species were found, each one associated to a degree of wave exposure. Leptochelia aff. dubia was found at sheltered shores, while Zeuxo coralensis at exposed shores. Coralline mats are wide enough to have distinguished upper and lower zones based on physical (amount of sediment and grain size) and biological (amphipods abundance and species composition) features. After characterizing the habitat, its usage by the amphipods was examined through algae structure (architecture), height on shore and the effect of sediment loads on habitat selection. Interstitial volume was highly variable among the five algae studied and a strong positive relation between interstitial volume and amphipods abundance was observed. Coralline habitat, regardless of the height on shore, was probably the main factor governing habitat selection. Sediment retention at coralline mats was not seasonal and no relation with the amphipods was found. Laboratory experiments corroborate the observed field patterns and added sediment had no effect on habitat selection by the hyalids. The intricate canopy of coralline algae allowed retention, not only of sediment and organic matter, but also of microalgae and meiofauna. This wide array of food items may be important for coralline habitat selection by the amphipods, since they do not feed on coralline itself. In this case, coralline could be an important source of food, allowing the coexistence of amphipods having different feeding habits. Water retention may also play an important role, since habitats are maintained humid during emersion periods / Doutorado / Ecologia / Doutora em Ecologia
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Diversidade das algas calcárias crostosas do Brasil baseada em marcadores moleculares e morfologia / Diversity of crustose coralline algae from Brazil based on molecular markers and morphologyTalita Vieira-Pinto 09 August 2016 (has links)
As algas calcárias crostosas ou CCA (do inglês Crustose Coralline Algae) têm como principal característica a impregnação de carbonato de cálcio em suas paredes celulares. Este grupo é formado atualmente por três ordens, Corallinales, Hapalidiales e Sporolithales, cuja taxonomia é historicamente problemática por se basear na fase tetrasporofítica, fundamental para qualquer identificação até mesmo em nível de ordem. Em virtude disso, diversos estudos, principalmente nos últimos 10 anos, têm incluído ferramentas moleculares como auxílio à taxonomia morfoanatômica deste grupo. O objetivo deste estudo foi investigar a diversidade e a distribuição das CCA ao longo da costa Brasileira, através de dados moleculares e morfoanatômicos. Para isso, foram utilizados quatro marcadores moleculares, UPA, rbcL-3P, COI-5P e psbA, aliados à imagens de microscopia óptica e microscopia eletrônica de varredura, que resultaram na identificação de pelo menos 37 espécies entre Corallinales, Hapalidiales e Sporolithales. Os resultados obtidos a partir das análises de agrupamento dos quatro marcadores demonstraram que as ordens Corallinales e Sporolithales são monofiléticas, e Hapalidiales constitui um grupo não-monofilético (com exceção do marcador psbA, que resolveu a ordem como grupo monofilético). Os resultados também revelaram existência de uma grande diversidade de espécies e gêneros destas ordens no Brasil, além de espécies novas e ao menos um potencial gênero novo para ciência. O estudo também revelou relações filogeográficas entre espécies do Brasil e do Golfo do México e do Indo-Pacífico. Considerando as três ordens de CCA (Corallinales, Hapalidiales e Sporolithales), este estudo representa a primeira tentativa de desvendar de forma mais ampla a diversidade de espécies CCA encontradas ao longo da costa brasileira, utilizando dados moleculares / The Crustose Coralline Algae (CCA) has as a main distinguishing characteristic the calcium carbonate impregnation in their cell walls. This group currently encompasses three orders, the Corallinales, Hapalidiales and Sporolithales, whose taxonomy is historically problematic because it is based on the tetrasporophytic phase, fundamental to any classification, even at the ordinal level. Therefore, many studies, especially in the last 10 years, have included molecular tools to assist the morphological taxonomy of this group. This study aims to investigate the diversity and distribution of the CCA along the Brazilian coast, through molecular and morphoanatomical data. In order to achieve this aim, four markers were used, UPA, rbcL-3P, COI-5P and psbA, allied to light and scanning electron microscopy, that resulted in the identification of at least 37 species between Corallinales, Hapalidiales and Sporolithales. The results of the cluster analyses of the four markers showed that Corallinales and Sporolithales are monophyletic, and Hapalidiales comprises a non-monophyletic group (with the exception of psbA, which resolved the order as a monophyly). Our results also revealed a great diversity of species and genera of these three orders in Brazil, as well as putative new species and at least a new genus. This study also revealed phylogeographic relationships between Brazilian species and species from Gulf of Mexico and from Indo-Pacific oceans. Considering all the three orders of CCA, this study represents the first broad attempt and effort to unveil the diversity of CCA species found on the Brazilian coast using molecular data
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Calcário biogênico e resíduo industrial de mármore: Caracterização comparativa na correção de solos / Biogenic limestone and marble industrial residue: Comparative characterization in soils correctionCazotti, Maria Maiara 30 January 2015 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-10-29T13:33:43Z
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Previous issue date: 2015-01-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O Brasil apresenta uma vasta extensão territorial, com clima privilegiado para desenvolvimento de várias espécies vegetais, entretanto os solos normalmente apresentam baixa fertilidade natural, baixa CTC, baixo pH e alta saturação por alumínio. Por essa razão, a exploração agrícola desses solos necessita de correção da acidez. Dentre os corretivos de acidez utilizados nos solos, o calcário é o principal, que varia geralmente quanto às características mineralógicas, composições químicas e granulométricas os quais determinam a poder total de neutralização de acidez do solo. Autores afirmam que os calcários de origem sedimentar, de natureza menos cristalina, são mais reativos do que os mármores, com estrutura mais cristalina. Tal afirmação serve de base para estudar comparativamente o calcário biogênico marinho, calcário sedimentar e o mármore supondo-se que os resultados de seu uso na agricultura sejam diferentes. O Brasil possui em sua plataforma continental, grande extensão coberta por sedimentos carbonáticos. Características como disponibilidade de micronutrientes e área superficial específica poderiam potencializar o uso do calcário biogênico. Pode-se supor que o calcário biogênico marinho atue de forma diferenciada no sistema solo-planta, o que necessitaria mais estudos a fim de se balizar melhor as orientações técnicas e otimizar os resultados quando do seu uso. O estado do Espírito Santo lidera a produção brasileira de rochas ornamentais entre elas o mármore. A relevância desta indústria para o desenvolvimento regional é indiscutível, entretanto a extração e o beneficiamento de rochas geram quantidades significativas de resíduos. Os resíduos gerados no processo de extração e beneficiamento apresentam uma fonte para a correção de acidez dos solos e ainda uma alternativa ao grande volume de resíduos gerados. Porém, sugere-se que o comportamento desses resíduos como corretivo, podem ser dependentes de qual etapa do beneficiamento esse é oriundo, visto que a granulometria do material vai ser influenciada. O objetivo do capítulo 1 foi estudar fontes alternativas de calcários através da comparação de corretivos de diferentes origens, e o capítulo 2, a destinação para os resíduos de mármore de diferentes processos. Os corretivos de acidez em estudo são: calcário biogênico (CB), calcário sedimentar (CS), mármore (CM), resíduos do beneficiamento do mármore, serrada (RS) e do polimento (RP) e o calcário comercial (CC). Nos corretivos foram avaliadas características mineralógicas, teores de metais pesados, poder de neutralização total (PRNT), teores de Ca2+ e Mg2+ e micronutrientes, teores totais de Ca, Mg, Al, K, Na e Si e área superficial específica. Foram conduzidos experimentos para avaliar a solubilidade e liberação de Ca 2+ e Mg2+ em diferentes concentrações de HCl e para avaliar o potencial de neutralização através da incubação com solos com diferentes níveis de necessidade de calagem. No capítulo 1, observa-se que nas menores concentrações de HCl, o CB mostra-se mais reativo, entretanto com o aumento da concentração de HCl ocorre o consumo de carbonatos, proporcionando maior geração de resíduo tanto nos CB e CC. Em contrapartida, por apresentarem maior proporção de CaO e MgO, o CM e CS apresentaram menor quantidade de resíduo. Na análise mineralógica foram observados minerais silicatados, que podem ter contribuído para o menor poder de neutralização do CB. A maior teor de CaO foi observado no CS, que libera mais Ca2+ na presença de HCl e aporta mais Ca 2+ ao solo no final do período de incubação com o solo. Maior teor de MgO foi observado no CM, que libera mais Mg na presença de HCl e aporta mais Mg 2+ no solo ao final do período de incubação com o solo, característica que pode estar relacionada à presença de dolomita e tremolita no CM. No capítulo 2, observa-se que, o RP apresenta maior poder relativo de neutralização e solubilidade em HCl. Os resíduos são similares em relação aos teores de CaO e MgO, fato que os levaram a apresentar comportamento semelhante quando reagiram com HCl. Quando aplicados no solo, os dois resíduos mostraram-se semelhantes entre si e quando comparados com o calcário comercial, fica evidente o potencial desses resíduos como corretivo de acidez. / Brazil has a wide territorial extension, with privileged climate for development of various plant species. However, soils usually have low natural fertilty, low CTC, low pH and high aluminium saturation. For this reason, the agricultural exploration of these soils needs acidity correction. Among the acidity correctives used in the soils, limestone is the leading, generally varying on minerological characteristics, chemical and grain size compositions which determine the overall power of soil acidity neutralization. Authors state that the limestones of sedimentary origin, less crystalline in nature, are more reactive than the metamorphicals, with more crystalline structure. This statement is the basis for studying comparatively marine biogenic limestone, sedimentary limestone and marble, assuming that the result of its use in agriculture are different. Brazil has in its continental shelf, a wide area covered by carbonate sediments. Features such as availability of micronutrients and specific surface area could increase the use of biogenic limestone. It can be assumed that the marine biogenic limestone acts differently in the soil-plant system, which would require further study in order to better delimit the technical guidelines and optimize results when using them. Espírito Santo state leads the brazilian production of ornamental stones including marble. The relevance of this industry for regional development is indisputable, however the extraction and processing of the rocks generate significant amounts of residues. These residues generated during the extraction and processing present a source for soil acidity correction and even an alternative to the great volume of residues generated. However, it is suggested that the behavior of these residues as correction, may be dependent on the processing stage that is derived, since the grain size of the material will be influenced. The objective of chapter 1 was to study alternative sources of limestone by comparing corrective of different origins, and chapter 2, the allocation for the marble residues of different processes. The acidity correctives in the study are: biogenic limestone (CB), sedimentary limestone (CS), marble (CM), marble processing waste, lumber (RP) and polish (RS) and the commercial limestone (CC). In correctives were evaluated mineralogical, heavy metal levels, overall neutralizing power (PRNT), Ca and Mg and micronutrients levels, total levels of Ca, Mg, Al, K, Na and Si and specific surface area. Experiments were conducted to evaluate the solubility and liberation of Ca and Mg in different concentrations of HCl and for assessing the neutralization potential by incubation with different levels need for liming. In chapter 1 it was observed that at lower HCl concentrations, the CB was more reactive, but with increasing concentration of HCl carbonate consumption occurs, providing increased generation of residue in both CB and CC, in contrast the CM and CS by the high ratio of CaO and MgO generate less amount of residue. In mineralogical analysis were observed silicate minerals that may be conditioning the lowest BL neutralization power. The highest concentration of CaO was observed in the CS, which releases more Ca 2+ in the presence of HCl and provides more Ca2+ at the end of the incubation period with the soil. Higher concentrations of MgO was noted in CM, which releases more HCl in the presence of Mg and Mg2+ provides more at the end of the incubation period with the soil, a characteristic that may be related to the presence of dolomite and tremolite in the CM. In chapter 2, it is observed that the RP showed higher relative power of neutralization and solubility in HCl. The residues are similar in relation to the amounts of CaO and MgO, a fact that led them to similar behavior when reacting with HCl. When applied to the soil, both residues were similar and when compared with commercial limestone, the potential of this residue as acidity corrective is evident.
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Taxonomia e filogenia de Lithophylloideae (Rhodophyta) no Brasil / Taxonomy and phylogeny of Lithophylloideae (Rhodophyta) from BrazilTorrano-Silva, Beatriz Nogueira 30 June 2015 (has links)
Lithophylloideae é uma subfamília de algas calcárias que inclui tanto gêneros articulados quanto os não articulados, que por sua vez compreende gêneros incrustantes e um moniliforme. Pela primeira vez a diversidade específica de Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella e Titanoderma para o Brasil é investigada de maneira somatória e comparativa, quanto a uma variedade de aspectos que incluíram os morfológicos/anatômicos, ecológicos e moleculares (incluindo a própria avaliação das ferramentas moleculares e das características taxonomicamente importantes). Encontramos 26 espécies, sendo quinze Amphiroa, oito Lithophyllum, uma Paulsilvella e duas Titanoderma: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, seis espécies para o Complexo A. fragilíssima, três espécies para o Complexo A. beauvoisii, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Paulsilvella huveorum, Titanoderma pustulatum e T. Prototypum. Para a caracterização molecular utilizamos quatro marcadores principais: UPA, COI-5P, psbA e rbcL-3P, atendendo a dois objetivos: a delimitação de espécies e a avaliação destes diferentes marcadores como DNA Barcodes para as espécies de Lithophylloideae dentro do contexto da variabilidade encontrada na costa brasileira. Para isto utilizamos cinco métodos de agrupamento: Taxas de Divergência, ABGD, MDS, PTP e SPN. A decisão final quanto à quantidade de espécies presentes é um consenso dos resultados encontrados para todos os marcadores e para todos os métodos de análise. Os casos conflitantes também foram observados quanto aos valores de divergência e de barcoding gap. Os quatro marcadores testados são confiáveis para a delimitação de espécies em Lithophylloideae, proporcionando ótimos valores de suporte para as espécies e valores significativos de barcoding gap. Apesar disto, dada a possibilidade de usar o rbcL-3P também para para fins filogenéticos, ressaltamos a aplicabilidade deste marcador, sendo o indicado caso exista a necessidade de se indicar um único marcador como DNA Barcode para este grupo de algas. A inferência das relações filogenéticas dentro de Lithophylloideae inclui os primeiros dados moleculares para Paulsilvella, através do psbA, do rbcL -3P e também do SSU rDNA. As análises indicam que Amphiroa é monofilético, enquanto que Lithophyllum e Titanoderma provavelmente são polifiléticos. Adicionalmente, é possível que Paulsilvella represente a primeira forma morfológica da subfamília. A distribuição de Amphiroa, Lithophyllum e Titanoderma ao longo da costa brasileira embasou a discussão quanto à distribuição das macroalgas marinhas bentônicas na costa, adicionando ao cenário o papel das correntes costeiras e do Giro do Atlântico Sul. Os dados moleculares possibilitaram ainda a observação do panorama de ocorrência das 26 espécies de Lithophylloideae quanto a sua ocorrência na coluna d\'água (profundidade). Para Amphiroa a maior diversidade está no mesolitoral, enquanto que para Lithophyllum e Titanoderma a maior diversidade se encontra no infralitoral. Oito espécies são restritas ao mesolitoral, enquanto que dez (incluindo P. huveorum) são restritas ao infralitoral. Estes fatos chamam a atenção da necessidade de se incluir diferentes técnicas de coleta nos trabalhos de diversidade em Florideophycideae, do contrário podemos negligenciar uma diversidade inexplorada / Lithophylloideae is a subfamily within Corallinaceae including both articulated and non-articulated genera. This work is the first effort to access the specific diversity for Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella and Titanoderma for Brazil based on a sum of morphological anatomical, ecological and molecular data, including also the tools applicability evaluation. From the 26 species found, are Amphiroa, eight are Lithophyllum, two are Titanoderma and one is the first register for Paulsilvella for Atlantic waters: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, six criptic species for the A. fragilissima Complex, three cryptic species for the A. beauvoisii Complex, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Titanoderma pustulatum, T. prototypum and Paulsilvella huveorum. For the molecular characterization four markers were used: UPA, COI-5P, psbA and rbcL-3P, which have attended to two the delimitation of species and also to the evaluation of these markers as DNA Barcodes for the species of Lithophylloideae within the context of variability found on the Brazilian coast. For these two purposes we have applied five clustering methods, based on the Divergence Rates, ABGD, MDS, PTP and SPN. Conflicting cases were also observed for values of barcoding gap. The four molecular markers are reliable for species delimitation within the Lithophylloideae, providing good support values for the species and significant amounts of barcoding gap. Nevertheless, given the possibility of using the rbcL marker also for phylogenetic purposes, we emphasize the applicability of rbcL-3P as the most appropriate marker, in case there is a need to indicate a single marker as DNA Barcode for this group alga. A phylogenetic inference for the Lithophylloideae included the first sequences for Paulsilvella and used psbA, rbcL-3P and SSU rDNA. We found that Amphiroa is monophyletic while Lithophyllum and Titanoderma are probably polyphyletic. Additionally, Paulsilvella may represent the first morphological form of the subfamily. Amphiroa, Lithophyllum and Titanoderma distribution along the Brazilian coast have allowed a new discussion concerning the benthic macroalgae distribution to the country, adding two new factors to this scenario: the coastal currents movement and the South Atlantic Gyre. The molecular data have also allowed accessing the preferences according to the depth on the water column for the 26 species. The major diversity for Amphiroa grows at the intertidal, while Lithophyllum and Titanoderma diversity is higher at the subtidal and Paulsilvella is restricted to the subtidal. There are eight species restricted to the intertidal and ten restricted to the subtidal (including P. huveorum), what addresses to a need to include these both environments on diversity studies for the Florideophycideae otherwise it will imply the existence of an unexplored diversity
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Taxonomia e filogenia de Lithophylloideae (Rhodophyta) no Brasil / Taxonomy and phylogeny of Lithophylloideae (Rhodophyta) from BrazilBeatriz Nogueira Torrano-Silva 30 June 2015 (has links)
Lithophylloideae é uma subfamília de algas calcárias que inclui tanto gêneros articulados quanto os não articulados, que por sua vez compreende gêneros incrustantes e um moniliforme. Pela primeira vez a diversidade específica de Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella e Titanoderma para o Brasil é investigada de maneira somatória e comparativa, quanto a uma variedade de aspectos que incluíram os morfológicos/anatômicos, ecológicos e moleculares (incluindo a própria avaliação das ferramentas moleculares e das características taxonomicamente importantes). Encontramos 26 espécies, sendo quinze Amphiroa, oito Lithophyllum, uma Paulsilvella e duas Titanoderma: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, seis espécies para o Complexo A. fragilíssima, três espécies para o Complexo A. beauvoisii, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Paulsilvella huveorum, Titanoderma pustulatum e T. Prototypum. Para a caracterização molecular utilizamos quatro marcadores principais: UPA, COI-5P, psbA e rbcL-3P, atendendo a dois objetivos: a delimitação de espécies e a avaliação destes diferentes marcadores como DNA Barcodes para as espécies de Lithophylloideae dentro do contexto da variabilidade encontrada na costa brasileira. Para isto utilizamos cinco métodos de agrupamento: Taxas de Divergência, ABGD, MDS, PTP e SPN. A decisão final quanto à quantidade de espécies presentes é um consenso dos resultados encontrados para todos os marcadores e para todos os métodos de análise. Os casos conflitantes também foram observados quanto aos valores de divergência e de barcoding gap. Os quatro marcadores testados são confiáveis para a delimitação de espécies em Lithophylloideae, proporcionando ótimos valores de suporte para as espécies e valores significativos de barcoding gap. Apesar disto, dada a possibilidade de usar o rbcL-3P também para para fins filogenéticos, ressaltamos a aplicabilidade deste marcador, sendo o indicado caso exista a necessidade de se indicar um único marcador como DNA Barcode para este grupo de algas. A inferência das relações filogenéticas dentro de Lithophylloideae inclui os primeiros dados moleculares para Paulsilvella, através do psbA, do rbcL -3P e também do SSU rDNA. As análises indicam que Amphiroa é monofilético, enquanto que Lithophyllum e Titanoderma provavelmente são polifiléticos. Adicionalmente, é possível que Paulsilvella represente a primeira forma morfológica da subfamília. A distribuição de Amphiroa, Lithophyllum e Titanoderma ao longo da costa brasileira embasou a discussão quanto à distribuição das macroalgas marinhas bentônicas na costa, adicionando ao cenário o papel das correntes costeiras e do Giro do Atlântico Sul. Os dados moleculares possibilitaram ainda a observação do panorama de ocorrência das 26 espécies de Lithophylloideae quanto a sua ocorrência na coluna d\'água (profundidade). Para Amphiroa a maior diversidade está no mesolitoral, enquanto que para Lithophyllum e Titanoderma a maior diversidade se encontra no infralitoral. Oito espécies são restritas ao mesolitoral, enquanto que dez (incluindo P. huveorum) são restritas ao infralitoral. Estes fatos chamam a atenção da necessidade de se incluir diferentes técnicas de coleta nos trabalhos de diversidade em Florideophycideae, do contrário podemos negligenciar uma diversidade inexplorada / Lithophylloideae is a subfamily within Corallinaceae including both articulated and non-articulated genera. This work is the first effort to access the specific diversity for Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella and Titanoderma for Brazil based on a sum of morphological anatomical, ecological and molecular data, including also the tools applicability evaluation. From the 26 species found, are Amphiroa, eight are Lithophyllum, two are Titanoderma and one is the first register for Paulsilvella for Atlantic waters: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, six criptic species for the A. fragilissima Complex, three cryptic species for the A. beauvoisii Complex, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Titanoderma pustulatum, T. prototypum and Paulsilvella huveorum. For the molecular characterization four markers were used: UPA, COI-5P, psbA and rbcL-3P, which have attended to two the delimitation of species and also to the evaluation of these markers as DNA Barcodes for the species of Lithophylloideae within the context of variability found on the Brazilian coast. For these two purposes we have applied five clustering methods, based on the Divergence Rates, ABGD, MDS, PTP and SPN. Conflicting cases were also observed for values of barcoding gap. The four molecular markers are reliable for species delimitation within the Lithophylloideae, providing good support values for the species and significant amounts of barcoding gap. Nevertheless, given the possibility of using the rbcL marker also for phylogenetic purposes, we emphasize the applicability of rbcL-3P as the most appropriate marker, in case there is a need to indicate a single marker as DNA Barcode for this group alga. A phylogenetic inference for the Lithophylloideae included the first sequences for Paulsilvella and used psbA, rbcL-3P and SSU rDNA. We found that Amphiroa is monophyletic while Lithophyllum and Titanoderma are probably polyphyletic. Additionally, Paulsilvella may represent the first morphological form of the subfamily. Amphiroa, Lithophyllum and Titanoderma distribution along the Brazilian coast have allowed a new discussion concerning the benthic macroalgae distribution to the country, adding two new factors to this scenario: the coastal currents movement and the South Atlantic Gyre. The molecular data have also allowed accessing the preferences according to the depth on the water column for the 26 species. The major diversity for Amphiroa grows at the intertidal, while Lithophyllum and Titanoderma diversity is higher at the subtidal and Paulsilvella is restricted to the subtidal. There are eight species restricted to the intertidal and ten restricted to the subtidal (including P. huveorum), what addresses to a need to include these both environments on diversity studies for the Florideophycideae otherwise it will imply the existence of an unexplored diversity
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