Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-15T13:55:34Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Emanuell Ribeiro.pdf: 867180 bytes, checksum: 80e2808ea4dba856924c7c1f89d4c29b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T13:55:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Emanuell Ribeiro.pdf: 867180 bytes, checksum: 80e2808ea4dba856924c7c1f89d4c29b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / With more than 5,700 species described, Neotropical ichthyofauna is considered the most diverse vertebrate fauna of the world. Neotropical fishes represent 20% of all fish species in the world. Therefore any attempt to understand evolution of vertebrates must rely on the understanding of the diversification of fishes in the Amazon basin and adjacent regions. Among the drainages that comprise the Amazon basin, the Xingu and Tapajós are particularly notable for the large number of rapids and waterfalls, which occur in the transition area between the Brazilian Shield and the Amazonian plain. The environment of the rapids is characterized by a set of extreme environmental features, requiring morphophysiological and behavioral specializations of the associated ichthyofauna. With approximately 250 valid species, the tribe Ancistrini has strong association with rapidly moving waters, and are an important component of the rheophilic fish fauna of the Xingu- Tapajós aquatic ecoregion. The Xingu and Tapajós Rivers are considered historically under-sampled, and the high number of species that have been described in recent years is indicative of the need to expand the taxonomic studies in this ecoregion. The recent infrastructure investments by the federal government into the construction oof hydroelectric developments raises to the state of urgency the need to increase the number of studies aimed to describe and elucidate the processes that generated these communities. For these reasons, the present study aimed to characterize the molecular diversity and phylogenetic structure of ancistrine communities of the Xingu-Tapajós aquatic ecoregion with the goal of clarifying the historical and ecological processes responsible for the current pattern of species co-occurrence. Analyses of DNA barcodes revealed the existence of 46 species of Ancistrini in the ecoregion, that are distributed in 16 genera, one of them probably being a new genus. The high concordance between morphologically and molecularly identified species indicates the reliability of the methodology of DNA barcoding for the identification/delimitation of species, making it a useful tool for the necessary acceleration of the description of new species of Neotropical ichthyofauna. The importance of biotic interactions suggested by analysis of phylogenetic community structure meets the theories proposed for the formation of communities of fish in lotic environments. However some evidence suggests that this difference may be the result of bias related to the taxonomic and geographical scales of the current study. / Com mais de 5.700 espécies descritas a ictiofauna neotropical é considerada a mais diversa fauna de vertebrados. Os peixes neotropicais representam 20% de todas as espécies de peixes do mundo. Deste modo qualquer tentativa de se entender a completa evolução dos vertebrados deve incluir a diversificação dos peixes na bacia amazônica e regiões adjacentes. Dentre as drenagens que compõem a bacia amazônica, os rios Xingu e Tapajós se destacam pelo grande número de corredeiras e cachoeiras, que ocorrem na área de transição entre o escudo brasileiro e a planície amazônica. Os ambientes de corredeira apresentam um conjunto de características extremas à ictiofauna, requerendo dessa especializações morfofisiológicas e comportamentais. Com aproximadamente 250 espécies válidas, a tribo Ancistrini apresenta forte relação aos ambientes de águas correntosas e são um importante componente da ictiofauna reofílica da ecorregião aquática Xingu-Tapajós. O Xingu e Tapajós são considerados rios historicamente pouco amostrados, e o elevado número de espécies que vem sendo descritas nos últimos anos é um indicativo da necessidade de ampliação de estudos taxonômicos nessa ecorregião. Os recentes investimentos do governo federal na construção de empreendimentos hidroelétricos eleva a um estado de urgência a necessidade do aumento de estudos que visem descrever e elucidar os processos que geraram essas comunidades. Por esses motivos, o presente estudo teve como objetivo caracterizar a diversidade molecular e estrutura filogenética das comunidades de Ancistrini da ecorregião aquática Xingu- Tapajós a fim de esclarecer os processos ecológicos e históricos responsáveis pelo atual padrão de co-ocorrência de espécies. As análises de DNA barcodes revelaram a existência de 46 espécies de Ancistrini na ecorregião, essas estão distribuídas por 16 gêneros, sendo um deles um provável gênero novo. A elevada concordância do banco de dados molecular e as espécies morfologicamente identificadas, indica a confiabilidade da metodologia de DNA barcoding na identificação/delimitação de espécies, sendo assim uma ferramenta útil ao necessário aceleramento da descrição de novas espécies da ictiofauna neotropical. A importância das interações bióticas sugerida pelas análises de estruturação filogenética de comunidades vai de encontro às teorias propostas para formação de comunidades de peixes em ambientes lóticos. Entretanto algumas evidências apontam que essa diferença pode ser resultado de viés relacionados às escalas taxonômicas e geográficas utilizadas nesse estudo.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-21T19:24:42Z No. of bitstreams: 2 Dissertação versão final_Ana Paula Costa - 01-10-15.pdf: 2003966 bytes, checksum: 68aa721e528f0278eed6af11f939591d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T19:24:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação versão final_Ana Paula Costa - 01-10-15.pdf: 2003966 bytes, checksum: 68aa721e528f0278eed6af11f939591d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-06-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Neotropical cichlids are a diverse group, which comprises about 60 genera and at least 1300 species are recognized. They are distributed in Central and South America, Texas, West Indies, Africa, Madagascar, Syria, Israel, Iran, Sri Lanka, southern coast of India. The diversity found in the Cichlid family covers the most different morphological and ecological aspects that facilitate the adaptation of this fish family. In addition, evidence based on molecular data showed that most of the diversification of the Neotropical fish fauna occurred recently. These features make it difficult to understand the taxonomy and identification of this fauna, becoming a major challenge for molecular tools. In this context, this study aimed to test the effectiveness of DNA barcode methodology (COI gene) to identify and delineate the diverse ictiofauna of freshwater cichlids in the Neotropics. For this purpose, 59 species of Amazon basin fish were analyzed, being sampled by up to five specimens, morphologically identified beforehand, and 147 DNA barcode sequences obtained. Morphological data were combined with the molecular where only nine species showed agreement in both methods of identification. Of the 45 species analyzed, 40 (88.8%) were correctly identified by the barcode sequencing. The main values of intraspecific and interspecific genetic divergence by K2P in molecular clusters were 0% and 55%. Seven cryptic species (15.5%) as well as seven complexes of species (15.5%) were verified and approximately five species (11.2%) showed absence of mutual monophyly. This study is the first to analyze a large number of freshwater fish species in South America, including a large number of closely related species. The results confirmed the effectiveness of barcode to signal cryptic species and species complexes, which have recently undergone a process of irradiation, in addition to discriminate most species analyzed. The results also revealed genetic differences suggesting reproductive isolation and cryptic speciation in seven species. Finally, the results will contribute significantly for the Life Barcode International Project, and for the FISH-BOL campaign providing sequences of barcodes on the identification of these species by specialists and non-specialists, as well as allowing them to be available for use in other applications. / Os ciclídeos neotropicais constituem um grupo variado, no qual compreendem cerca de 60 gêneros e pelo menos 1300 espécies são reconhecidas. São distribuídas na América Central e do Sul, Texas, Índias Ocidentais, África, Madagascar, Síria, Israel, Irã, Sri Lanka, litoral do sul da Índia. A diversidade encontrada na família Cichlidae abrange os mais diferentes aspectos morfológicos e ecológicos, que facilitam na adaptação dos peixes desta família. Além disso, evidências com base nos dados moleculares mostraram que a maior parte da diversificação da ictiofauna Neotropical ocorreu recentemente. Estas características tornam difícil a compreensão da taxonomia e identificação dessa fauna, tornando um grande desafio para as ferramentas moleculares. Neste contexto, o presente estudo teve como objetivo testar a eficácia da metodologia do código de barras de DNA (gene COI) para identificar e delimitar a ictiofauna diversificada de ciclídeos em água doce da região Neotropical. Para esta finalidade, foram analisadas 59 espécies de peixes na bacia Amazônica, sendo amostrado por até cinco espécimes, identificadas a priori morfologicamente, e obtidas 147 sequências de código de barras de DNA. Foram combinados os dados morfológicos com os moleculares, onde apenas nove espécies apresentaram concordância em ambos os métodos de identificação. Das 45 espécies analisadas, 40 (88,8%) foram corretamente identificadas pelas sequências de códigos de barras. Os principais valores de divergência genética intraespecífica e interespecífica pelo K2P nos agrupamentos moleculares foram 0% e 55%. E verificou-se sete espécies crípticas (15,5%), sete complexos de espécies (15,5%) e aproximadamente cinco espécies (1 1,2%) mostraram ausência de monofilia recíproca. Este estudo é o primeiro analisar um grande número de espécies de peixes de água doce da região Neotropical, incluindo um grande número de espécies estreitamente relacionadas. Os resultados confirmaram a eficácia do código de barras para sinalizar espécies crípticas e complexos de espécies, que passaram recentemente por um processo de irradiação, além de discriminar a maioria das espécies analisadas. Os resultados também revelaram divergências genéticas sugestivas de isolamento reprodutivo e especiação críptica em sete espécies. Enfim, os resultados obtidos contribuirão significamente para o projeto Internacional do Código de Barras da Vida, e para a campanha FISH-BOL fornecendo as sequências de código de barras para uso na identificação dessas espécies por especialistas e não-especialistas, e permitindo-lhes estar disponível para uso em outras aplicações.

Orientador: Claudio de Oliveira / Resumo: Atlantirivulus santensis é amplamente distribuída ao longo das drenagens costeiras de São Paulo, Brasil. Algumas evidências de variação morfológica dentro dessa espécie sugerem que possam existir espécies novas que ainda não tenham sido descritas. Nesse sentido, o objetivo do presente estudo é verificar se existem diferentes linhagens de A. santesis utilizando a ferramenta do DNA Barcoding, realizar a revisão taxonômica de A. santesis através de caracteres morfológicos e estabelecer os limites de distribuição desta espécie com o intuito de contribuir para futuros estudos de sistemática dos rivulídeos. Foram analisadas 68 sequências parciais da região Citocromo c Oxidase I do DNA mitocondrial (com aproximadamente 550 pares de bases) de espécimes de A. santensis (Ubatuba, Maresias, Bertioga, São Paulo, Santos, Mongaguá, Pedro de Toledo, Itanhaém e Peruíbe), além de Atlantirivulus simplicis encontrada no limite norte (Paraty-RJ) da distribuição de A. santensis e Atlantirivulus ribeirensis, limite sul, para fins comparativos, como grupos externos. Os dados obtidos foram analisados com os softwares Geneious v.4.8.5, BioEdit v5.0.9 e Mega 7.0. Os resultados foram graficamente representados em dendrogramas de Neighbour-Joining (NJ), Automatic Barcode Gap Definition (ABGD) e PTP. As análises geraram três clusters (mais os dois grupos externos) dentro de A. santensis. O primeiro grupo é composto por espécimes de Peruíbe, Pedro de Toledo e Itanhaém, o segundo por Santos, Mongaguá e São... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Atlantirivulus santensis is widely distributed along the coastal drains of São Paulo, Brazil. Some evidence of morphological variation within this species suggests that there may be new species that have not yet been described. In this sense, the objective of the present study is to verify if there are different strains of A. santesis using the tool of the DNA Barcoding, to carry out the taxonomic revision of A. santesis through morphological characters and to establish the distribution limits of this species with the intention to contribute for future studies of rivulide systematics. We analyzed 68 partial sequences of the cytochrome c Oxidase I region of the mitochondrial DNA (approximately 550 base pairs) of A. santensis specimens (Ubatuba, Maresias, Bertioga, São Paulo, Santos, Mongaguá, Pedro de Toledo, Itanhaém and Peruíbe), in addition to Atlantirivulus simplicis found in the northern boundary (Paraty-RJ) of the distribution of A. santensis and Atlantirivulus ribeirensis(Juquiá-SP), southern limit, for comparative purposes, as external groups. The data obtained were analyzed with the software Geneious v.4.8.5, BioEdit v5.0.9 and Mega 7.0. The results were graphically represented in NeighborJoining (NJ), Automatic Barcode Gap Definition (ABGD) and PTP dendrograms. The analyzes generated three clusters (plus the two external groups) within A. santensis. The first group consists of specimens from Peruíbe, Pedro de Toledo and Itanhaém, the second from Santos, Mongaguá and ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

The red algae (Rhodophyta) is a monophyletic phylum and is comprised of seven classes including the Florideophyceae. The class monophyletic Florideophyceae is postulated to have diverged from the class Bangiophyceae and contains over 32 orders including the freshwater Batrachospermales and Thoreales. Classifications within these orders as well as the class are based predominantly on female reproductive characters and vegetative morphology. The order Batrachospermales contains a number of families and genera with the genus Batrachospermum being the largest with eight recognized sections. The order Thoreales was once considered a genus within the order Batrachospermales but is currently recognized as an autonomous order. Due to the cryptic nature of the genera, particularly Batrachospermum, the Morphological Species Concept has proven to be limiting in the classification at the species level. This study examines the usefulness of the mitochondrial gene encoding cytochrome c oxidase subunit I (COI) in delimiting species within the orders Batrachospermales and Thoreales from several countries spanning three continents and comparing this data to a parallel analysis of the gene encoding the large subunit of the chloroplast enzyme Ribulose 1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (rbcL). Sequence data and phylogenetic analysis illustrates possible delineation among species using the COI marker. Distinct clades of sections Batrachospermum, Setacea, Virescentia, Turfosa, Contorta, Gonimopropagulum and Aristata were observed from various geographic locations; as well as clades of genus Sirodotia, Tuomeya Lemanea, Paralemanea and Thorea. The present study proposes the elevation of the current recognized infrageneric sections to the status of genus based on both COI and rbcL genes sequence data. In addition, very few clades appeared to reflect any biogeographic trends.

The red algae (Rhodophyta) is a monophyletic phylum and is comprised of seven classes including the Florideophyceae. The class monophyletic Florideophyceae is postulated to have diverged from the class Bangiophyceae and contains over 32 orders including the freshwater Batrachospermales and Thoreales. Classifications within these orders as well as the class are based predominantly on female reproductive characters and vegetative morphology. The order Batrachospermales contains a number of families and genera with the genus Batrachospermum being the largest with eight recognized sections. The order Thoreales was once considered a genus within the order Batrachospermales but is currently recognized as an autonomous order. Due to the cryptic nature of the genera, particularly Batrachospermum, the Morphological Species Concept has proven to be limiting in the classification at the species level. This study examines the usefulness of the mitochondrial gene encoding cytochrome c oxidase subunit I (COI) in delimiting species within the orders Batrachospermales and Thoreales from several countries spanning three continents and comparing this data to a parallel analysis of the gene encoding the large subunit of the chloroplast enzyme Ribulose 1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (rbcL). Sequence data and phylogenetic analysis illustrates possible delineation among species using the COI marker. Distinct clades of sections Batrachospermum, Setacea, Virescentia, Turfosa, Contorta, Gonimopropagulum and Aristata were observed from various geographic locations; as well as clades of genus Sirodotia, Tuomeya Lemanea, Paralemanea and Thorea. The present study proposes the elevation of the current recognized infrageneric sections to the status of genus based on both COI and rbcL genes sequence data. In addition, very few clades appeared to reflect any biogeographic trends.

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Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-02-13T20:16:06Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Smicridea Gleison.pdf: 9709188 bytes, checksum: cb071ce30f7f53d2718bbb3372b41707 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T20:16:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Smicridea Gleison.pdf: 9709188 bytes, checksum: cb071ce30f7f53d2718bbb3372b41707 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Smicridea McLachlan, 1871 is the single genus of Smicrideinae in the New World. Its species are quite diverse in the Neotropics and are clustered into two subgenera, Smicridea and Rhyacophylax. However, the larvae of a big part of this diversity remain unknown, especially in Brazil, where among the 50 species recorded only seven has the larvae known. This fact compromises its applicability as biomarkers in biomonitoring programs of the quality of aquatic environments. Therefore, to be illustrated and morphologically described at the species level, larvae need to be associated with identified adults. In this sense, were carried associations between larvae and adult Smicridea of Brazil through metamorphotypes and sequence comparison of mitochondrial gene Cytochrome Oxidase subunit I (COI). From the analysis of material from various locations in Brazil, when metamorphotypes were not found or not available, mitochondrial DNA of the specimens was extracted for subsequent amplification, purification and sequencing of the COI gene fragment. The sequences obtained, together with some of the downloaded DNA barcode database (BOLD) were edited and aligned, resulting in a fragment of 620 bp. Based on sequences, intra- and interspecific genetic distances were calculated using evolutionary model Kimura 2-parameters and from these distances were built filogramas using the neighbor-joining method (NJ) with branches of support inferred by bootstrapping with 1.000 replications. In this study, associations between larvae and adults were performed for 11 species of Smicridea, four by metamorphotypes and seven through COI gene sequences, based on the philogram groupings generated by NJ and according to association’s criteria. Of associated species, seven belong to S. (Rhyacophylax) and four to S. (Smicridea), three of which are new to science. Larvae conspecific to adult of known species with adult males of the new species are described, illustrated and their extended distribution. In addition, an illustrated taxonomic identification key is provided for the 17 species of Smicridea with known larval stage that occurs Brazil. / Smicridea McLachlan, 1871 é o único gênero de Smicrideinae presente no Novo Mundo. Suas espécies são bastante diversas na região Neotropical e estão agrupadas em dois subgêneros, Smicridea e Rhyacophylax. Porém, as larvas de grande parte dessa diversidade permanecem desconhecidas, principalmente no Brasil, onde das 50 espécies registradas apenas sete têm larvas conhecidas. Este fato compromete sua aplicabilidade como bioindicadores em programas de biomonitoramento da qualidade de ambientes aquáticos. Portanto, para serem ilustradas e descritas morfologicamente em nível de espécie, larvas precisam ser associadas com adultos identificados. Nesse sentido, realizou-se associações entre larvas e adultos de Smicridea do Brasil através de metamorfótipos e comparação de sequências do gene mitocondrial Citocromo Oxidase subunidade I (COI). A partir da análise de material proveniente de diversas localidades do Brasil, quando metamorfótipos não foram encontrados ou disponíveis, foi extraído DNA mitocondrial dos espécimes para posterior amplificação, purificação e sequenciamento do fragmento do gene COI. As sequências obtidas, juntamente com algumas obtidas no banco de dados do DNA barcode (BOLD), foram editadas e alinhadas, resultando em um fragmento de 620 bp. Baseado nas sequências, distâncias genéticas intra e interespecífica foram calculadas usando modelo evolutivo Kimura 2-Parâmetros e a partir dessas distâncias foram construídos filogramas usando o método de Neighbor-Joining (NJ) com suporte dos ramos inferido por bootstrap com 1.000 replicações. Neste estudo, associações entre larvas e adultos foram realizadas para 11 espécies de Smicridea, quatro por meio de metamorfótipos e sete através de sequências do gene COI, com base nos agrupamentos do filograma gerado por NJ e de acordo com critérios de associação. Das espécies associadas, sete pertencem a S. (Rhyacophylax) e quatro a S. (Smicridea), das quais três são novas para a ciência. Larvas coespecíficas a adultos de espécies conhecidas juntamente com adultos machos das novas espécies são descritas, ilustradas e suas distribuições estendidas. Além disso, uma chave ilustrada de identificação taxonômica é fornecida para as 17 espécies de Smicridea com estágio larval conhecido que ocorrem no Brasil.

DNA barcoding has illuminated genetically distinct lineages within what appears to be one morphological species. For example, a large-scale DNA barcode analysis of Lepidoptera in the Área de Conservación Guanacaste has revealed that 8% of the morphospecies show more than one DNA barcode lineage. To assess the evolutionary significance of five of these lineages I conducted further molecular analyses by sequencing mitochondrial cytochrome b, nuclear Elongation Factor 1α and ribosomal Internal Transcribed Spacer 2, and compare their gene phylogenies with the provisional species tree hypothesized by DNA barcode genetic distances. Both mitochondrial and nuclear markers support the existence of three cryptic species in one of the five cases. Morphological and ecological correlates are still lacking to understand the origin of this divergence. The lack of corroboration between markers in the four remaining species either suggests that the chosen nuclear markers have not diverged since speciation, or there has been recent hybridization between lineages. In one case, hybridization is strongly suggested. / Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada, Genome Canada through the Ontario Genomics Institute

Orientador: Claudio de Oliveira / Resumo: A elevada biodiversidade da ictiofauna marinha no oceano Atlântico do litoral do Brasil resulta num desafio para os estudos de especiação. As barreiras biogeográficas influenciam grandemente o isolamento genético de algumas espécies marinhas, porém a eficácia da transposição dessas barreiras, por alguns peixes podem ocorrer, fazendo com que não haja alterações no fluxo gênico das espécies. No entanto, poucos são os estudos realizados com a ictiofauna marinha em relação aos padrões zoogeógrafos e a rica biodiversidade íctica que se encontra no litoral do Brasil. Considerando o exposto, em nosso trabalho de pesquisa, utilizamos a ferramenta DNA barcoding com objetivo de testar a hipótese da existência de barreiras entre as 10 espécies de peixes que apresenta diferentes hábitos de vida, em áreas geográficas com condições ambientais distintas na costa do Brasil que gerem um isolamento a nível populacional ou especifico e contribuir na formação de um banco de tecido de espécies de peixes marinho-estuarinos. Os fragmentos de DNA barcode com cerca de 600 pares de bases do Citocromo Oxidase C subunidade 1 (COI), foram amplificados por PCR e sequenciados para 145 indivíduos. A análise de divergência genética observada nos espécimes Chaetodipterus faber, Hemicaranx amblyrhynchus, Selene vomer e Nebris microps apresentaram valores intraespecífico menor que 2%, sugerindo que estas espécies adotam uma única unidade evolutiva (U.E) Provavelmente essas espécies não apresentaram diferenciaçã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The high biodiversity of the marine ichthyofauna in the Atlantic Ocean of the Brazilian coast results in a challenge for the studies of speciation. Biogeographic barriers greatly influence the genetic isolation of some marine species, but the effectiveness of transposition of these barriers by some fish may occur so that there is no change in the gene flow of the species. However, few studies have been carried out with the marine ichthyofauna in relation to the zoogeograph standards and the rich fish biodiversity that is found in the Brazilian coast. Considering the above, in our research work, we used the DNA barcode tool to study 10 species of fish that presents different habits of life, in geographic areas with distinct environmental conditions in the Brazilian coast that generate isolation at the population or specific level and contribute to the formation of a tissue bank of marine-estuarine fish species. In addition to comparing the sequences generated for different areas of the coast of Brazil. DNA barcode fragments with about 600 base pairs of the Cytochrome Oxidase C subunit 1 (COI) were amplified by PCR and sequenced to 145 individuals. The Neighbor-Joining analysis revealed that four species presented a single evolutionary unit in the studied area: Chaetodipterus faber, Hemicaranx amblyrhynchus, Selene vomer, and Nebris microps, presenting genetic distance inferior to 2%. Probably these species do not present genetic differentiation due to their ability to cross th... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fábio Porto Foresti / Resumo: As raias são elasmobrânquios que apresentam o corpo achatado dorso-ventralmente, além de cinco a sete pares de fendas branquiais que se encontram na região ventral do corpo e nadadeiras peitorais desenvolvidas e fundidas à cabeça. No Brasil, existem 29 espécies de raias em perigo de extinção de acordo com a Lista Vermelha da IUCN. As espécies de raias comercializadas muitas vezes são de difícil identificação devido à descaracterização, o que pode ser solucionado com o uso da técnica DNA Barcode, a qual é um sistema de identificação molecular baseado em uma sequência de DNA mitocondrial Citocromo Oxidase subunidade I (COI), atuando como código de barras de DNA de cada espécie. Esse sistema tem sido utilizado com êxito para identificar amostras que são comercializadas descaracterizadas e de forma ilegal. Desta forma, a técnica de DNA Barcode foi utilizada para a identificação de amostras de raias comercializadas em peixarias no estado de São Paulo e na CEAGESP, com o intuito de identificar quais são as espécies utilizadas no comércio e se atualmente ocorre a venda de espécies ameaçadas de extinção, assim como validar a técnica como ferramenta de rotina para controle de qualidade relacionado ao mercado de raias. Foram coletados 239 amostras, das quais 82 foram identificadas como espécies de raias, sendo elas Paratrygon aiereba (40,24%), Gymnura altavela (14,63%), Potamotrygon motoro (13,41%), Hypanus dipterurus (10,98%), Atlantoraja castelnaui (9,76%), Hypanus americanus (4,88%)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Skates and stingrays are elasmobranch fish that display the body dormant ventrally, as well as five to seven pairs of branchial staves that separate into the ventral region of the body and pectoral fins that are fused to the head. There are currently 29 endangered species of skates and stingrays in Brazil according to the IUCN Red List. The marketed species of the group are often difficult to identify due to decharacterization, which can be solved using the DNA Barcode analysis, a molecular identification system based on a mitochondrial Cytochrome Oxidase subunit I (COI) DNA sequence that acts as a barcode of the DNA of each species. This system has been successfully used to identify illegally uncharacterised types of products. Thus, the DNA Barcode technique was used to identify species of stingrays and skates that are traded in fishmongers in the state of São Paulo and CEAGESP, in order to identify which species are marketed and if the sale of endangered species currently occurs, as well as validate a technique as a routine tool for quality control related to the group species. 239 specimens were collected, of which 82 were identified as species of stingrays and rays, which were Paratrygon aiereba (40,24%), Gymnura altavela (14,63%), Potamotrygon motoro (13,41%), Hypanus dipterurus (10,98%), Atlantoraja castelnaui (9,76%), Hypanus americanus (4,88%), Atlantoraja platana (2,44%) and Bathytoshia centroura (2,44%), of which B. centroura and P. aiereba, G altavela and A. castel... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre