O gênero Hypnea Lamouroux (1813) e particularmente a espécie H. musciformis (Wulfen) J.V.Lamouroux apresentam grande importância ecológica e econômica como matéria prima para a produção de carragenana, com ampla distribuição geográfica em águas tropicais e sub-tropicais ao redor do mundo. No entanto, a identificação das espécies de Hypnea com base apenas em dados morfológicos é dificultada devido à plasticidade fenotípica presente neste grupo e sua morfologia relativamente simples. Em vista disso, diversas ferramentas de estudo para delimitar espécies dentro do gênero e sua distribuição geográfica foram utilizados neste trabalho, para testar duas hipóteses principais: 1) Hypnea musciformis forma um complexo de espécies proximamente relacionadas, mas com distribuição geográfica distinta e 2) Os variantes morfológicos \"musciformis\" e \"nigrescens\" de H. pseudomusciformis que ocorrem na costa Brasileira correspondem a uma única espécie biológica. Com base em marcadores moleculares e análises morfológicas, confirmamos a ocorrência de nove espécies diferentes na costa do Brasil: H. brasiliensis, H. cervicornis, H. edeniana, H. flava, H. pseudomusciformis, H. platyclada, H. spinella, H. yokoyana e H. wynnei. E duas espécies não descritas, Hypnea sp.1 e Hypnea sp2. Além disso, dados de cruzamento com linhagens distintas de H. pseudomusciformis indicam a separação em duas espécies, sendo H. pseudomusciformis restrita ao Sudeste e Sul do país e H. sp. 5 restrita ao Nordeste, elevando o número total de espécies do país para 12. Análises filogeográficas mostram que H. musciformis possui distribuição ao longo do Hemisfério Norte, enquanto que H. pseudomusciformis possui distribuição ao longo do Hemisfério Sul. Além disso, foram detectados fortes padrões de estrutura genética e foram reconhecidas distintas zonas filogeográficas marinhas: a província do Uruguai, a província do sul do Brasil, a província do Rio de Janeiro, a província do leste do Brasil e a província do norte do Brasil. O grau de isolamento genético e distinção entre essas províncias variou consideravelmente. A maior diversidade genética foi encontrada na região de ressurgencia de Cabo Frio, no estado do Rio de Janeiro, uma região conhecida pela presença de um número diversificado de habitats microclimáticos distintos. Esses resultados corroboram a hipótese 1. Para testar a hipótese 2, foram coletados indivíduos das duas variantes morfológicas de H. pseudomusciformis, \"musciformis\" e \"nigrescens\" que foram cultivados in vitro nas mesmas condições. O histórico de vida de ambas as variantes morfológicas foi completado em aproximadamente 121 dias. Quando cultivados in vitro, as diferenças morfológicas entre as variantes \"musciformis\" e \"nigrescens\" foram atenuadas. O conteúdo de pigmentos fotossintetizantes (clorofila a, carotenóides e ficobiliproteínas), proteínas solúveis totais e capacidade antioxidante (DPPH, ABTS, capacidade de redução de Folin-Ciocalteu, FRAP e capacidade de quelação de ferro) também foram analisados para amostras dessas duas variantes morfológicas coletadas no campo e cultivadas in vitro. A variação \"nigrescens\" coletada no campo apresentou mais ficobiliproteínas, proteínas solúveis totais e apresentou maior atividade antioxidante para os ensaios ABTS e Folin-Ciocalteu do que a variação \"musciformis\". As amostras em cultura de ambas as variações morfológicas não mostraram diferenças significativas nos pigmentos e atividade antioxidante, exceto para aloficocianina, que foi maior em \"musciformis\". Estes dados indicam que as diferenças encontradas entre \"musciformis\" e \"nigrescens\" são principalmente devidas a pressões ambientais e representam um exemplo de plasticidade fenotípica. Além disso, foram realizados experimentos de cruzamento in vitro entre gametófitos de \"musciformis\" e \"nigrescens\". Esses cruzamentos resultaram na formação de cistocarpos, que após a liberação dos esporos, originaram novos tetrasporófitos, que posteriormente ficaram férteis liberando tetrásporos que se desenvolveram em novos gametófitos, confirmando os dados moleculares que mostram que essas variantes pertencem à mesma espécie biológica, corroborando a hipótese 2 / The genus Hypnea Lamouroux (1813) and particularly H. musciformis (Wulfen) J.V.Lamouroux present great economic and ecological importance as source for the production of carrageenan, with a wide geographic distribution in tropical and sub-tropical waters around the world. However, the identification of Hypnea species based only on morphological data is hampered by phenotypic plasticity and its relatively simple morphology. In this work, several approaches were used to study species of the genus Hypnea, based on two hypothesis: 1) The species H. musciformis is a complex of closely related species, but with a distinct geographic distribution. 2) The morphological variants \"musciformis\" and \"nigrescens\" of H. pseudomusciformis occurring on the Brazilian coast correspond to a single biological species. Based on DNA barcode molecular markers and morphological analyzes, we confirmed the occurrence of nine different species for the genus Hypnea on the coast of Brazil: H. brasiliensis, H. cervicornis, H. edeniana, H. flava, H. pseudomusciformis, H. platyclada, H. spinella, H. yokoyana and H. wynnei. And two undescribed species, H. sp.1 and H. sp2. In addition, cross-breeding tests were made within two linaeges of H. pseudomusciformis , the resultus indicate the segregation in two distint species, with H. pseudomusciformis restrict to Southeast and South of the country and H. sp. 5 to Northeast, elevating the total number of species to 12. Phylogeographic analyzes show that H. musciformis is distributed in the Northern Hemisphere of the planet, while H. pseudomusciformis is distributed in the Southern Hemisphere. In addition, strong patterns of genetic structure were detected and distinct marine phytogeographic zones were recognized: the province of Uruguay, the province of southern Brazil, the province of Rio de Janeiro, the province of eastern Brazil and the province of northern Brazil. The degree of genetic isolation and distinction between these provinces varied considerably. The greatest genetic diversity was found in Cabo Frio, in the state of Rio de Janeiro, a upwelling region known for the presence of a diverse number of distinct microclimatic habitats. These results corroborate hypothesis 1. To test hypothesis 2, individuals of the two morphological variants of H. pseudomusciformis, \"musciformis\" and \"nigrescens\" were collected and kept under the same in vitro culture conditions. The life history of both morphological variants was completed in approximately 121 days. When cultured in vitro, the morphological differences between the \"musciformis\" and \"nigrescens\" variants were attenuated. The content of photosynthetic pigments (chlorophyll a, carotenoids and phycobiliproteins), total soluble proteins and antioxidant capacity (DPPH, ABTS, reduction capacity of Folin-Ciocalteu, FRAP and iron chelation capacity) were also analyzed for samples of these two morphological variants collected in the field and from in vitro cultures. The \"nigrescens\" variation collected in the field showed more phycobiliproteins, total soluble proteins and presented greater antioxidant activity for ABTS and Folin-Ciocalteu than the \"musciformis\" variation. Samples maintained in vitro of both morphological variations did not show significant differences in pigment and antioxidant activity, except for allophycocyanin, which was higher in \"musciformis\". These data indicate that the differences found between \"musciformis\" and \"nigrescens\" are due to environmental pressures and represent an example of phenotypic plasticity. In addition, in vitro crossing experiments were performed between gametophytes of \"musciformis\" and \"nigrescens\". These crossings generated cystocarps and, after the spores were released, new tetrasporophytes were observed, which later produced tetraspores that germinated forming new gametophytes, confirming the molecular data that show that these variants belong to the same biological species, corroborating the hypothesis 2

O gênero Hypnea J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), com cerca de 67 espécies descritas, apresenta ampla distribuição geográfica pelas costas marinhas de águas quentes ao redor do mundo. Algumas espécies de Hypnea são usadas para a produção de carragenanas, hidrocolóides de grande importância na indústria atual. A taxonomia do gênero é bastante problemática e a identificação das espécies é complicada devido a uma morfologia relativamente simples que muitas vezes é influenciada pelas condições do habitat onde se encontram. Apesar das revisões regionais já realizadas, o número certo de espécies e o status de algumas delas permanece em dúvida. Estudos moleculares já foram realizados com o gênero Hypnea principalmente para região da Ásia. A técnica do \"DNA barcoding\" tem sido testada em Rhodophyta com sucesso para identificação rápida de espécies, utilizando a região 5´ do gene mitocondrial da citocromo c oxidase subunidade I, o marcador cox1. Outro marcador recentemente testado como \"DNA barcode\" é o domínio V do gene plastidial 23S, o marcador UPA. Além destes, o marcador plastidial rbcL tem sido utilizado como ferramenta para estudos filogenéticos do gênero Hypnea. No presente trabalho, foram sequenciadas para o marcador cox1, 49 amostras provenientes do no litoral do estado de São Paulo, uma amostra proveniente do estado do Rio de Janeiro e cinco amostras mantidas em cultura provenientes dos litorais dos estados de São Paulo e Espírito Santo. Foram identificados seis grupos taxonômicos diferentes segundo o marcador cox1. Representantes de cada um desses grupos foram sequenciados para os marcadores UPA e rbcL. A divergência interespecífica encontrada entre as amostras sequenciadas neste estudo para o marcador cox1 foi 62 - 100 pb (10,1 - 16,3%); para o marcador UPA foi 9 - 16 pb (2,5-4,4%) e para o marcador rbcL foi 42 - 88 pb (3,2 - 6,7%). As divergências intraespecíficas das amostras obtidas neste estudo foram, 0 - 5 pb (0 - 0,9 %) para o marcador cox1, 0 - 1pb (0 - 0,3%) para o marcador UPA e 0 - 6 pb (0 - 0,5%) para o marcador rbcL. As divergências observadas corroboram a existência de seis entidades taxonômicas diferentes. Após análise da morfologia e comparação com sequências disponíveis no GenBank as espécies do gênero Hypnea foram nomeadas como: H. cervicornis, H.flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp.1 e Hypnea sp.2. Sendo a espécie Hypnea flexicaulis a primeira citação para o Oceano Atlântico. Baseado nos estudos moleculares e morfológicos, concluímos que a espécie H. nigrescens, anteriormente citada para o Estado de São Paulo, é na verdade uma variação morfológica de H. musciformis. Ainda, concluímos que as espécies de H. cervicornis e H. spinella não devem ser colocadas em sinonímia uma vez que suas características morfológicas e as diferenças nas sequências obtidas através dos três marcadores utilizados mostram que são duas espécies distintas / The genus J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), comprises 67 described species, has a wide geographical distribution on the tropical shores around the world. Some species of Hypnea are used for the production of carrageenan, hydrocolloids of great importance in today´s industry. The taxonomy of the genus is very problematic and Hypnea species identification is complicated by a relatively simple morphology that is often influenced by the conditions of the habitat. Although some regional reviews have been carried out, the right number of species and the status of some species remain in doubt. Molecular studies have been carried out mainly dealing with species from Asia. The technique of \"DNA barcoding\" has been successfully tested in Rhodophyta for rapid identification of species using the 5 \'region of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I, the marker cox1. Recently, another marker tested as \"DNA barcode\" is the domain V of the plastidial 23S gene, the marker UPA. In addition, the plastidial marker rbcL has been used as a tool for phylogenetic studies of the genus Hypnea. In this study, were sequenced for the marker cox1, 49 samples from the coast of São Paulo State, a sample from the State of Rio de Janeiro and five samples maintained in culture from the coastal states from the States of São Paulo and Espirito Santo. We identified six different taxonomic groups according to the marker cox1. Representatives of each of these groups were sequenced for the UPA and rbcL markers. The divergence found among the cox1 sequences in this study was from 62 to 100 bp (10.1 - 16.3%), for the UPA marker was from 9 to 16 bp (2.5 to 4.4%), and for the rbcL marker was 42 to 88 bp (3.2 - 6.7%). The intraspecific divergences for the samples sequenced in this study were 0-5 bp (0 -0.9%) for the cox1, 0-1 bp (0 - 0.3%) for the UPA and 0-6 bp (0 - 0.5%) for the rbcL. The observed divergences for the three molecular markers confirm the existence of six different taxonomic entities. After analysis of the morphology and comparison with sequences available in GenBank for the genus Hypnea these taxonomic entities were named as: H. cervicornis, H. flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp. 1 and sp2. As the species Hypnea flexicaulis this is the first citation to the Atlantic Ocean. Based on morphological and molecular studies, we conclude that the species H.nigrescens, quoted earlier for the State of São Paulo, is actually a morphological variation of H. musciformis. Still, we conclude that the species H. cervicornis and H.spinella should not be placed in synonymy since its morphological characteristics and differences in the sequences obtained from the three molecular markers show that they are two distinct species

Baseado em estudos morfológicos, as macroalgas marinhas da Baía do Almirantado (Ilha Rei George, Península Antártica) estão representadas por 55 táxons, sendo 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae e 9 Chlorophyta. Recentemente foi proposta a utilização de 'DNA barcode' para uma rápida e acurada identificação de espécies de macroalgas. Sendo a região 5\' do gene mitocondrial cox 1utilizado para identificação de algas vermelhas e pardas; o gene plastidial tufA utilizado na identificação de algas verdes; e o domínio V do gene 23S rRNA - UPA, universal plastid amplicon, utilizado na identificação de organismos fotossintetizantes. O objetivo desse trabalho foi obter sequências do tipo 'DNA barcodes' e de outros marcadores filogenéticos para a formação do primeiro banco de dados moleculares para as macroalgas da Baía do Almirantado, Antártica. Cerca de 100 espécimes de macroalgas foram coletados, em diversos pontos da baía, durante as OPERANTARes XXV e XXIX, que ocorreram durante dezembro de 2006 a junho de 2007 e dezembro de 2010 a janeiro de 2011, respectivamente. No presente trabalho, foi obtido um total de 209 sequências, cobrindo 29 espécies das 55 citadas para o local, sendo que 157 sequências são para marcadores moleculares do tipo 'DNA barcode', das quais 95 sequências são para o marcador do cloroplasto UPA, 39 sequências para o marcador mitocondrial cox1 e 23 sequências para o tufA. As sequências consenso dos 'DNA barcodes' foram submetidas à análise de distância para determinar os agrupamentos genéticos. Após a análise dos agrupamentos obtidos para os 'DNA barcodes', foram selecionados espécimes, representando cada táxon, para o sequenciamento dos marcadores filogenéticos rbcL, SSU ou ITS totalizando 52 sequências. Neste estudo, foram obtidos dados moleculares para 8 espécies de Chlorophyta, 9 espécies de Phaeophyceae e 14 espécies de Rhodophyta. Entre as espécies de Chlorophyta, Prasiola sp. e Protomonostroma rosulatum (citada anteriormente como P. undulatum), de Phaeophyceae Chordaria linearis e as Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis e Callophyllis sp. (citada anteriormente como Callophyllis atrosanguinea) são novas citações para a Baía do Almirantado. Sendo que a espécie Callophyllis sp. é possivelmente uma nova espécie. Outras duas espécies previamente citadas, baseado nos resultados moleculares, não ocorrem no local, Desmarestia chordalis e Pyropia woolhousiae. Com os resultados obtidos neste trabalho o número de espécies que ocorrem na Baía do Almirantado passa a 57 táxons / Based on morphological studies, the marine macroalgae of Admiralty Bay ( King George Island , Antarctic Peninsula ) are represented by 55 taxa: 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae and 9 Chlorophyta. It was recently proposed the use of DNA barcodes for quick and accurate identification of seaweeds. The 5\' end region of mitochondrial cox1 gene is used to identify brown and red algae, the plastid gene tufA is used in identifying green algae, and the V domain of the 23S rRNA gene - UPA universal plastid amplicon is used to identify photosynthetic organisms in general. The aim of this study was to obtain sequences of DNA barcodes and other phylogenetic markers for the formation of the first molecular database for macroalgae of Admiralty Bay, Antarctica. About 100 specimens of macroalgae were collected at various points of the bay during the OPERANTARs XXV and XXIX , which occurred during December 2006 to June 2007 and December 2010 and January 2011 respectively. In this study, we obtained a total of 209 sequences, covering 29 of the 55 species cited for the site. Of those 157 sequences are DNA barcodes, of which 95 are for the marker sequences of chloroplast UPA, 39 sequences for the mitochondrial markercox1 and 23 sequences for the tufA. The consensus sequences of the DNA barcodes were subjected to distance analysis to determine the genetic groupings.After analyzing the clusters obtained for the DNA barcodes, specimens representing each taxon were selected to the sequencing of phylogenetic markers rbcL, SSU and/or ITS sequences totaling 52 sequences for those markers. In this study, molecular data were obtained for 8 species of Chlorophyta , 9 species of Phaeophyceae and 14 species of Rhodophyta. Among the Chlorophyta species, Prasiola sp. and Protomonostroma rosulatum> (previously cited as P. undulatum), the Phaeophyceae Chordaria linearis and the Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis and Callophyllis sp. (previously cited as Callophyllis atrosanguinea) are new records for the Admiralty Bay. And the species Callophyllis sp. is possibly a new species. Other two species previously mentioned, based on molecular results, Desmarestia chordalis and Pyropia woolhousiae do not occur at the site. With the results obtained in this work the number of species that occur in Admiralty Bay are of 57 taxa.

O gênero Hypnea J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), com cerca de 67 espécies descritas, apresenta ampla distribuição geográfica pelas costas marinhas de águas quentes ao redor do mundo. Algumas espécies de Hypnea são usadas para a produção de carragenanas, hidrocolóides de grande importância na indústria atual. A taxonomia do gênero é bastante problemática e a identificação das espécies é complicada devido a uma morfologia relativamente simples que muitas vezes é influenciada pelas condições do habitat onde se encontram. Apesar das revisões regionais já realizadas, o número certo de espécies e o status de algumas delas permanece em dúvida. Estudos moleculares já foram realizados com o gênero Hypnea principalmente para região da Ásia. A técnica do \"DNA barcoding\" tem sido testada em Rhodophyta com sucesso para identificação rápida de espécies, utilizando a região 5´ do gene mitocondrial da citocromo c oxidase subunidade I, o marcador cox1. Outro marcador recentemente testado como \"DNA barcode\" é o domínio V do gene plastidial 23S, o marcador UPA. Além destes, o marcador plastidial rbcL tem sido utilizado como ferramenta para estudos filogenéticos do gênero Hypnea. No presente trabalho, foram sequenciadas para o marcador cox1, 49 amostras provenientes do no litoral do estado de São Paulo, uma amostra proveniente do estado do Rio de Janeiro e cinco amostras mantidas em cultura provenientes dos litorais dos estados de São Paulo e Espírito Santo. Foram identificados seis grupos taxonômicos diferentes segundo o marcador cox1. Representantes de cada um desses grupos foram sequenciados para os marcadores UPA e rbcL. A divergência interespecífica encontrada entre as amostras sequenciadas neste estudo para o marcador cox1 foi 62 - 100 pb (10,1 - 16,3%); para o marcador UPA foi 9 - 16 pb (2,5-4,4%) e para o marcador rbcL foi 42 - 88 pb (3,2 - 6,7%). As divergências intraespecíficas das amostras obtidas neste estudo foram, 0 - 5 pb (0 - 0,9 %) para o marcador cox1, 0 - 1pb (0 - 0,3%) para o marcador UPA e 0 - 6 pb (0 - 0,5%) para o marcador rbcL. As divergências observadas corroboram a existência de seis entidades taxonômicas diferentes. Após análise da morfologia e comparação com sequências disponíveis no GenBank as espécies do gênero Hypnea foram nomeadas como: H. cervicornis, H.flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp.1 e Hypnea sp.2. Sendo a espécie Hypnea flexicaulis a primeira citação para o Oceano Atlântico. Baseado nos estudos moleculares e morfológicos, concluímos que a espécie H. nigrescens, anteriormente citada para o Estado de São Paulo, é na verdade uma variação morfológica de H. musciformis. Ainda, concluímos que as espécies de H. cervicornis e H. spinella não devem ser colocadas em sinonímia uma vez que suas características morfológicas e as diferenças nas sequências obtidas através dos três marcadores utilizados mostram que são duas espécies distintas / The genus J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), comprises 67 described species, has a wide geographical distribution on the tropical shores around the world. Some species of Hypnea are used for the production of carrageenan, hydrocolloids of great importance in today´s industry. The taxonomy of the genus is very problematic and Hypnea species identification is complicated by a relatively simple morphology that is often influenced by the conditions of the habitat. Although some regional reviews have been carried out, the right number of species and the status of some species remain in doubt. Molecular studies have been carried out mainly dealing with species from Asia. The technique of \"DNA barcoding\" has been successfully tested in Rhodophyta for rapid identification of species using the 5 \'region of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I, the marker cox1. Recently, another marker tested as \"DNA barcode\" is the domain V of the plastidial 23S gene, the marker UPA. In addition, the plastidial marker rbcL has been used as a tool for phylogenetic studies of the genus Hypnea. In this study, were sequenced for the marker cox1, 49 samples from the coast of São Paulo State, a sample from the State of Rio de Janeiro and five samples maintained in culture from the coastal states from the States of São Paulo and Espirito Santo. We identified six different taxonomic groups according to the marker cox1. Representatives of each of these groups were sequenced for the UPA and rbcL markers. The divergence found among the cox1 sequences in this study was from 62 to 100 bp (10.1 - 16.3%), for the UPA marker was from 9 to 16 bp (2.5 to 4.4%), and for the rbcL marker was 42 to 88 bp (3.2 - 6.7%). The intraspecific divergences for the samples sequenced in this study were 0-5 bp (0 -0.9%) for the cox1, 0-1 bp (0 - 0.3%) for the UPA and 0-6 bp (0 - 0.5%) for the rbcL. The observed divergences for the three molecular markers confirm the existence of six different taxonomic entities. After analysis of the morphology and comparison with sequences available in GenBank for the genus Hypnea these taxonomic entities were named as: H. cervicornis, H. flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp. 1 and sp2. As the species Hypnea flexicaulis this is the first citation to the Atlantic Ocean. Based on morphological and molecular studies, we conclude that the species H.nigrescens, quoted earlier for the State of São Paulo, is actually a morphological variation of H. musciformis. Still, we conclude that the species H. cervicornis and H.spinella should not be placed in synonymy since its morphological characteristics and differences in the sequences obtained from the three molecular markers show that they are two distinct species

Baseado em estudos morfológicos, as macroalgas marinhas da Baía do Almirantado (Ilha Rei George, Península Antártica) estão representadas por 55 táxons, sendo 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae e 9 Chlorophyta. Recentemente foi proposta a utilização de 'DNA barcode' para uma rápida e acurada identificação de espécies de macroalgas. Sendo a região 5\' do gene mitocondrial cox 1utilizado para identificação de algas vermelhas e pardas; o gene plastidial tufA utilizado na identificação de algas verdes; e o domínio V do gene 23S rRNA - UPA, universal plastid amplicon, utilizado na identificação de organismos fotossintetizantes. O objetivo desse trabalho foi obter sequências do tipo 'DNA barcodes' e de outros marcadores filogenéticos para a formação do primeiro banco de dados moleculares para as macroalgas da Baía do Almirantado, Antártica. Cerca de 100 espécimes de macroalgas foram coletados, em diversos pontos da baía, durante as OPERANTARes XXV e XXIX, que ocorreram durante dezembro de 2006 a junho de 2007 e dezembro de 2010 a janeiro de 2011, respectivamente. No presente trabalho, foi obtido um total de 209 sequências, cobrindo 29 espécies das 55 citadas para o local, sendo que 157 sequências são para marcadores moleculares do tipo 'DNA barcode', das quais 95 sequências são para o marcador do cloroplasto UPA, 39 sequências para o marcador mitocondrial cox1 e 23 sequências para o tufA. As sequências consenso dos 'DNA barcodes' foram submetidas à análise de distância para determinar os agrupamentos genéticos. Após a análise dos agrupamentos obtidos para os 'DNA barcodes', foram selecionados espécimes, representando cada táxon, para o sequenciamento dos marcadores filogenéticos rbcL, SSU ou ITS totalizando 52 sequências. Neste estudo, foram obtidos dados moleculares para 8 espécies de Chlorophyta, 9 espécies de Phaeophyceae e 14 espécies de Rhodophyta. Entre as espécies de Chlorophyta, Prasiola sp. e Protomonostroma rosulatum (citada anteriormente como P. undulatum), de Phaeophyceae Chordaria linearis e as Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis e Callophyllis sp. (citada anteriormente como Callophyllis atrosanguinea) são novas citações para a Baía do Almirantado. Sendo que a espécie Callophyllis sp. é possivelmente uma nova espécie. Outras duas espécies previamente citadas, baseado nos resultados moleculares, não ocorrem no local, Desmarestia chordalis e Pyropia woolhousiae. Com os resultados obtidos neste trabalho o número de espécies que ocorrem na Baía do Almirantado passa a 57 táxons / Based on morphological studies, the marine macroalgae of Admiralty Bay ( King George Island , Antarctic Peninsula ) are represented by 55 taxa: 30 Rhodophyta, 16 Phaeophyceae and 9 Chlorophyta. It was recently proposed the use of DNA barcodes for quick and accurate identification of seaweeds. The 5\' end region of mitochondrial cox1 gene is used to identify brown and red algae, the plastid gene tufA is used in identifying green algae, and the V domain of the 23S rRNA gene - UPA universal plastid amplicon is used to identify photosynthetic organisms in general. The aim of this study was to obtain sequences of DNA barcodes and other phylogenetic markers for the formation of the first molecular database for macroalgae of Admiralty Bay, Antarctica. About 100 specimens of macroalgae were collected at various points of the bay during the OPERANTARs XXV and XXIX , which occurred during December 2006 to June 2007 and December 2010 and January 2011 respectively. In this study, we obtained a total of 209 sequences, covering 29 of the 55 species cited for the site. Of those 157 sequences are DNA barcodes, of which 95 are for the marker sequences of chloroplast UPA, 39 sequences for the mitochondrial markercox1 and 23 sequences for the tufA. The consensus sequences of the DNA barcodes were subjected to distance analysis to determine the genetic groupings.After analyzing the clusters obtained for the DNA barcodes, specimens representing each taxon were selected to the sequencing of phylogenetic markers rbcL, SSU and/or ITS sequences totaling 52 sequences for those markers. In this study, molecular data were obtained for 8 species of Chlorophyta , 9 species of Phaeophyceae and 14 species of Rhodophyta. Among the Chlorophyta species, Prasiola sp. and Protomonostroma rosulatum> (previously cited as P. undulatum), the Phaeophyceae Chordaria linearis and the Rhodophyta Acanthococcus antarticus, Plumariopsis peninsularis and Callophyllis sp. (previously cited as Callophyllis atrosanguinea) are new records for the Admiralty Bay. And the species Callophyllis sp. is possibly a new species. Other two species previously mentioned, based on molecular results, Desmarestia chordalis and Pyropia woolhousiae do not occur at the site. With the results obtained in this work the number of species that occur in Admiralty Bay are of 57 taxa.

This work deals with character-based DNA barcoding. DNA barcoding and character-based DNA barcoding methods are described in the introduction. Another part contains information of method CAOS (Characteristic Attributes Organization) and method BLOG (Barcoding with LOGic). Programs are described in the practical part. The end contains results.

This work deals with character-based DNA barcoding. DNA barcoding and character-based DNA barcoding methods are described in the introduction. Another part contains information of method CAOS (Characteristic Attributes Organization), method BLOG (Barcoding with LOGic) and method BLAST. Programs are described in the practical part. The end contains results.

As algas da ordem Halymeniales (Rhodophyta) apresentam grande importância ecológica e econômica como produtores primários e de compostos bioativos, além de incluírem espécies invasoras em várias localidades do mundo. A taxonomia do grupo é bastante problemática, com vários registros de identificações equivocadas e mudanças nomenclaturais. Em virtude disso, diversos estudos têm incluído ferramentas moleculares como auxílio à taxonomia morfológica do grupo. O objetivo deste estudo é investigar por meio de técnicas moleculares e morfológicas a diversidade da ordem Halymeniales no litoral do Brasil de forma, a contribuir para o conhecimento da flora marinha do país. Para isso, foram sequenciados três marcadores moleculares, UPA, COI-5P e rbcL, cujos dados, combinados com a observação de caracteres morfológicos, resultaram na delimitação de 26 espécies. Dessas, 11 são espécies novas para a ciência: Corynomorpha cf. clavata, dois táxons morfologicamente identificados como \"Cryptonemia\" crenulata, dois táxons morfologicamente identificados como Cryptonemia seminervis, Halymenia ignifera, Halymenia pinnatifida, Halymenia silviae, Grateloupia cf. dichotoma, Grateloupia cf. filicina 1 e Grateloupia cf. filicina 2. Pelo menos sete gêneros novos foram encontrados, representados pelos táxons: \"Cryptonemia\" bengryi, integrantes do complexo \"Cryptonemia\" crenulata, \"Cryptonemia\" delicatula, \"Halymenia\" elongata, \"Halymenia\" floridana, Halymeniales sp. 1 e Halymeniales sp. 2. Foram encontradas três espécies cuja localidade-tipo é a Ásia: Grateloupia orientalis, Grateloupia turuturu e Grateloupia yangjiangensis. Entre os táxons previamente citados para a costa brasileira, nove não foram encontrados. Se os táxons não encontrados constituírem espécies válidas, a diversidade da ordem no Brasil será de 35 espécies. As análises filogenéticas mostraram que os gêneros Cryptonemia, Halymenia e Grateloupia constituem grupos não-monofiléticos. Os resultados demonstraram a existência de ampla diversidade críptica e pseudo-críptica e de espécies e gêneros novos para a ciência, além de revelarem a ocorrência de espécies não nativas. Este estudo contribui substancialmente para o conhecimento da diversidade de algas marinhas na costa brasileira / Algae of Halymeniales (Rhodophyta) present a wide ecological and economic importance, as primary producers and bioactive compounds producers, and include invasive species worldwide. Its taxonomy is quite problematic, with reports of misidentifications and nomenclatural changes. Therefore, studies have included molecular tools to assist the morphological taxonomy of this order. This study aims to investigate through molecular and morphological techniques the diversity of Halymeniales along the Brazilian coast, in order to contribute to the knowledge of native marine flora. Three molecular markers were sequenced, UPA, COI-5P and rbcL, whose data were allied to morphological characters and resulted in 26 delimited species. There are 11 new species to science: Corynomorpha cf. clavata, two taxa morphologically identified as \"Cryptonemia\" crenulata, two taxa morphologically identified as Cryptonemia seminervis, Halymenia ignifera, Halymenia pinnatifida, Halymenia silviae, Grateloupia cf. dichotoma, Grateloupia cf. filicina 1 and Grateloupia cf. filicina 2. At least seven new genera were found, represented by the following taxa: \"Cryptonemia\" bengryi, representatives of \"Cryptonemia\" crenulata complex, \"Cryptonemia\" delicatula, \"Halymenia\" elongata, \"Halymenia\" floridana, Halymeniales sp. 1 and Halymeniales sp. 2. Three species whose type locality is Asia were detected: Grateloupia orientalis, Grateloupia turuturu and Grateloupia yangjiangensis. Among taxa previously recorded to Brazilian coast, nine were not found. If those taxa constitute valid species, the diversity of the order in Brazil will be represented by 35 species. Phylogenetic analyses showed that Cryptonemia, Halymenia and Grateloupia constitute non-monophyletic groups. Results demonstrated the existence of wide cryptic and pseudo-cryptic diversity as well as novel species and genera, and revealed the presence of non-native species

Lithophylloideae é uma subfamília de algas calcárias que inclui tanto gêneros articulados quanto os não articulados, que por sua vez compreende gêneros incrustantes e um moniliforme. Pela primeira vez a diversidade específica de Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella e Titanoderma para o Brasil é investigada de maneira somatória e comparativa, quanto a uma variedade de aspectos que incluíram os morfológicos/anatômicos, ecológicos e moleculares (incluindo a própria avaliação das ferramentas moleculares e das características taxonomicamente importantes). Encontramos 26 espécies, sendo quinze Amphiroa, oito Lithophyllum, uma Paulsilvella e duas Titanoderma: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, seis espécies para o Complexo A. fragilíssima, três espécies para o Complexo A. beauvoisii, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Paulsilvella huveorum, Titanoderma pustulatum e T. Prototypum. Para a caracterização molecular utilizamos quatro marcadores principais: UPA, COI-5P, psbA e rbcL-3P, atendendo a dois objetivos: a delimitação de espécies e a avaliação destes diferentes marcadores como DNA Barcodes para as espécies de Lithophylloideae dentro do contexto da variabilidade encontrada na costa brasileira. Para isto utilizamos cinco métodos de agrupamento: Taxas de Divergência, ABGD, MDS, PTP e SPN. A decisão final quanto à quantidade de espécies presentes é um consenso dos resultados encontrados para todos os marcadores e para todos os métodos de análise. Os casos conflitantes também foram observados quanto aos valores de divergência e de barcoding gap. Os quatro marcadores testados são confiáveis para a delimitação de espécies em Lithophylloideae, proporcionando ótimos valores de suporte para as espécies e valores significativos de barcoding gap. Apesar disto, dada a possibilidade de usar o rbcL-3P também para para fins filogenéticos, ressaltamos a aplicabilidade deste marcador, sendo o indicado caso exista a necessidade de se indicar um único marcador como DNA Barcode para este grupo de algas. A inferência das relações filogenéticas dentro de Lithophylloideae inclui os primeiros dados moleculares para Paulsilvella, através do psbA, do rbcL -3P e também do SSU rDNA. As análises indicam que Amphiroa é monofilético, enquanto que Lithophyllum e Titanoderma provavelmente são polifiléticos. Adicionalmente, é possível que Paulsilvella represente a primeira forma morfológica da subfamília. A distribuição de Amphiroa, Lithophyllum e Titanoderma ao longo da costa brasileira embasou a discussão quanto à distribuição das macroalgas marinhas bentônicas na costa, adicionando ao cenário o papel das correntes costeiras e do Giro do Atlântico Sul. Os dados moleculares possibilitaram ainda a observação do panorama de ocorrência das 26 espécies de Lithophylloideae quanto a sua ocorrência na coluna d\'água (profundidade). Para Amphiroa a maior diversidade está no mesolitoral, enquanto que para Lithophyllum e Titanoderma a maior diversidade se encontra no infralitoral. Oito espécies são restritas ao mesolitoral, enquanto que dez (incluindo P. huveorum) são restritas ao infralitoral. Estes fatos chamam a atenção da necessidade de se incluir diferentes técnicas de coleta nos trabalhos de diversidade em Florideophycideae, do contrário podemos negligenciar uma diversidade inexplorada / Lithophylloideae is a subfamily within Corallinaceae including both articulated and non-articulated genera. This work is the first effort to access the specific diversity for Amphiroa, Lithophyllum, Paulsilvella and Titanoderma for Brazil based on a sum of morphological anatomical, ecological and molecular data, including also the tools applicability evaluation. From the 26 species found, are Amphiroa, eight are Lithophyllum, two are Titanoderma and one is the first register for Paulsilvella for Atlantic waters: Amphiroa rigida, A. vanbosseae, Amphiroa sp. 1, Amphiroa sp. 2, Amphiroa sp. 3, Amphiroa sp. 4, six criptic species for the A. fragilissima Complex, three cryptic species for the A. beauvoisii Complex, Lithophyllum atlanticum, L. corallinae, Lithophyllum cf. depressum, Lithophyllum sp. 1, Lithophyllum sp. 2, Lithophyllum sp. 3, Lithophyllum sp. 4, Lithophyllum cf. margaritae, Titanoderma pustulatum, T. prototypum and Paulsilvella huveorum. For the molecular characterization four markers were used: UPA, COI-5P, psbA and rbcL-3P, which have attended to two the delimitation of species and also to the evaluation of these markers as DNA Barcodes for the species of Lithophylloideae within the context of variability found on the Brazilian coast. For these two purposes we have applied five clustering methods, based on the Divergence Rates, ABGD, MDS, PTP and SPN. Conflicting cases were also observed for values of barcoding gap. The four molecular markers are reliable for species delimitation within the Lithophylloideae, providing good support values for the species and significant amounts of barcoding gap. Nevertheless, given the possibility of using the rbcL marker also for phylogenetic purposes, we emphasize the applicability of rbcL-3P as the most appropriate marker, in case there is a need to indicate a single marker as DNA Barcode for this group alga. A phylogenetic inference for the Lithophylloideae included the first sequences for Paulsilvella and used psbA, rbcL-3P and SSU rDNA. We found that Amphiroa is monophyletic while Lithophyllum and Titanoderma are probably polyphyletic. Additionally, Paulsilvella may represent the first morphological form of the subfamily. Amphiroa, Lithophyllum and Titanoderma distribution along the Brazilian coast have allowed a new discussion concerning the benthic macroalgae distribution to the country, adding two new factors to this scenario: the coastal currents movement and the South Atlantic Gyre. The molecular data have also allowed accessing the preferences according to the depth on the water column for the 26 species. The major diversity for Amphiroa grows at the intertidal, while Lithophyllum and Titanoderma diversity is higher at the subtidal and Paulsilvella is restricted to the subtidal. There are eight species restricted to the intertidal and ten restricted to the subtidal (including P. huveorum), what addresses to a need to include these both environments on diversity studies for the Florideophycideae otherwise it will imply the existence of an unexplored diversity

La caractérisation des réseaux trophiques est nécessaire pour comprendre le fonctionnement des écosystèmes et les mécanismes impliqués dans leur stabilité. Il est parfois difficile de déterminer les régimes alimentaires notamment pour des espèces discrètes et difficiles à observer comme les grands carnivores. Cependant, ces espèces jouent un rôle clé dans les écosystèmes dont elles influencent le fonctionnement et la biodiversité. Ainsi, connaitre le régime alimentaire des grands prédateurs avec précision est essentiel pour établir des stratégies de conservation. Diverses méthodes basées sur le monitoring, l'analyse d'échantillons invasifs ou non ont été utilisées pour étudier les régimes alimentaires. Elles sont généralement biaisées ou peu résolutives. Les méthodes basées sur l'identification des fragments d'ADN dans les fèces ont le potentiel de fournir une meilleure information, notamment dans le cadre d'une approche métabarcoding. Il s'agit de caractériser simultanément l'ensemble des espèces dont l'ADN est présent dans un échantillon environnemental, en utilisant les Nouvelles Techniques de Séquençage. Dans ce cas, les amorces universelles nécessaires pour amplifier toutes les proies potentielles amplifient également l'ADN du prédateur s'il y a proximité taxonomique (par exemple mammifères). Ainsi les produits PCR obtenus à partir des fèces sont essentiellement composés d'ADN du prédateur et ne reflètent pas l'ensemble du régime alimentaire. L'utilisation d'un oligonucléotide de blocage limitant spécifiquement l'amplification de l'ADN du prédateur peut résoudre ce problème. Nous avons développé une méthode de ce type basée sur l'utilisation d'amorces universelles pour les vertébrés (amplifiant la région 12SV5) et d'oligonucléotides de blocage. Bien que non quantitative, cette méthode s'est montrée robuste, adaptée à l'étude de prédateurs à très large spectre de proies, et très résolutive pour identifier les proies au niveau du genre et de l'espèce. Nous l'avons appliquée à l'étude du régime alimentaire du chat léopard (Prionailurus bengalensis) qui s'est avéré très diversifié (mammifères, oiseaux, amphibiens et poissons) dans les deux populations du Pakistan étudiées. Avec la même approche, nous avons démontré la réalité du conflit entre l'homme et le léopard commun (Panthera pardus) dont le régime est presque exclusivement composé d'animaux domestiques. Enfin, nous avons pu proposer des actions de conservations pertinentes après avoir montré que le régime de la très menacée panthère des neiges (Panthera uncia) est principalement composé d'ongulés sauvages. / Information on food webs is central to understand ecosystem functioning. It also provides information of ecosystem stability by evaluating the resource availability and use. Obtaining information on the diet can be critical especially when dealing with elusive carnivores, which are difficult to observe. However, these large carnivores are keystone species that influence the ecosystem through trophic cascades and maintain biodiversity. Thus, precise knowledge of their diet is a prerequisite for designing conservation strategies of these endangered species. Direct and indirect monitoring as well as invasive and non-invasive approaches that have been used to study the diet are either biased or have a low resolution. The DNA-based analysis of feces is an alternative method that may provide better information. It can be implemented through a metabarcoding approach, which is the simultaneous identification of multiple species from a single environmental sample containing degraded DNA by using Next Generation Sequencing. In this case, the use of universal primers for vertebrates amplifying all potential prey also amplifies the predator DNA when it belongs to a close taxon (e.g. mammals). Thus, the PCR products obtained from feces extracts will mainly consist of predator sequences and may not represent the full diet. The use of oligonucleotides specifically blocking the amplification of the predator DNA may overcome this problem. We have developed such a method based on the concomitant use of a universal primer pair (12SV5, amplifying all vertebrates) and blocking oligonucleotides for identifying the prey DNA fragments from predators feces. Even if the method developed is not quantitative, it is robust and adequate for studying predator with a very large dietary range and has a better resolution than traditional methods for identifying prey at the genus or species level. This methodology has been applied to characterize the highly eclectic diet (mammals, birds, amphibians and fishes) of two Northern-Pakistani populations of leopard cat (Prionailurus bengalensis). With the same approach, we demonstrated the importance of the Human-leopard conflict in Pakistan, due to the almost exclusive consumption of domestic animals by the common leopard (Panthera pardus). We could also highlight relevant conservation issues for the highly endangered and cryptic snow leopard (Panthera uncia), based on the fact that it mainly fed on wild ungulates.