As algas pardas filamentosas (Phaeophyceae) constituem um grupo essencialmente marinho com morfologia extremamente simples. A identificação taxonômica dessas algas é bastante difícil quando empregados apenas caracteres morfológicos devido à grande plasticidade fenotípica que apresentam. No Brasil, nenhum estudo sistemático foi feito com seus representantes empregando-se dados moleculares. Neste contexto, a diversidade de algas pardas filamentosas dos gêneros Acinetospora, Asteronema, Bachelotia, Ectocarpus, Hincksia e Feldmannia foi investigada pela primeira vez no Brasil sob uma abordagem molecular, complementada com dados morfológicos. As coletas abrangeram a região sudeste do Brasil, incluindo a área de ressurgência dos litorais do Rio de Janeiro e Espírito Santo, que abriga quase que a totalidade de táxons de algas pardas filamentosas citadas para o país. Foi utilizado o marcador mitocondrial do tipo DNA Barcode, COI-5P e o marcador plastidial para inferências filogenéticas, o rbcL. Os estudos moleculares e morfológicos permitiram identificar 10 táxons para o litoral sudeste brasileiro: oito da ordem Ectocarpales: Acinetospora filamentosa, \"Feldmannia\" irregulares, \"Feldmannia irregulares\" 1, \"Feldmannia irregulares\" 2, \"Feldmannia\" mitchelliae, \"Hincksia\" conífera e Hincksia sandriana (família Acinetosporaceae) e Ectocarpus fasciculatus (família Ectocarpaceae) e dois da ordem Scytothamnales: \"Asteronema\" breviarticulatum (família Asteronemataceae) e Bachelotia antillarum (família Bachelotiaceae). A família Acinetosporaceae não é monofilética e se dividiu em dois agrupamentos, Acinetosporaceae 1, que incluiu a maioria dos representantes brasileiros e a espécie tipo da família, Acinetospora crinita, e para o qual o nome da família deve ser retido; e Acinetosporaceae 2, que incluiu os autênticos gêneros Feldmannia, Hincksia e Pylaiella com suas respectivas espécies-tipo, Feldmannia lebelli, Hincksia hincksiae e Pylaiella litorallis, respectivamente, e para o qual, uma nova família deverá ser proposta. Hincksia sandriana foi a única espécie estudada que se agrupou no clado do autêntico gênero Hincksia e é citada pela primeira vez para o Brasil, constituindo um caso de introdução recente. Para os demais representantes agrupados em Acinetosporaceae 1, excluindo Acinetospora, um novo gênero para a ciência deverá ser proposto. Os táxons \"H.\" conífera, \"F.\" irregulares, \"F. irregulares\" 1, \"F. irregulares\" 2 e \"F.\" mitchelliae não pertencem aos autênticos gêneros Feldmannia e Hincksia, já que não se agruparam com as respectivas espécies-tipo dos gêneros, e, portanto, devem ser transferidos para o novo gênero. As análises com os dois marcadores moleculares demonstraram que \"F.\" irregulares, \"F. irregulares\" 1 e \"F. irregulares\" 2, previamente citados sob uma única espécie (F. irregulares), representam três entidades taxonômicas independentes. Sequências do COI-5P de F. irregulares da Itália, considerada próxima à localidade tipo (Mar Adriático), confirmaram que parte do material analisado deve ser mantido sob o epíteto irregulares, enquanto duas novas espécies devem ser propostas para a ciência para acomodar \"F. irregulares\" 1 e \"F. irregulares\" 2. As análises moleculares com o COI-5P dividiu \"F.\" mitchelliae em três agrupamentos com alta divergência genética e variabilidade morfológica indicando que \"F.\" mitchelliae forma um complexo. Uma sequência de \"F.\" mitchelliae procedente dos EUA (Carolina do Norte), próxima à localidade tipo (Massachusetts), gerada no presente estudo, confirmou que o material brasileiro deve ser descrito sob o epíteto mitchelliae, porém acomodado sob um novo gênero. Nossos resultados moleculares demonstraram claramente que o gênero Acinetospora não é monofilético. Acinetospora filamentosa é citada pela primeira vez para o Oceano Atlântico e foi revelada por meio de dados moleculares, tanto pelo COI-5P quanto pelo rbcL. A espécie Acinetospora crinita referida previamente para o litoral sudeste do Brasil não foi recoletada neste estudo. Diferenças morfológicas nas estruturas pluriloculares entre as duas espécies e ausência de monosporângios em A. filamentosa, descritos como típico apenas para A. crinita, confirmaram a ocorrência de A. filamentosa para o Atlântico. Nossos resultados com o rbcL revelaram que a família Asteronemataceae não é monofilética. O táxon \"Asteronema\" breviarticulatum se agrupou com Asterocladon lobatum, espécie tipo do gênero, e deve ser alocado na família Asterocladaceae, assim como transferido para o gênero Asterocladon propondo-se uma combinação nova para resolver o posicionamento taxonômico dessa espécie. A alta divergência genética verificada para os marcadores COI-5P e rbcL demonstraram que Bachelotia antillarum é uma espécie críptica. A utilização da ferramenta molecular no estudo de algas pardas filamentosas na região sudeste do Brasil foi fundamental para desvendar a sua diversidade, que comprovadamente estava subestimada, assim como melhor delimitar seus gêneros e espécies e revelar espécies crípticas. Os dados aqui apresentados são pioneiros e constituem uma fonte relevante de informação sobre a taxonomia e sistemática deste grupo de algas pardas. Mais investigações por meio de uma ampla revisão, especialmente da família Acinetosporaceae, uma maior amostragem no litoral brasileiro e inclusão de mais gêneros de algas pardas filamentosas nas análises podem ainda mudar o panorama da classificação desse grupo / Filamentous brown algae (Phaeophyceae) constitute an essentially marine group that display an extremely simple morphology. The taxonomic identification of these algae is very difficult when based only on morphological characters, due to the high incidence of phenotypic plasticity. In Brazil, no systematic study using molecular data has investigated their representatives. In this context, this study aims to investigate the diversity of filamentous brown algae of the genera Acinetospora, Asteronema, Bachelotia, Ectocarpus, Hincksia and Feldmannia for the first time in Brazil, applying the molecular approach coupled with morphological data. The sampling sites covered the southeastern region of Brazil, including the upwelling area of the Rio de Janeiro and Espírito Santo coasts, which include almost all the filaments of brown algae mentioned for the country. The DNA barcode mitochondrial marker, COI-5P, and the plastid marker for phylogenetic inferences, rbcL, were sequenced. The molecular and morphological studies allowed the recognition of 10 taxa on the Brazilian southeastern coast, out of which eight taxa correspond to the order Ectocarpales, and two to the order Scytothamnales. Ectocarpales is represented by the families Acinetosporaceae (Acinetospora filamentosa, \"Feldmannia\" irregularis, \"Feldmannia irregularis\" 1, \"Feldmannia irregularis\" 2, \"Feldmannia\" mitchelliae, \"Hincksia\" conifer and Hincksia sandriana), and Ectocarpaceae (Ectocarpus fasciculatus). The order Scytothamnales, in turn, includes the families Asteronemataceae (\"Asteronema\" breviarticulatum) and Bachelotiaceae (Bachelotia antillarum) The Acinetosporaceae family is non-monophyletic and was divided into two clusters: Acinetosporaceae 1 for which the family name should be retained, included the type species of the family (Acinetospora crinite) and most of the Brazilian representatives; and Acinetosporaceae 2 for which a new family should be proposed, included the genera Feldmannia, Hincksia and Pylaiella represented by their respective type species, Feldmannia lebelli, Hincksia hincksiae and Pylaiella litorallis. Hincksia sandriana was the only species studied that grouped in the clade of the authentic genus Hincksia. Besides, this is the first record of H. sandriana for Brazil, which constitutes a case of recent introduction. For the other representatives of Acinetosporaceae 1, except Acinetospora, a new genus for science should be proposed. The taxa \"H.\" conifer, \"F.\" irregularis, \"F. irregularis\" 1, \"F. irregularis\" 2 and \"F.\" mitchelliae do not belong to the authentic genera Feldmannia and Hincksia, since they did not group with the respective generitypes. Therefore, should be transferred to the new genus. Analyzes applying both molecular markers showed that \"F.\" irregularis, \"F. irregularis\" 1 and \"F. irregularis\" 2, previously cited as a single species (F. irregularis), constitute three independent taxonomic entities. COI-5P sequences of F. irregularis from Italy, close to the type locality (Adriatic Sea), demonstrate that part of the analyzed material should be maintained under the epithet irregularis, whereas two new scientific species should be proposed to accommodate \"F. irregularis \"1 and \" F. irregularis \"2. COI-5P molecular analyzes divided \"F.\" mitchelliae into three clusters with high genetic divergence and morphological variability indicating that \"F.\" mitchelliae corresponds to a species complex. A sequence of \"F. mitchelliae from the United States (North Carolina), near the type locality (Massachusetts), obtained and included in the present study, confirmed that the Brazilian material should be described under the epithet mitchelliae and transferred to a new genus. Our molecular results have clearly demonstrated that the genus Acinetospora is non-monophyletic. Acinetospora filamentosa is for the first time mentioned for the Atlantic Ocean and was revealed by molecular data, both by COI-5P and rbcL. The species Acinetospora crinite recorded on the southeastern coast of Brazil was not collected in this study. Morphological differences in plurilocular structures between two species and absence of monosporangia in A. filamentosa, described as typical only for A. crinite, confirmed the occurrence of A. filamentosa for the Atlantic. Our results with the rbcL revealed that the family Asteronemataceae is non-monophyletic. \"Asteronema\" breviarticulatum was grouped with Asterocladon lobatum, the type species of the genus, and should be transferred to the genus Asterocladon and to the family Asterocladaceae. Consequently, a new combination should be proposed to solve taxonomic placement of this species. The high genetic divergence observed for the COI-5P and rbcL markers demonstrated that Bachelotia antillarum is a cryptic species. The use of the molecular tool in the study of filamentous brown algae in the southeastern region of Brazil was fundamental to uncover their diversity, previously underestimated, as well as to allow a better delimitation of their genera and species. The innovative data presented here constitute a relevant source of information to the taxonomy and systematics of filamentous brown algae. More investigations through a broad review, especially of the Acinetosporaceae family, a wider sampling in the Brazilian coast and the inclusion of more genera of filamentous brown algae in the analyses can still change the classification scenario of this group

As algas pardas filamentosas (Phaeophyceae) constituem um grupo essencialmente marinho com morfologia extremamente simples. A identificação taxonômica dessas algas é bastante difícil quando empregados apenas caracteres morfológicos devido à grande plasticidade fenotípica que apresentam. No Brasil, nenhum estudo sistemático foi feito com seus representantes empregando-se dados moleculares. Neste contexto, a diversidade de algas pardas filamentosas dos gêneros Acinetospora, Asteronema, Bachelotia, Ectocarpus, Hincksia e Feldmannia foi investigada pela primeira vez no Brasil sob uma abordagem molecular, complementada com dados morfológicos. As coletas abrangeram a região sudeste do Brasil, incluindo a área de ressurgência dos litorais do Rio de Janeiro e Espírito Santo, que abriga quase que a totalidade de táxons de algas pardas filamentosas citadas para o país. Foi utilizado o marcador mitocondrial do tipo DNA Barcode, COI-5P e o marcador plastidial para inferências filogenéticas, o rbcL. Os estudos moleculares e morfológicos permitiram identificar 10 táxons para o litoral sudeste brasileiro: oito da ordem Ectocarpales: Acinetospora filamentosa, \"Feldmannia\" irregulares, \"Feldmannia irregulares\" 1, \"Feldmannia irregulares\" 2, \"Feldmannia\" mitchelliae, \"Hincksia\" conífera e Hincksia sandriana (família Acinetosporaceae) e Ectocarpus fasciculatus (família Ectocarpaceae) e dois da ordem Scytothamnales: \"Asteronema\" breviarticulatum (família Asteronemataceae) e Bachelotia antillarum (família Bachelotiaceae). A família Acinetosporaceae não é monofilética e se dividiu em dois agrupamentos, Acinetosporaceae 1, que incluiu a maioria dos representantes brasileiros e a espécie tipo da família, Acinetospora crinita, e para o qual o nome da família deve ser retido; e Acinetosporaceae 2, que incluiu os autênticos gêneros Feldmannia, Hincksia e Pylaiella com suas respectivas espécies-tipo, Feldmannia lebelli, Hincksia hincksiae e Pylaiella litorallis, respectivamente, e para o qual, uma nova família deverá ser proposta. Hincksia sandriana foi a única espécie estudada que se agrupou no clado do autêntico gênero Hincksia e é citada pela primeira vez para o Brasil, constituindo um caso de introdução recente. Para os demais representantes agrupados em Acinetosporaceae 1, excluindo Acinetospora, um novo gênero para a ciência deverá ser proposto. Os táxons \"H.\" conífera, \"F.\" irregulares, \"F. irregulares\" 1, \"F. irregulares\" 2 e \"F.\" mitchelliae não pertencem aos autênticos gêneros Feldmannia e Hincksia, já que não se agruparam com as respectivas espécies-tipo dos gêneros, e, portanto, devem ser transferidos para o novo gênero. As análises com os dois marcadores moleculares demonstraram que \"F.\" irregulares, \"F. irregulares\" 1 e \"F. irregulares\" 2, previamente citados sob uma única espécie (F. irregulares), representam três entidades taxonômicas independentes. Sequências do COI-5P de F. irregulares da Itália, considerada próxima à localidade tipo (Mar Adriático), confirmaram que parte do material analisado deve ser mantido sob o epíteto irregulares, enquanto duas novas espécies devem ser propostas para a ciência para acomodar \"F. irregulares\" 1 e \"F. irregulares\" 2. As análises moleculares com o COI-5P dividiu \"F.\" mitchelliae em três agrupamentos com alta divergência genética e variabilidade morfológica indicando que \"F.\" mitchelliae forma um complexo. Uma sequência de \"F.\" mitchelliae procedente dos EUA (Carolina do Norte), próxima à localidade tipo (Massachusetts), gerada no presente estudo, confirmou que o material brasileiro deve ser descrito sob o epíteto mitchelliae, porém acomodado sob um novo gênero. Nossos resultados moleculares demonstraram claramente que o gênero Acinetospora não é monofilético. Acinetospora filamentosa é citada pela primeira vez para o Oceano Atlântico e foi revelada por meio de dados moleculares, tanto pelo COI-5P quanto pelo rbcL. A espécie Acinetospora crinita referida previamente para o litoral sudeste do Brasil não foi recoletada neste estudo. Diferenças morfológicas nas estruturas pluriloculares entre as duas espécies e ausência de monosporângios em A. filamentosa, descritos como típico apenas para A. crinita, confirmaram a ocorrência de A. filamentosa para o Atlântico. Nossos resultados com o rbcL revelaram que a família Asteronemataceae não é monofilética. O táxon \"Asteronema\" breviarticulatum se agrupou com Asterocladon lobatum, espécie tipo do gênero, e deve ser alocado na família Asterocladaceae, assim como transferido para o gênero Asterocladon propondo-se uma combinação nova para resolver o posicionamento taxonômico dessa espécie. A alta divergência genética verificada para os marcadores COI-5P e rbcL demonstraram que Bachelotia antillarum é uma espécie críptica. A utilização da ferramenta molecular no estudo de algas pardas filamentosas na região sudeste do Brasil foi fundamental para desvendar a sua diversidade, que comprovadamente estava subestimada, assim como melhor delimitar seus gêneros e espécies e revelar espécies crípticas. Os dados aqui apresentados são pioneiros e constituem uma fonte relevante de informação sobre a taxonomia e sistemática deste grupo de algas pardas. Mais investigações por meio de uma ampla revisão, especialmente da família Acinetosporaceae, uma maior amostragem no litoral brasileiro e inclusão de mais gêneros de algas pardas filamentosas nas análises podem ainda mudar o panorama da classificação desse grupo / Filamentous brown algae (Phaeophyceae) constitute an essentially marine group that display an extremely simple morphology. The taxonomic identification of these algae is very difficult when based only on morphological characters, due to the high incidence of phenotypic plasticity. In Brazil, no systematic study using molecular data has investigated their representatives. In this context, this study aims to investigate the diversity of filamentous brown algae of the genera Acinetospora, Asteronema, Bachelotia, Ectocarpus, Hincksia and Feldmannia for the first time in Brazil, applying the molecular approach coupled with morphological data. The sampling sites covered the southeastern region of Brazil, including the upwelling area of the Rio de Janeiro and Espírito Santo coasts, which include almost all the filaments of brown algae mentioned for the country. The DNA barcode mitochondrial marker, COI-5P, and the plastid marker for phylogenetic inferences, rbcL, were sequenced. The molecular and morphological studies allowed the recognition of 10 taxa on the Brazilian southeastern coast, out of which eight taxa correspond to the order Ectocarpales, and two to the order Scytothamnales. Ectocarpales is represented by the families Acinetosporaceae (Acinetospora filamentosa, \"Feldmannia\" irregularis, \"Feldmannia irregularis\" 1, \"Feldmannia irregularis\" 2, \"Feldmannia\" mitchelliae, \"Hincksia\" conifer and Hincksia sandriana), and Ectocarpaceae (Ectocarpus fasciculatus). The order Scytothamnales, in turn, includes the families Asteronemataceae (\"Asteronema\" breviarticulatum) and Bachelotiaceae (Bachelotia antillarum) The Acinetosporaceae family is non-monophyletic and was divided into two clusters: Acinetosporaceae 1 for which the family name should be retained, included the type species of the family (Acinetospora crinite) and most of the Brazilian representatives; and Acinetosporaceae 2 for which a new family should be proposed, included the genera Feldmannia, Hincksia and Pylaiella represented by their respective type species, Feldmannia lebelli, Hincksia hincksiae and Pylaiella litorallis. Hincksia sandriana was the only species studied that grouped in the clade of the authentic genus Hincksia. Besides, this is the first record of H. sandriana for Brazil, which constitutes a case of recent introduction. For the other representatives of Acinetosporaceae 1, except Acinetospora, a new genus for science should be proposed. The taxa \"H.\" conifer, \"F.\" irregularis, \"F. irregularis\" 1, \"F. irregularis\" 2 and \"F.\" mitchelliae do not belong to the authentic genera Feldmannia and Hincksia, since they did not group with the respective generitypes. Therefore, should be transferred to the new genus. Analyzes applying both molecular markers showed that \"F.\" irregularis, \"F. irregularis\" 1 and \"F. irregularis\" 2, previously cited as a single species (F. irregularis), constitute three independent taxonomic entities. COI-5P sequences of F. irregularis from Italy, close to the type locality (Adriatic Sea), demonstrate that part of the analyzed material should be maintained under the epithet irregularis, whereas two new scientific species should be proposed to accommodate \"F. irregularis \"1 and \" F. irregularis \"2. COI-5P molecular analyzes divided \"F.\" mitchelliae into three clusters with high genetic divergence and morphological variability indicating that \"F.\" mitchelliae corresponds to a species complex. A sequence of \"F. mitchelliae from the United States (North Carolina), near the type locality (Massachusetts), obtained and included in the present study, confirmed that the Brazilian material should be described under the epithet mitchelliae and transferred to a new genus. Our molecular results have clearly demonstrated that the genus Acinetospora is non-monophyletic. Acinetospora filamentosa is for the first time mentioned for the Atlantic Ocean and was revealed by molecular data, both by COI-5P and rbcL. The species Acinetospora crinite recorded on the southeastern coast of Brazil was not collected in this study. Morphological differences in plurilocular structures between two species and absence of monosporangia in A. filamentosa, described as typical only for A. crinite, confirmed the occurrence of A. filamentosa for the Atlantic. Our results with the rbcL revealed that the family Asteronemataceae is non-monophyletic. \"Asteronema\" breviarticulatum was grouped with Asterocladon lobatum, the type species of the genus, and should be transferred to the genus Asterocladon and to the family Asterocladaceae. Consequently, a new combination should be proposed to solve taxonomic placement of this species. The high genetic divergence observed for the COI-5P and rbcL markers demonstrated that Bachelotia antillarum is a cryptic species. The use of the molecular tool in the study of filamentous brown algae in the southeastern region of Brazil was fundamental to uncover their diversity, previously underestimated, as well as to allow a better delimitation of their genera and species. The innovative data presented here constitute a relevant source of information to the taxonomy and systematics of filamentous brown algae. More investigations through a broad review, especially of the Acinetosporaceae family, a wider sampling in the Brazilian coast and the inclusion of more genera of filamentous brown algae in the analyses can still change the classification scenario of this group

O gênero Hypnea Lamouroux (1813) e particularmente a espécie H. musciformis (Wulfen) J.V.Lamouroux apresentam grande importância ecológica e econômica como matéria prima para a produção de carragenana, com ampla distribuição geográfica em águas tropicais e sub-tropicais ao redor do mundo. No entanto, a identificação das espécies de Hypnea com base apenas em dados morfológicos é dificultada devido à plasticidade fenotípica presente neste grupo e sua morfologia relativamente simples. Em vista disso, diversas ferramentas de estudo para delimitar espécies dentro do gênero e sua distribuição geográfica foram utilizados neste trabalho, para testar duas hipóteses principais: 1) Hypnea musciformis forma um complexo de espécies proximamente relacionadas, mas com distribuição geográfica distinta e 2) Os variantes morfológicos \"musciformis\" e \"nigrescens\" de H. pseudomusciformis que ocorrem na costa Brasileira correspondem a uma única espécie biológica. Com base em marcadores moleculares e análises morfológicas, confirmamos a ocorrência de nove espécies diferentes na costa do Brasil: H. brasiliensis, H. cervicornis, H. edeniana, H. flava, H. pseudomusciformis, H. platyclada, H. spinella, H. yokoyana e H. wynnei. E duas espécies não descritas, Hypnea sp.1 e Hypnea sp2. Além disso, dados de cruzamento com linhagens distintas de H. pseudomusciformis indicam a separação em duas espécies, sendo H. pseudomusciformis restrita ao Sudeste e Sul do país e H. sp. 5 restrita ao Nordeste, elevando o número total de espécies do país para 12. Análises filogeográficas mostram que H. musciformis possui distribuição ao longo do Hemisfério Norte, enquanto que H. pseudomusciformis possui distribuição ao longo do Hemisfério Sul. Além disso, foram detectados fortes padrões de estrutura genética e foram reconhecidas distintas zonas filogeográficas marinhas: a província do Uruguai, a província do sul do Brasil, a província do Rio de Janeiro, a província do leste do Brasil e a província do norte do Brasil. O grau de isolamento genético e distinção entre essas províncias variou consideravelmente. A maior diversidade genética foi encontrada na região de ressurgencia de Cabo Frio, no estado do Rio de Janeiro, uma região conhecida pela presença de um número diversificado de habitats microclimáticos distintos. Esses resultados corroboram a hipótese 1. Para testar a hipótese 2, foram coletados indivíduos das duas variantes morfológicas de H. pseudomusciformis, \"musciformis\" e \"nigrescens\" que foram cultivados in vitro nas mesmas condições. O histórico de vida de ambas as variantes morfológicas foi completado em aproximadamente 121 dias. Quando cultivados in vitro, as diferenças morfológicas entre as variantes \"musciformis\" e \"nigrescens\" foram atenuadas. O conteúdo de pigmentos fotossintetizantes (clorofila a, carotenóides e ficobiliproteínas), proteínas solúveis totais e capacidade antioxidante (DPPH, ABTS, capacidade de redução de Folin-Ciocalteu, FRAP e capacidade de quelação de ferro) também foram analisados para amostras dessas duas variantes morfológicas coletadas no campo e cultivadas in vitro. A variação \"nigrescens\" coletada no campo apresentou mais ficobiliproteínas, proteínas solúveis totais e apresentou maior atividade antioxidante para os ensaios ABTS e Folin-Ciocalteu do que a variação \"musciformis\". As amostras em cultura de ambas as variações morfológicas não mostraram diferenças significativas nos pigmentos e atividade antioxidante, exceto para aloficocianina, que foi maior em \"musciformis\". Estes dados indicam que as diferenças encontradas entre \"musciformis\" e \"nigrescens\" são principalmente devidas a pressões ambientais e representam um exemplo de plasticidade fenotípica. Além disso, foram realizados experimentos de cruzamento in vitro entre gametófitos de \"musciformis\" e \"nigrescens\". Esses cruzamentos resultaram na formação de cistocarpos, que após a liberação dos esporos, originaram novos tetrasporófitos, que posteriormente ficaram férteis liberando tetrásporos que se desenvolveram em novos gametófitos, confirmando os dados moleculares que mostram que essas variantes pertencem à mesma espécie biológica, corroborando a hipótese 2 / The genus Hypnea Lamouroux (1813) and particularly H. musciformis (Wulfen) J.V.Lamouroux present great economic and ecological importance as source for the production of carrageenan, with a wide geographic distribution in tropical and sub-tropical waters around the world. However, the identification of Hypnea species based only on morphological data is hampered by phenotypic plasticity and its relatively simple morphology. In this work, several approaches were used to study species of the genus Hypnea, based on two hypothesis: 1) The species H. musciformis is a complex of closely related species, but with a distinct geographic distribution. 2) The morphological variants \"musciformis\" and \"nigrescens\" of H. pseudomusciformis occurring on the Brazilian coast correspond to a single biological species. Based on DNA barcode molecular markers and morphological analyzes, we confirmed the occurrence of nine different species for the genus Hypnea on the coast of Brazil: H. brasiliensis, H. cervicornis, H. edeniana, H. flava, H. pseudomusciformis, H. platyclada, H. spinella, H. yokoyana and H. wynnei. And two undescribed species, H. sp.1 and H. sp2. In addition, cross-breeding tests were made within two linaeges of H. pseudomusciformis , the resultus indicate the segregation in two distint species, with H. pseudomusciformis restrict to Southeast and South of the country and H. sp. 5 to Northeast, elevating the total number of species to 12. Phylogeographic analyzes show that H. musciformis is distributed in the Northern Hemisphere of the planet, while H. pseudomusciformis is distributed in the Southern Hemisphere. In addition, strong patterns of genetic structure were detected and distinct marine phytogeographic zones were recognized: the province of Uruguay, the province of southern Brazil, the province of Rio de Janeiro, the province of eastern Brazil and the province of northern Brazil. The degree of genetic isolation and distinction between these provinces varied considerably. The greatest genetic diversity was found in Cabo Frio, in the state of Rio de Janeiro, a upwelling region known for the presence of a diverse number of distinct microclimatic habitats. These results corroborate hypothesis 1. To test hypothesis 2, individuals of the two morphological variants of H. pseudomusciformis, \"musciformis\" and \"nigrescens\" were collected and kept under the same in vitro culture conditions. The life history of both morphological variants was completed in approximately 121 days. When cultured in vitro, the morphological differences between the \"musciformis\" and \"nigrescens\" variants were attenuated. The content of photosynthetic pigments (chlorophyll a, carotenoids and phycobiliproteins), total soluble proteins and antioxidant capacity (DPPH, ABTS, reduction capacity of Folin-Ciocalteu, FRAP and iron chelation capacity) were also analyzed for samples of these two morphological variants collected in the field and from in vitro cultures. The \"nigrescens\" variation collected in the field showed more phycobiliproteins, total soluble proteins and presented greater antioxidant activity for ABTS and Folin-Ciocalteu than the \"musciformis\" variation. Samples maintained in vitro of both morphological variations did not show significant differences in pigment and antioxidant activity, except for allophycocyanin, which was higher in \"musciformis\". These data indicate that the differences found between \"musciformis\" and \"nigrescens\" are due to environmental pressures and represent an example of phenotypic plasticity. In addition, in vitro crossing experiments were performed between gametophytes of \"musciformis\" and \"nigrescens\". These crossings generated cystocarps and, after the spores were released, new tetrasporophytes were observed, which later produced tetraspores that germinated forming new gametophytes, confirming the molecular data that show that these variants belong to the same biological species, corroborating the hypothesis 2

As algas da ordem Halymeniales (Rhodophyta) apresentam grande importância ecológica e econômica como produtores primários e de compostos bioativos, além de incluírem espécies invasoras em várias localidades do mundo. A taxonomia do grupo é bastante problemática, com vários registros de identificações equivocadas e mudanças nomenclaturais. Em virtude disso, diversos estudos têm incluído ferramentas moleculares como auxílio à taxonomia morfológica do grupo. O objetivo deste estudo é investigar por meio de técnicas moleculares e morfológicas a diversidade da ordem Halymeniales no litoral do Brasil de forma, a contribuir para o conhecimento da flora marinha do país. Para isso, foram sequenciados três marcadores moleculares, UPA, COI-5P e rbcL, cujos dados, combinados com a observação de caracteres morfológicos, resultaram na delimitação de 26 espécies. Dessas, 11 são espécies novas para a ciência: Corynomorpha cf. clavata, dois táxons morfologicamente identificados como \"Cryptonemia\" crenulata, dois táxons morfologicamente identificados como Cryptonemia seminervis, Halymenia ignifera, Halymenia pinnatifida, Halymenia silviae, Grateloupia cf. dichotoma, Grateloupia cf. filicina 1 e Grateloupia cf. filicina 2. Pelo menos sete gêneros novos foram encontrados, representados pelos táxons: \"Cryptonemia\" bengryi, integrantes do complexo \"Cryptonemia\" crenulata, \"Cryptonemia\" delicatula, \"Halymenia\" elongata, \"Halymenia\" floridana, Halymeniales sp. 1 e Halymeniales sp. 2. Foram encontradas três espécies cuja localidade-tipo é a Ásia: Grateloupia orientalis, Grateloupia turuturu e Grateloupia yangjiangensis. Entre os táxons previamente citados para a costa brasileira, nove não foram encontrados. Se os táxons não encontrados constituírem espécies válidas, a diversidade da ordem no Brasil será de 35 espécies. As análises filogenéticas mostraram que os gêneros Cryptonemia, Halymenia e Grateloupia constituem grupos não-monofiléticos. Os resultados demonstraram a existência de ampla diversidade críptica e pseudo-críptica e de espécies e gêneros novos para a ciência, além de revelarem a ocorrência de espécies não nativas. Este estudo contribui substancialmente para o conhecimento da diversidade de algas marinhas na costa brasileira / Algae of Halymeniales (Rhodophyta) present a wide ecological and economic importance, as primary producers and bioactive compounds producers, and include invasive species worldwide. Its taxonomy is quite problematic, with reports of misidentifications and nomenclatural changes. Therefore, studies have included molecular tools to assist the morphological taxonomy of this order. This study aims to investigate through molecular and morphological techniques the diversity of Halymeniales along the Brazilian coast, in order to contribute to the knowledge of native marine flora. Three molecular markers were sequenced, UPA, COI-5P and rbcL, whose data were allied to morphological characters and resulted in 26 delimited species. There are 11 new species to science: Corynomorpha cf. clavata, two taxa morphologically identified as \"Cryptonemia\" crenulata, two taxa morphologically identified as Cryptonemia seminervis, Halymenia ignifera, Halymenia pinnatifida, Halymenia silviae, Grateloupia cf. dichotoma, Grateloupia cf. filicina 1 and Grateloupia cf. filicina 2. At least seven new genera were found, represented by the following taxa: \"Cryptonemia\" bengryi, representatives of \"Cryptonemia\" crenulata complex, \"Cryptonemia\" delicatula, \"Halymenia\" elongata, \"Halymenia\" floridana, Halymeniales sp. 1 and Halymeniales sp. 2. Three species whose type locality is Asia were detected: Grateloupia orientalis, Grateloupia turuturu and Grateloupia yangjiangensis. Among taxa previously recorded to Brazilian coast, nine were not found. If those taxa constitute valid species, the diversity of the order in Brazil will be represented by 35 species. Phylogenetic analyses showed that Cryptonemia, Halymenia and Grateloupia constitute non-monophyletic groups. Results demonstrated the existence of wide cryptic and pseudo-cryptic diversity as well as novel species and genera, and revealed the presence of non-native species

Estudos sobre a diversidade de macroalgas de manguezais no Brasil tem-se baseado apenas em abordagens morfológicas, nas quais os caracteres empregados são instáveis e pouco informativos para a identificação e delimitação de espécies. Neste contexto, macroalgas de manguezais foram investigadas pela primeira vez no litoral brasileiro usando uma abordagem molecular, tendo como alvo de estudo o manguezal da Ilha Barnabé, Baixada Santista, São Paulo. Foram utilizados marcadores moleculares do tipo Barcode, UPA e COI-5P, além do rbcL, amplamente empregado para inferências filogenéticas, e o SSU rDNA. Além desses, os marcadores ITS e tufA foram empregados exclusivamente para as algas verdes, este último sem sucesso. Quinze espécies foram registradas para a área estudada, sendo dez Rhodophyta e cinco Chlorophyta. Destas, duas não novas ocorrências para o Estado de São Paulo, Caloglossa apomeiotica e Boodleopsis vaucherioidea. Das quatro espécies do gênero Bostrychia identificadas neste estudo: \"Bostrychia calliptera\", B. montagnei, B. moritziana e B. radicans, apenas B. montagnei revelou-se uma espécie molecular e morfologicamente bem definida. As demais formaram complexos de espécies com linhagens moleculares distintas. Para B. radicans e B. moritziana as análises relevaram três e duas linhagens moleculares, respectivamente, das sete identificadas para o complexo B. radicans/B. moritziana na literatura. O táxon identificado como \"B. calliptera\" mostrou alta divergência molecular com sequências de B. calliptera do Brasil, apresentando morfologia \"B. pinnata\", um táxon atualmente reduzido a sinônimo de B. calliptera. Espécies do gênero Caloglossa, excetuando C. ogasawaraensis, são de difícil identificação morfológica devido aos tênues caracteres considerados de valor diagnóstico e a sua considerável plasticidade fenotípica. Caloglossa apomeiotica, C. confusa e C. leprieurii foram identificadas essencialmente com o emprego de marcadores moleculares. Caloglossa apomeiotica pode ser segregada das demais pela presença de biesporângios, o que impossibilita uma identificação morfológica segura quando coletados talos inférteis, enquanto C. confusa possui nós fortemente contritos. Os dados moleculares obtidos para Catenella caespitosa a partir de sequências de SSU sugerem que as citações dessa espécie para o litoral brasileiro podem estar equivocadas já que apresentam alta divergência intraespecífica com C. caespitosa do banco de dados. A falta de sequências da localidade tipo, de sequências com marcadores do tipo Barcode e de uma maior amostragem molecular das espécies de Catenella nos bancos de dados, nos impossibilitaram chegar a um resultado conclusivo. A obtenção de sequências para as algas verdes foi extremamente problemática, inviabilizando uma comparação mais ampla entres as espécies coletadas. Das duas espécies coletadas de Boodleopsis foram obtidas apenas duas sequências parciais de rbcL para B. vaucherioidea e nenhuma para B. pusilla. A comparação com a única sequência de Boodleopsis depositada nos bancos de dados, uma sequência parcial de rbcL de B. pusilla, revelou baixa divergência molecular com as nossas sequências de B. vaucherioidea. Além da necessidade de obtenção de sequências completas de rbcL de ambas espécies da área estudada para comparação, uma maior amostragem e o emprego de outros marcadores moleculares são necessários para esclarecer o posicionamento taxonômicos desses dois táxons, cuja coespecificidade não pode ser descartada. Morfologicamente, \"Cladophoropsis membranacea\" é uma espécie facilmente identificada, entretanto sequências de ITS obtidas neste estudo são não comparáveis a nenhuma sequência dessa espécie depositada nos bancos de dados, incluindo sequências da localidade tipo. Reconhecidamente Chadophoropsis é um gênero polifilético e integra o complexo Boodlea que inclui diferentes gêneros de Boodleaceae. A obtenção de sequências de outros marcadores como o SSU rDNA e LSU rDNA assim como uma maior amostragem podem ser informativas para esclarecer a posição das \"C. membranacea\" brasileiras dentro das Cladophorales. Mesmo após inúmeras tentativas não foi possível obter sequências para as duas espécies de Rhizoclonium encontradas, R. africanum e R. riparium, cuja identificação foi feita com base em caracteres morfológicos tradicionais / Studies on the diversity of macroalgae from mangroves in Brazil have been based only on morphological approaches, in which characters used are unstable and uninformative for the species identification and delimitation. In this context, macroalgae of mangroves were investigated for the first time in the Brazilian coast using a molecular approach, having as target of our study the mangrove of the Barnabé Island, Santos, São Paulo. DNA Barcode markers UPA and COI-5P were used, besides the rbcL, largely used for phylogenetic inferences, and also SSU rDNA. In addition to these, the ITS and tufA markers were used exclusively for the green algae, the latter unsuccessfully. Fifteen species were recorded for the studied area, ten Rhodophyta and five Chlorophyta. Of these, two are new records for the State of São Paulo, Caloglossa apomeiotica e Boodleopsis vaucherioidea. Of the four species of the genus Bostrychia identified in this study: \"Bostrychia calliptera\", B. montagnei, B. moritziana and B. radicans, only B. montagnei proved to be a molecular and morphologically well-defined species. The other species formed complexes with different molecular lineages. For B. radicans and B. moritziana, the analyses showed three and two molecular lineages, respectively, of the seven identified for the B. radicans/B. moritziana complex in the literature. The taxon identified as \"B. calliptera\" showed high molecular divergence with sequences of B. calliptera from Brazil, presenting morphology \"B. pinnata\", a taxon currently reduced to a synonym of B. calliptera. Caloglossa species, except C. ogasawaraensis, are difficult to identify due to the subtle morphological characters considered of diagnostic value, and their considerable phenotypic plasticity. Caloglossa apomeiotica, C. confusa and C. leprieurii were identified primarily by the use of molecular markers. Caloglossa apomeiotica can be segregated from the others by the presence of bisporangia, which makes unreliable morphological identification when collected infertile thalli, while C. confusa has strongly constricted thallus nodes. The molecular data obtained for Catenella caespitosa from SSU sequences suggest that the citations of this species for the Brazilian coast may be misleading since they have high intraspecific divergence with C. caespitosa from database. Due to the lack of sequences from the type locality, sequences of DNA barcode markers, and a major molecular sampling of Catenella species in databases, became impossible to reach a conclusive result. The obtaining of sequences for green algae was extremely problematic, making impracticable a broader comparison between the collected species. Of the two collected species of Boodleopsis, only two partial sequences of rbcL were obtained for B. vaucherioidea and none for B. pusilla. The comparison with the unique sequence of Boodleopsis deposited in databases, a partial rbcL sequence of B. pusilla, revealed low molecular divergence with our sequences of B. vaucherioidea. Besides the need to obtain complete sequences of rbcL from both species from the studied area for comparison, an increased sampling and the use of other molecular markers are needed to clarify the taxonomic position of these two taxa, whose conspecificity cannot be disregarded. Morphologically, \"Cladophoropsis membranacea\" is an easily identified species, however, ITS sequences obtained in this study are not comparable to any sequence of this species deposited in databases, including sequences from the type locality. Admittedly. Chadophoropsis is a polyphyletic genus and integrates the Boodlea complex that includes different genera of Boodleaceae. The obtaining of sequences from other markers, such as SSU rDNA and LSU rDNA, well as a larger sampling, may be informative to clarify the taxonomic position of \"C. membranacea\" within the Brazilian Cladophorales. Even after numerous attempts we could not get sequences for the two Rhizoclonium species found in the studied area: R. africanum and R. riparium, whose identification was made based on traditional morphological characters

Estudos sobre a diversidade de macroalgas de manguezais no Brasil tem-se baseado apenas em abordagens morfológicas, nas quais os caracteres empregados são instáveis e pouco informativos para a identificação e delimitação de espécies. Neste contexto, macroalgas de manguezais foram investigadas pela primeira vez no litoral brasileiro usando uma abordagem molecular, tendo como alvo de estudo o manguezal da Ilha Barnabé, Baixada Santista, São Paulo. Foram utilizados marcadores moleculares do tipo Barcode, UPA e COI-5P, além do rbcL, amplamente empregado para inferências filogenéticas, e o SSU rDNA. Além desses, os marcadores ITS e tufA foram empregados exclusivamente para as algas verdes, este último sem sucesso. Quinze espécies foram registradas para a área estudada, sendo dez Rhodophyta e cinco Chlorophyta. Destas, duas não novas ocorrências para o Estado de São Paulo, Caloglossa apomeiotica e Boodleopsis vaucherioidea. Das quatro espécies do gênero Bostrychia identificadas neste estudo: \"Bostrychia calliptera\", B. montagnei, B. moritziana e B. radicans, apenas B. montagnei revelou-se uma espécie molecular e morfologicamente bem definida. As demais formaram complexos de espécies com linhagens moleculares distintas. Para B. radicans e B. moritziana as análises relevaram três e duas linhagens moleculares, respectivamente, das sete identificadas para o complexo B. radicans/B. moritziana na literatura. O táxon identificado como \"B. calliptera\" mostrou alta divergência molecular com sequências de B. calliptera do Brasil, apresentando morfologia \"B. pinnata\", um táxon atualmente reduzido a sinônimo de B. calliptera. Espécies do gênero Caloglossa, excetuando C. ogasawaraensis, são de difícil identificação morfológica devido aos tênues caracteres considerados de valor diagnóstico e a sua considerável plasticidade fenotípica. Caloglossa apomeiotica, C. confusa e C. leprieurii foram identificadas essencialmente com o emprego de marcadores moleculares. Caloglossa apomeiotica pode ser segregada das demais pela presença de biesporângios, o que impossibilita uma identificação morfológica segura quando coletados talos inférteis, enquanto C. confusa possui nós fortemente contritos. Os dados moleculares obtidos para Catenella caespitosa a partir de sequências de SSU sugerem que as citações dessa espécie para o litoral brasileiro podem estar equivocadas já que apresentam alta divergência intraespecífica com C. caespitosa do banco de dados. A falta de sequências da localidade tipo, de sequências com marcadores do tipo Barcode e de uma maior amostragem molecular das espécies de Catenella nos bancos de dados, nos impossibilitaram chegar a um resultado conclusivo. A obtenção de sequências para as algas verdes foi extremamente problemática, inviabilizando uma comparação mais ampla entres as espécies coletadas. Das duas espécies coletadas de Boodleopsis foram obtidas apenas duas sequências parciais de rbcL para B. vaucherioidea e nenhuma para B. pusilla. A comparação com a única sequência de Boodleopsis depositada nos bancos de dados, uma sequência parcial de rbcL de B. pusilla, revelou baixa divergência molecular com as nossas sequências de B. vaucherioidea. Além da necessidade de obtenção de sequências completas de rbcL de ambas espécies da área estudada para comparação, uma maior amostragem e o emprego de outros marcadores moleculares são necessários para esclarecer o posicionamento taxonômicos desses dois táxons, cuja coespecificidade não pode ser descartada. Morfologicamente, \"Cladophoropsis membranacea\" é uma espécie facilmente identificada, entretanto sequências de ITS obtidas neste estudo são não comparáveis a nenhuma sequência dessa espécie depositada nos bancos de dados, incluindo sequências da localidade tipo. Reconhecidamente Chadophoropsis é um gênero polifilético e integra o complexo Boodlea que inclui diferentes gêneros de Boodleaceae. A obtenção de sequências de outros marcadores como o SSU rDNA e LSU rDNA assim como uma maior amostragem podem ser informativas para esclarecer a posição das \"C. membranacea\" brasileiras dentro das Cladophorales. Mesmo após inúmeras tentativas não foi possível obter sequências para as duas espécies de Rhizoclonium encontradas, R. africanum e R. riparium, cuja identificação foi feita com base em caracteres morfológicos tradicionais / Studies on the diversity of macroalgae from mangroves in Brazil have been based only on morphological approaches, in which characters used are unstable and uninformative for the species identification and delimitation. In this context, macroalgae of mangroves were investigated for the first time in the Brazilian coast using a molecular approach, having as target of our study the mangrove of the Barnabé Island, Santos, São Paulo. DNA Barcode markers UPA and COI-5P were used, besides the rbcL, largely used for phylogenetic inferences, and also SSU rDNA. In addition to these, the ITS and tufA markers were used exclusively for the green algae, the latter unsuccessfully. Fifteen species were recorded for the studied area, ten Rhodophyta and five Chlorophyta. Of these, two are new records for the State of São Paulo, Caloglossa apomeiotica e Boodleopsis vaucherioidea. Of the four species of the genus Bostrychia identified in this study: \"Bostrychia calliptera\", B. montagnei, B. moritziana and B. radicans, only B. montagnei proved to be a molecular and morphologically well-defined species. The other species formed complexes with different molecular lineages. For B. radicans and B. moritziana, the analyses showed three and two molecular lineages, respectively, of the seven identified for the B. radicans/B. moritziana complex in the literature. The taxon identified as \"B. calliptera\" showed high molecular divergence with sequences of B. calliptera from Brazil, presenting morphology \"B. pinnata\", a taxon currently reduced to a synonym of B. calliptera. Caloglossa species, except C. ogasawaraensis, are difficult to identify due to the subtle morphological characters considered of diagnostic value, and their considerable phenotypic plasticity. Caloglossa apomeiotica, C. confusa and C. leprieurii were identified primarily by the use of molecular markers. Caloglossa apomeiotica can be segregated from the others by the presence of bisporangia, which makes unreliable morphological identification when collected infertile thalli, while C. confusa has strongly constricted thallus nodes. The molecular data obtained for Catenella caespitosa from SSU sequences suggest that the citations of this species for the Brazilian coast may be misleading since they have high intraspecific divergence with C. caespitosa from database. Due to the lack of sequences from the type locality, sequences of DNA barcode markers, and a major molecular sampling of Catenella species in databases, became impossible to reach a conclusive result. The obtaining of sequences for green algae was extremely problematic, making impracticable a broader comparison between the collected species. Of the two collected species of Boodleopsis, only two partial sequences of rbcL were obtained for B. vaucherioidea and none for B. pusilla. The comparison with the unique sequence of Boodleopsis deposited in databases, a partial rbcL sequence of B. pusilla, revealed low molecular divergence with our sequences of B. vaucherioidea. Besides the need to obtain complete sequences of rbcL from both species from the studied area for comparison, an increased sampling and the use of other molecular markers are needed to clarify the taxonomic position of these two taxa, whose conspecificity cannot be disregarded. Morphologically, \"Cladophoropsis membranacea\" is an easily identified species, however, ITS sequences obtained in this study are not comparable to any sequence of this species deposited in databases, including sequences from the type locality. Admittedly. Chadophoropsis is a polyphyletic genus and integrates the Boodlea complex that includes different genera of Boodleaceae. The obtaining of sequences from other markers, such as SSU rDNA and LSU rDNA, well as a larger sampling, may be informative to clarify the taxonomic position of \"C. membranacea\" within the Brazilian Cladophorales. Even after numerous attempts we could not get sequences for the two Rhizoclonium species found in the studied area: R. africanum and R. riparium, whose identification was made based on traditional morphological characters

As algas da ordem Halymeniales (Rhodophyta) apresentam grande importância ecológica e econômica como produtores primários e de compostos bioativos, além de incluírem espécies invasoras em várias localidades do mundo. A taxonomia do grupo é bastante problemática, com vários registros de identificações equivocadas e mudanças nomenclaturais. Em virtude disso, diversos estudos têm incluído ferramentas moleculares como auxílio à taxonomia morfológica do grupo. O objetivo deste estudo é investigar por meio de técnicas moleculares e morfológicas a diversidade da ordem Halymeniales no litoral do Brasil de forma, a contribuir para o conhecimento da flora marinha do país. Para isso, foram sequenciados três marcadores moleculares, UPA, COI-5P e rbcL, cujos dados, combinados com a observação de caracteres morfológicos, resultaram na delimitação de 26 espécies. Dessas, 11 são espécies novas para a ciência: Corynomorpha cf. clavata, dois táxons morfologicamente identificados como \"Cryptonemia\" crenulata, dois táxons morfologicamente identificados como Cryptonemia seminervis, Halymenia ignifera, Halymenia pinnatifida, Halymenia silviae, Grateloupia cf. dichotoma, Grateloupia cf. filicina 1 e Grateloupia cf. filicina 2. Pelo menos sete gêneros novos foram encontrados, representados pelos táxons: \"Cryptonemia\" bengryi, integrantes do complexo \"Cryptonemia\" crenulata, \"Cryptonemia\" delicatula, \"Halymenia\" elongata, \"Halymenia\" floridana, Halymeniales sp. 1 e Halymeniales sp. 2. Foram encontradas três espécies cuja localidade-tipo é a Ásia: Grateloupia orientalis, Grateloupia turuturu e Grateloupia yangjiangensis. Entre os táxons previamente citados para a costa brasileira, nove não foram encontrados. Se os táxons não encontrados constituírem espécies válidas, a diversidade da ordem no Brasil será de 35 espécies. As análises filogenéticas mostraram que os gêneros Cryptonemia, Halymenia e Grateloupia constituem grupos não-monofiléticos. Os resultados demonstraram a existência de ampla diversidade críptica e pseudo-críptica e de espécies e gêneros novos para a ciência, além de revelarem a ocorrência de espécies não nativas. Este estudo contribui substancialmente para o conhecimento da diversidade de algas marinhas na costa brasileira / Algae of Halymeniales (Rhodophyta) present a wide ecological and economic importance, as primary producers and bioactive compounds producers, and include invasive species worldwide. Its taxonomy is quite problematic, with reports of misidentifications and nomenclatural changes. Therefore, studies have included molecular tools to assist the morphological taxonomy of this order. This study aims to investigate through molecular and morphological techniques the diversity of Halymeniales along the Brazilian coast, in order to contribute to the knowledge of native marine flora. Three molecular markers were sequenced, UPA, COI-5P and rbcL, whose data were allied to morphological characters and resulted in 26 delimited species. There are 11 new species to science: Corynomorpha cf. clavata, two taxa morphologically identified as \"Cryptonemia\" crenulata, two taxa morphologically identified as Cryptonemia seminervis, Halymenia ignifera, Halymenia pinnatifida, Halymenia silviae, Grateloupia cf. dichotoma, Grateloupia cf. filicina 1 and Grateloupia cf. filicina 2. At least seven new genera were found, represented by the following taxa: \"Cryptonemia\" bengryi, representatives of \"Cryptonemia\" crenulata complex, \"Cryptonemia\" delicatula, \"Halymenia\" elongata, \"Halymenia\" floridana, Halymeniales sp. 1 and Halymeniales sp. 2. Three species whose type locality is Asia were detected: Grateloupia orientalis, Grateloupia turuturu and Grateloupia yangjiangensis. Among taxa previously recorded to Brazilian coast, nine were not found. If those taxa constitute valid species, the diversity of the order in Brazil will be represented by 35 species. Phylogenetic analyses showed that Cryptonemia, Halymenia and Grateloupia constitute non-monophyletic groups. Results demonstrated the existence of wide cryptic and pseudo-cryptic diversity as well as novel species and genera, and revealed the presence of non-native species

The oceans represent a wealth of biological diversity where many species remain to be discovered and described. Among seaweeds, a paucity of morphological features by which to differentiate species means that many genera harbour overlooked or cryptic species. Fucus, Porphyra and Ulva are three common genera of marine intertidal algae and all include species that are particularly difficult to distinguish morphologically. DNA barcoding has been championed as a revolutionary tool for species identification and discovery and applying this tool to algae was a logical step due to the difficulty of morphological identification of many algal species. This thesis is part of a significant initiative aimed at identification and discovery of all species of seaweeds in Canadian waters, using a DNA barcoding approach. The original concept of DNA barcoding relied on comparing the 5’ region of the mitochondrial cytochrome c oxidase 1 (COI-5P) gene among animal species. In this study, DNA barcoding with COI-5P was applied to the brown algal genus Fucus and worked as well as any other marker to assign morphologies to known species. The DNA barcoding results also uncovered substantial phenotypic diversity in Pacific F. distichus. Results were confirmed by comparison with sequences of the nuclear internal transcribed spacer region (ITS). For Porphyra, COI-5P DNA barcoding was compared with species identification using the chloroplast large rubisco subunit (rbcL) and the Universal Plastid Amplicon (UPA) in a floristic survey of Canadian Porphyra species. Two new species were discovered and described (Porphyra corallicola and Porphyra peggicovensis), and P. cuneiformis was synonymized with P. amplissima. The COI-5P emerged as the best marker for species discrimination despite difficulties with primer universality. To aid in choosing a marker for DNA barcoding for green algae, the universality and species discriminatory power of the rubisco large subunit (rbcL) (considering the 5’ and 3’ fragments independently), the UPA, the D2/D3 region of the nuclear large ribosomal subunit (LSU-D2/D3) and the ITS were evaluated. While the rbcL-3P highlighted several cryptic species, and worked well to distinguish Ulva species, more research is needed to recommend a marker for DNA barcoding generally in marine green macroalgae.