O presente trabalho foi organizado em cinco capítulos. No primeiro é apresentada uma breve revisão da bibliografia relacionada ao DNA barcode, apontando as aplicações e os limites desse marcador. Os resultados obtidos são apresentados nos três capítulos subsequentes. O segundo capítulo teve como objetivo avaliar o potencial do método de DNA barcoding na distinção de 783 amostras de 228 espécies diferentes de aves neotropicais de 16 ordens baseado na diferença dos valores de divergências intra- e interespecíficas. O DNA barcode permitiu a diagnose da maioria das espécies tanto utilizando os valores de distância quanto os agrupamentos nas árvores de Neighbor-joining (NJ), mostrando ser um marcador muito útil na identificação rápida de aves neotropicais. Além disso, verificamos que ele gera informações que podem ser relevantes a estudos biogeográficos. Foram identificadas espécies proximamente relacionadas que não puderam ser identificadas seguindo essa metodologia, todas pertencentes aos psitaciformes. Assim, o objetivo do capítulo seguinte foi investigar se há caracteres diagnósticos no coxI de pares de espécies irmãs de psitacídeos neotropicais (gêneros Amazona, Ara, Aratinga, Brotogeris e Graydidascalus) e de grupos que não puderam ser identificados nas análises anteriores devido a baixas distâncias interespecíficas ou por não formarem clados reciprocamente monofiléticos nas árvores de NJ (espécies dos gêneros Amazona, Aratinga, Myiopsitta, Pionites, Pyrrhura e Rhynchopsitta). As espécies irmãs apresentaram de quatro a 39 sítios diagnósticos puros e as espécies proximamente relacionadas apresentaram de um a 11 sítios diagnósticos. Apenas as espécies Rhynchopsitta pachyrhyncha e R. terrisi e as espécies Amazona aestiva e A. ochrochephala, não apresentaram caracteres diagnósticos exclusivos e, portanto não puderam ser identificadas. Os resultados mostraram que é possível identificar grande parte das espécies proximamente relacionadas desse grupo de aves utilizando caracteres diagnósticos do DNA barcode. O penúltimo capítulo teve como objetivo identificar espécies de embriões de aves apreendidos do tráfico internacional de animais, utilizando o DNA barcode. Das 58 amostras totais, 93% foram identificadas, sendo três amostras de Ara ararauna, duas de Triclaria malachitacea e 49 de Alipiopsitta xanthops. As quatro amostras restantes (7%) foram identificadas como Amazona aestiva e/ou Amazona ochrochephala. Essas espécies formam um complexo já descrito em alguns trabalhos de filogenia molecular, o que inviabiliza qualquer sistema de identificação de espécies ao nível molecular. O DNA barcoding parece ser eficaz na correta identificação de espécies de aves e é especialmente útil em casos nos quais dados morfológicos não são acessíveis, como o presente exemplo. Por fim são descritas as principais conclusões de cada capítulo. / The present study was organized in five chapters. The first one is a brief review of the literature on DNA barcode, pointing out its applications and limits. The results are presented in the three subsequent chapters. The second chapter aimed to evaluate the potential of the DNA barcoding method in the distinction of 783 samples of 228 different Neotropical birds species from 16 orders, based on the difference of values of intra- and interspecific distances. DNA barcode was able to diagnose most of the species using distance values and Neighbor-joining (NJ) trees. Thus, it is a useful tool for rapid identification of Neotropical birds and it can provide information that may be relevant to biogeography studies. Some closely related species, all psitaciformes, could not be identified. Thus, the following chapter attempted to identify diagnostic characters in the DNA barcode sequences of sister species pairs of Neotropical parrots (genera Amazona, Ara, Aratinga, Brotogeris and Graydidascalus) and groups of species that could not be identified due to low interspecific distances or lack of monophyly in NJ trees (species of the genera Amazona, Aratinga, Myiopsitta, Pionites, Pyrrhura, Rhynchopsitta). The pairs of sister species had four to 39 pure diagnostic sites and closely related species had one to 11 diagnostic sites. Only the pair of species Rhynchopsitta pachyrhyncha and R. terrisi, and Amazona aestiva and A. ochrochephala did not have exclusive characters and therefore could not be identified with this method. The results showed that it is possible to identify the majority of the closely related species of this avian group using DNA barcode characters. The next chapter intended to identify the species of bird embryos apprehended from the illegal animal trade using DNA barcodes. From the total of 58 samples, 93% were identified as: three Ara ararauna, two Triclaria malachitacea and 49 Alipiopsitta xanthops. The four remaining samples (7%) were identified as Amazona aestiva and/or A. ochrochephala. These species form a complex that was already suggested in previous molecular phylogeny studies. Thus, it seems to be impossible to distinguish them based on molecular markers. DNA barcoding seems to be efficient in the identification of species of birds and is especially useful in cases where morphological data is not accessible, as the present example. Finally the main conclusions are described in the last chapter.

O presente trabalho foi organizado em cinco capítulos. No primeiro é apresentada uma breve revisão da bibliografia relacionada ao DNA barcode, apontando as aplicações e os limites desse marcador. Os resultados obtidos são apresentados nos três capítulos subsequentes. O segundo capítulo teve como objetivo avaliar o potencial do método de DNA barcoding na distinção de 783 amostras de 228 espécies diferentes de aves neotropicais de 16 ordens baseado na diferença dos valores de divergências intra- e interespecíficas. O DNA barcode permitiu a diagnose da maioria das espécies tanto utilizando os valores de distância quanto os agrupamentos nas árvores de Neighbor-joining (NJ), mostrando ser um marcador muito útil na identificação rápida de aves neotropicais. Além disso, verificamos que ele gera informações que podem ser relevantes a estudos biogeográficos. Foram identificadas espécies proximamente relacionadas que não puderam ser identificadas seguindo essa metodologia, todas pertencentes aos psitaciformes. Assim, o objetivo do capítulo seguinte foi investigar se há caracteres diagnósticos no coxI de pares de espécies irmãs de psitacídeos neotropicais (gêneros Amazona, Ara, Aratinga, Brotogeris e Graydidascalus) e de grupos que não puderam ser identificados nas análises anteriores devido a baixas distâncias interespecíficas ou por não formarem clados reciprocamente monofiléticos nas árvores de NJ (espécies dos gêneros Amazona, Aratinga, Myiopsitta, Pionites, Pyrrhura e Rhynchopsitta). As espécies irmãs apresentaram de quatro a 39 sítios diagnósticos puros e as espécies proximamente relacionadas apresentaram de um a 11 sítios diagnósticos. Apenas as espécies Rhynchopsitta pachyrhyncha e R. terrisi e as espécies Amazona aestiva e A. ochrochephala, não apresentaram caracteres diagnósticos exclusivos e, portanto não puderam ser identificadas. Os resultados mostraram que é possível identificar grande parte das espécies proximamente relacionadas desse grupo de aves utilizando caracteres diagnósticos do DNA barcode. O penúltimo capítulo teve como objetivo identificar espécies de embriões de aves apreendidos do tráfico internacional de animais, utilizando o DNA barcode. Das 58 amostras totais, 93% foram identificadas, sendo três amostras de Ara ararauna, duas de Triclaria malachitacea e 49 de Alipiopsitta xanthops. As quatro amostras restantes (7%) foram identificadas como Amazona aestiva e/ou Amazona ochrochephala. Essas espécies formam um complexo já descrito em alguns trabalhos de filogenia molecular, o que inviabiliza qualquer sistema de identificação de espécies ao nível molecular. O DNA barcoding parece ser eficaz na correta identificação de espécies de aves e é especialmente útil em casos nos quais dados morfológicos não são acessíveis, como o presente exemplo. Por fim são descritas as principais conclusões de cada capítulo. / The present study was organized in five chapters. The first one is a brief review of the literature on DNA barcode, pointing out its applications and limits. The results are presented in the three subsequent chapters. The second chapter aimed to evaluate the potential of the DNA barcoding method in the distinction of 783 samples of 228 different Neotropical birds species from 16 orders, based on the difference of values of intra- and interspecific distances. DNA barcode was able to diagnose most of the species using distance values and Neighbor-joining (NJ) trees. Thus, it is a useful tool for rapid identification of Neotropical birds and it can provide information that may be relevant to biogeography studies. Some closely related species, all psitaciformes, could not be identified. Thus, the following chapter attempted to identify diagnostic characters in the DNA barcode sequences of sister species pairs of Neotropical parrots (genera Amazona, Ara, Aratinga, Brotogeris and Graydidascalus) and groups of species that could not be identified due to low interspecific distances or lack of monophyly in NJ trees (species of the genera Amazona, Aratinga, Myiopsitta, Pionites, Pyrrhura, Rhynchopsitta). The pairs of sister species had four to 39 pure diagnostic sites and closely related species had one to 11 diagnostic sites. Only the pair of species Rhynchopsitta pachyrhyncha and R. terrisi, and Amazona aestiva and A. ochrochephala did not have exclusive characters and therefore could not be identified with this method. The results showed that it is possible to identify the majority of the closely related species of this avian group using DNA barcode characters. The next chapter intended to identify the species of bird embryos apprehended from the illegal animal trade using DNA barcodes. From the total of 58 samples, 93% were identified as: three Ara ararauna, two Triclaria malachitacea and 49 Alipiopsitta xanthops. The four remaining samples (7%) were identified as Amazona aestiva and/or A. ochrochephala. These species form a complex that was already suggested in previous molecular phylogeny studies. Thus, it seems to be impossible to distinguish them based on molecular markers. DNA barcoding seems to be efficient in the identification of species of birds and is especially useful in cases where morphological data is not accessible, as the present example. Finally the main conclusions are described in the last chapter.

Orientador: Ricardo Cardoso Benine / Resumo: O gênero Astyanax é taxonomicamente complexo e possui grande diversidade de espécies. O número de espécies válidas ultrapassa 140 e, provavelmente, um número maior está por ser descrito. Diversos autores indicam a existência de complexos de espécies, como por exemplo, para Astyanax fasciatus e A. scabripinnis. Análises do gene Citocromo C Oxidase subunidade 1 (COI) mostraram que essas espécies apresentam distância intra-específica menor que 2%, o que indicaria, em teoria, não só a inexistência de tais complexos, como que estas representam uma única espécie. Apesar da elevada proximidade genética, as espécies em questão apresentam diferenciação morfológica bem descrita e demonstrada na literatura e suas identidades nunca foram questionadas. No entanto, dado o alto grau de similaridade genética, um estudo morfológico mais detalhado pode trazer informações inéditas sobre a evolução e transformação de caracteres e/ou apontar para um grau de semelhança, em algum nível, não detectado pelos métodos tradicionais. O presente estudo tem o intuito de quantificar a diferenciação entre essas espécies e avaliar se existem diferentes graus de diferenciação morfológica em indivíduos jovens e adultos e inferir se a elevada similaridade genética se reflete em algum estágio do desenvolvimento dessas espécies. Para isso, espécimes de diferentes classes de tamanho foram radiografados e analisados através do método de morfometria geométrica. Os marcos anatômicos apresentaram diferenças significati... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Submitted by PALOMA APARECIDA DE LIMA null (palima@ibb.unesp.br) on 2017-04-21T21:42:38Z No. of bitstreams: 1 Lima, PA.pdf: 1725401 bytes, checksum: 637af37fae257cdb16c3bab6552b8f62 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-25T19:19:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lima_pa_dr_bot.pdf: 1725401 bytes, checksum: 637af37fae257cdb16c3bab6552b8f62 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-25T19:19:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lima_pa_dr_bot.pdf: 1725401 bytes, checksum: 637af37fae257cdb16c3bab6552b8f62 (MD5) Previous issue date: 2016-08-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O gênero Astyanax é taxonomicamente complexo e possui grande diversidade de espécies. O número de espécies válidas ultrapassa 140 e, provavelmente, um número maior está por ser descrito. Diversos autores indicam a existência de complexos de espécies, como por exemplo, para Astyanax fasciatus e A. scabripinnis. Análises do gene Citocromo C Oxidase subunidade 1 (COI) mostraram que essas espécies apresentam distância intra-específica menor que 2%, o que indicaria, em teoria, não só a inexistência de tais complexos, como que estas representam uma única espécie. Apesar da elevada proximidade genética, as espécies em questão apresentam diferenciação morfológica bem descrita e demonstrada na literatura e suas identidades nunca foram questionadas. No entanto, dado o alto grau de similaridade genética, um estudo morfológico mais detalhado pode trazer informações inéditas sobre a evolução e transformação de caracteres e/ou apontar para um grau de semelhança, em algum nível, não detectado pelos métodos tradicionais. O presente estudo tem o intuito de quantificar a diferenciação entre essas espécies e avaliar se existem diferentes graus de diferenciação morfológica em indivíduos jovens e adultos e inferir se a elevada similaridade genética se reflete em algum estágio do desenvolvimento dessas espécies. Para isso, espécimes de diferentes classes de tamanho foram radiografados e analisados através do método de morfometria geométrica. Os marcos anatômicos apresentaram diferenças significativas entre as espécies e uma maior diferença entre os grupos ontogenéticos. Tanto os jovens e adultos dentro da mesma espécie, como os jovens e os adultos de A. fasciatus quando comparados com os de A. scabripinnis possuem o mesmo grau de diferenciação morfológica. O formato do corpo de A. scabripinnis parece estar relacionado com o ambiente em que normalmente são encontrados, como rios de correntezas moderadas e em riachos localizados nas cabeceiras em locais com forte correnteza. Normalmente, nesses ambientes são encontrados peixes com um formato do corpo fusiforme e mais alongados, para a redução do gasto de energia e produzir natação prolongada, o que confirma os resultados aqui encontrados. O formato generalizado do corpo de A. fasciatus está relacionado a nadadores ativos em ambientes mais lênticos, também confirmado pelas análises aqui apresentadas. Assim, embora extremamente similares geneticamente, ambas as espécies acumularam, num provável curto espaço de tempo (dada à similaridade genética), um alto grau de diferenciação morfológica que, provavelmente, as impedem de se reconhecerem como uma única espécie. Reforça-se, assim, a afirmação de que a proposta de um DNA Barcode, através da análise do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I, deve ser empregada apenas como evidência adicional na identificação e proposição de novas espécies em peixes caracídeos. / The genus Astyanax is taxonomically complex and has great diversity of species. The number of valid species exceeds 140 and probably a greater number is to be described. Several authors indicate that there are species of complexes, as for example, A. fasciatus and A. scabripinnis. Analysis of cytochrome c oxidase subunit 1 gene (IOC) have shown that these species exhibit intraspecific distance lower than 2%, which indicates, in theory, not only the absence of such complexes, but they also represent a single species. Despite the high genetic closeness, the species in question show an already well described morphological differentiation demonstrated in the literature and their identities were never questioned. However, given the high degree of genetic similarity, a more detailed morphological study can bring new information on the evolution and transformation of characters and/or point to a degree of morphological similarity, at some level, not detected by traditional methods. This study aims to quantify the differentiation between these species and to assess whether there are different degrees of morphological differentiation in young and adults and to infer if the high genetic similarity is reflected in some stage of development of these species. For this, specimens of different size classes were radiographed and analyzed by geometric morphometric method. The anatomical landmarks showed significant differences between species and a greater difference between the ontogenetic groups. Both young and adults within the same species, such as young people and adults of A. fasciatus compared to the A. scabripinnis have the same degree of morphological differentiation. The body shape of A. scabripinnis seems to be related to the environment in which they are usually found, as rivers of moderate currents and streams located in the headwaters in places with strong current. Typically, in these environments are found fish with fusiform and elongate body to reduce energy used and to produce prolonged swimming, confirming the results found herein. The general format of the body of A. fasciatus is related to active swimmers in more lentic environments, also confirmed by our analysis. Thus, although extremely similar genetically, both species accumulated in a likely short time (given the genetic similarity), a high degree of morphological differentiation that probably prevents them to recognize as a single species. There exists, therefore, the claim that the proposal of a DNA Barcode, through the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I analysis, should be used only as additional evidence in the identification and proposal of new species in characins fish.

As algas pardas filamentosas (Phaeophyceae) constituem um grupo essencialmente marinho com morfologia extremamente simples. A identificação taxonômica dessas algas é bastante difícil quando empregados apenas caracteres morfológicos devido à grande plasticidade fenotípica que apresentam. No Brasil, nenhum estudo sistemático foi feito com seus representantes empregando-se dados moleculares. Neste contexto, a diversidade de algas pardas filamentosas dos gêneros Acinetospora, Asteronema, Bachelotia, Ectocarpus, Hincksia e Feldmannia foi investigada pela primeira vez no Brasil sob uma abordagem molecular, complementada com dados morfológicos. As coletas abrangeram a região sudeste do Brasil, incluindo a área de ressurgência dos litorais do Rio de Janeiro e Espírito Santo, que abriga quase que a totalidade de táxons de algas pardas filamentosas citadas para o país. Foi utilizado o marcador mitocondrial do tipo DNA Barcode, COI-5P e o marcador plastidial para inferências filogenéticas, o rbcL. Os estudos moleculares e morfológicos permitiram identificar 10 táxons para o litoral sudeste brasileiro: oito da ordem Ectocarpales: Acinetospora filamentosa, \"Feldmannia\" irregulares, \"Feldmannia irregulares\" 1, \"Feldmannia irregulares\" 2, \"Feldmannia\" mitchelliae, \"Hincksia\" conífera e Hincksia sandriana (família Acinetosporaceae) e Ectocarpus fasciculatus (família Ectocarpaceae) e dois da ordem Scytothamnales: \"Asteronema\" breviarticulatum (família Asteronemataceae) e Bachelotia antillarum (família Bachelotiaceae). A família Acinetosporaceae não é monofilética e se dividiu em dois agrupamentos, Acinetosporaceae 1, que incluiu a maioria dos representantes brasileiros e a espécie tipo da família, Acinetospora crinita, e para o qual o nome da família deve ser retido; e Acinetosporaceae 2, que incluiu os autênticos gêneros Feldmannia, Hincksia e Pylaiella com suas respectivas espécies-tipo, Feldmannia lebelli, Hincksia hincksiae e Pylaiella litorallis, respectivamente, e para o qual, uma nova família deverá ser proposta. Hincksia sandriana foi a única espécie estudada que se agrupou no clado do autêntico gênero Hincksia e é citada pela primeira vez para o Brasil, constituindo um caso de introdução recente. Para os demais representantes agrupados em Acinetosporaceae 1, excluindo Acinetospora, um novo gênero para a ciência deverá ser proposto. Os táxons \"H.\" conífera, \"F.\" irregulares, \"F. irregulares\" 1, \"F. irregulares\" 2 e \"F.\" mitchelliae não pertencem aos autênticos gêneros Feldmannia e Hincksia, já que não se agruparam com as respectivas espécies-tipo dos gêneros, e, portanto, devem ser transferidos para o novo gênero. As análises com os dois marcadores moleculares demonstraram que \"F.\" irregulares, \"F. irregulares\" 1 e \"F. irregulares\" 2, previamente citados sob uma única espécie (F. irregulares), representam três entidades taxonômicas independentes. Sequências do COI-5P de F. irregulares da Itália, considerada próxima à localidade tipo (Mar Adriático), confirmaram que parte do material analisado deve ser mantido sob o epíteto irregulares, enquanto duas novas espécies devem ser propostas para a ciência para acomodar \"F. irregulares\" 1 e \"F. irregulares\" 2. As análises moleculares com o COI-5P dividiu \"F.\" mitchelliae em três agrupamentos com alta divergência genética e variabilidade morfológica indicando que \"F.\" mitchelliae forma um complexo. Uma sequência de \"F.\" mitchelliae procedente dos EUA (Carolina do Norte), próxima à localidade tipo (Massachusetts), gerada no presente estudo, confirmou que o material brasileiro deve ser descrito sob o epíteto mitchelliae, porém acomodado sob um novo gênero. Nossos resultados moleculares demonstraram claramente que o gênero Acinetospora não é monofilético. Acinetospora filamentosa é citada pela primeira vez para o Oceano Atlântico e foi revelada por meio de dados moleculares, tanto pelo COI-5P quanto pelo rbcL. A espécie Acinetospora crinita referida previamente para o litoral sudeste do Brasil não foi recoletada neste estudo. Diferenças morfológicas nas estruturas pluriloculares entre as duas espécies e ausência de monosporângios em A. filamentosa, descritos como típico apenas para A. crinita, confirmaram a ocorrência de A. filamentosa para o Atlântico. Nossos resultados com o rbcL revelaram que a família Asteronemataceae não é monofilética. O táxon \"Asteronema\" breviarticulatum se agrupou com Asterocladon lobatum, espécie tipo do gênero, e deve ser alocado na família Asterocladaceae, assim como transferido para o gênero Asterocladon propondo-se uma combinação nova para resolver o posicionamento taxonômico dessa espécie. A alta divergência genética verificada para os marcadores COI-5P e rbcL demonstraram que Bachelotia antillarum é uma espécie críptica. A utilização da ferramenta molecular no estudo de algas pardas filamentosas na região sudeste do Brasil foi fundamental para desvendar a sua diversidade, que comprovadamente estava subestimada, assim como melhor delimitar seus gêneros e espécies e revelar espécies crípticas. Os dados aqui apresentados são pioneiros e constituem uma fonte relevante de informação sobre a taxonomia e sistemática deste grupo de algas pardas. Mais investigações por meio de uma ampla revisão, especialmente da família Acinetosporaceae, uma maior amostragem no litoral brasileiro e inclusão de mais gêneros de algas pardas filamentosas nas análises podem ainda mudar o panorama da classificação desse grupo / Filamentous brown algae (Phaeophyceae) constitute an essentially marine group that display an extremely simple morphology. The taxonomic identification of these algae is very difficult when based only on morphological characters, due to the high incidence of phenotypic plasticity. In Brazil, no systematic study using molecular data has investigated their representatives. In this context, this study aims to investigate the diversity of filamentous brown algae of the genera Acinetospora, Asteronema, Bachelotia, Ectocarpus, Hincksia and Feldmannia for the first time in Brazil, applying the molecular approach coupled with morphological data. The sampling sites covered the southeastern region of Brazil, including the upwelling area of the Rio de Janeiro and Espírito Santo coasts, which include almost all the filaments of brown algae mentioned for the country. The DNA barcode mitochondrial marker, COI-5P, and the plastid marker for phylogenetic inferences, rbcL, were sequenced. The molecular and morphological studies allowed the recognition of 10 taxa on the Brazilian southeastern coast, out of which eight taxa correspond to the order Ectocarpales, and two to the order Scytothamnales. Ectocarpales is represented by the families Acinetosporaceae (Acinetospora filamentosa, \"Feldmannia\" irregularis, \"Feldmannia irregularis\" 1, \"Feldmannia irregularis\" 2, \"Feldmannia\" mitchelliae, \"Hincksia\" conifer and Hincksia sandriana), and Ectocarpaceae (Ectocarpus fasciculatus). The order Scytothamnales, in turn, includes the families Asteronemataceae (\"Asteronema\" breviarticulatum) and Bachelotiaceae (Bachelotia antillarum) The Acinetosporaceae family is non-monophyletic and was divided into two clusters: Acinetosporaceae 1 for which the family name should be retained, included the type species of the family (Acinetospora crinite) and most of the Brazilian representatives; and Acinetosporaceae 2 for which a new family should be proposed, included the genera Feldmannia, Hincksia and Pylaiella represented by their respective type species, Feldmannia lebelli, Hincksia hincksiae and Pylaiella litorallis. Hincksia sandriana was the only species studied that grouped in the clade of the authentic genus Hincksia. Besides, this is the first record of H. sandriana for Brazil, which constitutes a case of recent introduction. For the other representatives of Acinetosporaceae 1, except Acinetospora, a new genus for science should be proposed. The taxa \"H.\" conifer, \"F.\" irregularis, \"F. irregularis\" 1, \"F. irregularis\" 2 and \"F.\" mitchelliae do not belong to the authentic genera Feldmannia and Hincksia, since they did not group with the respective generitypes. Therefore, should be transferred to the new genus. Analyzes applying both molecular markers showed that \"F.\" irregularis, \"F. irregularis\" 1 and \"F. irregularis\" 2, previously cited as a single species (F. irregularis), constitute three independent taxonomic entities. COI-5P sequences of F. irregularis from Italy, close to the type locality (Adriatic Sea), demonstrate that part of the analyzed material should be maintained under the epithet irregularis, whereas two new scientific species should be proposed to accommodate \"F. irregularis \"1 and \" F. irregularis \"2. COI-5P molecular analyzes divided \"F.\" mitchelliae into three clusters with high genetic divergence and morphological variability indicating that \"F.\" mitchelliae corresponds to a species complex. A sequence of \"F. mitchelliae from the United States (North Carolina), near the type locality (Massachusetts), obtained and included in the present study, confirmed that the Brazilian material should be described under the epithet mitchelliae and transferred to a new genus. Our molecular results have clearly demonstrated that the genus Acinetospora is non-monophyletic. Acinetospora filamentosa is for the first time mentioned for the Atlantic Ocean and was revealed by molecular data, both by COI-5P and rbcL. The species Acinetospora crinite recorded on the southeastern coast of Brazil was not collected in this study. Morphological differences in plurilocular structures between two species and absence of monosporangia in A. filamentosa, described as typical only for A. crinite, confirmed the occurrence of A. filamentosa for the Atlantic. Our results with the rbcL revealed that the family Asteronemataceae is non-monophyletic. \"Asteronema\" breviarticulatum was grouped with Asterocladon lobatum, the type species of the genus, and should be transferred to the genus Asterocladon and to the family Asterocladaceae. Consequently, a new combination should be proposed to solve taxonomic placement of this species. The high genetic divergence observed for the COI-5P and rbcL markers demonstrated that Bachelotia antillarum is a cryptic species. The use of the molecular tool in the study of filamentous brown algae in the southeastern region of Brazil was fundamental to uncover their diversity, previously underestimated, as well as to allow a better delimitation of their genera and species. The innovative data presented here constitute a relevant source of information to the taxonomy and systematics of filamentous brown algae. More investigations through a broad review, especially of the Acinetosporaceae family, a wider sampling in the Brazilian coast and the inclusion of more genera of filamentous brown algae in the analyses can still change the classification scenario of this group

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-01T10:30:20Z No. of bitstreams: 1 TeseJLRM.pdf: 6417864 bytes, checksum: 533196c58789b808d650a9caa133729c (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-01T10:36:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseJLRM.pdf: 6417864 bytes, checksum: 533196c58789b808d650a9caa133729c (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-01T10:39:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseJLRM.pdf: 6417864 bytes, checksum: 533196c58789b808d650a9caa133729c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-01T10:40:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseJLRM.pdf: 6417864 bytes, checksum: 533196c58789b808d650a9caa133729c (MD5) Previous issue date: 2015-04-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / The family Anostomidae has approximately 150 species, belonging to 14 genera. Several attempts to define the subfamilies were unsuccessful. Within the family, the Leporinus genus is the most specious (approx. 90 valid species). A ZZ/ZW sex chromosomes system has been described for seven species of Leporinus, which would constitute a monophyletic group. Another ZW sex chromosomes system has been described only for Leporinus geminis. The ZW Leporinus species presents an interesting distribution, being distributed in almost every major South American basins. The aim of this study was to reconstruct the phylogenetic relationships of family Anostomidae and several species of Leporinus genus. Also, evaluate the monophyly of species with ZZ/ZW sex chromosomes, as well as de novo origin of the sex chromosomes described for Leporinus geminis. Additionally, It will be evaluated the functionality of the DNA barcodes for the family Anostomidae. Another aim was to evaluate the phylogeographic distribution pattern of ZZ/ZW Leporinus species. For the barcode was analyzed the Cytochrome Oxidase subunit I of 430 individuals (122 lineages). Distance analyzes were performed using the K2P model. For the molecular phylogeny were amplified two mitochondrial genes (Cytochrome B and Cytochrome Oxidase I) and three nuclear markers (recombination activating gene 1 and 2, and Myosin, heavy chain 6, cardiac muscle, alpha gene) from 104 lineages (69 nominal species). Phylogenetic trees were constructed using methods of maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian species tree. For the phylogeographic analysis, was constructed a calibrated tree, including the 15 recovered linages for the ZW group. The dataset was calibrated using the rise of the Eastern Cordillera, about 12 million years ago. The DNA barcode is a powerful tool for the linage identification of the family Anostomidae. The average intraspecific distance was 0.106%. The lowest interspecific distance was 0.479%. The genetic distances founded show that the threshold to separate lineages is lower than traditionally suggested for fishes (1% and 2%). The family Anostomidae is monophyletic, being found twenty-two clades within it. The subfamilies Anostominae sensu Winterbottom (1980) and Leporellinae were recovered as valid, while a more inclusive Leporininae has to be redescribed. The Leporinus genus was recovered as paraphyletic, requiring several taxonomic changes. The ZZ/ZW Leporinus species were recovered as a monophyletic group. Sex chromosomes of Leporinus geminis were confirmed as an evolutionary convergence. The evolutionary history of ZZ/ZW Leporinus species proved to be complex. The lineage speciation of the proto-Amazon-Orinoco was given by paleogeographic processes, while the lineage diversification in the Eastern Brazilian Shield was predominantly hydrogeological and by dispersion through paleo-basins in low sea level period. / A família Anostomidae possui aproximadamente 150 espécies, distribuídas em 14 gêneros. Diversas tentativas de delimitar as subfamílias não têm tido muito sucesso. Na família o gênero Leporinus é o mais especioso (aprox. 90 espécies válidas). Um sistema de cromossomos sexuais ZZ/ZW foi descrito para sete espécies de Leporinus, que formariam um grupo monofilético. Outro sistema de cromossomos sexuais ZW foi descrito unicamente para Leporinus geminis. As espécies de Leporinus com cromossomos ZW apresentam uma interessante distribuição, estando distribuídas praticamente em todas as grandes bacias hidrográficas sul-americanas. O intuito do estudo é reconstruir as relações filogenéticas da família Anostomidae e das distintas espécies do gênero Leporinus. Avaliar a monofilia do grupo de espécies com cromossomos sexuais ZZ/ZW, assim como a origem de novo dos cromossomos sexuais descritos para Leporinus geminis. Será avaliada também a funcionalidade dos códigos de barras de DNA para as espécies da família Anostomidae. Outro objetivo será avaliar o padrão de distribuição filogeográfica das espécies do gênero Leporinus que possuem sistemas de cromossomos sexuais ZZ/ZW. Para o barcode foi analisado o Citocromo oxidase I de 430 indivíduos (122 linhagens). Foram realizadas análises de distância, usando o modelo K2p. Para a filogenia molecular foram amplificados dois genes mitocondriais (Citocromo B e Citocromo oxidase I) e três nucleares (o gene de ativação da recombinação 1 e 2 e a cadeia pesada 6 da miosina, isoforma alfa do músculo cardíaco) para 104 linhagens (69 espécies nominais). Foram construídas árvores filogenéticas usando os métodos de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e bayesian species tree. Para a análise filogeográfica, construiu-se uma árvore calibrada, incluídos as 15 linhagens recuperadas para o grupo ZW. O evento de calibração foi o surgimento da Cordilheira Oriental há 12 Milhões de anos. O DNA barcode é uma ferramenta eficiente para a identificação das linhagens da família Anostomidae. A média da distância intraespecífica foi de 0,106%. O menor valor de distância interespecífica foi de 0,479%. As distâncias genéticas encontradas mostram que o limiar para separar linhagens é mais baixo que os sugeridos para peixes (1% ou 2%). A família Anostomidae é monofilética, sendo encontrados vinte e dois clados dentro dela. As subfamílias Anostominae sensu Winterbottom (1980) e Leporellinae foram recuperadas como válidas, enquanto que um mais abrangente Leporininae precisa ser redescrito. O gênero Leporinus foi recuperado como parafilético, sendo necessárias várias mudanças taxonômicas. As espécies de Leporinus com cromossomos sexuais ZZ/ZW foram recuperadas dentro de um grupo monofilético. Os cromossomos sexuais de Leporinus geminis foram confirmados como uma convergência evolutiva. A história evolutiva das espécies de Leporinus com cromossomos sexuais ZZ/ZW mostrou-se complexa. Sendo que a especiação na linhagem do proto-Amazonas-Orinoco foi dada por processos paleogeográficos, enquanto que o processo de diversificação na linhagem do leste do Escudo Brasileiro foi predominantemente hidrogeológico e por dispersão por meio de paleo-bacias no período de baixo nível do mar.

As algas pardas filamentosas (Phaeophyceae) constituem um grupo essencialmente marinho com morfologia extremamente simples. A identificação taxonômica dessas algas é bastante difícil quando empregados apenas caracteres morfológicos devido à grande plasticidade fenotípica que apresentam. No Brasil, nenhum estudo sistemático foi feito com seus representantes empregando-se dados moleculares. Neste contexto, a diversidade de algas pardas filamentosas dos gêneros Acinetospora, Asteronema, Bachelotia, Ectocarpus, Hincksia e Feldmannia foi investigada pela primeira vez no Brasil sob uma abordagem molecular, complementada com dados morfológicos. As coletas abrangeram a região sudeste do Brasil, incluindo a área de ressurgência dos litorais do Rio de Janeiro e Espírito Santo, que abriga quase que a totalidade de táxons de algas pardas filamentosas citadas para o país. Foi utilizado o marcador mitocondrial do tipo DNA Barcode, COI-5P e o marcador plastidial para inferências filogenéticas, o rbcL. Os estudos moleculares e morfológicos permitiram identificar 10 táxons para o litoral sudeste brasileiro: oito da ordem Ectocarpales: Acinetospora filamentosa, \"Feldmannia\" irregulares, \"Feldmannia irregulares\" 1, \"Feldmannia irregulares\" 2, \"Feldmannia\" mitchelliae, \"Hincksia\" conífera e Hincksia sandriana (família Acinetosporaceae) e Ectocarpus fasciculatus (família Ectocarpaceae) e dois da ordem Scytothamnales: \"Asteronema\" breviarticulatum (família Asteronemataceae) e Bachelotia antillarum (família Bachelotiaceae). A família Acinetosporaceae não é monofilética e se dividiu em dois agrupamentos, Acinetosporaceae 1, que incluiu a maioria dos representantes brasileiros e a espécie tipo da família, Acinetospora crinita, e para o qual o nome da família deve ser retido; e Acinetosporaceae 2, que incluiu os autênticos gêneros Feldmannia, Hincksia e Pylaiella com suas respectivas espécies-tipo, Feldmannia lebelli, Hincksia hincksiae e Pylaiella litorallis, respectivamente, e para o qual, uma nova família deverá ser proposta. Hincksia sandriana foi a única espécie estudada que se agrupou no clado do autêntico gênero Hincksia e é citada pela primeira vez para o Brasil, constituindo um caso de introdução recente. Para os demais representantes agrupados em Acinetosporaceae 1, excluindo Acinetospora, um novo gênero para a ciência deverá ser proposto. Os táxons \"H.\" conífera, \"F.\" irregulares, \"F. irregulares\" 1, \"F. irregulares\" 2 e \"F.\" mitchelliae não pertencem aos autênticos gêneros Feldmannia e Hincksia, já que não se agruparam com as respectivas espécies-tipo dos gêneros, e, portanto, devem ser transferidos para o novo gênero. As análises com os dois marcadores moleculares demonstraram que \"F.\" irregulares, \"F. irregulares\" 1 e \"F. irregulares\" 2, previamente citados sob uma única espécie (F. irregulares), representam três entidades taxonômicas independentes. Sequências do COI-5P de F. irregulares da Itália, considerada próxima à localidade tipo (Mar Adriático), confirmaram que parte do material analisado deve ser mantido sob o epíteto irregulares, enquanto duas novas espécies devem ser propostas para a ciência para acomodar \"F. irregulares\" 1 e \"F. irregulares\" 2. As análises moleculares com o COI-5P dividiu \"F.\" mitchelliae em três agrupamentos com alta divergência genética e variabilidade morfológica indicando que \"F.\" mitchelliae forma um complexo. Uma sequência de \"F.\" mitchelliae procedente dos EUA (Carolina do Norte), próxima à localidade tipo (Massachusetts), gerada no presente estudo, confirmou que o material brasileiro deve ser descrito sob o epíteto mitchelliae, porém acomodado sob um novo gênero. Nossos resultados moleculares demonstraram claramente que o gênero Acinetospora não é monofilético. Acinetospora filamentosa é citada pela primeira vez para o Oceano Atlântico e foi revelada por meio de dados moleculares, tanto pelo COI-5P quanto pelo rbcL. A espécie Acinetospora crinita referida previamente para o litoral sudeste do Brasil não foi recoletada neste estudo. Diferenças morfológicas nas estruturas pluriloculares entre as duas espécies e ausência de monosporângios em A. filamentosa, descritos como típico apenas para A. crinita, confirmaram a ocorrência de A. filamentosa para o Atlântico. Nossos resultados com o rbcL revelaram que a família Asteronemataceae não é monofilética. O táxon \"Asteronema\" breviarticulatum se agrupou com Asterocladon lobatum, espécie tipo do gênero, e deve ser alocado na família Asterocladaceae, assim como transferido para o gênero Asterocladon propondo-se uma combinação nova para resolver o posicionamento taxonômico dessa espécie. A alta divergência genética verificada para os marcadores COI-5P e rbcL demonstraram que Bachelotia antillarum é uma espécie críptica. A utilização da ferramenta molecular no estudo de algas pardas filamentosas na região sudeste do Brasil foi fundamental para desvendar a sua diversidade, que comprovadamente estava subestimada, assim como melhor delimitar seus gêneros e espécies e revelar espécies crípticas. Os dados aqui apresentados são pioneiros e constituem uma fonte relevante de informação sobre a taxonomia e sistemática deste grupo de algas pardas. Mais investigações por meio de uma ampla revisão, especialmente da família Acinetosporaceae, uma maior amostragem no litoral brasileiro e inclusão de mais gêneros de algas pardas filamentosas nas análises podem ainda mudar o panorama da classificação desse grupo / Filamentous brown algae (Phaeophyceae) constitute an essentially marine group that display an extremely simple morphology. The taxonomic identification of these algae is very difficult when based only on morphological characters, due to the high incidence of phenotypic plasticity. In Brazil, no systematic study using molecular data has investigated their representatives. In this context, this study aims to investigate the diversity of filamentous brown algae of the genera Acinetospora, Asteronema, Bachelotia, Ectocarpus, Hincksia and Feldmannia for the first time in Brazil, applying the molecular approach coupled with morphological data. The sampling sites covered the southeastern region of Brazil, including the upwelling area of the Rio de Janeiro and Espírito Santo coasts, which include almost all the filaments of brown algae mentioned for the country. The DNA barcode mitochondrial marker, COI-5P, and the plastid marker for phylogenetic inferences, rbcL, were sequenced. The molecular and morphological studies allowed the recognition of 10 taxa on the Brazilian southeastern coast, out of which eight taxa correspond to the order Ectocarpales, and two to the order Scytothamnales. Ectocarpales is represented by the families Acinetosporaceae (Acinetospora filamentosa, \"Feldmannia\" irregularis, \"Feldmannia irregularis\" 1, \"Feldmannia irregularis\" 2, \"Feldmannia\" mitchelliae, \"Hincksia\" conifer and Hincksia sandriana), and Ectocarpaceae (Ectocarpus fasciculatus). The order Scytothamnales, in turn, includes the families Asteronemataceae (\"Asteronema\" breviarticulatum) and Bachelotiaceae (Bachelotia antillarum) The Acinetosporaceae family is non-monophyletic and was divided into two clusters: Acinetosporaceae 1 for which the family name should be retained, included the type species of the family (Acinetospora crinite) and most of the Brazilian representatives; and Acinetosporaceae 2 for which a new family should be proposed, included the genera Feldmannia, Hincksia and Pylaiella represented by their respective type species, Feldmannia lebelli, Hincksia hincksiae and Pylaiella litorallis. Hincksia sandriana was the only species studied that grouped in the clade of the authentic genus Hincksia. Besides, this is the first record of H. sandriana for Brazil, which constitutes a case of recent introduction. For the other representatives of Acinetosporaceae 1, except Acinetospora, a new genus for science should be proposed. The taxa \"H.\" conifer, \"F.\" irregularis, \"F. irregularis\" 1, \"F. irregularis\" 2 and \"F.\" mitchelliae do not belong to the authentic genera Feldmannia and Hincksia, since they did not group with the respective generitypes. Therefore, should be transferred to the new genus. Analyzes applying both molecular markers showed that \"F.\" irregularis, \"F. irregularis\" 1 and \"F. irregularis\" 2, previously cited as a single species (F. irregularis), constitute three independent taxonomic entities. COI-5P sequences of F. irregularis from Italy, close to the type locality (Adriatic Sea), demonstrate that part of the analyzed material should be maintained under the epithet irregularis, whereas two new scientific species should be proposed to accommodate \"F. irregularis \"1 and \" F. irregularis \"2. COI-5P molecular analyzes divided \"F.\" mitchelliae into three clusters with high genetic divergence and morphological variability indicating that \"F.\" mitchelliae corresponds to a species complex. A sequence of \"F. mitchelliae from the United States (North Carolina), near the type locality (Massachusetts), obtained and included in the present study, confirmed that the Brazilian material should be described under the epithet mitchelliae and transferred to a new genus. Our molecular results have clearly demonstrated that the genus Acinetospora is non-monophyletic. Acinetospora filamentosa is for the first time mentioned for the Atlantic Ocean and was revealed by molecular data, both by COI-5P and rbcL. The species Acinetospora crinite recorded on the southeastern coast of Brazil was not collected in this study. Morphological differences in plurilocular structures between two species and absence of monosporangia in A. filamentosa, described as typical only for A. crinite, confirmed the occurrence of A. filamentosa for the Atlantic. Our results with the rbcL revealed that the family Asteronemataceae is non-monophyletic. \"Asteronema\" breviarticulatum was grouped with Asterocladon lobatum, the type species of the genus, and should be transferred to the genus Asterocladon and to the family Asterocladaceae. Consequently, a new combination should be proposed to solve taxonomic placement of this species. The high genetic divergence observed for the COI-5P and rbcL markers demonstrated that Bachelotia antillarum is a cryptic species. The use of the molecular tool in the study of filamentous brown algae in the southeastern region of Brazil was fundamental to uncover their diversity, previously underestimated, as well as to allow a better delimitation of their genera and species. The innovative data presented here constitute a relevant source of information to the taxonomy and systematics of filamentous brown algae. More investigations through a broad review, especially of the Acinetosporaceae family, a wider sampling in the Brazilian coast and the inclusion of more genera of filamentous brown algae in the analyses can still change the classification scenario of this group

Orientador: Celso Luis Marino / Resumo: The forest-breeding program in Brazil has the general objective of providing most adapted plants to different environments for various Brazilian regions, for fulfilling timber demands meant for multiple uses in the country. One of the main problems found in different forest breeding programs are the difficulty to identify the different species and hybrids. The use of molecular biology techniques in plant breeding programs is found very effective in the optimization of the time and the direction of these programs, particularly among those plants of the same subgenus. The process of selection and hybrid plants selected for planting in most cases; significantly increase the gain in terms of production and adaptability. The use of molecular markers to characterize the molecular variability of forest species has revolutionized genetic analysis in recent years. The bulk segregant analysis (BSA) is a technique used to identify molecular markers linked to monogenic, dominant or recessive characters. BSA technique in combination with Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) technique is an efficient methodology for the detection of polymorphism from genomic restriction fragments through PCR amplification; which helps in analyzing large number of loci for testing without the need for previous information of their sequence in respect to their dominance and reproducibility. The most recent and promising applications of molecular biological methods for the detection of small DNA fra... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Submitted by Priscila Azarak (priscilazarak@hotmail.com) on 2018-11-23T12:36:47Z No. of bitstreams: 4 Tese_Priscila Azarak.pdf: 5265527 bytes, checksum: 9ef468a213bf6ff7c0d54430b3c0f225 (MD5) Ata de Defesa de Tese_Discente Priscila Alencar Azarak.pdf: 724256 bytes, checksum: 6056b126e2c68dc54645a6684a748b01 (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 152003 bytes, checksum: 4ed216d6127242c14ee12a426a831dd1 (MD5) Autorização para divulgar.pdf: 17500 bytes, checksum: d30e94c038cbf77bbe0d715102a7968e (MD5) / Approved for entry into archive by PPGDivBio Diversidade Biológica (ppgdivbio@gmail.com) on 2018-11-23T17:18:34Z (GMT) No. of bitstreams: 4 Tese_Priscila Azarak.pdf: 5265527 bytes, checksum: 9ef468a213bf6ff7c0d54430b3c0f225 (MD5) Ata de Defesa de Tese_Discente Priscila Alencar Azarak.pdf: 724256 bytes, checksum: 6056b126e2c68dc54645a6684a748b01 (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 152003 bytes, checksum: 4ed216d6127242c14ee12a426a831dd1 (MD5) Autorização para divulgar.pdf: 17500 bytes, checksum: d30e94c038cbf77bbe0d715102a7968e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-11-23T18:04:56Z (GMT) No. of bitstreams: 4 Tese_Priscila Azarak.pdf: 5265527 bytes, checksum: 9ef468a213bf6ff7c0d54430b3c0f225 (MD5) Ata de Defesa de Tese_Discente Priscila Alencar Azarak.pdf: 724256 bytes, checksum: 6056b126e2c68dc54645a6684a748b01 (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 152003 bytes, checksum: 4ed216d6127242c14ee12a426a831dd1 (MD5) Autorização para divulgar.pdf: 17500 bytes, checksum: d30e94c038cbf77bbe0d715102a7968e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-23T18:04:56Z (GMT). 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This thesis aimed: (1) To carry out a inventory of amphibians of the areas on the influence of the Branco River basin, including the records present in the literature, and to discuss the regional distribution of the species; and (2) To investigate the presence of cryptic lineages within the anurofauna of the Branco River basin, using the amphibian DNA barcodes tools. In this study 43 localities were sampled along the Branco River basin, covering differnt environments. We recorded 47 amphibian species belonging to two orders, 19 genera and 8 families, which together with other 21 species recorded in the literature, totalized 68 species of amphibians for that basin. Three species are new records to the region: Boana calcarata, Dendropsophus leucophyllatus and Osteocephalus leprieuri. The analysis of similarity (ANOSIM) showed that the upper and lower Branco River basin present significative differences in their species composition. The 16S rRNA mitochondrial DNA and four algoritims of delimitation (mPTP, locMin, bGMYC, GMYC) were used to investigate the presence of cryptic species in the anurofauna of that region. It was identified 41 morphological species, of that 10 have lineages restricted to the Branco River basin. / A região Neotropical é a área que abriga a maior quantidade de espécies do mundo, sendo a Amazônia o bioma sulamericano com a maior diversidade de espécies desse grupo de vertebrados. A bacia do rio Branco, situada no extremo norte da Amazônia, constitui uma lacuna no conhecimento da fauna de anfíbios amazônicos. Esta tese teve como objetivo: (1) Realizar um inventário dos anfíbios das áreas de influência da bacia do rio Branco, incluindo os registros da literatura e discutir a distribuição regional das espécies e (2) Investigar a presença de linhagens crípticas dentro da anurofauna da bacia do rio Branco, utilizando a ferramenta do DNA Barcode. Neste estudo foram amostrados 43 pontos de coletas ao longo da bacia do rio Branco, abrangendo diferentes ambientes. Foram registradas 47 espécies de anfíbios pertencentes a duas ordens, 19 gêneros e 8 famílias, que somadas a outras 21 espécies registradas na literatura, totalizam 68 espécies de anfíbios para esta bacia. Três espécies são novos registros para a região: Boana calcarata, Dendropsophus leucophyllatus e Osteocephalus leprieurii. A análise de similaridade ANOSIM mostrou que as porções alta e baixa da bacia do rio Branco apresentaram diferenças significativas na composição de espécies. Foi utilizado o gene mitocondrial 16S rRNA e quatro algoritmos de delimitação (mPTP, locMin, bGMYC, GMYC) para investigar a presença de espécies crípticas na anurofauna da região. Foram identificadas morfologicamente 41 espécies, das quais 10 apresentaram linhagens restritas à bacia do rio Branco.

The main objectives of this study is to :¡]1¡^probe into relationship of larval fish communities and environmental water factor in Tan-sui River Estuary, and observe assemblages of larval fish within different time scale¡F¡]2¡^to compare the results of DNA barcode with mophorlogical identification in larval and juvenile¡F¡]3¡^conjecture the recruit phase & the early life cycles of DNA indentified fish groups associated estuaries in Tan-sui. It shows that recruitment family, such as Scorpaenidae, Engraulidae, Sciaenidae, Sillaginidae and Gobiidae are the main fish have significant differences between larval fish community and the four seasons in Tan-sui estuary. Besides, statistical informations show community distribution and most environmental factors have significant differences, but temperature is the most. We compare the communities of twenty years ago, spring, autumn or summer are the opportune time of recruitment, 72 and 31 families of fish larvae were collected over past five and twenty years ago respectively, it shows that Tan-sui estuarine environment have been improved. We used 96 COI sequences in DNA indetification. Comparing the results of specimens identification between DNA barcoding and different morphological resolution power, DNA barcoding could up to the lower level than the tradiontional way. And after counting, the success rate of DNA identification was higher than different morphological resolving power¡Fthe numbers of mophological type are higher than the taxa after DNA indetification, it means that many morphological characters are not constant in early developmental stage, and DNA barcoding can be a useful tool to assist in promoting the success rate of the traditional way. Comparing with references, 34 indentified by DNA Barcode can conjecture recruit phase & early life cycles, most of these specimens are categorized to¡unondependent marine fish¡v, and the others are¡udependent marine fish¡v, but in fact, some of¡utrue estuarine¡v¡B¡ufeshwater¡vand ¡udiadromous¡vspecies can be indetified by morphology, it was due to the incompletion of the sequence database or sampling error. We should be able to understand the early life history of fish and the role of local habitat for the resources conservation and managenment in the future as long as we collect more complete COI database.